임차인이 건물신축 후 임대기간 만료시 무상양도하는 경우 임대 과세표준은 계약기간 종료시의 시가를 평가하여 안분계산함

OOO세무서장이 2011.7.26. 청구인에게 【붙임】과 같이 결정고지한 부가가치세 및 종합소득세의 과세처분은 OOO 148-3 토지에 대한 임대차계약 만료시의 건물구축물 및 골프장 운영권(영업권)을 시가로 평가한 후 각 과세기간별로 안분계산하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

• 가. 청구인은 2003.7.3. OOO 148-3 토지 111,081㎡ 중 101,157㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 주식회사 OOO스포츠(이하 “OOO스포츠”라 한다)가 쟁점토지의 지상에 건물 및 구축물을 신축하여 골프장으로 사용할 수 있도록 하는 임대차계약(이하 “쟁점계약”이라 한다)을 체결하면서, 임대차계약기간 15년이 종료하면 쟁점토지 지상의 건물, 구축물과 골프장 운영권(영업권)을 청구인에게 무상으로 양도하는 것으로 약정하였다.
• 나. 처분청은 2011.3.17.부터 2011.4.4.까지 청구인에 대한 개인통합조사를 실시하여, OOO스포츠가 투자한 골프장 건축비상당액 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 청구인의 선수임대료로 보아, 쟁점금액을 임대차계약기간 동안 균등액으로 안분하여, 2011.7.26. 청구인에게 부가가치세 및 종합소득세 합계 OOO원을 붙임의 명세와 같이 결정고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2011.9.26. 이의신청을 거쳐 2012.2.2. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점계약은 청구인 소유의 OOO 148-3 소재 토지위에 임차인 OOO스포츠가 골프연습장 건물 및 골프장코스를 신축하여, 임차인이 15년간 사용수익 후 청구인에게 무상으로 소유권을 이전하기로 약정한 것으로, 동 건물의 소유권이 청구인에게 이전되지 않았고, 과세처분일 이후에도 임차인이 동 건물 및 구축물을 사용수익하고 있으며, 토지임대료는 보증금 OOO원에 월 임대료 OOO원(현재 OOO원)을 수령하고 있는 바, 수령하지도 않았고 미래에 제대로 약정이 지켜질지 알 수 없는 미실현수익에 대한 건물과 구축물의 공사원가를 임대료 수입으로 계상한 것은 무효에 해당하고, 예비적으로 동 과세처분이 정당하다면 처분청이 15년 후의 시가를 합리적인 방법으로 산정하여 과세표준과 세액을 결정하는 것이 타당하다.
• 나. 처분청 의견 임차인이 타인 소유의 토지 위에 건물을 신축하여 일정기간 사용 한 후 토지소유자에게 건물의 소유권을 무상으로 이전하는 경우에는 그 건물의 취득가액은 선급임차료로 하여 사용수익기간 동안 금액을 균등하게 안분하여 임차료로 비용처리하고, 토지소유자는 동 금액을 임대료로 보아 수익으로 계상하는 것인 바, 이 경우 토지소유자는 건축물의 준공일이나 임차인이 건축물을 사용수익한 날 중 빠른 날을 공급시기로 보아 그 사업년도에 그 건축물의 취득가액을 자산으로 계상하여 감가상각하여 비용처리 해야 하는 것으로, 청구인과 임차인간의 임대차계약서의 내용을 보면 청구인 소유의 토지 위에 임차인이 골프연습장 및 골프코스 등을 건축하여 15년간 사용수익 후 무상으로 소유권을 이전하여 주기로 명시하였고, 청구인은 미래에 약정이 제대로 이행될지에 대하여도 불확실한 것으로 주장하나, 건물 소유권 보존등기시 매매예약을 원인으로 청구인이 가등기를 하였으며, 가등기의 경우 가등기에 따른 본등기를 할 경우 소유권의 이전일이 가등기한 날로 소급되어 이전되는 것으로 이 건의 경우 이미 소유권이 이전된 것과 다름없다고 할 것이므로 후불임대료라는 청구인의 주장은 이유 없으며, 임대차계약상 보증금 OOO원과 월세 OOO원을 이미 지급하고 있으므로 건물과 구축물의 공사원가를 선수임대료로 볼 수 없다고 주장하나, 2005년 당해토지의 공시지가 OOO원에 대한 간주임대료(이자율 3.6%)를 계산하면 OOO원으로 2005년 당시 실제로 수취한 임대료 OOO원은 간주임대료 평가금액과 비교하여 현저히 낮은 금액이고, 2006년 이후에는 공시지가가 급등(OOO원)하여 임대료로 지급받은 금액과는 더욱 현저한 차이를 보이므로 계약에 의해 수취한 임대료 OOO원은 적정한 임대료로 볼 수 없을 것이므로 임차인의 사용수익기간동안 건물과 구축물의 공사원가를 안분하여 임대료 수익으로 과세한 당초 과세처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구인 소유의 토지위에 임차인이 건축물을 준공하여 15년간 사용수익한 후, 임대기간이 종료하면 건축물 및 운영권(영업권)을 무상으로 토지소유자에게 양도하기로 한 경우, 건축비 상당액을 임대인의 선수임대료로 보아 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제13조 【과세표준】 (2) 부가가치세법 시행령 제49조의2 【부동산임대용역에 대한 과세표준계산의 특례】
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2002.9.25.(부동산 임대차계약서에 계약일자가 2003.7.3.로 정정된 것으로 나타난다) 청구인 소유의 OOO 산 29-1 임야 111,081㎡중 101,157㎡를 OOO스포츠와 임대차계약서를 작성하였는 바, 계약서의 주요 내용은 다음과 같다. (가) 보증금 OOO원, 차임 OOO원(부가가치세 별도)으로 임차인이 지상에 설치한 건축물과 부대시설 및 영업권을 계약 종료시 또는 계약이 중도해제 되는 경우 토지임차권과 함께 청구인에게 모두 무상으로 양도하는 조건으로 계약하였다. (나) 계약서 제9조(신규세금, 공과금 처리)에는, 임차인의 사업 시행으로 토지의 형질변경에 따라 증가되는 각종세금, 공과금은 2000년도를 기준으로 이 보다 상승된 차액분은 전부 임차인이 부담하고 납부한다.

