추계로 소득금액을 신고한 경우라도 수입금액과 필요경비 중 중요한 부분이 확인되는 경우 실지조사방법으로 경정이 가능함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 이OOO, 임OOO, 임OOO(이하 청구인을 포함하여 “청구인 등 4인”이라 한다)과 함께 2006.3.2. OOO시 OOO구 OOO동 OOO-8, OOO-9에서 공동으로 건물신축판매업을 영위하는 것으로 하여 사업자등록하고(각 공동사업자의 지분: 4분의 1), 국민주택규모 초과 다세대주택 6채를 신축․판매(이하 “쟁점사업”이라 한다)한 후, 청구인의 지분에 상당하는 수입금액 OOO원(쟁점사업의 총 수입금액 OOO원의 4분의 1)에 단순경비율(90.9%)을 적용하는 추계방법으로 소득금액 OOO원을 산정하여 2006년 귀속 종합소득세 OOO원을 2007.11.15. 기한후 신고하였다.
• 나. OOO지방국세청장은 쟁점사업의 공동사업자 중 대표자인 이OOO에 대한 세무조사를 실시하여 쟁점사업에 관한 청구인 등 4인의 수입금액 OOO원, 필요경비 OOO원(토지매입비 OOO원, 외주가공비 OOO원, 설계 및 기타공사비 OOO원, 제세공과금 OOO원, 지급이자 OOO원), 소득금액 OOO원을 실지조사방법으로 구한 후, 청구인의 지분에 상당하는 소득금액 OOO원을 처분청에 과세자료로 통보하였고, 이에 따라 처분청은 2011.9.19. 청구인에게 2006년 귀속 종합소득세 OOO원을 경정고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2011.12.19. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) OOO지방국세청장이 쟁점사업의 대표공동사업자인 이OOO에 관한 세무조사를 실시하면서 이OOO이 수감 중이어서 직접 조사가 불가능해짐에 따라 청구인에게 쟁점사업에 관한 추가 증빙자료의 제출을 요청하는 문서를 보낸 후 보관 중인 장부 및 증빙이 없어 제시하지 못하자 실지조사방법으로 확인된 자료만을 근거로 소득금액을 결정하여 공동사업자인 청구인에게 종합소득세를 경정고지한 처분은 부당하다.

(2) 설령, 실지조사방법에 의하여 소득금액을 계산한 이 건 과세처분이 위법한 결정은 아니라 할지라도, 당초 청구인이 부가가치세 신고시 외주공사비 OOO원에 대한 매입세액 OOO원 중 매입세액 불공제로 신고한 OOO원은 전액 필요경비 인정대상임에도 처분청은 그 중 OOO원만 필요경비에 산입하여 결과적으로 종합소득세 소득금액이 과다하게 계상된바, 나머지 매입세액 불공제액 OOO원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)도 필요경비로 추가 인정하여야 한다.

• 나. 처분청 의견

(1) 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비함을 이유로 단순경비율로 추계신고를 한 경우에도, 처분청은 거래상대방이나 장부 등을 조사하여 실지조사로 과세할 수 있는 경우 거주자의 추계신고를 부인하고 실지조사로 과세함은 정당하다.

(2) 청구인은 추계신고한 것을 인정하지 아니하고 실지조사방법으로 경정하여야 한다면 당초 불공제 매입세액으로 신고한 쟁점매입세액도 필요경비로 인정하여야 한다고 주장하나, 쟁점사업의 관할세무서장인 OOO세무서장이 청구인의 2006년 제2기 과세기간의 부가가치세를 경정하면서 당초 불공제 매입세액으로 신고된 쟁점매입세액을 건물신축 관련 매입세액으로 공제대상으로 인정한 이상, 쟁점매입세액을 필요경비 산입하여야 한다는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다.

• 가. 쟁 점

① 청구인이 단순경비율을 적용하여 추계로 소득금액 신고한 것을 부인하고 실지조사방법으로 소득금액을 경정한 처분의 당부

② 불공제대상으로 기 신고한 부가가치세 매입세액을 필요경비로 인정하여 달라는 청구주장의 당부

• 나. 관련법령 (1) 소득세법 제27조 【사업소득의 필요경비의 계산】

① 사업소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입할 금액은 해당 과세기간의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다.

② 해당 과세기간 전의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 그 과세기간에 확정된 것에 대해서는 그 과세기간 전에 필요경비로 계상하지 아니한 것만 그 과세기간의 필요경비로 본다.

③ 필요경비의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제33조【필요경비불산입】

① 거주자가 당해 연도에 지급하였거나 지급할 금액 중 다음 각 호에 규정하는 것은 부동산임대소득금액․사업소득금액 또는 기타소득금액의 계산에 있어서 이를 필요경비에 산입하지 아니한다.

