쟁점부화장 취득 후에도 부화업무를 담당할 인력이 충원된 적이 없는 점 등으로 보아, 쟁점부화장을 임대목적으로 취득한 것으로 보이는 측면도 있으므로, 처분청의 재조사를 통하여 그 결과에 따르는 것이 타당해 보임
쟁점부화장 취득 후에도 부화업무를 담당할 인력이 충원된 적이 없는 점 등으로 보아, 쟁점부화장을 임대목적으로 취득한 것으로 보이는 측면도 있으므로, 처분청의 재조사를 통하여 그 결과에 따르는 것이 타당해 보임
OOO세무서장이 2011.9.29. 청구법인에게 한 2011년 제1기 부가가치세 OOO원의 환급거부처분과 2010년 제2기 부가가치세 OOO원의 경정청구 거부처분은, 청구법인이 2010년 제2기부터 2011년 제1기 부가가치세 과세기간에 OOO리 400-1 외 5필지 지상에 건물(부화장과 기숙사) 신축 및 기계장치매입 등과 관련한 시설투자를 당초부터 병아리부화업을 직접 하지 않고 임대할 목적으로 한 것인지 여부와 동 건물의 준공·사용승인 시점에서 주식회사 OOO와의 임대차계약의 진정성립여부 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 결정·경정한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인은 쟁점건물을 신축하여 자체적으로 부화업을 경영할 인적자원이나 노하우, 경험, 기술 및 영업능력이 전혀 없는 사업자로서, 청구법인의 모회사인 주식회사 OOO(이하 ‘OOO’라 한다)가 병아리부화장 건축부지로 물색한 OOO리 400-4외 4필지(답 9,689㎡)가 농지법상 취득이 불가능한 농지로서, 부득이 농지법상 농지취득이 허용되는 청구법인 명의로 쟁점토지를 취득하여 그 지상에 쟁점건물을 신축하고 쟁점시설투자를 하여 OOO에게 임대한 것이며, 청구법인은 쟁점부화장 건설계획단계부터 부화장을 직접 운영할 계획이 없이 OOO에게 임대할 목적으로 쟁점건물을 신축한 것으로 쟁점시설투자에 대한 조세특례제한법상 영세율 혜택도 포기하고 일반세금계산서를 수취하였으며, 쟁점건물의 계획단계부터 공사단계까지 전 과정을 OOO에서 직접 관여하였고 준공과 동시에 과세사업인 임대업에 사용하였으므로 부가가치세 매입세액을 공제하는 것이 타당하다.
(2) 처분청에서는 쟁점건물의 준공(사용승인)일 직후에 청구법인 명의로 OOO시청에 부화업 등록을 하였다는 이유로 면세사업에 사용한 것으로 보아 매입세액불공제 처분을 하였으나 이는 업무담당자의 착오에 의하여 청구법인 명의로 잘못 등록한 것이다.
(3) 또한, 쟁점건물에 대한 과․면세 여부를 판단하는 기준일이 ‘실제 사업에 사용된 날’ 즉, 당초부터 임대할 목적으로 신축하였으므로 ‘준공일’부터 기산하여 그 이후 어느 사업에 사용하였는지를 판단하여 그 사용비율만큼 공제 또는 불공제해야지 건설중인 기간까지 소급하여 전부 면세사업용으로 보아 불공제하는 것은 지나친 처분이다.
(1) 청구법인은 2010.7.9. OOO가 90%를 출자하여 설립한 법인으로, 청구법인이 2010.8.6. 처분청에 제출한법인설립신고 및 사업자등록신청서의 영위할 사업종류란에 ‘축산업(원종계, 종계, 부화 등 계육생산관련)’이라고 기재되어 있음이 확인되며, 사업자등록 사전현지확인 조사시에도 현지확인 담당자는 ‘청구법인이 OOO에 영계를 공급하는 사업을 영위한다’고 확인한 바 있고,
(2) 청구법인이 쟁점건물신축과 관련하여 OOO시청(인허가담당관실)에 제출한 ‘개발행위허가신청서(토지형질변경)’와 사업계획서 등에 청구법인의 사업목적을 ‘축산시설(병아리부화장)을 신축하여 병아리를 육계농가에 보급’이라고 명시하고 있으며,
(3) 청구법인은 신설법인으로 부화장을 운영할 노하우, 경험, 영업력 등을 갖추지 못하여 쟁점건물 건축계획단계부터 OOO에 임대할 목적으로 신축하였고 건축계획단계부터 OOO가 관여를 했다고 주장하고 있으나 부가가치세 환급현지확인기간(2011.9.15.～9.22.)까지 부동산임대업에 대한 사업자등록을 신청한 사실이 없으며, OOO가 쟁점건물 준공일(2011.8.16.)부터 쟁점건물을 임차하여 자신의 인력과 종란을 투입하여 병아리를 생산하였다고 주장하면서도 현지확인기간까지 임대차계약서를 작성하지 않았다가 현지확인종료직전일(2011.9.21.)에 임대차계약서를 2011.8.16.로 소급하여 작성, 제출하고 임대보증금도 2011.9.28.에 받은 것으로 보아 당초부터 임대 목적으로 쟁점건물을 신축하였다고 볼 수 없다.
