[요지] 쟁점매입세액은 이 건 산업단지 조성과 관련된 업무 전반과 관련된 것으로 보이고, 이 건 산업단지 조성 계획에는 산업단지용 토지개발 및 아파트 건설 분양사업이 모두 포함되어 있는 바, 쟁점매입세액은 과.면세 공통매입세책으로 보는 것이 합리적임
[요지] 쟁점매입세액은 이 건 산업단지 조성과 관련된 업무 전반과 관련된 것으로 보이고, 이 건 산업단지 조성 계획에는 산업단지용 토지개발 및 아파트 건설 분양사업이 모두 포함되어 있는 바, 쟁점매입세액은 과.면세 공통매입세책으로 보는 것이 합리적임
[참조결정] 조심2011중2445 / 조심2011중0366
[주 문] OOO세무서장이2012.1.9.청구법인에게 한 부가가치세 2008년 제1기 OOO, 2008년 제2기 OOO, 2009년 제1기 OOO, 2009년 제2기 OOO, 2010년 제1기 OOO, 2010년 제2기 OOO, 2011년 제1기 OOO의 부과처분은 청구법인의 2008년 제1기부터 2011년 제1기까지의 총매입세액 OOO 중 토지관련 매입세액 OOO을 차감한 OOO을 공통매입액으로 보되, 과세 및 면세사업 관련 예정공급가액을 재조사하여 그 결과에 따라 환급할 세액을 경정한다.
[이 유]
1. 처분개요 가.청구법인은 경기도 OOO을 시행하는 법인으로 2007.8.10. 자산관리회사인 OOO와 자산관리업무 위탁계약을 체결한 후, 2008년 제1기부터 2011년 제1기 부가가치세 과세기간 중 OOO 등으로부터의 매입세액 중 순수 토지관련 매입세액을 차감한 매입세액을 산업단지용 토지개발과 아파트건설 분양에 대한 공통매입세액으로 보고, 이를 예정공급가액 비율로 안분하여 각 과세기간의 부가가치세 과세표준 신고를 하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
3. 심리 및 판단
(1) 부가가치세법 제17조 [납부세액] ② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액
⑥ 제2항 제4호의 규정에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 재화를 과세사업에 사용하거나 소비하는 때에는 그 사업자는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 그 과세사업에 사용하거나 소비하는 날이 속하는 과세기간의 매입세액으로 공제할 수 있다.
(2) 부가가치세법 시행령 제60조 [매입세액의 범위] ⑥법 제17조 제2항 제4호에서 “대통령령이 정하는 토지관련 매입세액”이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각호의 1에 해당하는 매입세액을 말한다.
1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액
2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액
3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액
(3) 부가가치세법 시행령 제61조 [매입세액의 안분계산] ① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. 면세공급가액 면세사업에 관련된 매입세액＝공통매입세액×────── 총공급가액
③ 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 당해 재화의 매입세액은 공제되는 매입세액으로 한다.
1. 당해 과세기간의 총공급가액중 면세공급가액이 100분의 5미만인 경우의 공통매입세액 2.당해 과세기간중의 공통매입세액이 2만원 미만인 경우의 매입세액
3. 제48조의2 제3항 제3호의 규정이 적용되는 재화에 대한 매입세액
④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.
1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율
2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율
3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율
(4) 부가가치세법 시행령 제61조의2 [공통매입세액의 정산] 사업자가 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 다음 각호의 산식에 의하여 정산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고하는 때에 정산한다.
1. 제61조 제4항 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우 가산 또는 공제되는 세액＝ {총공통매입 세액 ×(1- 과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간의 면세공급가액)－기공제세액} 과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간의 총공급가액
2. 제61조 제4항 제3호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우 가산 또는 공제되는 세액＝ {총공통매입세액 ×(1- 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간의 면세사용면적)－기공제세액} 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간의 총사용면적
(5) 산업입지 및 개발에 관한 법률 제18조 [일반산업단지개발실시계획의 승인] ① 일반산업단지의 사업시행자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 일반산업단지개발실시계획을 작성하여 제7조에 따른 일반산업단지 지정권자의 승인을 받아야 한다. 시ㆍ도지사(특별자치도지사는 제외한다)가 승인하는 경우에는 관할 시장ㆍ군수 또는 구청장의 의견을 들어야 한다. 제48조 [감독] ① 국토해양부장관, 시·도지사, 시장·군수 또는 구청장은 사업시행자가다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 이 법에 의한 인가·승인 또는 지정을 취소하거나 공사의 중지, 공작물의 개축·이전 기타 필요한 조치를 할 수 있다.
