쟁점개발비가 최초로 발생한 사업연도에도 초과발생기준 세액공제를 적용할 수 있음

○○세무서장이 2011. 11. 15. 청구법인에게 한 2007 사업연도 법인세 경정청구 거부처분은 조세특례제한법제10조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】제1항 제1호 가목(연평균 발생액 초과기준)의 적용대상으로 하여 그 세액을 경정한다.

• 가. 청구법인은 2007사업연도 법인세 신고시 당해 사업연도에서 발생한 연구 및 인력개발비 OOO원(이하 “쟁점개발비”라 한다)에 대해 구 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제10조 제1항 제1호 나목(해당 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비의 15%, 이하 “총액발생기준 세액공제”라 한다)을 적용하였고, 중소기업임에도 세액공제신청서상에는 비중소기업 에 적용하는 최저한세 규정에 의해 산출세액 OOO원 중 OOO원만을 연구 및 인력개발비 세액으로 공제하여, OOO원을 신고․납부한 후, 2009.2.18. 수정신고를 하면 서 다시 계산상 착오를 일으켜 O,OOO,OOO원만을 연구 및 인력개발비 세액 으로 공제하여, OOO원 을 추가로 납부하면서 나머지 OOO원 을 이월세액으로 계상하였다.
• 나. 이후 청구법인은 2011.3.30. 쟁점개발비에 대해, 조특법 제10조 제1항 제1호 가목과 나목 중 큰 금액인 가목(이하 “초과발생기준 세액공제”라 한다)의 적용대상이므로, 당초 신고시 공제세액에서 누락된 OOO,OOO,OOO원을 이월공제세액으로 하고, 산출세액은 전액이 공제되어야 하므로 OOO원의 기납부세액을 환급하여 달라는 경정청구를 하였다.
• 다. 처분청은 2011.11.15. 청구법인은 2007사업연도에 최초로 연구 및 인력개발비가 발생하여 초과발생기준 세액공제를 적용할 수 없고, 총액발생기준 세액공제 대상이라 하여 청구법인의 경정청구를 거부통지 하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2011.12.7. 이의신청을 거쳐 2012.3.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 2007사업연도 법인세 신고시 총액발생기준 세액공제 방법인 조특법 제10조 제1항 제1호 나목을 적용하면서 착오로 최저한세를 적용하여 발생액의 일부만을 공제한 후 납부하였으나, 청구법인은 중소기업이며, 각 사업연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용이 있는 경우에는, 당해 사업연도에 발생한 연구 및 인력개발비가 당해 사업연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 당해 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액을 당해 사업연도의 법인세에서 공제하는 방법(초과발생기준 세액공제)과 당해 사업연도에 발생한 연구 및 인력개발비의 100분의 15를 곱하여 계산한 금액을 당해 사업연도의 법인세에서 공제하는 방법(총액발생기준 세액공제) 중 선택하여 세액공제를 적용받을 수 있다고 규정하고 있는바, 연구 및 인력개발비가 당해 사업연도 개시일부터 소급하여 직전 4년간 지출된 바 없이 당해 사업연도에 최초로 지출된 경우 최초로 지출된 연구 및 인력개발비 전액이 초과발생액이므로, 구 조특법 제10조 제1항 제1호 가목을 적용하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 조특례제한법 시행령 제9조 제4항의 계산식에도 나와 있듯이 연구 및 인력개발비 세액공제 중 초과발생분 세액공제방식은 과거 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 평균액을 초과하는 금액에 대하여 적용하는 것으로 과거 4년간 연구 및 인력개발비가 전혀 발생하지 않은 경우에는 초과발생액의 비교대상 자체가 없으므로 세액공제를 적용하지 않는 것이며, 기획재정부 조세특례제도과-832(2011.9.2.), 재조예 46019-108(2002.6.21.), 법인세과-1285(2009.11.17.) 등 기존 예규 및 판례에서도 직전 연구 및 인력개발비가 없는 경우에는 초과발생금액이 없는 것으로 일관되게 해석하고 있어 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점개발비가 최초로 발생한 2007사업연도에 조특법 제10조 제1항 제1호 가목에 의한 초과발생기준 세액공제를 적용할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제10조 (2006.12.30. 법률 제8146호로 개정된 것)【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】① 내국인[도박장ㆍ무도장ㆍ유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 “소비성서비스업”이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “연구ㆍ인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 중소기업: 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액

