특별조치법에 따라 등기이전된 경우 잔금청산일이 불분명하면 등기이전일을 취득일로 보는 것임

OOO세무서장이 2012.8.31. 청구종중에게 한 2009년 귀속 양도소득세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구종중은 부동산소유권이전등기등에관한특별조치법(이하 “특별조치법”이라 한다)에 따라 1982.3.14.과 1984.8.20. 및 1985.2.10. 매매를 등기원인으로 하여 1995.3.13. 박OOO, 박OOO, 박OOO, 박OOO(이하 “박OOO 등”이라 한다)으로부터 OOO 임야 70㎡, 같은 리 산10-13 임야 247㎡, 같은 리 산10-14 임야2,847㎡, 같은 리 산10-15 임야 1,112㎡, 같은 리 86-1 전 1,035㎡, 합계 5,311㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)의 소유권이전등기를 접수하였다가 2009.12.21. OOO에 양도(협의취득)하고, 양도가액은 실지거래가액인 OOO원으로, 취득가액은 소유권이전등기접수일인 1995.3.13.을 취득시기로 보아 환산한 가액인 OOO원으로 하여 2010.3.2. 양도소득세 예정신고․납부를 하였다.
• 나. 처분청은 청구종중이 쟁점토지를 특별조치법에 따라 취득하였고, 등기원인이 ‘1982.3.14. 매매와 1984.8.20. 매매 및 1985.2.10. 매매’로 기재되어 있다 하여 소득세법 시행령 제162조 제7항 에 따라 의제취득일이 쟁점토지의 취득시기라고 보아 취득가액을 재계산하여 2012.8.31. 청구종중에게 2009년 귀속 양도소득세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구종중은 이에 불복하여 2012.11.26. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구종중은 1994.12.13. OOO군수에게 부동산등기용 등록번호부여를 신청하여 번호를 부여받았으므로 등기부상 등기원인일에는 청구종중이 설립되어 있지 않아 쟁점토지를 취득할 수 없었던 점, 특별조치법에 따라 소유권이전등기시 제출한 보증서에 서명한 보증인 3인 중 이OOO과 박OOO은 소유권 이전에 대한 사실관계를 모르는상황에서 청구종중의 대표 박OOO의 부탁을 받고 인감도장만 빌려주었다고 2012.10.15. 확인서를 작성한 점, 청구종중은 쟁점토지의 소유권을 이전받는 대가로 OOOO OOOOOO OOO OOO 토지 매매대금 OOO원을 지급하고(박OOO 지분), 같은 리 467 토지를 OOO 위토(답)로 소유권이전하며(박OOO, 박OOO 지분), 같은 리 291-4, 291-5 토지를 OOO 위토(답)로 소유권이전하고(박OOO, 박OOO 지분), OOO과 OOO에게 각 OOO원씩 추가 지급하는 등 최종 잔금청산일은 1998.7.11.(같은 리 467, 같은 리 291-4, 같은 리 291-5에 대한 소유권이전이 불가능하여현금 OOO원을 대신 지급)이고, 잔금청산 전인 1995.3.13. 소유권이전등기가 접수되어 동 일자가 취득시기가 되므로 이 건 양도소득세 부과처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구종중이 주장하는 종중설립 시점인 1994.12.13.은 부동산등기를 위한 등록번호를 부여받은 시점이지 실제 종중의 설립시점과는 무관하므로 종중이 취득하는 것이 불가능한 것은 아닌 점, 특별조치법에 따른 소유권이전등기신청시 제출된 보증서에 의하면, 이OOO 외 2명은 쟁점토지는 1982.3.14.과 1984.8.20. 및 1985.2.10.