사업권 양도법인이 지출한 비용이 최종적으로 청구법인 소유인 쟁점토지의 가치를 증가시켰다는 점에서 토지 관련 지출은 매입세액 불공제하는 것이 타당하나, 쟁점금액 전부가 토지의 자본적 지출에 해당된다고 단정하기 어렵고, 처분청도 구체적 확인 절차 없이 경정청구시 제출된 서류만을 검토하여 쟁점금액 전부를 불공제한 것으로 보이는 점 등이 있으므로, 용역계약내용의 내용, 계약수행에 따른 결과 등을 구체적으로 재조사하여 그 결과에 따르는 것이 타당함
사업권 양도법인이 지출한 비용이 최종적으로 청구법인 소유인 쟁점토지의 가치를 증가시켰다는 점에서 토지 관련 지출은 매입세액 불공제하는 것이 타당하나, 쟁점금액 전부가 토지의 자본적 지출에 해당된다고 단정하기 어렵고, 처분청도 구체적 확인 절차 없이 경정청구시 제출된 서류만을 검토하여 쟁점금액 전부를 불공제한 것으로 보이는 점 등이 있으므로, 용역계약내용의 내용, 계약수행에 따른 결과 등을 구체적으로 재조사하여 그 결과에 따르는 것이 타당함
OOO세무서장이 2011.12.23. 청구법인에게 한 경정거부처분(2009년 제1기 부가가치세 OOO원 및 2009년 제2기 부가가치세 OOO,OOO,OOO원의 환급청구)은 청구법인이 골프장 사업권과 함께 양수한 주식회사 대야건설 명의의 용역계약(12건, 공급가액 OOO원) 및 외주공사비 지출액 등(6건, 공급가액 OOO원)에 대한 구체적인 용역계약내용과 수행결과, 지출내역 등을 토대로 토지조성을 위한 지 출과의 관련 여부를 재조사한 결과에 따라서 그 세액을 경정한다.
(1) 처분청의 경정청구 검토보고서, 토지등기부등본 등 심리자료에 의하면, 다음의 사실이 확인된다. (가) 이OOO은 2006년부터 쟁점골프장을 조성할 목적으로 2007.11.6. 쟁점토지를 OOO원에 취득하고, 양도법인(이OOO이 100% 지분권자임)에게 골프장 건설에 따른 인․허가업무 를 비롯한 부지조성공사를 의뢰하여 쟁점골프장 건설을 시작하였다. (나) 도시계획시설 결정고시 이후 환경영향평가 등을 남겨놓은 상태에서 자금사정이 어려워지자, 양도법인은 2009.4.2. “골프장 사업권 양도약정서”에 따라 쟁점골프장 건설과 관련된 일체의 권리(이하 ‘쟁점권리’라 한다)를 청구법인에게 OOO원(공급대가)에 양도하였고, 이OOO은 2009.4.2 쟁점토지를 청구법인에게 OOO원에 양도하였다. 한편, 쟁점토지는 국토의계획및이용에관한법률상 토지거래허가지역에 속한 토지였다가 2010.5.30. 토지거래허가지역이 해제되어 2011.6.23. 청구법인에게 소유권이전등기된 것으로 나타난다(등기원인은 2011.6.22. 매매임). (다) 양도법인이 청구법인에게 쟁점권리를 양도하면서 발행한 세금계산서의 내역은 다음과 같고, (단위: 공급가액) 발행일자 금액 2009.4.2. OOO원 2009.11.26. OOO원 2010.4.26. OOO원 합계 OOO원 양도법인의 2009년 제1기～ 2010년 제1기 부가가치세 신고서상의 매출처별세금계산서합계표에 의하면, 쟁점권리에 대한 지급대가 OOO원(공급가액)의 부가가치세를 신고․납부한 것으로 나타난다. (라) 양 도법인 및 이OOO에 대한 OOO지방국세청장의 조사 (2011.4.12～2011.6.30.)내용에 근거한 양도법인의 쟁점골프장 공사내역 및 매입세액 공제․불공제 대상은 다음과 같은데, 처분청은 청구법인이 수취한 매입세금계산서의 공급가액 OOO원 중 OOO원은 쟁점골프장 인․허가를 받기 위한 것으로 토지에 대한 자본적 지 출에 해당되므로 매입세액 불공제대상이고, 나머지 OOO원만이 사업권의 양수에 따른 것으로서 매입세액 공제대상이라는 의견이며, 그 구체적인 내역은 아래 표와 같다. 또한, 쟁점골프장 인․허가를 받기 위한 사업타당성분석, 그린벨트 관리계획 변경, 설계인가신청 등의 신청자는 쟁점토지의 소유자였던 이OOO 명의로 되어 있다.