• 가. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개 시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액
• 나. 해당과세연도에 발생한 연구·인력개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액

② 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 따른 4년간 발생한 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액의 구분 및 계산 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제9조 (2007.2.28. 대통령령 제19888호로 개정된 것) 【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】④ 법 제10조 제2항의 규정에 의한 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액의 계산은 다음 산식에 의한다. 이 경우 당해 내국인의 연구 및 인력개발비용이 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 당해 과세연도개시일까지의 기간이 48월 미만인 경우에는 동 기간에 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액을 48월로 환산한 금액을 당해 과세연도개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액으로 본다. 당해 과세연도개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액 당해 과세연도의 월수 ────────────── × ─────────── 4 12

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 OOO 572-5 OOO과학대학 6층 601～605호에서 2003.3.7. 설립되어, 차량용 내비게이션 및 블랙박스의 개발․판매업을 영위하는 중소기업으로, 2007.4.24. 한국산업기술진흥협회로부터 기업부설연구소를 인정받았다.

(2) 처분청의 이의신청 결정서 등의 심리자료에 의하면, 청구법인은 당초 법인세신고시 2007사업연도에 발생한 연구 및 인력개발비 OOO원에 대해 조특법 제10조 제1항 제1호 나목의 규정에 의한 15%를 적용하여 공제대상세액으로 OOO원을 산출하였고, 중소기업이므로 산출세액 OOO원이 전액 공제대상임에도 세액공제신청서상에는 착오로 비중소기업에 적용하는 최저한세 규정에 의해 OOO원만을 연구 및 인력개발비 세액으로 공제하였으며, 2009.2.18. 수정신고시에는 당초신고액보다 적은 OOO원만을 연구 및 인력개발비에 대한 공제로 하여 OOO원 중 OOO원을 제외 한 나머지 OOO원을 이월세액공제액으로 신고한 것으로 나타난다.

(3) 청구법인의 당초신고와 수정신고 및 경정청구 내용은 아래의 〈표〉와 같다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 2007사업연도에 최초로 연구 및 인력개발비가 발생하여 구 조특법(2006.12.30. 법률 제8146호로 개정된 것) 제10조 제1항 제1호 가목에 의한 초과발생기준 세액공제를 적용할 수 없다는 의견이나, 구 조특법상 기술․인력개발비의 세액공제 제도의 취지와 동 규정이 직전 4년간 연구 및 인력개발비가 지출되지 아니한 경우를 적용대상에서 배제하고 있지 아니한 점, 같은 법 시행령 제9조(2007.2.28. 대통령령 제19888호로 개정된 것) 제4항에서도 연구 및 인력개발비용이 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 당해 과세연도개시일까지의 기간이 48월 미만인 경우에는 동 기간에 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액을 48월로 환산한 금액을 당해 과세연도개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액으로 보도록 규정하고 있는 점 등을 볼 때, 쟁점개발비가 발생한 2007사업연도의 직전 4년간 연구 및 인력개발비가 전혀 발생하지 아니한 이 건의 경우는 같은 법 시행령 제9조 제4항에 따라 동항에서 규정하는 산식을 그대로 적용하여 연평균발생액을 계산하여야 하는 것인 바, 그 결과 연평균발생액은 “0원”이 되므로 같은 법 제10조 제1항 제1호 가목에 따라 2007사업연도에 최초로 발생한 청구법인의 쟁점개발비 전부를 연평균발생액(“0원”)을 초과하는 금액으로 인정하는 것이 타당하다 할 것(대법원 2009두22454, 2010.4.29. 참고)이어서, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.