대손거래처가 공제받은 대손세액 상당액을 청구법인의 매입세액에서 차감하여 한 과세는 정당함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 2008.10.2. 부도가 발생하여채무자 회생 및 파산에 관한 법률에 따라 2008.12.18. 회생절차 개시결정을 거쳐 2009.7.24. 회생계획인가 결정을 받았으나, 청구법인과 2008년 제1기 과세기간 중 거래한 주식회사 OOO 등 8개 업체(이하 “대손거래처”라 한다)는 각 관할세무서장에게 청구법인의 부도에 따라 지급받지 못한 채권 OOO만원(이하 “회생채권”이라 한다) 중 어음상 채권 등 OOO만원(이하 “쟁점대손금”이라 한다)에 대한 대손세액공제를 신청하였다.
• 나. 처분청은 대손거래처의 관할 세무서장으로부터 통보받은 대손세액공제 자료에 의하여 대손거래처가 공제받은 대손세액 상당액을 청구법인의 매입세액에서 차감하여, 2011.9.6. 청구법인에 부가가치세 2009년 제1기분 OOO원, 2009년 제2기분 OOO원 합계 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 한편, OOO지방법원은채무자 회생 및 파산에 관한 법률에 따라 청구법인의 55개 거래처에 대한 상거래 채무 OOO만원을 총 회생채권으로 하여 그 중 40%는 출자전환하고 나머지 60%는 2010년부터 2018년까지 분할 변제하도록 회생계획인가 결정함에 따라, 처분청은 2011.12.14. 쟁점대손금의 40%에 대한 매입세액은 가산하여 직권경정(2009년 제1기 OOO원은 경정감, 2009년 제2기 OOO원 결정취소)하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2011.11.30. 이의신청을 거쳐 2012.2.20. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 서울중앙지방법원은 2009.7.24.채무자 회생 및 파산에 관한 법률에 따라 청구법인의 55개 거래처에 대한 상거래 채무 OOO만원을 총 회생채권으로 하여 그 중 40%는 출자전환하고 나머지 60%는 2010년부터 2018년까지 분할 변제하도록 회생계획인가 결정을 하였는 바, 이에 따라 청구법인은 2009.7.25. 총 회생채권의 40%인 OOO만원에 대하여 1주당 가액을 OOO원으로 한 신주를 발행하여 변제하였고, 그 중 대손거래처의 회생채권에 대한 변제금액은 OOO만원이다. 청구법인은 상거래채무 전액을 회생채권으로 신고하면서 관련 거래처들에게 대손금으로 중복 신고하지 말 것을 미리 고지하였으나, 대손거래처는 쟁점대손금에 대한 대손세액 공제를 받았고, 다시 회생채권으로 변제받게 되어 이중으로 경제적 이익을 보게 된 결과가 되었다. 처분청은 쟁점대손금의 40%를 변제받은 것으로 판단하였으나, 대손거래처의 대손세액공제 신청금액에 관계없이 청구법인은 회생채권의 40%를 변제하였으므로 동 금액에 대한 세액 상당액을 매입세액에 가산하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 처분청은 당초 대손거래처가 대손세액 공제를 신청함에 따라 관련 대손세액에 해당하는 금액을 청구법인의 매입세액에서 차감하여 경정고지 하였다가 이 후 청구법인이 회생인가결정문 등을 첨부하여 채권의 일부를 변제하였다고 소명함에 따라부가가치세법제17조의2 제5항에 따라 변제한 대손금액에 관련된 대손세액을 변제한 날이 속하는 과세기간의 매입세액에 가산하는 것으로 재경정함에 있어, 청구법인이 출자전환한 채무변제액이 쟁점대손금과 관련한 것인지 아니면 대손세액 공제를 신청하지 아니한 잔여채권과 관련한 것인지 여부가 명확하게 구분되지 아니하므로 매입세액에 가산할 대손세액을 쟁점대손금의 40%에 대한 세액으로 보아 직권경정하였다. 이러함에도 불구하고, 거래처들이 대손세액공제를 신청하지 아니한 채권의 출자전환 변제 금액에 상당하는 세액에 대하여도 매입세액에 가산하여 달라는 청구법인의 주장은 당초 부과처분의 원인이 된 대손거래처들의 쟁점대손금과는 무관한 것이므로 이를 받아들일 수 없다.

