부동산 매매계약서에 구분기재된 양도가액을 부인하고 가액구분이 불분명한 것으로 보아 과세한 처분은 부당함

심판청구를 기각합니다.

OOO세무서장이 2010.11.15. 청구인에게 한 2009년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 2000.9.28. 재산분할을 원인으로 하여 OOO 소재 주택 81.8㎡(그 부수토지 대지 350㎡를 포함하여 이하 “쟁점1부동산”이라 한다)와 같은 리 180-4 소재 근린생활시설 309.61㎡(그 부수토지 대지 1,156㎡를 포함하여 이하 “쟁점2부동산”이라 하며, 쟁점1부동산과 쟁점2부동산을 “쟁점부동산”이라 통칭한다)를 2009.11.17. OOO원에 일괄양도하고, 2010.1.31. 양도소득세 신고시 쟁점1부동산에 대하여는 1세대 1주택 비과세로, 쟁점2부동산에 대하여는 실지거래가액에 의하여 양도소득을 계산하면서 매매계약서상 특약사항에 기재된 OOO원을 양도가액으로 하여 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 일괄양도하면서 가액을 합리적인 기준 없이 임의로 배분하여 쟁점2부동산의 양도소득세를 과소 신고한 것으로 보아, 전체양도가액을 기준시가 비율로 배분하여 계산한 OOO원을 쟁점2부동산 양도가액으로 하는 등 하여 2010.11.15. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2011.1.7. 이의신청을 거쳐 2011.11.25. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인과 양수인은 쟁점부동산의 위치, 면적, 사양, 활용도 등을 감안하여 그 가액을 산정하여 필지별로 구분계약을 체결하였던바, 쟁점부동산에 있던 건물은 노후하였고 매수인도 잔금 지급 후 주택 및 상가 일부를 멸실하여 공장을 증축한 사실에서 알 수 있듯이 가액이 형성될 수 없었으며, 쟁점1부동산과 쟁점2부동산은 바로 연접해서 하나의 부동산으로 볼 수 있어서 그 매매가액도 각 필지별로 구분된 단위면적당 가액이 아닌, 전체 토지를 대상으로 산정한 단위면적당 가액에 각 필지별 면적을 곱하여서 산정된 금액을 기준으로 계약이 체결되었는데, 단위면적당 가액이 약 318,725원/㎡이었고, 이에 따라 쟁점1부동산 양도가액은 동 가액에 면적(350㎡)을 곱한 가액보다 약 16% 높은 OOO원에, 쟁점2부동산은 단위면적당 가액에 면적(1,156㎡)을 곱한 가액보다 약 5% 낮은 OOO원에 결정되었으므로 동 가액을 경제적 합리성이 결여된 가액이라 할 수 없으며, 2007.6월 중앙감정평가법인에서 쟁점2부동산을 감정한 가액이 OOO원이었으며 2년 간 공시지가가 약 2%밖에 상승하지 아니한 사실에서도 청구인과 양수자가 쟁점2부동산을 OOO원으로 한 것이 타당한 것을 알 수 있으며, 아울러 통상 부동산거래시 관행적으로 양도자는 거래예정금액만을 제시하고 중개업자가 계약서를 작성하는 과정에서 각 부동산의 양도가액이 양도 당시의 시세를 반영한 정당한 가액임을 확인하기 위해 등기부등본, 토지대장, 공시지가 등을 살펴보는 등의 방법으로 검토하고, 청구인에게 위 내용을 구두로 보고하고 협의를 하게 되는 것으로 중개업자가 임의로 구분하여 작성한 것이 아니었으므로 매매계약서 상 가액을 임의로 구분된 것으로 보아 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도하여 그 가액의 구분이 불분명한 때에는 토지는 개별공시지가, 건물은 건물고시가격, 주택은 개별주택가격을 기준으로 안분하여 계산하도록 규정하고 있는 점, 청구인이 매매계약서상 구분 기재된 가액에 대하여 감정가액, 기준시가 등의 합리적인 기준없이 중개사사무실에서 작성하였다고 진술한 점, 청구인이 제출한 양도부동산 상가의 감정가액은 양도 당시의 감정가액이 아닌 점 등을 살펴볼 때 쟁점부동산의 양도가액을 기준시가 비율로 안분하여 양도소득세를 경정·고지한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 부동산 매매계약서에 부동산별로 구분기재된 양도가액을 부인하고 가액구분이 불분명한 것으로 보아 과세한 처분이 타당한지 여부
• 나. 관련법령 (1) 소득세법 제99조 【기준시가의 산정】

① 제96조 제2항, 제97조 제1항 제1호 가목 단서, 제100조 및 제114조 제7항의 규정에 따른 기준시가는 다음 각 호에서 정하는 바에 의한다.

