일괄양도한 쟁점토지와 쟁점건물의 가액구분이 불분명한 것으로 보아 기준시가 비율로 안분계산하여 양도가액을 산정 할 수 없음

• 가. 청구인은 2006.3.13. OOO 주식회사(이하 “신탁회사”라 한다)에 신탁등기된 OOO 813, 814, 815, 816-1, 817-1 토지 2,883㎡(이하 “쟁점토지”라 한다) 및 같은 곳 816-1 및 817-1 지상 건물 259.3㎡(이하 “쟁점건물”이라 하고, 쟁점토지와 합하여 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 2006.6.28. OOO 주식회사(이하“OOO”이라 한다)에게 부동산처분신탁계약서(이하“쟁점계약서”라 한다) 특약사항 제2조에 기재된 거래가액(쟁점토지 OOO원, 쟁점건물 OOO원 합계 OOO원)으로 양도한 후, 처분청에 양도소득세를 신고하면서 양도가액은 쟁점계약서에 기재된 토지 및 건물의 구분가액으로 하고, 취득가액은 환산가액으로 산정(토지 OOO원)하여 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였다.
• 나. 처분청은 쟁점계약서의 특약사항 제2조에 기재된 구분 양도가액 중 건물가액이 시가보다 과다계상된 부적정한 가액이라고 보아소득세법제100조 및 같은 법 시행령 제166조 제6항의 규정에 따라 쟁점부동산의 전체 양도가액을 기준시가에 의해 토지 및 건물가액으로 안분계산하여 쟁점토지 양도가액은 OOO원, 쟁점건물 양도가액은 OOO원으로 산정하고, 취득가액은 환산가액(쟁점토지 OOO원)으로 산정하여 2012.5.29. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.5. 처분청에 이의신청을 제기하였는바, 국세심사위원회는 처분청이 이 건 양도소득세를 결정함에 있어 쟁점부동산의 전체 양도가액을소득세법제100조 제2항(기준시가 안분계산)의 규정에 따라 토지와 건물가액으로 안분계산하여 산정한 것은 타당하나, 양도소득세 계산에 있어 쟁점건물과는 별도로 공부상 확인되지 않았던 미등기건물에 대한 부분이 누락된 사실이 있어 재조사를 통해 사실관계를 확인하여 과세표준 및 세액을 결정하는 것이 타당하다는 이의재결을 하였고, 처분청은 이에 따라 미등기건물의 존재여부 확인을 위한 현장조사를 실시하여 쟁점건물 외 가건물 일부(33㎡)가 존재한 사실을 확인한 후, 동 미등기건물을 추가 반영하여 2012.8.24. 청구인의 2006년 귀속 양도소득세를 OOO원 감액경정․결정하였다(감액경정후 남아있는 부분은 OOO원임).
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2012.11.7. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점토지의 거래가액에 대해 분석한 결과 인근토지의 매매단가와 비교할 때 인근토지보다 쟁점토지의 매매단가가 더 높게 혹은 비슷한 가액에 거래되었음을 보여주고 있으며, 결과적으로 전체 양도가액에서 토지거래가액을 줄이고 건물거래가액을 높게 책정하였다는 처분청의 주장은 설득력이 없고, 쟁점부동산은 일반 개인의 부동산거래와 달리 종중단체의 종중회관이 소재한 특수한 사항이 존재하는 부동산 거래로서, 건물가액이 현 시세와 다소 차이가 난다 하나, 이는 종중회관을 이축하는데 따른 자금의 충당목적으로 매도자인 청구인이 건물가액으로 이축비용 상당액인 OOO 정도를 요구한데 대해 매수자인 OOO이 이를 수용하여 매매가 정상적으로 성사된 것이며, 쟁점건물은 1994년 신축건물(259.3㎡)로서 거래가액은 ㎡당 OOO원 정도이고, OOO에서 매수한 인근지역 OOO 811 소재 1982년 신축건물(67.7㎡)의 ㎡당 거래가액은 OOO원 정도로서 신축연도가 10년 이상 차이가 나는데도 비슷한 거래단가를 보여주고 있으므로 쟁점계약서상 구분 기재된 건물가액은 문제점이 없으며, 쟁점부동산의 실지거래내용은 한 사람만의 당사자가 아닌 종중원이 다 알고 있는 사항으로 매수자인 OOO도 인정하는 명백한 사실임에도 처분청이 이를 부인하고 기준시가로 안분계산하여 양도소득세를 부과한 처분은 타당하지 아니하다.
• 나. 처분청 의견 소득세법제100조 제2항 및 같은 법 시행령 제166조 규정에 의하면 자산의 양도가액은 실지거래가액에 의하며, 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가로 안분계산하도록 하고 있고, 쟁점건물의 양도당시 기준시가는 OOO원, 쟁점토지의 양도당시 기준시가는 OOO원으로 기준시가를 기준으로 쟁점토지와 쟁점건물의 양도가액을 안분계산하면 쟁점건물의 양도가액은 OOO원에 불과하여 청구인이 신고한 쟁점건물의 양도가액(OOO원)은 지나치게 높은 것으로 보여지며, 쟁점건물은 1984년도에 신축된 건물로 청구인은 쟁점계약서에 구분기재된 쟁점건물가액에 대한 감정평가액 등 합리적인 계산근거를 제시하지 못하고 있을 뿐만 아니라 쟁점건물의 거래가액은 유사건물 시가추정액의 9.3배, 건물시가표준액의 12.3배에 달하여 객관적 근거에 의해 합리적으로 책정된 금액으로 볼 수 없고, 종중건물 이축에 따른 신축비용은 종중자체의 문제이지 양도가액을 산정하는데 있어 합리적인 기준이 아니며, 사회통념상으로도 양도 이후 종중의 자산취득에 관한 내용이지 양도가액 결정과 적접 관련된 내용이라고 볼 수 없으므로 처분청이 쟁점토지와 쟁점건물가액의 구분이 불분명한 것으로 보아 쟁점부동산의 전체 양도가액을 기준시가로 안분 계산하여 양도소득세를 부과한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 토지 및 건물의 전체 양도가액을 기준시가로 안분계산하여 토지 및 건물의 양도가액을 산정한 것이 부당하다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령: <별지>에 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점부동산의 등기부 등본에 의하면 쟁점토지는 1994년 중 증여를 등기원인(1985.10.1.)으로 하여 청구인 명의로 소유권이전등기 경료되었고, 2006.3.13. 신탁을 등기원인(2006.2.22.)으로 하여 수탁자인 한국자산신탁 주식회사 명의로 소유권이전등기 경료되었으며, 2006.7.25. 매매를 등기원인(2006.6.28.)으로 한라건설 주식회사에게 소유권이 이전된 것으로 나타나고, 쟁점건물은 2005.3.21. 청구인 명의로 소유권보존 등기된 후, 2006.3.13. 신탁을 등기원인(2006.2.22.)으로 하여 수탁자인 OOO 주식회사 명의로 소유권이전등기 경료되었다가 2006.7.25. 매매를 등기원인(2006.6.28.)으로 한라건설 주식회사에게 소유권이 이전된 것으로 나타나고, 쟁점건물의 거래가액은 금 OOO원으로 기재된 것으로 확인된다.