• 가. 쟁 점 거래상대방의 대손세액 공제에 따라 매입세액을 차감하여 경정한 후, 채권의 일부를 변제한 경우에 있어 매입세액 가산액의 범위
• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제17조의2 【대손세액공제】① 사업자가 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하는 경우 공급을 받는 자의 파산ㆍ강제집행 기타 대통령령이 정하는 사유로 인하여 당해 재화 또는 용역의 공급에 대한 외상매출금 기타 매출채권(부가가치세를 포함한 것을 말한다)의 전부 또는 일부가 대손 되어 회수할 수 없는 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 금액(이하 “대손세액”이라 한다)을 그 대손의 확정이 된 날이 속하는 과세기간의 매출세액에서 차감할 수 있다. 다만, 당해 사업자가 대손금액의 전부 또는 일부를 회수한 경우에는 회수한 대손금액에 관련된 대손세액을 회수한 날이 속하는 과세기간의 매출세액에 가산한다. 대손세액 = 대손금액 × 110분의 10

③ 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 재화 또는 용역의 공급을 받은 사업자가 대손세액의 전부 또는 일부를 제17조의 규정에 의하여 매입세액으로 공제받은 경우로서 공급자의 대손이 당해 공급을 받은 사업자의 폐업 전에 확정되는 때에는 관련 대손세액상당액을 대손이 확정된 날이 속하는 과세기간의 매입세액에서 차감한다. 다만, 당해 사업자가 이를 차감하지 아니한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 공급을 받은 자의 관할세무서장이 경정하여야 한다.

⑤ 제3항의 규정에 의하여 매입세액을 차감(관할세무서장이 경정한 경우를 포함한다)한 당해 사업자가 대손금액의 전부 또는 일부를 변제한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 변제한 대손금액에 관련된 대손세액을 변제한 날이 속하는 과세기간의 매입세액에 가산한다.

⑥ 제1항부터 제3항까지 외에 대손세액공제의 범위 및 절차에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 부가가치세법 시행령 제63조의2 【대손세액공제의 범위】① 법 제17조의2 제1항에서 “파산ㆍ강제집행 기타 대통령령이 정하는 사유”라 함은 소득세법 시행령제55조 제2항 및 법인세법 시행령제62조 제1항의 규정에 따라 대손금으로 인정되는 사유를 말한다.

③ 법 제17조의 2 제1항 본문의 규정에 의하여 공급자가 대손세액을 매출세액에서 차감한 경우 공급자의 관할세무서장은 대손세액공제 사실을 공급받는 자의 관할세무서장에게 통지하여야 하며, 법 제17조의 2 제3항 본문의 규정에 의하여 공급받은 자가 관련 대손세액 상당액을 매입세액에서 차감하여 신고하지 아니한 경우 동항 단서의 규정에 의하여 경정하여야 한다.

④ 법 제17조의 2 제1항의 규정에 의하여 대손세액공제를 받고자 하거나 법 제17조의 2 제5항의 규정에 의하여 대손세액을 매입세액에 가산하고자 하는 사업자는 제65조 제1항 제1호의 규정에 의한 부가가치세 확정 신고서에 기획재정부령이 정하는 대손세액공제(변제)신고서와 대손사실 또는 변제사실을 증명하는 서류를 첨부하여 관할세무서장에게 제출(국세정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 대손거래처는 청구법인의 부도발생일(또는 부도확인일)로부터 6월이 경과하도록 채권을 지급받지 못하자 그 일부인 쟁점대손금에 대하여,부가가치세법제17조의2 제1항에 따라 관할 세무서장에 대손세액공제 신청을 한 사실, 처분청은 대손거래처들의 관할세무서장으로부터 통보받은 대손세액공제 자료에 근거하여 청구법인의 매입세액에서 차감하여 부가가치세를 경정고지한 사실, 법원의 회생인가 결정이 있자 처분청은 2011.12.14. 대손세액공제신청액(쟁점대손금 OOO만원) 중 출자전환된 40%에 대한 대손세액(OOO원) 상당액은 변제한 것으로 보아 청구법인의 해당 과세기간 매입세액에 가산하여 직권경정한 사실 등이 심리자료에 나타난다.

(2) 처분청의 청구법인 경정내역 및 직권시정 내역은 아래〈표〉와 같다. <표> 처분청의 청구법인 경정내역 및 직권시정 내역 (3) 부가가치세법 시행령제63조의2 제3항에 의하면, 공급자가 대손세액을 매출세액에서 차감한 경우 공급자의 관할세무서장은 대손세액공제 사실을 공급받는 자의 관할세무서장에게 통지하여야 하며, 법 제17조의2 제3항 본문의 규정에 의하여 공급받은 자가 관련 대손세액 상당액을 매입세액에서 차감하여 신고하지 아니한 경우 동항 단서의 규정에 의하여 경정하여야 한다고 규정되어 있다.

(4) 살피건대, 처분청은 부가가치세법 시행령제63조의2 제3항에 따라 대손거래처들이 공제받은 대손세액 상당액의 매입세액을 차감하였다가 같은 법 제17조의2 제5항의 규정에 의하여 출자전환한 쟁점대손금의 40%에 대한 매입세액은 가산한 사실이 나타나는 점, 당초 부과처분의 원인이 된 대손거래처들의 쟁점대손금과 대손세액공제를 신청하지 아니한 채권의 출자전환 변제 금액에 상당하는 세액은 관련이 없는 점 등을 종합하여 볼 때 처분청의 이 건 처분은 정당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.