연구개발전담부서를 보유한 곳에 전사적자원관리시스템 개발용역을 의뢰하고 지출한 용역비는 연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제가 가능함

OOO세무서장이 2012.2.1. 청구법인에게 한 2008.1.1.～2008.12.31.사업연도 법인세OOO,OOO,OOO원 및2009.1.1.～2009.12.31.사업연도 법인세O,OOO,OOO,OOO원 관련경정청구 거부처분은청구법인이 전사적자원관리시스템 개발과 관련된 연구개발용역비로 주식회사 OOO에 지출한 금액O,OOO,OOO,OOO원 중 주식회사 OOO가 직접 수행한 연구개발 용역비 및 주식회사 OOO로부터 동전사적자원관리시스템 개발용역을 재위탁 받은 기업 중 조세특례제한법 시행령(대통령령 제22037호, 2010.2.18. 개정되기 전의 것)【별표6】1.의 나목에서 규정하는 연구기관 또는 전담부서를 보유한 기업이 수행한 연구개발 용역비를 재조사하여 확인된 금액을조세특례제한법제10조 제1항의연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 적용대상으로 하여 해당 사업연도 법인세를 경정한다.

• 가. 청구법인은 전력기기 및 자동화기기의 시스템을 제조·공급하는법인으로서 2008.1.1.～2008.12.31.사업연도(이하 “2008사업연도”라 한다) 및 2009.1.1.～2009.12.31.사업연도(이하 “2009사업연도”라 한다)에전사적자원관리시스템(이하 “쟁점시스템”이라 한다) 개발을 목적으로 기업부설연구소를 보유한 주식회사 OOO(이하 “OOO”라 한다)에 개발용역을 위탁하고 개발비용으로 2008사업연도에 OOO 원, 2009사업연도에 OOO원 등 총 OOO원(이하 “쟁점용역비”라 한다)을 지출한 것에 대하여, 당초 위 각사업연도 법인세 신고·납부시에는조세특례제한법(2010.1.1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것으로,이하 “같은 법”이라 한다) 제24조(생산성향상시설투자 등에 대한 세액공제)를 적용하였다가2012.1.6. 처분청에 쟁점용역비가 같은 법제10조(연구·인력개발비에대한 세액공제)의연구·인력개발비에 해당한다고 보아 관련 법인세2008 사업연도분OOO,OOO,OOO원, 2009사업연도분 OOO원을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 하였다.
• 나. 처분청은 소비성서비스업을 제외한 사업을 영위하는 내국법인이 같은 법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22037호에 의하여 개정되기 전의 것) [별표6] 1.의 나목에 해당하는 위탁 및 공동기술개발에 대해서는 같은 법 제10조에서 규정하는 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용하는 것이나, 제조 및 도소매업을 영위하는 법인의 물류, 고객관리, 회계, 내부통제 등에 사용되는 전사적자원관리시스템에 대한 위탁개발비용은 연구 및 인력개발비 세액공제 대상에 해당하지 않는 것으로 해석한 국세청예규(법인-1007, 2009.9.14., 법인-675, 2010.7.14.) 및 위【별표6】이2010. 2.18., 대통령령 22037호로 개정되어 전사적기업자원관리설비 등 시스템개발을 위한 위탁개발비용은 같은 법 제10조에서 규정하는 연구 및 인력개발비 세액공제 대상비용에서 명시적으로 제외된 점을 들어2012.2.1. 청구법인에게 경정청구 거부처분을 하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.2.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 같은 법 제10조 제1항,같은 법 시행령 제9조(연구 및 인력개발비에 대한 세액공제)에서 규정하는 소비성서비스업이 아니라 전력기기 등 제조업을 영위하고 있는 법인으로서 위 법령에서 규정하는 연구 및 인력개발비 세액공제 대상업종을 영위하고 있으며,OOOOOO는 같은법 시행규칙 제7조(연구 및 인력개발비의 범위) 및 기술개발촉진법 시행령제15조에 따라 인가받은 연구전담부서인 기업부설연구소(정보기수연구소)를 보유하고 있고,전사적기업자원관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용을연구 및 인력개발비 세액공제 대상 비용에서 제외한 현행 같은 법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22037호에 의하여 개정된 이후의 것)【별표6】은2010.1.1. 이후 개시하는 과세연도분부터 적용하는 것으로 되어 있는 바, 2008·2009사업연도분 쟁점용역비는 개정전 같은 법 시행령의【별표6】에 따라 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상임이 명백하다.