1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우
2. 사위 기타 부정한 방법으로 이 법에 의한 인가·승인 또는 지정을 받은 경우
3. 사정의 변경으로 인하여 산업단지개발사업의 계속 시행이 불가능하게 된 경우
(2) 처분청은 청구법인의 경정청구(2009.3.22.) 및 수정신고(2009.2.9.) 등과 관련하여OOOO주식회사에서 추산한 분양면적표 및 분양금액OOO 등에 근거하여 OOO의 총예정공급가액을 OOO으로 보아, 공동주택 예정공급가액 OOO과 상업용지 공급가액 OOO 합계 OOO이 차지하는 비율 70.37%는 과세공급가액 비율로, 나머지 29.63%는 면세공급가액 비율로 각각 안분계산하여 관련 매입세액의 환급 및 추가고지를 한 뒤, 2011년 8월 현지확인조사를 실시하고, 청구법인이 공통매입세액으로 신고한 매입세액을 전액 토지관련 매입세액으로 보아 아래<표2>와 같이 이 건 과세처분을 하였다. O OOOOOOOOOO: OOO OOOO (3)OOOOOOOOO의추진현황을 보면, 2007.11.20. 청구법인은 산업단지 지정신청서를 제출(경기도), 2008.7.18. 경기도 도시계획심의위원회 심의 완료, 2008.9.12. OOO 일반산업단지 지정·고시(경기도), 2008.10.2. OOO 일반산업단지 개발사업시행 승인고시OOO, 2009.4.7.OOOOO 일반산업단지 실시계획승인 신청(경기도), 2010.6.1. OOO 일반산업단지 개발계획변경 및 실시계획승인 고시(경기도)된 것으로 나타나며, 청구법인이 제시한 근거자료의 내용은 아래와 같다. (가) 자산관리업무 위탁계약서(2007.8.10.)를 보면,청구법인이 위탁자, OOO가 수탁자로 되어 있고, 업무의 위탁범위는 ‘사업수행에 필요한 자산의 매입·취득, 자산의 관리·운용 및 처분, 자산에 관한 권리의 행사에 관한 업무, 위탁자의 사업계획 및 자금차입계획의 수립과 작성에 필요한 제반업무, 위탁자가 시행하는 사업에 필요한 제반 인허가의 취득업무, 자산관련 서류의 보관 및 관리업무, 이 계약에 따라 업무수탁자에게 업무로 정한 업무, 기타 사업수행에 필요한 제반업무 등’으로 되어 있다. (나) 청구법인의 아파트 건축 관련 내부품의서(2007.11.1.)를 보면, 제목이 “OOO 사업약정서 체결의 건”으로 되어 있고, 공동주택 약 3,000세대(용적률 200%, 아파트 38평～43평형)에 대하여 청구법인이 시행사, OOO를 시공사로 하여 분양하는 것으로 되어 있으며, 부지조성 및 아파트 도급공사비는 아파트 사업비 인허가 확정시 결정하는 등의 내용이 기재되어 있다. (다) 청구법인이 OOO과 체결한 산업단지조성사업 사업약정서(2007.11.)를 보면,예상 사업규모는 산업시설용지(204,907평), 공동주택용지(99,889평), 기타용지(122,298평), 공동주택 약 3,000세대 및 부대복리시설, 판매시설, 업무시설 등이며, 현대건설은 아파트 분양 관련업무를 청구법인의 위임을 받아 처리하고, 아파트 분양가격은 분양시점의 시장상황을 검토하여 청구법인과 OOO이 협의하여 결정하는 내용 등으로 되어 있으며, OOO의 인감증명서(2007.10.15. 