부가가치세 총괄납부사업자의 종된 사업자가 착오로 초과환급신고한 경우 가산세를 부과할 수 없음

OOO세무서장이 2011.11.29. 청구법인에게 한 2010년 제2기분 부가가치세 (초과환급신고가산세 OOO원)의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

• 가. OOO사업단(이하 “청구법인”이라 한다)은 부가가치세 주사업장 총괄납부 승인을 받은 OOO의 종된 사업장으로 2011.1.24. 2010년 제2기 확정분 부가가치세 신고시 공제받지 못할 매입세액 OOO원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 “0”으로 기재하여 부가가치세 신고서상 차가감납부할세액(환급받을 세액)에 OOO원을 기재하여 부가가치세 신고하였다.
• 나. 청구법인은 2011.7.20. 쟁점매입세액을 공제받지 못할 매입세액으로 정정하고, 초과환급신고가산세 OOO원을 적용하여 처분청에 2010년 제2기 확정분 부가가치세 수정신고서를 제출한 후, 2011.11.3. 국세기본법에 의한 가산세 면제사유에 해당함을 이유로 경정청구하였으나, 처분청은 2011.11.29. 가산세 면제사유에 해당하지 않은 것으로 보아 이를 거부통지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.2.27. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구법인은 부가가치세 총괄납부사업자로서 사업장 전체에서 발생한 매출액에 따른 부가가치세를 본점에서 총괄하여 납부하고 있는 바, 청구법인의 착오 신고에도 불구하고 원래 납부하여야 할 세액을 정확히 납부하여 국가의 과세권 행사 및 조세채권의 실현에 영향을 미치지 아니하여 납세의무에 대한 협력의무 위반한 사실이 없으며, 착오신고의 사정을 안 후 이를 바로잡기 위하여 여러 노력을 기울였던 점 등에 비추어보면 부당하게 매입세액을 환급받을 의도가 없었고, 청구법인은 순환보직제에 따라 세무·회계 지식이 없는 담당자가 전자신고를 이행하다가 발생한 착오로서 국세청 전자신고 시스템상 주된 사업장의 ‘사업장별 부가가치세 과세표준 및 납부세액(환급세액) 신고명세서’와 종된 사업장의 신고서간에 매입세액 및 납부세액을 검증하는 시스템을 갖추었다면 쉽게 정정 또는 치유될 수 있는 단순 입력 오류에 대하여 청구법인에게 모든 귀책이 있는 것으로 보아 가산세를 부과하는 것은 부당하고, 최근 조세심판원의 결정(조심 2011전5033, 2012.2.21.)과도 상황이 유사하므로 가산세 면제의 정당한 사유가 있다고 보아야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인의 세무담당자가 처음으로 부가가치세 신고를 하면서 단순착오로 인해 초과환급신고가 되었고, 총괄납부사업자로 환급받을 세액이 원래 환급받아야 할 세액과 일치하여 실제 초과환급이 발생하지 않았다 하더라도, 청구법인이 신고한 환급받을 세액이 원래 환급받아야 할 세액을 초과한 이상 청구법인은 부가가치세 신고의무를 불이행한 것이므로 초과환급신고가산세 대상이 되는 것이고, OOO의 산하기관인 청구법인이 좀 더 주의를 기울였다면 신고오류를 발견할 수도 있었다고 보이므로, 청구법인의 부가가치세 초과환급신고를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있었다고 보기 어렵다.

• 가. 쟁 점 총괄납부사업자의 종된 사업장에 대한 부가가치세를 착오로 초과환급신고하였으나, 주된 사업장은 정상적으로 신고하여 실제 환급이 발생하지 않은 경우 가산세 감면 해당 여부
• 나. 관련법령 국세기본법 제48조
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 2011.1.24. 청구법인이 제출(전자신고)한 2010년 제2기 확정분 부가가치세 확정신고서, 2011.7.20. 제출한 수정신고서, 2011.11.3. 신청한 경정청구의 내용은 아래와 같음이 처분청이 제출한 심리자료에 의하여 확인된다.

(2) 청구법인의 본점인 OOO는 2011.1.20. 2010년 제2기분 부가가치세 확정신고시(전자신고) 총괄납부사업자 주된 사업장의 첨부서류인 ‘사업장별 부가가치세 과세표준 및 납부세액(환급세액)신고명세서’상 청구법인 신고명세의 ‘매입세액 과세표준 및 세액’을 “0”으로 기재․신고하여 OOO는 쟁점매입세액과 관련한 세액을 공제(환급)받지 않은 것으로 청구법인이 제출한 부가가치세 신고서 등에 나타난다.

(3) 청구법인은 2011.2.16. 처분청으로부터 부가가치세 신고가 잘못 되었다는 연락을 받고 2011.2.23. 수정신고서(가산세를 적용하지 않은 수정신고서를 제출하였고, 2011.7.20. 가산세를 적용한 수정신고서를 다시 접수하였음) 및 사유서를 제출하는 등 착오신고를 바로잡기 위하여 노력하였다고 주장하고 있다.

(4) 청구법인은 세무담당자 윤OOO이 2011.1.20. OOO에서 청구법인으로 전입(인사이동)하였고, 세무신고 경험이 전혀없는 상태에서 부가가치세 신고기한이 촉박한 가운데 전자신고의 방법으로 2010년 제2기 확정분에 대한 부가가치세 신고를 하면서 ‘공제받지 못할 매입세액’ 항목에 대한 이해부족으로 동 항목을 기입하지 않아 전산상 자동적으로 “0원”으로 처리되어 환급세액이 발생하게 되었다고 주장하면서 인사발령통지서 및 윤OOO의 인사기록카드 사본을 제시하고 있다.