(2) 처분청이 쟁점부화장에 대한 매입세액을 면세사업관련 매입세액으로 보아 불공제 및 경정청구 거부한 처분의 근거는 다음과 같다. (가) 처분청이 2011.9.15.부터 같은 달 22일까지 실시한 부가가치세 환급현지확인종결보고서에 의하면, 청구법인은 사업자등록일부터 현지확인일 현재까지 부가가치세 면세사업인 축산업(원종계, 종계, 부화 등 계육생산)만을 사업자등록한 농업회사법인인 점, 청구법인이 OOO OO시청에 제출한 쟁점건물신축 관련서류 및 축산(부화)업등록신청서에도 병아리(종계)부화가 사업목적이며, 부화업 등록신청의 주체가 청구법인이고 추후 사업주체의 변경신청이 없었던 것으로 보아 부가가치세 과세사업인 부동산임대업을 영위한다고 볼 수 없는 점, 환급현지확인기간인 2011.9.18.에 첫 병아리가 부화되었음에도 2011.8.16. 쟁점건물 준공허가 이후 현지확인 착수일까지 청구법인과 OOO 사이에 쟁점부화장에 관한 임대차계약을 맺지 않았고, 조사공무원이 임대차계약서 제시를 계속 요구하자 2011.9.21.자로 작성된 임대차계약서를 제출(임대차보증금은 2011.9.28.에 수수)한 점 등으로 보아 2011년 제1기 확정분 부가가치세 환급신청 당시에는 축산업만 영위하는 부가가치세 면세사업자로 판단하였고, 또한 환급현지확인일 이후에 임대차보증금이 수수되어 임대차계약의 진정성립 여부가 신빙성이 없는 점, 설령 임대차계약서의 진정성이 성립되더라도 임대차계약서상 임대기간이 2011.8.16.부터 시작되는 점 등을 들어 임대사업자로서 환급신청은 2011년 제2기분부터 가능한 것으로 판단한 것으로 되어 있다. (나) 처분청이 2010.8.10. 작성한 ‘사업자등록 사전확인 조사서’에 의하면, 청구법인은 2010.8.6. 주업태를 ‘축산업’, 주종목을 ‘원종계, 종계, 부화 등 계육생산관련’으로 기재(‘부업태’와 ‘부업종’란은 미기재)한 ‘법인설립신고 및 사업자등록신청서’를 처분청에 제출하였고 이에 처분청에서는 사업자등록사전확인을 거쳐 2010.8.10. 청구법인의 신청내용대로 업태/종목을 부가가치세 면세사업인 ‘축산업/원종계, 종계, 부화 등 계육생산관련’으로 기재하여 사업자등록증을 교부하였다.