발행)가 첨부되어 있다. (라) OOO이 작성한 OOO 아파트 등 분양관련 사업개요인 OOO 조성사업-OOO마케팅기준2를 보면, 대지 467,336.18평, 공동주택 연면적은 198,671,69평, 사업방식은 일반산업단지 개발방식, 35.39평 이상 아파트 3,489세대를 공급하는 등의 내용으로 되어있고, 산업단지 전체의 총분양예정가액은 OOO, 아파트 분양예정가액은 OOO, 상업용지 분양예정가액은 OOO으로 되어 있다. (마)청구법인이 개발사업 내용을 종합하여 작성한 사업계획 설명자료인 OOO 일반산업단지 조성사업 사업계획서 중 개발계획의 토지이용계획표를 보면,전체면적 1,544,913m2중 주거시설(주거용지)은 240,568m2(15.6%), 인구 및 주택건설계획을 보면, 총 4,267세대 중 38, 43평형(분양)은 3,672세대, 24평형(임대)은 595세대, 사업성분석내용을 보면, 예상총매출 OOO 중 아파트 분양 예상매출은 OOO으로 나타난다. (바) 경기도 고시 OOO를 보면, 산업단지 조성을 통한 산업입지의 원활한 공급 및 지역경제 활성화, 첨단산업, 배후주거, 교육 등 복합단지 조성으로 균형발전 도모 등을 위해 산업단지를 지정한 것으로 나타나고, 토지이용계획을 보면 제2종일반주거지역(408,192㎡), 일반상업지역, 일반공업지역 등으로 구분하였으며, 초·중·고등학교 각1개소씩 확정되었으며, 사업시행자는 청구법인으로 지정되었다. (사) 경기도 고시 OOO를 보면,제목은 OOO로 되어 있고,사업시행자는 “청구법인”으로, 산업단지 지정목적은 “1. 산업단지의 조성을 통한 산업입지의 원활한 공급 및 지역경제 활성화 2. 첨단산업 배후 주거, 교육 등 복합단지 조성으로 균형발전 도모”로 되어 있으며, 면적은 당초 “1,380,377㎡”에서 “1,544,913㎡”로 164,536㎡ 증가하는 것으로, 개발기간은 당초 “2008년～2011년”에서 “2008년～2013년 6월 30일”로 연장하는 것으로 되어 있으며, 토지이용계획을 보면 총면적 1,544,913㎡를 산업시설공간 770.640㎡, 주거시설공간 240,568㎡, 지원시설공간 95,478㎡, 공공시설공간 438,227㎡로 구분하고 있고, 주거용지는 240,568㎡, 2종일반주거지역 353,434㎡, 유치원·초·중·고등학교 각 1개소씩 확정된 것으로 나타난다. (아)청구법인은 OOO 일반산업단지 개발사업과 관련하여 체결하였다는 각종 계약서로 OOO과 체결한 세무자문용역계약서(2007.10.12.), OOO주식회사와 체결한 사업타당성 평가용역계약서(2008년 4월), 주식회사 OOO과 체결한 컨설팅업무용역계약서(2008년 4월) 등과 청구법인이 OOO 경기지사와 체결한 토지보상 관련업무 위·수탁계약서(2008.5.15.), 주식회사 OOO와 체결한 조사설계용역계약서(2007.9.20.), 주식회사 OOO와 체결한 공원녹지계획 및 조경설계계약서(2010년 1월) 등각종 용역계약서 및 컨설팅업무 협약서(2007년 10월～2010년 1월) 등을 제시하였다. (자)이 밖에도 청구법인은 OOO 개발사업과 관련한 항공사진촬영 용역계약서와 