(2) 조세심판원은관련 심판례(조심 2009서3678, 2010.9.1., 조심 2010서1645,2011.11.30.)에서 금융보험업 외 다른 업종(소비성서비스업은 제외)을 영위하는 법인이 지출한 전산프로그램 위탁개발비도 같은 법 제10조(2010.1.1. 법률 제9921호로 개정되기 전)에서 규정한 연구 및 인력개발비 세액공제 대상으로 봄이 타당하다고 결정한 바 있고, 관련 유권해석에서도 연구개발비세액공제 대상업종을 영위하는 법인이 전사적자원관리시스템 개발을 위하여 지출하는 비용은 위탁연구개발비용으로 해석하고 있다(재조세46070-310,1996.10.14., 국심 96서3856, 1997.2.28., 서면2팀-232, 2005.2.1., 서면2팀-1964, 2007.10.31., 법인-675, 2010.7.14. 외 다수).

• 나. 처분청 의견 (1)2010.2.18. 대통령령 22037호로 개정된 같은 법 시행령【별표6】에서 “전사적기업자원관리설비 등 시스템개발을 위한 위탁비용”은 연구 및 인력개발비 세액공제 대상비용에서 제외하는 것으로 명시하고 있는 바, 기업이 전사적자원관리시스템 등 시스템개발을 위해 지출한 위탁비용은 소프트웨어 구입비용의 일종으로서 단순한 자산의 취득행위에 해당하는 것임을 의미하므로, 쟁점용역비를 같은 법 제10조 등에서 규정하는 연구 및 인력개발비 세액공제대상에 해당되지 아니하는 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 타당하다.

(2) 국세청은 관련 예규(법인-1007, 2009.9.14., 법인-675, 2010.7.14.)에서소비성서비스업을 제외한 사업을 영위하는 내국법인이 같은 법 시행령【별표6】1.의 나목에 해당하는 기술개발용역 등을 위탁함에 따른 비용에 대해서는 같은 법 제10조에서 규정하는 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용받을 수 있는 것이나, 제조 및 도소매업을 영위하는 법인의 물류ㆍ고객관리ㆍ회계ㆍ내부통제 등에 사용되는 전사적자원관리시스템에 대한 위탁개발비용은 연구 및 인력개발비 세액공제대상에 해당하지 않는 것으로 해석하고 있다.

• 가. 쟁 점 전사적자원관리시스템 개발용역을 의뢰하고 지출한 위탁개발비용이조세특례제한법제10조(연구·인력개발비에 대한 세액공제)에서 규정하는 세액공제 대상인지 여부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 같은 법 제10조(연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제) 제1항, 같은 법 시행령【별표6】(2010.2.18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것) 및 같은 법 시행규칙(2010.4.20. 기획재정부령 제151호로 개정되기 전의 것) 제7조(연구 및 인력개발비의 범위) 제1항은 소비성서비스업을 제외한 사업을 영위하는 내국인이 기술개발촉진법 시행규칙제7조에 따라 인정받은 기업부설연구소와 같은 규칙 제8조에 따라 교육과학기술부장관에게 신고한 기업 내의 연구개발전담부서를 보유한 국내외 기업에 기술개발용역 등을 위탁하고 지출한 비용에 대하여는 이를 해당 과세연도의 법인세에서 일정금액을 해당 과세연도의 법인세에서 공제하도록 규정하고 있는 반면,2010.2.18. 대통령령 제22037호로 개정된 같은 법 시행령【별표6】에서는 전사적기업자원관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받는 비용에서 제외하고 있으나, 동 개정 시행령 부칙(제2조)은 동 개정 규정을 2010.1.1. 이후 개시하는 과세연도분부터 적용하는 것으로 규정하고 있다.

(2) 기업부설연구소인정서(OOO기술진흥협회장, 2009.11.17.)에 의하면, 청구법인이 쟁점시스템 개발용역을 위탁한 OOO는 1989. 10.27.자로 기술개발촉진법 시행령제15조에 따라 기업부설연구소로 인가받은 정보기술연구소를 보유하고 있는 것으로 나타난다.

(3) 청구법인과 OOO가 쟁점시스템 위탁개발과 관련하여 작성한 계약서 및 교부·수취한 세금계산서에 의하면, 청구법인과 OOO가 작성한e-HR(인적자원관리) 시스템구축계약서(2007.11.19.)의 용역대가는OOO원(2008사업연도)이며, 관련 세금계산서에는 ‘시스템구축개발 인건비’의 공급가액으로 OOO원이 기재되어 있고,ERP고도화 & 금속 Pipe PIS 구축 및 S/W(Package) 공급 계약서(수정계약,2009.2.5.)의 구축대가는 소프트웨어공급대가OO,OOO,OOO원을 제외한O,OOO,OOO,OOO 원(2009사업연도)이며, 관련 세금계산서에는 ‘ERP고도화 개발인건비’의 공급가액으로 OOO원이 기재되어 있는 바, 청구법인과 처분청은 위 계약서의 계약내용 및 세금계산서의 내역에 대하여는 다투지 아니하나, 청구법인은 위 계약서상의 용역(구축)대가 전액을 세액공제 대상으로 하여 경정청구하였다.