부터 (토지·임야)대장에 등록된 박OOO 외 3인으로부터 OOO이 매매하여 현재 사실상 소유하고 있음을 연대하여 보증하며, 위 보증한 사항에 대하여 민·형사상 책임을 질 것을 서약한 것으로 확인되는바, 현재 생존중인 이OOO과 박OOO은 당시 소유권 이전에 대한 사실관계를 전혀 모르는 상황에서 청구종중 대표인 박OO의 부탁으로 인감도장만 빌려주었다는 내용으로 2012.10.15. 확인서를 작성하기는 하였으나, 이들은 특별조치법에 의하여 위촉된 위원으로 쟁점토지 외에 여러 토지에 대하여 보증을 한 사실이 있고, 주민등록초본상 이OOO은 1979.12.29.부터, 박OOO은 1968.12.10.부터 쟁점토지 소재지인 OOO에서 거주해 오고 있으며, 청구종중의 대표 박OOO와 오랜 세월 알고 지냈고, 이OOO은 마을이장을 지낸 경험도 있으므로 위 확인서의 내용은 신빙성이 없는 것으로 판단되며, 시장·군수·구청장이 현장조사와 2개월 간의 공고과정을 거쳐 발급된 확인서를 첨부하여 등기하도록 규정한 점 등으로 볼 때, 청구종중이 사실과 다르게 보증서 등을 작성하였다고 보기 어려운 점, 청구종중은 특별조치법에 따른 등기접수일(1995.3.13.)을 전후하여 수차례 박OOO 등에게 쟁점토지의 매매대금을 지급하였고, 1998.7.11. 최종잔금청산이 이루어졌다고 주장하며OOOOO 1996년 기록, OOOOOO 1996년 기록, OOO 1998년 기록을 제출하였으나, 위 증빙들은 종중원에 의해 기록되어 내려온 장부에 근거한 것으로 쟁점토지의 취득과 관련한 매매계약서, 대금지급 관련 금융증빙에 대해서는 제시하지 못하고 있고, 제출한 증빙이 쟁점토지 취득대금의 지급과 관련된 것인지도 불분명하므로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 특별조치법에 따라 등기한 쟁점토지의 취득시기가 의제취득일(등기원인일: 1982.3.14. 등)인지, 소유권이전등기접수일(1995.3.13.)인지 여부
• 나. 관련법령 (1) 소득세법 제98조 [양도 또는 취득의 시기] 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다. (2) 소득세법 시행령 제162조 [양도 또는 취득의 시기] ① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의개서일 (3) 부동산소유권이전등기등에관한특별조치법 제1조 [목적] 이 법은 부동산등기법에 의하여 등기하여야 할 부동산으로서 이 법 시행당시 소유권보존등기가 되어 있지 아니하거나 등기부기재가 실제 권리관계와 일치하지 아니하는 부동산을 용이한 절차에 의하여 등기할 수 있게 함을 목적으로 한다. 제3조 [적용범위] 이 법은 제2조에 규정된 부동산으로서 1985년 12월 31일 이전에 매매·증여·교환 등 법률행위로 인하여 사실상 양도된 부동산, 상속받은 부동산과 소유권보존등기가 되어 있지 아니한 부동산에 대하여 이를 적용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점토지의 등기부등본에 의하면, 박OOO가 1927.8.15. 분할전 쟁점토지(OOO)의 소유권보존등기를 하였고, 박OOO, 박OOO, 박OOO, 박OOO, 박OOO, 박OOO, 박OOO, 박OOO, 박OOO가 1926.4.6. 매매를 원인으로 1927.8.19. 소유권이전등기를하였으며, 박OOO, 박OOO, 박OOO, 박OOO이 1970.3.3. 매매를 원인으로 1981.8.27. 소유권이전등기를 하였고, 청구종중이 1982.3.14. 매매(분할 후 같은 리 OOO 토지)와 1984.8.20. 매매(분할 후 같은 리 86, 86-1 토지) 및 1985.2.10. 매매(분할 후 같은 리 산10-8, 산10-15 토지)를 원인으로 하여 특별조치법에 따라 1995.3.13.소유권이전등기를 하였으며, OOO이 2009.12.21. 공공용지의 협의취득을 원인으로 소유권이전등기를 한 것으로 나타난다.