지적측량계약서 등을 제출하였다. (4)청구법인은 총매입세액 OOO 중 감정비용, 측량비용 등 토지관련 매입세액 OOO을 제외한 OOO이 공통매입세액이며,OOOOOOOOO 조성사업-OOO마케팅기준2의 예정공급가액 중 상업용지 분양예정가액과 아파트 중 토지분 분양예정가액을 토지관련 매입세액으로 보고 과세 및 면세비율을 재계산할 경우, 아래<표3>과 같이 공통매입세액에 대한 면세비율은 35.07%, 과세비율은 64.93%로서, 동 과세 공급가액비율을 적용하여 공제대상 매입세액을 계산하면 아래<표4>와 같다는 주장이다. OOOOOOOOOO: OOOOOO O OOOOOO OO (OO: OOO) O OOOOOO OOO,OOOOOO O O,OOO,OOOOOO O OOO,OOOOOOO(OO,OOOOOOOOOO,OOOOOO)
• OOO OOOOO O,OOO,OOOOOO
• OO(OOOOOOOOOOO) OO,OOOOOO
• OO O OOO(OOOOOOOOOOOOOOOOOOO OOOOOOOOOOOO O) OOO,OOOOOO <표4>: 청구법인 주장 공제대상 매입세액
(5) 처분청 조사공무원이 작성한 현지확인 보충조서를 보면,OO OOOOOO 조성사업의 개발면적은1,544,913m2, 개발규모(대지)는 산업단지분양 770,640m2, 주거시설 공간 240,568m2, 지원시설 공간 등 533,705m2, 예상 분양수입금액은 OOO이며, 개발현황 및 현지확인내용에 다음과 같은 내용이 기재되어 있다. (가) 개발현황을 보면, 2007.8.14. 산업단지 개발을 목적으로 청구법인이 설립되었고, 경기도 OOO OOO OOOO OO OO O,OOO,OOOOO에 대해 산업단지개발을 위해 2011년 6월 현재까지 OOO의 개발비가 투입되었으며, 2010.6.1. OOO 개발계획이 변경되고 실시계획이 승인되었으며, 현재까지 토지 및 시설물 보상작업 중으로 나대지 상태인 것으로 되어있다. (나) 현지확인 사항을 보면, 현재 산업단지개발을 위한 사업계획 승인으로 보상작업이 진행되고 있으며, 산업시설공간, 지원시설공간, 공공시설공간 및 주거시설 공간 등 단지내 토지의 사용용도 및 면적을 구분하여 토지개발에 대하여만 승인되었고, 아파트 건축 및 분양관련 등에 대한 사업승인 업무는 진행되지 않고 있으며, 청구법인은 매입세액을 산업용 토지매각과 아파트 분양에 대한 예정 공급가액으로 안분하여 신고하였으나, 아파트예정공급가액에 대한 구체적인 산출내역과 아파트시행계획이 없고, 아파트 예정공급가액으로 OOO을 계상하여 매입세액을 안분계산하였으나 아파트 예정공급가액으로 계상한 OOO 중 건물(과세)과 토지(면세)에 대한 구분없이 총예정공급가액으로 안분계산하여 매입세액을 공제하여 신고하였으며, OOO는 아파트 설계, 분양, 시공 등 관련 매입처로부터 수취한 매입세금계산서가 없고,OOOOO와는 자산관리 용역제공 대가로 매월 일정액OOO을 주기로 계약 되었으며, 현재까지 제공받은 용역중 아파트의 설계, 분양, 시공, 사후관리 등에 대한 용역제공은 없는 등OOOOO 등으로부터 수취한 매입세금계산서는토지개발(면세) 매입세액에 해당(공통매입세액 없음)된다는 내용이 기재되어 있다.