(2) 청구법인은 쟁점금액과 관련한 쟁점골프장 공사내역은 쟁점권리 양수시점(2009.4.2.)이전에 발생한 인․허가 관련 용역비 및 토지조성공사비 등으로 청구법인과 무관하고, 쟁점권리 양수이후 골프장 건설과 관련하여 발생한 일체의 비용은 청구법인이 부담하였다고 주장하면서 2010사업연도 재무제표, “골프장 사업권 양도약정서” 등을 제시하고 있는데, 계정별원장 및 대차대조표에 의하면 쟁점권리 양수 이후 골프장 건설과 관련한 각종 용역비 및 공사비 등은 청구법인이 부 담한 것으로 계상되어 있고, 사업권 대가 상당액 OOO원을 포 함한 OOO원은 영업권으로, 2011사업연도 상각비는 OOO 원으로 각각 나타나며(2011.8.15. 영업개시), “골프장 사업권 양도약정서”를 보면 양도대상 사업권은 쟁점토지에 추진하는 대중골프장사업에 관한 일체의 권리를 의미하고(제1조), 양도법인은 인허가와 관련하여 현재 진행중인 실시계획인가업무를 완수하며(제4조), 기존에 체결된 10건의 용역은 양도법인의 부담으로 수행하고, 그 외의 추가용역비는 청구법인이 부담(제5조)하기로 약정한 것으로 되어있다.
(3) 부가가치세법제17조 제2항 제6호 및 동법 시행령 제60조 제6항 제3호에는 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 매출세액에서 공제하지 아니하는 것으로 규정하고 있다. (4) 관련법령과 위의 사실관계를 종합하여 볼 때, 쟁점토지가 속한 지역이 2010.5.30. 토지거래허가지역에서 해제되었고 2011.6.23. 청구법인에게 소유권이전등기가 되었는바 양도법인이 쟁점권리 양도 이전에 골프장 건설을 위해 추진중이던 일련의 공사는 결과적으로 청구법인 소유의 토지의 가치 증가로 귀결되는 것이라 하더라도, 청구법인이 쟁점권리의 양도법인으로부터 양수받은 용역계약(12건) 및 외주공사비 지출액 등(6건)의 내역에는 진입도로확장공사, 클럽하우스 설계용역 등 구축물과 관련되는 비용 등으로 토지조성을 위한 지출과 관련이 있다고 보기 어려울 뿐만 아니라 일부는 사업권의 양수대가와 관련한 것으로도 볼 수 있어 매입세액 공제대상에 해당한다 할 것인데도, 처분청이 이에 대한 구체적인 확인․조사 없이 양도법인으로부터 제출받은 세금계산서상의 내역만을 근거로 쟁점금액 전액을 토지에 대한 자본적 지출로 보아 매입세액 불공제대상으로 하여 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다고 판단된다. 따라서, 처분청이 쟁점권리 양수․도 과정에서 양도법인 명의의 용역계약(12건) 및 외주공사비 지출액 등(6건)에 대한 구체적인 용역계약내용과 수행결과, 지출내역 등을 토대로 쟁점금액이 토지조성을 위한 지출과의 관련 여부를 확인․ 조사한 결과에 따라서 세액을 경정함이 타당하다 할 것이다.
이 건 심판청구는 심리결과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.