1. 토지의 형질변경(지목변경등)으로 임야 상태보다 증가된 종합토지세 등 각종 세금공과금 전부

2. 사업 시행결과 신규로 발생되는 모든 각종세금, 공과금 전부 (다) 계약서 12조(소유권 보존등기)에는, 임차 지상의 모든 건축물은 준공 등기와 동시에 청구인에게 소유권이전을 위하여 가등기 하는데 임차인이 협조하고 동의한다고 명시하였고, 2005.5.4 소유권 보존등기시 가등기권리자를 청구인으로 하여 매매예약에 의한 소유권이전 청구권가등기를 하였다.

(2) 처분청은 청구인에 대한 개인통합조사시 임차인이 임차 지상에 신축한 건물 및 구축물(골프장 코스조성) 신축비용을 청구인의 선수임대료로 보아, 총 임대기간(2005.4.7.부터 2018.12.31.까지) 동안 안분한 금액에 대하여 부가가치세 및 종합소득세를 결정고지하였는 바, 주요 조사내용은 다음과 같다. (가) OOO스포츠와의 임대차계약서상에서 확인되는 임대보증금 OOO원과 월임대료 수입 OOO원(2007년 8월 이후 OOO원)에 대하여 2007년 제2기까지는 부가가치세를 신고, 납부하였으나, 2008년 이후부터는 신고하지 아니하였다. (나) 임대차 계약내용에 따라 종중이 부담할 토지 관련 재산세 등 제세공과금을 임차인이 대납한 OOO원을 청구인의 임대수입금액에 포함하였다. (다) 골프연습장 및 골프장은 2005년 4월에 완공되어 수익사업이 개시되었는 바, 수익사업 개시일부터 골프연습장 신축비용과 코스조성비용 OOO원을 선수임대료로 보아, 과세기간별로 안분하고, 선급임차료로 보아 청구인의 임대수입 금액으로 확정한 내역은 다음의 〈표〉와 같다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점토지 지상의 건물과 구축물의 건설비상당액 OOO원을 임대차계약 약정기간(15년) 동안의 각 과세기간에 안분하여 청구인의 선수임대료로 보아 과세하였으나, 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준을 산정함에 있어 금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가로 부가가치세법 제13조 제1항 제2호 에서 규정하고 있는 바, 사업자가 다른 사업자에게 일정 시설을 설치하게 한 후 동 시설에 대한 사용권한을 부여하고, 그 대가로 정기적으로 금전을 수취하면서 일정기간이 종료한 후 동 시설물에 대한 소유권을 무상으로 이전받기로 약정을 체결하는 것은 금전 이외의 대가를 받는 경우에 해당된다 할 것으로 부가가치세 과세표준은 동 시설물의 소유권이 이전되는 시점의 시가를 기준으로 각 과세기간별로 안분계산하는 것(대법원 2008두18939, 2011.6.30., 참조)으로, 청구인이 임차인인 OOO글로벌로부터 건물구축물의 소유권과 골프장 운영권을 이전받는 것은 임대차 계약기간이 종료될 때이고, 토지 임대용역의 대가로 수취하는 것은 그 시점에서의 건물구축물 및 운영권 시가이므로, 계약기간 종료시의 건물구축물 및 골프장 운영권의 시가를 평가하여 임대차 계약기간 동안 안분계산하여 부가가치세 과세표준을 산정하는 것이 합리적임에도 불구하고, 처분청이 쟁점토지 지상의 건물구축물 등의 건설비상당액(OOO원)을 청구인의 선수임대료로 보아 과세한 처분은 부당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 조세심판관합동회의 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.