임의재건축의 경우 재건축공사기간을 제외하고 주택 보유기간을 통산한 기간을 1세대1주택 보유기간으로 보아 장기보유특별공제율 적용함이 타당함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2001.5.30. OOO 대지 343㎡ 및 643-1 3㎡ (이하 “쟁점토지”라 한다) 지상 주택(연면적 91.54㎡, 이하 “구주택”이라 한다)을 취득하여 그 곳에서 거주하다가 2002.6.11. 구주택을 철거하고 신축(착공일 2002.5.16., 완공일 2003.8.1., 사용승인일 2003.10.6.)한 단독주택(연면적 271.84㎡, 이하 “신축주택”이라 한다)에서 거주하다가 2010.7.15. 쟁점토지와 신축주택을 1,690백만원에 양도한 후, 1세대 1주택 비과세 및 장기보유특별공제(9년, 72%)를 적용하여 2010.9.30. 2010년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.
• 나. 처분청은 1세대1주택의 장기보유특별공제를 적용함에 있어 주택부수토지로서의 보유기간은 구주택 보유기간과 신축주택 보유기간을 합산한 기간(8년, 64%)으로 하여 2011.9.14. 청구인에게 2010년 귀속 양도소득세 O,OOO,OOO원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2011.12.5. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 구주택의 노후화가 심하여 불가피하게 재건축을 하였으므로 도시및주거환경정비법에 의하여 재건축한 주택을 양도한 경우와 같이 구주택보유기간, 공사기간, 신축주택보유기간을 합산하여 1세대 1주택 비과세 및 장기보유특별공제를 적용하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 1세대1주택에 대한 장기보유특별공제를 적용시 토지의 경우 지면에 주택이 존치한 기간만을 주택부수토지로 보는 것이며, 도시및주거환경정비법에 따른 재건축의 경우 공사기간을 재건축한 주택의 보유기간에 포함하나, 이 건과 같이 단순 노후·소실로 인한 임의 재건축의 경우는 공사기간을 주택의 보유기간에 포함하지 않는 것이므로 쟁점토지에 대하여 구주택과 신축주택의 보유기간을 합산하여 1세대1주택의 장기보유특별공제를 적용하여 과세한 처분은 타당하다.

• 가. 쟁 점 구주택을 멸실하고 그 토지에 주택을 신축(임의재건축)하여 1세대1주택으로 양도하는 경우, 주택부수토지에 대한 장기보유특별공제율을 적용함에 있어 그 보유기간은 주택 신축공사기간을 제외하고 구주택과 신주택의 보유기간을 통산한 기간으로 한 처분의 당부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 구주택을 멸실하고 주택을 신축하여 1세대 1주택으로 양도하는 경우 장기보유특별공제액 계산시 주택부속토지의 보유기간에 대하여 본다. (2) 소득세법 제95조 제2항, 제4항에서 ‘1세대1주택에 해당하는 자산의 경우 양도차익에서 공제되는 장기보유특별공제액 계산시 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다’고 정하면서 구주택을 멸실하고 신축한 주택을 양도하는 경우에 대하여 달리 정한 바가 없다.

(3) 그렇다면, 구주택을 멸실하고 주택을 신축하여 양도하는 경우 양도되는 자산은 신축주택이므로 양도자산의 취득시기와 보유기간의 기산점은 원칙적으로 신축주택의 완성시기가 된다고 할 수 있을 것이나, 그렇게 되면 구주택을 그대로 보유하다가 양도한 경우에 비해 구주택을 멸실하고 주택을 신축하여 양도한 경우가 지나치게 불리하게 되는 점을 고려하여 ‘거주하거나 보유하는 중에 노후 등으로 멸실되어 재건축한 주택의 경우에는 멸실된 주택과 재건축한 주택의 거주기간과 보유기간을 통산’하여 1세대1주택 해당여부를 판단하도록 정한 소득세법 제154조 제8항 제1호 를 장기보유특별공제액 계산시 자산의 보유기간에 대하여도 준용하여 구주택을 멸실하고 주택을 신축하여 1세대 1주택으로 양도하는 경우 주택부속토지의 보유기간은 멸실전 구주택 보유기간과 신축주택의 보유기간을 통산하는 것이 타당하고(조심 2010서1610, 2010.11.17. 같은 뜻임), 처분청이 이와 같은 방법으로 장기보유특별공제를 적용하여 청구인에게 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.