(5) 청구법인이 제출한 부가가치세 신고서 사본 등에 의하면, 청구법인은 2010년 제1기 예정분 이후 부가가치세 신고시 발생한 매입세액 전액을 공제받지 못할 매입세액(면세관련 매입세액)으로 신고하고 있으며, 같은 기간 동안 부가가치세 과세분 매출이 없는 것으로 나타난다.

(6) 청구법인이 2012.7.10. 추가로 제출한 자료의 내용은 다음과 같다. (가)고속국도법및도로법에 의한 도로건설은 원칙적으로 국가 및 지방자치단체가 해당 도로의 관리청으로서 건설비 등을 부담하고 건설하여야 하지만,고속국도법등에 의거 OOO로 하여금 도로 관리청의 권한을 대행하게 하고 OOO 부담으로 고속도로를 건설하여 통행료를 징수할 수 있도록 하고 있으며, OOO가 시행하는 고속도로 건설사업은 정부업무대행사업에 해당하여조세특례제한법제106조 제1항에 따라 부가가치세가 면제된다. (나) 고속도로 건설사업으로 취득한 부지 중 관계기관 인허가 협의과정에서 건설공사에 불가피하게 필요하게 되는 한전철탑 등 타 공작물 설치 및 광통신망 등의 설치와 관련하여 점용허가가 간헐적으로 이루어져 이에 따른 도로점용 및 토지임대용역이 발생할 수 있으므로 과세사업자로 등록하였으며, 실제로 OOO 전신인 OOO에서 2009년 제2기 예정분 매출세액 OOO원은 고속도로 부지 매수시 잔여지로 매수한 토지의 임대료 및 한전전기시설 도로점용료이며, 2009년 제2기 확정분 매출세액 OOO원은 정보통신시설 점용료 수납분이다. (다) 건설사업단은 해당 고속도로 건설공사를 위하여 직제반영된 임시조직으로서 임무종료시 폐지되고 해체되나, 부가가치세법상 사업자등록은 편의상 기존에 고속도로 준공으로 직제폐지되어 해체된 사업자등록을 그대로 사용하는 경우가 많으며, 2010.1.6. 새롭게 창설된 OOO(청구법인)은 전신인 OOO과는 다른 임시조직이다. (7)부가가치세 사무처리규정(국세청 훈령 제1875, 2010.12.27.) 제46조에서 운영지원과장은 신고서 등의 입력작업 중 입력화면상 확인할 수 있는 경미한 오류사항(세액계산 등)은 즉시 오류사유를 확인하여 정확히 입력하여야 하며, 과세유형 및 업종 등이 서로 다르거나 신고서 내용의 중대한 오류 등으로 오류사유의 즉시 확인이 불가능한 경우에는 부가가치세담당과장에게 필요한 조치를 요구하여 조치결과에 따라 정확히 입력하여야 한다고 규정되어 있다. (8)국세기본법제47조의4 제1항에서 납세자가 법정신고기한 내에 세법에 따른 과세표준신고서를 제출한 경우로서 세법에 따라 신고납부하여야 할 세액을 납세자가 환급받을 세액으로 신고하거나 납세자가 신고한 환급세액이 세법에 따라 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 경우에는 그 환급신고한 세액 또는 그 초과환급신고한 세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제하도록 규정하고 있으며, 국세기본법 제48조 제1항 에서는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 천재지변 등에 의한 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니하도록 규정하고 있다.

(9) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 보건대, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유없이 세법상 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자에게 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다 할 것인바(대법 96누15404, 1997.8.22., 같은 뜻임), 청구법인의 경우 세무신고 경험이 전혀 없었던 윤OOO가 부가가치세 신고기한이 촉박한 시점에 청구법인으로 전입하여 부가가치세 전자신고를 이행하면서 쟁점매입세액을 착오로 입력하였으나, 청구법인은 종된 사업장으로서 착오로 신고된 내용에 따른 부가가치세 환급이 발생할 수 없는 점, 주된 사업장인 OOO의 부가가치세 신고시 제출한 첨부서류인 ‘사업장별 부가가치세과세표준 및 납부세액(환급세액) 신고명세서’에는 청구법인의 매입세액 및 납부세액을 정확히 기재하여 부가가치세를 납부한 점, 청구법인은 고속도로 건설공사만을 위한 임시조직으로서 사업자등록하고 건설공사 완료시 폐업하는 특수성이 있으며, 부가가치세 겸영사업자로 사업자 등록하였으나 정부업무를 대행하는 단체에 해당하여 주된 사업이 면세사업으로서 환급세액이 발생할 수 없는 사업자에 해당하는 등 청구법인에게 의무를 이행하지 아니한 데 대한 책임을 지우기 어려운 점 등에 비추어 볼 때, 청구법인이 오류신고를 한 것에 대한 정당한 사유가 있는 것으로 봄이 상당하므로 처분청이 청구법인이 한 경정청구를 거부통지한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

OOO세무서장이 2011.11.29. 청구법인에게 한 2010년 제2기분 부가가치세 (초과환급신고가산세 OOO원)의 경정청구 거부처분은 이를 취소함.