(4) 청구법인이 제출한 쟁점시스템 개발과 관련된 재위탁비용내역 및 연구전담부서 보유현황에 의하면, 2008사업연도에는 주식회사 디지털플러스시스템 등 3개 기업에 OOO원을 지급하였고, 2009사업연도에는 같은 디지털플러스시스템 등 10개 기업에 OOO원을 지급하였으며, 2008사업연도는 3개 기업 중 2개, 2009사업연도에는 10개 기업 중 6개 기업이 연구개발전담부서를 보유하고 있는 것으로 나타나나, 세금계산서 수수·신고내역 및 기업부설연구소인정서 등은 제시하지 아니하였다.

(5) 관련 법령 및 사실관계 등을 종합하여 살피건대, 청구법인이 소비성서비스업이 아닌 제조업을 영위하고 있는 점,OOOOOO가 같은 법 시행규칙 제7조(연구 및 인력개발비의 범위)에서 규정하는 연구개발전담부서인 정보기술연구소를 보유하고 있는 점, 전사적기업자원관리설비 등 시스템 개발에 관한 위탁비용을 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받는 비용에서 제외한 같은 법 시행령【별표6】은 2010.1.1. 이후 개시하는 과세연도분부터 적용되는 점 등에 비추어, 청구법인이 2008·2009사업연도에 지출한 쟁점용역비 중 OOO가 직접 수행한 용역의 대가는 연구·인력개발비 세액공제대상에 해당한다 할 것이고, 청구법인이 쟁점시스템 개발용역 중 일부를 재위탁한 것에 대하여는 같은 법 제10조 등 관련규정에서 연구개발용역의 수탁자가 그 용역의 일부를 제3자에게 다시 위탁할 경우 해당 비용을 세액공제대상에서 제외한다는 규정을 두고 있지 아니한 점,【별표6】에서 자체기술개발 뿐만 아니라 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용을 세액공제대상으로 하면서 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서로 위탁대상 기관을 한정한 것은 동 용역을 수행한 당해 기관의 기술력, 전문성 등을 담보하기 위한 데에 그 취지가 있는 것으로 보이는 바, 전담부서를 보유한 수탁자가 수탁용역 중 일부를 제3자에게 재위탁하였다 하더라도 재위탁받은 제3자가【별표6】의 규정에서 정한 전담부서에 해당하는 경우에는 세액공제대상으로 보는 것이 위 규정의 취지에 부합한다고 할 수 있는 점 등을 감안할 때, 재위탁분도 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제대상으로 보는 것이 타당하다고 할 것이며, 위【별표6】이 연구·인력개발비 세액공제대상으로 국내외 기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는 전담부서 에게 기술개발용역 등을 위탁함에 따른 비용을 규정하고 있으며,기초진흥연구및 기술개발지원에 관한 법률 시행령제17조 제1항에서 기업부설연구소 또는 전담부서의 직원들은 해당 기업의 연구업무 외에 다른 업무를 겸할 수 없으며, 해당 기업은 연구 전담요원 등이 연구에만 전념할 수 있도록 규정하고 있어 전담부서에서는 사실상 위탁업무를 수행하기 어려운 것으로 보이는 반면, 오늘날의 기술개발은 융합개발로 대규모 전산개발용역을 수행하기 위해서는 한 기업의 기술만으로 개발하기는 한계가 있어 결국 다른 기업의 기술을 구입(위탁)하여 수행할 수밖에 없다고 보이는 점 등에 비추어, 각 연구기관 또는 전담부서에서 직접 수행한 비용이 아닌 연구기관 또는 전담부서를 보유한 기업에게 재위탁한 비용을 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상으로 보는 것이 타당하다고 할 것이다(조심 2009서3678, 2010.9.1. 참조). 따라서, 이 건 처분청의 경정청구 거부처분은 쟁점용역비 중 연구개발전담부서인 정보기술연구소를 보유한 OOO가 직접 수행한 연구개발용역비 및 OOO로부터 쟁점시스템 개발용역을 재위탁 받은 기업 중 조세특례제한법 시행령(대통령령 제22037호, 2010.2. 18. 개정되기 전의 것)【별표6】1.의 나목 및 같은 법 시행규칙 제7조(연구 및 인력개발비의 범위) 제1항에서 규정하는 전담부서를 보유한 기업이 수행한 연구개발용역비를 재조사하여 확인된 금액을 같은 법 제10조 제1항의연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상으로 하여 해당 사업연도 법인세를 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다(조심 2011서1923, 2012.6.8. 합동회의 참조).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.