(2) 청구인이 제출한 OOO와 OOO 족보 사본 및 OOO 계보도에 의하면, 박OOO를 시조로 하여 8세손인 박OOO의 후손들이 OOO, 박OOO의 후손들이 OOO, 박OOO의 후손들이 OOO을 구성하고 있다가 1994년 각 문중이 통합하여 청구종중을 구성한 것으로 나타나며, 박OOO(11세손), 박OOO(11세손), 박OOO(11세손), 박OOO(11세손), 박OOO(12세손), 박OOO(12세손), 박OOO(12세손), 박OOO(12세손) 및 박OOO(12세손)은 OOO의 후손이고, 박OOO(11세손), 박OOO(11세손), 박OOO(12세손) 및 박OOO(12세손)은 OOO의 후손인 것으로 나타난다. (3)특별조치법에 따른 쟁점토지의 소유권이전등기와 관련하여 OOO군수가 회신한 확인서 발급신청서 및 보증서에 의하면, 청구종중이 박OOO 등으로부터 쟁점토지를 1982.3.14.과 1984.8.20. 및1985.2.10.부터 매매하여 현재 사실상 소유하고 있다는 내용이 기재되어 있고, 이OOO과 박OOO 및 박OOO이 보증인으로 기재되어 있으며, 청구인은 동 보증서를 근거로 OOO군수로부터 등기에 필요한 확인서를 발급받은 것으로 나타난다.

(4) 등록번호부여신청서에 의하면, 청구종중은 1994.12.13. OOO군수에게 부동산등기용 등록번호의 부여를 신청한 것으로 나타난다. (5)보증인 중 이OOO과 박OOO은 당시 소유권 이전에 대한 사실관계를 전혀 모르는 상황에서 청구종중의 대표인 박OOO의 부탁으로인감도장만 빌려주었다는 내용으로 2012.10.15. 사실확인서를 작성?제출하였는데 주민등록초본에 의하면, 이OOO은 1979.12.29.부터, 박OOO은1968.12.10.부터 쟁점토지가 소재한 OOOO OOO OOO OOO에서 거주해 오고 있는 것으로 나타난다. (6)청구종중은 박OOO 등 8명이 공동소유하고 있던 OOOO OOO OOO OOO OOO-O 토지와 같은 리 303-2 토지가 1985년 1월OOOOOO주식회사에 매각되고, 박OOO 개인명의로 소유하고 있던 같은 리 299-2 토지가 1985년 2월 OOO주식회사에 매각되었는데동 매매대금 OOO원 중 OOO원 상당의 사용처가 불분명한 사실이 후에(1994년 5월경) OOO(1985년 작성) 장부에 의해 확인되어 재산분쟁이 발생하였다고 주장하며 동 OOO을 제출하였는바,동 장부에 의하면 OOO 토지대금으로 OOO원을 받아 OOO답 토지대금으로 OOO원, 취득세?등기비용 등으로 OOO원을 지불하고 잔금 OOO원을 OOO에 정기예탁하였다고 기재되어 있어 매매대금에 약 OOO원의 차이가 있는 것으로 나타난다.

(7) 청구종중의 대표 박OOO는 위 토지매각대금과 관련한 분쟁을 끝내기 위해 청구종중을 설립하되, 박OOO, 박OOO, 박OOO이 사용한 용도 불분명액 OOO원은 청구종중으로 반환하지 않는 대신 박OOO, 박OOO, 박OOO, 박OOO이 쟁점토지를 포함한 분할전 OOOO OOOOOO OOO OOO-O 토지를 청구종중에게 소유권이전하고, 청구종중은 그 대가로 같은 리 240 토지 매매대금 OOO원을 지급하고(박OOO 지분), 같은 리 467 토지를 OOO 위토(답)로 소유권이전하며(박OOO, 박OOO 지분), 같은 리 291-4, 291-5 토지를 OOOOOOO(답)로 소유권이전하고(박OOO, 박OOO 지분), OOO과 OOOO에게 각 OOO원씩을 추가 지급하기로 1994.10.10. 의결하였다고주장하며 OOO(1996년 작성)과 OOO(1996년 작성)을제출하였는바, OOO(1996년 작성)에 의하면 OOO 종토 4필지를 OOO 고조부 2필지(같은 리 117, 116-5), OOO 고조부 2필지(같은 리291-4, 291-5)로 나누고, OOO과 OOO에 각 OOO원을 지원하기로 결의하였다고 기재되어 있고, OOO(1996년 작성)에의하면 OOO원을 1996.4.24. OOO에 정기예탁하였다는 내용이 기재되어 있는 것으로 나타난다.