(3) 청구법인의 직원과 심판청구대리인은 2012.8.21.(화) 개최된 조세심판관회의에 출석하여 한 진술에서도 심판청구서의 불복이유와 같이 쟁점부화장은 청구법인이 당초부터 과세사업인 임대목적으로 취득하였고, 실제 면세사업에 사용한 적이 없이 쟁점건물의 준공과 동시에 모두 과세사업인 임대업에 사용하였으므로 매입세액공제는 정당하다고 주장하고 있는 바, 이에 대하여 본다. (가) 청구법인의 모기업인 OOO는 농식품부장관이 지정한 가축계열화사업자로 육계를 수직계열화하여 닭고기를 공급하고 있는 업체로, 종계사육은 청구법인, 병아리부화는 OOO, 육계사육은 계열농가, 도계·가공·유통은 OOO 등 여러 계열사에서 담당하고 있으며, 청구법인은 2010년 7월에 OOO에 설립하여 OOO에 3개의 농장에서 종계 병아리를 5개월 동안 사육한 후 종란을 생산하여 OOO에 공급하는 사업을 영위하고 있으며, 관리직을 제외한 모든 인력은 농장에서 종계사육업무를 담당할 뿐 병아리 부화업무를 담당하는 인력은 없다. 만약 청구법인이 부화장을 직접 운영할 목적이 있었다면 부화업무 소요인력이 있거나 충원하였을 것이나 쟁점건물 준공일 전·후로 인원변동없이 전부 종계사육업무만을 담당하고 있으므로 이는 당초부터 쟁점부화장을 직접 운영할 목적이 없었음을 증명하고 있는 것이다. (나) 쟁점부화장은 처음부터 OOO에서 사용할 목적으로 건축의 계획, 인허가업무, 공사계약 및 공사단계의 관리감독 등 제반업무를 청구법인이 아닌 OOO의 전담조직(축산본부 부화팀)에서 수행하여 신축한 것이며, 쟁점부화장 건물이 완공되어 사용승인을 득한 2011년 8월부터 OOO의 인력과 종란(원재료)을 투입하여 직접 병아리 부화사업을 시작한 것으로, 부화장 가동에 필요한 소요인력도 OOO가 2011년 5월부터 2011년 8월까지 10명을 신규채용하였다. (다) 쟁점부화장의 건설기간인 2010년 12월에 발주하여 네덜란드 등으로부터 수입한 부화기 등 쟁점시설투자(5건, 공급가액 OOO억원)는 조세특례제한법에 의거 영세율적용이 가능하나 청구법인이 부화장을 직접 운영할 계획이 없어 영세율혜택을 포기하고 일반세금계산서를 수취하였고, 이는 당초부터 임대목적으로 쟁점부화장을 취득하였음을 확인할 수 있는 근거가 된다. (라) 처분청의 현지확인일(2011.9.15.) 이전부터 OOO가 자신의 사업장임을 표방하여 쟁점부화장 준공행사(2011.8.22.)를 열었으며, 청구법인이 아닌 OOO의 사업장임을 계속적으로 대외에 표방하여 언론에서도 OOO가 쟁점부화장을 직접 운영하는 것으로 보도(2011.3.30. OOO경제, ‘OOO북부 친환경육계단지 조성, 2011.6월 OOO에 부화장 준공하여 OOO는 매출규모 35% 이상 증가전망 등)한 바 있다. (마) 임대차계약이 지연된 사유는, 쟁점부화장의 사업용 자산 일체를 일괄하여 임대대상물건의 금액을 확정한 후에 임대차계약을 체결하기로 하였는데, 일부 부화기계의 통관이 지연되어 2011.9.15.에 통관됨에 따라 소급계약하게 된 것이며, 사업자등록증에 임대업 등록을 나중에 한 것은 청구법인의 정관 및 법인등기부에 이미 설립당시부터 부동산임대업이 기재(등기)되어 있어 문제가 없는 것으로 판단하여 지연한 것이지 임대업을 할 생각이 없었던 것이 아니다. (바) 그 밖에, 청구법인의 입증자료로 가축계열화사업자(육계)지정서, 청구법인과 OOO의 조직도, OOO가 작성한 내부품의서(쟁점건물 신축, OOO부화장 신규사원 채용 관련 등), 수입면장 등을 제출하였다.
(4) 위와 같은 사실관계를 종합하여 살피건대, 청구법인이 부가가치세 면세업종인 ‘축산/종계, 부화 등 계육생산관련업’으로 사업자등록을 한 후, 청구법인 명의로 쟁점건물(부화장)을 신축하고 준공하기까지 처분청에 부가가치세 과세업종인 부동산임대업을 업종추가 신고하지 않아 2011년 제1기 확정신고분까지는 부동산임대업을 영위하지 않은 것으로 보아 쟁점부화장 취득관련 매입세액을 불공제하여 환급거부처분한 처분청의 잘못이 없는 것으로 보이는 반면, 청구법인이 인력채용 등 쟁점부화장 운영준비를 하지 않았고, 축산기자재(부화기 등)를 수입하면서 조세특례제한법에 의한 영의 세율을 적용받아 영세율세금 계산서를 교부받을 수 있음에도 일반세금계산서를 교부받아 매입세액을 부담한 점, 쟁점부화장을 신축·준공 후 현재까지 직접 부화업을 하지 않고 임대하고 있는 점 등을 볼 때 당초부터 부화업을 영위할 목적이 없었다는 청구법인의 주장이 일응 타당한 것으로 보인다. 따라서 청구법인이 당초부터 부화업을 직접 하지 않고 임대업을 할 목적으로 쟁점건물을 신축하고 쟁점시설 투자를 한 것인지와 임대차계약의 진정성립여부에 대하여 재조사하고 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.