임차인이 지급한 공사비는 건물주의 자본적 지출액으로 볼 수 없음

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인들은 2005.7.15. OOO 145 소재 대 23,847㎡ 및 공장건물 2동 6,441.5㎡(이하 “쟁점건물”이라 하고, 대지를 포함하여 “쟁점부동산”이라 한다)를 각 3분의 1의 지분씩 경락을 원인으로 취득하여 2009.3.26. 양도하고 2009.3.31. 각각 양도가액 OOO원, 경락취득가액 OOO원 등 실지거래가액으로 양도소득과세표준 예정신고를 하면서, 대수선 관련 공사비 OOO원(청구인들 합계액 OOO원, 이하 “쟁점공사비”라 한다)을 자본적 지출액으로 하여 신고하고 관련 세액 OOO원씩을 자진납부하였다.
• 나. OOO세무서장은 청구인 김OOO에 대한 양도소득세 실지조사를 실시하여 쟁점건물의 임차인이면서 김OOO가 대표이사인 OOO통산주식회사(이하 “OOO통산”이라 한다)가 쟁점공사비를 지급하고 수취한 세금계산서의 부가가치세를 매입세액으로 공제받은 것을 확인하여 쟁점공사비를 필요경비로 인정하지 아니하고,2009 년 귀속 양도소득세를 청구인 이OOO에게 2011.11.4, OOO원, 청구인 김OOO에게 2011.11.17. OOO원 및 청구인 김OOO에게 2011. 12.7. OOO원을 각각 경정·고지하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인들은 나중에 상호간 정산을 원활하게 하기 위하여 청구인들 중 김OOO에게 자금조달을 위임하여 OOO통산에 대표자 가수금으로 입금하였고, 청구인들과 OOO통산간에 공장임대차계약시 쟁점건물에 대한 리모델링공사비를 임차인인 OOO통산이 선부담하기로 한 바, OOO통산이 지급한 공사비는 선급임차료에 해당한다고 할 것이나, 시공자가 발주자인 청구인들이 간이과세자라는 이유로 세금계산서를 임대인(청구인들) 명의가 아닌 임차인인 OOO통산 명의로 발행하고 OOO통산이 공사 이후에 시설장치 및 비품 등으로 자산처리한 것은 착오이지만, 월임대료 OOO원에 쟁점건물을 임차한 세입자가 대수선 관련 쟁점공사비OOO를 부담하고 입주한다는 것은 일반적인 상거래 관행에 부합하지 아니할 뿐만 아니라, 쟁점공사비는 쟁점건물의 가치를 증가시키기 위한 자본적 지출로서 임대인들이 부담하여야 함은 자명한 바, 지출방법과 회계처리에 있어서 다소 오류가 있었지만 쟁점건물에 대한 대수선 관련 쟁점공사비를 양도자인 청구인들이 실제로 부담하고 정산한 사실이 금융증빙 등에 의하여 확인되므로, 처분청이 세금계산서를 OOO통산 명의로 수취하였다는 사실만으로 쟁점공사비를 필요경비로 인정하지 아니하고 과세한 이 건 처분은국세기본법제14조의 실질과세의 원칙에 반하여 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인들이 양도소득세 필요경비로 공제하여 신고한 쟁점공사비가 자본적 지출에 해당되는지는 별론으로 하되, 쟁점공사비로 지급된 금액이 OOO통산의 선급임차료로서 청구인들의 양도소득에 대한 필요경비로 공제되어야 한다고 주장하면서 제시한 공장임대차계약서, OOO통산의 차입금 및 금융거래 내역 등에 의하면, OOO통산이 쟁점공사비를 지급하는 것으로 되어 있고, OOO통산 명의로 쟁점공사비에 대한 세금계산서를 수취하고 매입세액을 공제하여 부가가치세를 환급받았으며, OOO통산이 시설장치 등의 자산으로 계상한 사실이 확인되고, 청구인들이 임대료 수입으로 부가가치세를 신고한 내역과 OOO통산의 임차료로 계상한 내역이 일치하지 아니하며, 임차인인 OOO통산이 쟁점공사비를 선부담하고 임차료에서 공제한다면 약 6년이 소요되는 반면 임대차계약 기간은 2년에 불과하여 일반적인 경제적 관행과 차이가 있고, 청구인들이 쟁점공사비를 지출하였다는 주장에 대한 객관적인 입증자료가 없는 점 등에 비추어, 청구인들의 주장을 받아들이기 어렵다.