(8) 청구종중은 OOO으로 이전하기로 한 같은 리 291-4, 291-5 토지는 농지로 문중으로의 소유권이전이 불가능하여 대신 1998.7.11.현금 OOO원을 지급하였다고 주장하며 OOO(1998년 작성)을제출하였는바, 동 장부에 의하면 “OOO 정기예금 OOO원, 위 금액은OOOO에서 OOO 답, 토지대금으로 영수한 금액임”이라고 기재되어 있는 것으로 나타난다.

(9) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 보면, 특별조치법은1995.6.30. 이전에 매매·증여·교환 등 법률행위로 인하여 사실상 양도된 부동산에 대한 등기부의 정리를 간편한 절차에 의하여 할 수 있도록 한 것에 불과하므로 특별조치법에 의한 소유권 이전등기가 있었다 하더라도 동법에 의하여 소유권 이전등기가 된 법률행위가 언제나 1995.6.30. 이전에 이루어진 것이라고 보아야 하는 것은 아니고(대법원 83누283, 1983.12.13. 참고), 특별조치법에 따른 소유권이전등기시 기재된 등기원인일은 확인서발급신청서 및 인근주민의 보증서에서 확인되는 매매일이기는 하나, 이 날 매매대금이 청산되었다고 보기는 어려우므로 소득세법제98조 및 같은 법 시행령 제162조 제1항의 규정에 따라 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기접수일을 취득시기로 봄이 타당한바(조심 2012광100, 2012.3.20., 국심 95구2814, 1996.8.8. 합동회의 등 다수 참고), 매매계약서 등 기타 증빙에 의하여 쟁점토지의 대금청산일이 확인되지 아니하므로 소득세법 제98조 및 같은 법 시행령 제162조 제1항 제1호의 규정에 따라 등기접수일을 취득시기로 보아야 하는 점, 또한, 청구종중은 OOO 토지와 같은 리 303-2 토지 매매대금 과소계상에 따른 분쟁의 해결을 위해 박OOO 등이 쟁점토지의 소유권을 청구종중에 이전하는 대신, 청구종중이 그 대가로 같은 리 240 토지 매매대금 OOO원을 지급하고(박OOO 지분), 같은 리 467 토지를 OOO로 소유권이전하며(박OOO,박OOO 지분), 같은 리 291-4, 291-5 토지를 OOO로 소유권이전하고(박OOO, 박OOO 지분), OOO과 OOO에게 각 OOO원씩을 지급하기로 의결하였으며, OOO으로 이전하기로 한 같은 리 291-4, 291-5 토지의 소유권이전이 불가능하여 대신 1998.7.11. 현금O,OOOO원을 지급하였으므로 쟁점토지의 잔금청산일은 1998.7.11.이라고 주장하고 있는바, 청구종중이 제출한 OOO 및 OOO의 기재내용에 의하면 위 주장에 신빙성이 있다고 보이는 점으로 볼 때,처분청에서 특별조치법에 따른 쟁점토지의 소유권이전등기시 등기원인이 ‘1982.3.14. 매매 등’으로 기재되어 있다 하여 의제취득일(1985.1.1.)을 취득시기로 보아 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이라고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.