(6) 이상의 내용을 종합하여 살피건대, (가) 이 건 산업단지 조성과 관련된경기도의 고시 OOO를 보면 주거용지 240,568㎡, 2종일반주거지역 353,434㎡, 유치원·초·중·고등학교 각 1개소씩 확정·고시되어 있고, 산업입지 및 개발에 관한 법률 제48조에 사업시행자가 지정 또는 승인시 부과된 조건을 지키지 아니하는 경우 등에 인가·승인을 취소할 수 있는 등 감독규정이 있으며, 청구법인이 현대건설 주식회사와공동주택(38, 43평형 약 3,000세대)을 시행사는 청구법인으로, 시공사는 OOO로 하여 분양하는 것으로 약정한 산업단지조성사업 약정서(2007.11.) 및 아파트 건축 관련 내부품의서(2007.11.1.) 등을 감안하면이 건의 경우 아파트의 건설이 필수적으로 보이고, 아파트에 대한 사업계획승인 전이라 해도 OOO주식회사에서 추산한 분양면적표 및 분양금액OOO,주거시설(주거용지) 240,568m2(15.6%)에 총 4,267세대 중 38, 43평형(분양)은 3,672세대를 건설하는 것으로 되어있는 사업계획서 등에 의해 안분계산이 가능한 것으로 보이는 점(OO OOOOOOOOO, OOOOOOOOOO OO),감정비용(OOOOOOOOO, OOOO OOOOOOOO O), 일반산업단지 지정 및 인허가, 공원녹지계획 및 조경설계 등(OOOO OOOOOOOO)에 대한 매입세액은토지 관련 매입세액으로 이미 불공제한 점, 청구법인은 부동산업을 영위하는 과세사업자에 해당하고, OOO와의자산관리업무 위탁계약서(2007.8.10.)를 보면, 용역의 범위가 사업수행에 필요한 자산의 매입·취득, 자산의 관리·운용 및 처분, 자산에 관한 권리의 행사에 관한 업무, 위탁자의 사업계획 및 자금차입계획의 수립과 작성에 필요한 제반업무, 위탁자가 시행하는 사업에 필요한 제반 인허가의 취득업무, 자산관련 서류의 보관 및 관리업무, 이 계약에 따라 업무수탁자에게 업무로 정한 업무, 기타 사업수행에 필요한 제반업무 등으로 되어있고, OOO 일반산업단지 조성사업 사업계획서에는 사업개요(위치도, 사업추진경위 등), 개발계획(토지이용계획, 유치업종계획, 주택건설계획 등), 사업환경분석(입지여건, 교통환경, 개발환경, 상권 및 주거권역 분석 등), 주택시장 현황(주변 아파트 또는 산업단지의 분양가격·공급예정 세대수·입주예정세대수·분양예정 세대수 등 분석, 적정분양가 산정 등), 사업성분석(사업비 추정, 예상분양가 산정, 용지 및 아파트 분양 등에 대한 사업성 분석 등) 등이 나타나는 점 등을 고려할 때, OOO가수행하고 있는 업무의 내용은 사업의 기획단계부터 부지의 조성, 건축물의 분양 등 사업전반에 관련된 것으로서 이와 관련된 매입세액을 전적으로 토지와 관련된 매입세액으로 보기는 어렵고, 쟁점매입세액은 과·면세 공통매입세액으로 보는 것이 합리적OOO이라고 판단된다. (나) 또한, 이 건 산업단지 조성과 관련된 총공급가액이 아직 확정되지 아니하여 현재로서는 정확한 과세 및 면세사업 관련 공급가액을 확인할 수 없는 상태이나, 이 건 산업단지 조성사업의 기본계획의 수립과 관련하여 현대건설에서 추산한 예정공급가액이 있고, 처분청 또한 동 예정공급가액에 의하여 청구법인의 경정청구 및 수정신고에 따른 부가가치세 환급 및 추징업무를 한 사실이 있는 점, 부가가치세법 시행령 제61조 제4항에서 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 중 하나의 공급가액이 없는 경우에는 예정공급가액이나 예정사용면적의 비율 등을 적용할 수 있다고 규정되어 있는 점 등을 종합해 보면, 이 건과 같이 확정된 공급가액이 없을 경우에는 청구법인이 주장하는 바와 같이 합리적으로 추산된 예정공급가액의 비율에 의하여 과세 및 면세사업을 안분할 수 있다고 판단된다. (다) 다만, 이 건의 경우 청구법인이 경정청구 및 수정신고시 제출한 총공급예정가액 약 OOO 중 과세사업에 안분될 예정공급가액의 비율과 심판청구시 제출한 그 비율이 각각 다르고, 각 사업의 구체적인 내용을 확인하기 어려운 점이 있어서 정확한 과세 및 면세사업별 예정공급가액의 비율을 확정하기 어려운 점이 있다. 따라서, 처분청은 청구법인이 제출한 자료를 토대로 과세 및 면세사업의 비율을 재조사하여 그 결과에 따라 이 건 환급할 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.
4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.