• 가. 쟁점 쟁점건물의 임차인이 지급하고 매입세액 공제를 받은 대수선 관련 공사비를 쟁점부동산의 양도가액에서 필요경비로 공제되는 자본적 지출액으로 볼 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령 (1) 소득세법 제95조【양도소득금액】① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다. 제97조【양도소득의 필요경비계산】①거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음각 호에 규정하는 것으로 한다. 2.자본적 지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것 (2) 소득세법 시행령 제163조【양도자산의 필요경비】③ 법 제97조 제1항 제2호에서“자본적 지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.

1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액

2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액

3. 양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용

4. 제1호 내지 제3호, 제3호의2 및 제3호의3에 준하는 비용으로서 기획재정부령이 정하는 것 (3) 국세기본법 제14조【실질과세】① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) OOO세무서장의 양도소득세 종결보고서의 내용은 다음과 같다. (가) 청구인들이 신고한 쟁점부동산의 양도가액 OOO원(청구인별 OOO원)은 실지거래가액으로 인정하고, 필요경비로 신고한 내역 중 쟁점공사비 외에 대출관련 비용 등 총 OOO원은 필요경비로 인정하지 아니한 바, 취득가액 및 필요경비 내역 등은 아래 <표1>과 같다. <표1> 취득가액 등 신고 및 경정 내역 (단위: 천원) 구분 신고 경정 증감 비고 취득가액 OOO OOO △ OOO 기계장치가액 차감 공장내부공사 OOO 0 △ OOO 쟁점공사비 사무동설비공사 OOO 0 △ OOO 〃 취․등록법무사비 OOO OOO

• 소유권이전관련비 OOO OOO

• 대출담보설정감정료 OOO 0 △ OOO 대출관련비용부인 대출담보설정등록세 OOO 0 △ OOO 〃 대출담보설정채권 OOO 0 △ OOO 〃 대출관련법무비 OOO 0 △ OOO 〃 대출수수료등 OOO 0 △ OOO 〃 입찰대리수수료 OOO OOO

• 계 OOO OOO △ OOO (나) OOO통산이 쟁점공사비를 실제 지출한 사실이 은행거래내역에 의해 확인되고, 관련 세금계산서를 OOO통산 명의로 수수하여 부가가치세 신고시 매입세액으로 공제한 사실이 국세통합전산망에 의하여 확인되며, OOO통산이 쟁점금액을 시설장치 및 비품 등의 유형자산으로 회계처리한 사실이 확인된다.

(2) 국세통합전산망 조회 결과에 의하면, 청구인들은 2005.7.20. 간이사업자로 사업자등록 후 2009.3.26. 폐업하였으며, 2005년 제2기부터2007년 제1기까지 월임대료 OOO원, 합계 OOO원에 대한 부가가치세를 신고·납부한 반면, OOO통산은 2005년과 2006년에 임차료로 OOO원을 계상한 것으로 나타난다.