9. 부가가치세의 매입세액. 다만 부가가치세가 면제되거나 기타 대통령령이 정하는 경우의 세액과 부가가치세 간이과세자가 납부한 부가가치세액은 그러하지 아니하다. 제80조【결정과 경정】

② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제70조ㆍ제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고를 한 자(제2호 및 제3호의 경우에는 제73조에 따라 과세표준확정신고를 하지 아니한 자를 포함한다)가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우

③ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 소득금액을 추계조사결정할 수 있다. 제160조【장부의 비치․기장】

① 사업자는 소득금액을 계산할 수 있도록 증명서류 등을 갖춰 놓고 그 사업에 관한 모든 거래 사실이 객관적으로 파악될 수 있도록 복식부기에 따라 장부에 기록ㆍ관리하여야 한다. (2) 소득세법 시행령 제143조【추계결정 및 경정】

① 법 제80조 제3항 단서에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 쟁점①에 관하여 살펴본다.
• 가) 청구인은 2006년 귀속 종합소득세 신고시 쟁점사업에 관한 청구인 등 4인의 수입금액은 부가가치세 신고서 및 매출처별계산서합계표상 기재된 매출금액 OOO원으로 보고, 동 수입금액에 단순경비율(90.9%)을 적용하여 추계방법으로 소득금액을 산출한 후, 청구인의 지분(4분의 1)에 상당하는 청구인의 소득금액을 구하여 종합소득세를 신고하였다. (나) 처분청의 경정결의서 및 과세근거 자료에 의하면, 처분청은 아래 <표1>과 같이 부가가치세 경정결의서, 부동산매매계약서, 공사계약서 등에 의하여 실지조사방법으로 쟁점사업에 관한 청구인 등 4인의 수입금액, 필요경비 및 소득금액을 구한 다음, 청구인의 지분(4분의 1)에 상당하는 소득금액에 관하여 청구인에게 이 건 과세처분을 한 것으로 나타난다. <표1> 쟁점사업에 관한 청구인 등 4인의 신고 및 처분청의 조사내용 (다) 살피건대, 청구인은 단순경비율을 적용하여 추계로 소득금액 신고한 것을 부인하고 실지조사방법으로 소득금액을 경정한 것은 부당하다고 주장하나, 청구인이 추계방법으로 신고하였다 하더라도 쟁점사업의 수입금액 뿐만 아니라 필요경비 중 중요한 부분인 토지가액과 공사비 등이 확인되므로 실지조사방법으로 소득금액을 계산할 수 있는 반면, 청구인은 처분청이 확인한 토지매입비, 외주가공비(건축비), 제세공과금 등 외에 쟁점사업과 관련하여 추가로 지출된 필요비용에 관하여 주장하지 아니하므로 처분청이 실지조사방법에 의하여 산출한 소득금액이 불합리하다고 보기 어려우므로 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다. (2) 쟁점②에 관하여 살펴본다. (가) 부가가치세 신고서 및 경정결의서에 의하면, 청구인 등 4인은 쟁점사업에 대하여 2006년 제2기～2007년 제2기 부가가치세 신고시 주식회사 OOO건설로부터 OOO원 상당의 외주가공용역을 제공받고 수취한 세금계산서의 매입세액 OOO원 가운데 OOO원은 매입세액으로 공제하고, 나머지 OOO원(쟁점매입세액 OOO원 포함)은 토지관련 매입세액 등으로 보아 매입세액 불공제하였으나, 그 후 OOO세무서장이 2010.2.5. 2006년 제2기 과세기간의 부가가치세를 경정고지하면서 쟁점매입세액OOO을 건물신축 관련 매입세액으로 보아 매출세액에서 추가로 공제한 것으로 나타난다. (나) 쟁점사업과 관련하여 청구인 등 4인이 주식회사 OOO건설로부터 제공받은 용역매입금액 OOO원(공급가액)과 관련한 매입세액OOO의 세무상 처리 내용은 아래 <표2>와 같다. <표2> 용역매입 관련 매입세액의 세무상 처리 (다) 살피건대, 청구인은 불공제대상으로 기 신고한 부가가치세 매입세액OOO을 필요경비로 인정하여 달라고 주장하나, 쟁점매입세액은 OO세무서장이 2006년 제2기 과세기간의 부가가치세 경정시 건물신축관련 매입세액으로 인정하여 매입세액공제한 사실이 확인되는 이상, 소득세법제33조 제1항 제9호 본문에 의거 필요경비불산입 대상이므로 청구인의 주장은 사실관계를 오인한 주장이라 할 것이어서 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법제81조, 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.