1. 제94조 제1항 제1호의 규정에 의한 토지 또는 건물

• 가. 토 지 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 개별공시지가(이하 “개별공시지가”라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 참작하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역에 있어서는 배율방법에 의하여 평가한 가액으로 한다.
• 나. 건물 건물(다목 및 라목의 규정에 해당하는 건물을 제외한다)의 신축가격ㆍ구조ㆍ용도ㆍ위치ㆍ신축연도 등을 참작하여 매년 1회 이상 국세청장이 산정ㆍ고시하는 가액
• 다. 오피스텔 및 상업용 건물 건물에 부수되는 토지를 공유로 하고 건물을 구분소유하는 것으로서 건물의 용도ㆍ면적 및 구분소유하는 건물의 수(數) 등을 감안하여 대통령령이 정하는 오피스텔 및 상업용 건물(이들에 부수되는 토지를 포함한다)에 대하여는 건물의 종류ㆍ규모ㆍ거래상황ㆍ위치 등을 참작하여 매년 1회 이상 국세청장이 토지와 건물에 대하여 일괄하여 산정ㆍ고시하는 가액
• 라. 주택 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 개별주택가격 및 공동주택가격. 다만，공동주택가격의 경우에는 동법 제17조 제1항 단서의 규정에 의하여 국세청장이 결정ㆍ고시한 공동주택가격이 있는 때에는 그 가격에 의하고, 개별주택가격 및 공동주택가격이 없는 주택의 가격은 납세지 관할세무서장이 인근 유사주택의 개별주택가격 및 공동주택가격을 참작하여 대통령령이 정하는 방법에 따라 평가한 금액으로 한다. (2) 소득세법 제100조 【양도차익의 산정】

① 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항의 규정에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항의 규정에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액 등을 포함한다)에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다. (3) 소득세법 제114조 【양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지】

⑤ 제94조 제1항 제1호의 규정에 따른 자산의 양도로 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 의하여 양도소득과세표준 확정신고를 하여야 할 자(이하 이 항에서 “확정신고의무자”라 한다)가 그 신고를 하지 아니한 경우로서 양도소득과세표준과 세액 또는 확정신고의무자의 실지거래가액 소명 여부 등을 고려하여 대통령령이 정하는 경우에 해당하는 때에는 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제4항의 규정에 불구하고부동산등기법제57조 제4항의 규정에 따라 등기부에 기재된 거래가액(이하 이 조에서 “등기부기재가액”이라 한다)을 실지거래가액으로 추정하여 양도소득과세표준과 세액을 결정할 수 있다. 다만, 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장이 등기부기재가액이 실지거래가액과 차이가 있음을 확인한 경우에는 그러하지 아니하다. (4) 소득세법 시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】

⑥ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령제48조의2 제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산한다. (5) 부가가치세법 시행령 제48조의2 【과세표준의 안분계산】

④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그밖의 구축물 등(이하 이 조에서 "건물 등" 이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다.

1. 토지와 건물 등에 대한소득세법제99조의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액[제21조에 규정된 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 관련 토지대장, 건축물대장, 등기부등본, 매매계약서 및 사업자기본사항조회자료 등의 심리자료에 의하면 다음의 사실이 나타난다. (가) 청구인의 전 배우자 윤OOO은 1979.12.6. 쟁점부동산 중 토지를 취득하였고, 동 토지는 1989.12.4. 등의 분할을 거쳐 쟁점부동산1과 쟁점부동산2의 토지가 되었으며, 쟁점1부동산 지상에는 1979년 사용승인된 주택(1975년 윤OOO 소유자등록, 구조: 목조세기, 면적: 81.8㎡)이 있었고, 쟁점2부동산 지상에는 1997.7.8. 사용승인된 근린생활시설(음식점, 1997.7.14. 윤OOO 소유권보존, 면적: 309.61㎡)이 있었다. (나) 청구인은 재산분할을 원인으로 하여 2000.9.28. 쟁점부동산을 취득한 후 2009.11.17. 합계 OOO원에 일괄양도하였으며, (다) 양수자는 양수직후인 2009.12.3. 쟁점1부동산 중 건물(주택 81.8㎡)과 쟁점2부동산 건물 중 일부(121.4㎡)를 멸실한 후 2010.6.4. 공장 260.31㎡를 증축하여, 합계 448.51㎡를 공장으로 사용 중(토지의 지목 또한 2010.6.14. 대지에서 공장용지로 변경되었다)인바, 양수자는 2010.6.8. 기존 사업장에서 쟁점2부동산으로 사업장을 이전하여 OOO이라는 상호로 식품 제조․도소매업을 영위하고 있다. (라) 청구인과 양수자간에 2009.10.28. 체결된 쟁점부동산 매매계약서를 보면, 쟁점1, 쟁점2부동산을 OOO원에 일괄양도하면서 특약사항으로 쟁점1부동산 가액은 OOO원, 쟁점2부동산 가액은 OOO원으로 구분 기재하였고, 잔금지급 후에 쟁점1부동산 중 주택 81.8㎡와 쟁점2부동산 중 근린생활시설 건물 121.41㎡를 멸실하기로 하였다.