(3) 청구인들은 쟁점부동산을 경락받은 것과는 별도로 기계장치 구입비용 등의 추가적인 부담으로 임차인인 OOO통산이 쟁점공사비를 선부담하도록 하였으며, OOO통산이 선지급한 쟁점공사비OOO 중 일부는 임차료로 정산하고, 나머지는 청구인들이 쟁점부동산을 담보로 금융기관에서 대출받은 OOO원 중에서 대표자 가수금으로 입금하여 변제한 사실이 등기부등본 및 금융자료 입출금내역 등에 의하여 확인되고, 쟁점부동산 양도대금 OOO원 중 차입금 OOO원을 차감하고 남은 OOO원을 청구인들이 각각 OOO원씩 나누어 정산하고 각자 양도소득세를 신고·납부한 사실 등에 비추어, 쟁점공사비를 청구인들이 부담한 사실을 확인할 수 있다고 주장하면서, 관련 자료를 증빙으로 제시한 바, 이에 대하여 본다. (가) 쟁점건물의 임대차계약서에 의하면, 청구인들이 OOO통산에 2005. 8.1.부터 2007.7.31.까지 24개월간 월 임대료 OOO원에 쟁점건물을 임대하되, 쟁점건물 리모델링 공사비는 임차인이 선부담하고, 차후 지급할 임대료에서 차감하는 것으로 되어 있다. (나) 쟁점건물의 공사계약서에 의하면, 공사금액은 쟁점공사비 중 일부인 OOO원, 발주자는 청구인들, 입회자는 OOO통산, 공사대금은 쟁점건물의 임차인인 OOO통산이 지급하는 것으로 되어 있으며, 이와 별도로 OOO원에 상당하는 사무동 설비보수공사(직영공사) 내역서를 증빙으로 제출하였다. (다) OOO통산의 차입금현황 자료에 의하면, 2005년과 2006년에 가수금 발생액이 OOO원이나, 2006년 가수금 잔액은 OOO원으로, 대표자에게 반제한 가수금은 OOO원인 것으로 나타난다. (라) 청구인 김OOO의 OOO은행계좌(063-＊＊＊＊＊＊-01-011)에 의하면, 2006.6.13. OOO은행으로부터 받은 대출금 OOO원 중 수수료를 제외한 OOO원이 입금되었고, 당초 쟁점부동산 취득시 받은 대출금 및 이자 상환 명목으로 OOO원이 출금되고, 그 외 OOO원이출금된 것으로 나타나는 바, 청구인들은 OOO원 중에서OOO,OOO,OOO원은 OOO통산의 대표자 김OOO가 개인적으로 조달한 금액의 상환에 사용되었고, 나머지 OOO원은 쟁점공사비OOO 중 임차료 OOO원을 제외한 금액OOO의 반제에 사용되었다고 주장하고 있다. (마) 쟁점부동산의 매매(양도)계약서에는 매매대금 OOO원 중 청구인들의 차입금 OOO원을 제외한 OOO원을 청구인들이 수령하는 것으로 되어 있다. (바) 김OOO의 OOO은행계좌(404-＊＊＊＊＊＊-00207)에는 7억원의 3분의 1의 금액인OOO,OOO,OOO원이 입금된 것으로 나타난다.

(3) 위의 사실관계 등을 종합하여 살피건대, 청구인들은 쟁점부동산의 임대차계약 당시 OOO통산이 부담할 임대료에서 쟁점공사비를 선지급하기로 약정하였고, 나중에 쟁점부동산의 담보대출금으로 쟁점공사비에서 임대료를 제외한 금액을 가수금을 입금하는 방식으로 정산하였다고 주장하나, 쟁점건물의 임차인인 OOO통산이 쟁점공사비 지급과 함께 수취한 세금계산서의 매입세액을 공제받았을 뿐만 아니라, 공사에 따른 시설장치를 유형자산으로 계상한 점, 청구인들의 임대료 신고금액과 OOO통산의 임차료 계상내역이 일치하지 아니한 점, OOO통산이 임대차계약 내용과는 달리 쟁점공사비를 선급임차료로 계상하지 아니한 점, 청구인 김OOO가 2005년과 2006년에 OOO통산에 가수금으로 입금한 금액이 총 OOO원인 점에 비추어 쟁점공사비의 일부OOO를 가수금으로 변제한 것인지 여부가 객관적으로 확인되지 아니하는 점 등을 감안하면, 임차인이 선지급한 공사비를 쟁점부동산의 양도가액에서 필요경비로 공제되는 자본적 지출액으로 인정하여 달라는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.