(2) 청구인의 양도소득세 신고서와 처분청의 청구인에 대한 조사복명서 및 양도소득세 경정결의서를 보면, 처분청과 청구인은 쟁점부동산 총 양도가액에 대해서는 다툼이 없으나, (가) 청구인은 위 (1)-(라)에서 적시한 바 있는 매매계약서 특약사항에 의하여 쟁점1부동산과 쟁점2부동산 양도가액을 각 OOO원과 OOO원으로 하여 양도소득세 신고를 하였고, (나) 처분청은 쟁점1부동산과 쟁점2부동산 양도가액을 안분한 기준에 대하여 청구인에게 문의한 바 감정평가 등의 합리적 기준없이 중개사 사무실에서 작성하여 준대로 계약하였다고 진술하고, 안분계산에 대한 근거를 제시하지 못하는 것을 이유로 양도가액의 구분이 불분명한 것으로 보아 총 양도가액을 기준시가 비율로 안분하여 쟁점1부동산 양도가액을 OOO원으로, 쟁점2부동산 양도가액을 OOO원으로 하여 이 건 과세처분을 하였는바, 그 세부내역은 <표1>과 같다.

(3) 이에 대하여 청구인이 주장하는 내용과 제시하는 증빙은 다음과 같다. (가) 아래 개산내역과 같이 쟁점1부동산과 쟁점2부동산을 1개의 부동산으로 보고, 노후화된 건물을 제외하여 단가를 산정한 후 면적을 곱하여 개략적인 가액을 산정하였음을 주장하며, 쟁점1부동산과 쟁점2부동산의 토지가 당초 같은 필지에서 분할되었고 현재에도 연접하고 있는 것으로 나타나는 토지대장 및 토지이용계획확인원과 지상에 주택 및 근린생활시설이 1979, 1997년 사용승인되었으며 후소유자가 양수한 직후에 주택과 근린생활시설 일부를 멸실한 것으로 나타나는 건축물대장을 제출하였다. (나) 2007.6.11. 쟁점2부동산에 대하여 감정평가한 가액이 OOO원으로 나타나고, 감정평가시점에서 양도시점까지 지가상승률이 2%에 그쳐서 OOO원이라는 쟁점2부동산 양도가액이 시가를 반영한 가액이라 주장하면서, OOO지점장이 담보 목적으로 쟁점2부동산에 대한 평가를 의뢰함에 따라 (주)OOO감정평가법인이 2007.6.11. 이를 OOO원으로 감정한 감정평가서, 위 감정시점과 양도시점 개별공시지가가 OOO원/㎡에서 OOO원/㎡로 1.99% 상승한 것으로 나타나는 아래 <표2>와 같은 포천시장의 개별공시지가 확인서(2011.1.4.)를 제출하였다. (다) 이외, 경기도 포천시장이 2009.12.4. 발급한 부동산거래계약신고필증(2매) 및 쟁점부동산 등기부등본에는 쟁점1부동산의 거래가액이 OOO원인 것으로, 쟁점2부동산 거래가액이 OOO원인 것으로 기재되어 있다.

(4) 살피건대, 처분청은 쟁점부동산을 일괄양도하면서 가액의 구분이 불분명한 것으로 보아 기준시가에 의하여 양도가액을 안분하여 이 건 과세처분을 하였으나, 청구인이 제시한 쟁점부동산 매매계약서, 부동산거래계약신고필증, 등기부등본 등에는 쟁점1부동산 양도가액과 쟁점2부동산 양도가액이 일관되게 구분 기재되어 있으며, 그 가액 또한 쟁점2부동산에 대하여 금융기관에서 담보목적으로 하였던 감정가액 등에 비추어 합리성이 없다고 보기는 어려우므로, 매매계약서상 쟁점1․2부동산 구분가액을 각각의 실지거래가액으로 인정함이 합리적인 것으로 보인다. 따라서, 이 건 과세처분은 이를 취소하는 것이 타당할 것이다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.