(2) 청구인 대표자 박OOO과 쟁점부동산의 매수자인 OOO이 작성한 종중재산 매각경위서에 의하면 쟁점부동산 소재지는 청구인의 집성촌으로 1994년도 말경에 쟁점부동산 소재지에 종중회관을 신축하여 일부는 임대하고 일부는 종중회관으로 관리해 오던 중 OOO에서 아파트신축부지로 쟁점부동산이 포함된다고 하며 청구인에게 매각의사를 타진하였고, OOO의 끈질긴 회유로 종중회관이 위치한 토지를 제외한 나머지 토지는 매각하되 종중회관은 매각하지 않고 그대로 유지한다는 데에 종중원의 합의가 도출되어 한라건설과 협상을 시도하였으나 실패하였으며, OOO은 종중회관이 위치한 토지가 건설할 아파트의 전면부에 해당되어 건물에 포함된 대지와 종중토지 전체를 매입하지 않으면 아파트 건축사업이 면적미달로 무산될 처지라 종중대표자로 절충한바 토지가액은 평당 OOO원인 OOO원으로 평가하되, 건물가액은 위치 및 접근성의 우수성과 종중회관을 재신축 문제 등을 고려하여 신축자금 OOO원에 철조물 철거 및 기타 비용으로 OOO원을 추가하는 것으로 하여 산정한 후, 토지가액과 건물가액을 별도로 계약하는데 의견이 좁혀져 어렵게 합의를 도출하였다고 확인하고 있고, 첨부된 쟁점토지의 인근필지 매매사례가액과의 비교표에 의하면 쟁점토지의 ㎡당 신고양도가액은 OOO원, 쟁점토지 인근필지(OOO 754, 859, 806, 811, 959-2)의 ㎡당 매매사례가액은 OOO원부터 597,193원(등기부등본 기재가액과 동일)까지로 나타나며, 쟁점건물의 ㎡당 매매가액은 OOO원이고, 인근 필지인 OOO 811 지상 건물은 ㎡당 OOO원(등기부등본 기재가액과 동일)인 것으로 나타난다.

(3) 청구인의 주요 주장과 관련하여 제시된 증빙의 내용은 다음과 같다. (가) 청구인은 쟁점건물의 ㎡당 양도단가는 OOO원으로 한라건설에서 매수한 쟁점건물 인근(OOO 811) 건물의 ㎡당 양도단가 OOO원과 비슷하다고 주장하면서 동 인근건물의 등기부등본을 제시하고 있는바, 인근건물은 1982년에 신축된 것으로 쟁점건물의 신축연도와는 10년 이상 차이가 나고, 2006.7.25. OOO에 OOO원에 양도한 것으로 나타난다. (나) 청구인이 제출한 청구인 종중의 긴급회의록(2006.2.20. 작성)에 의하면 쟁점부동산의 매도건이 회의안건으로 되어 있고, 종중대표자 박OOO을 포함한 7인의 이사가 참석하여 전체토지는OOO원으로 하고 건물은 부속건물 및 콘테이너 등을 옮기는 비용을 합하여 OOO원에 합의하여 합계 OOO원에 OOO에서 매수하도록 합의를 보았다는 대표자의 경과보고에 대해 만장일치로 합의사항에 찬성하고 매도일체를 대표자에게 위임하기로 한다는 내용이 기재되어 있다. (다) 청구인 대표자 박OOO은 2012.4.24. 작성한 확인서에서 쟁점건물의 매각과 관련하여 별도로 가격협상을 통해 건물매매금액을 책정하였고, 양도소득세 신고시 임의로 건물부분과 토지부분을 안분하여 신고한 것이 아니고 실거래가액으로 신고한 것이라고 확인하고 있다. (라) 쟁점부동산의 거래신고를 대행한 법무사 사무실 직원인 이진기가 작성한 확인서에 의하면, 2006.6.30. 청구인과 한라건설간의 쟁점부동산 매매건에 대한 부동산거래신고 대행시 부동산처분신탁계약서 상에 토지와 건물가액을 구분하여 신청하였으나, OOO시청) 토지관리과 담당공무원이 토지와 건물을 합한 총매매금액을 토지면적으로 단순 안분기재하여 오류가 발생한 사실을 2006.8.23. 발견하고, 토지와 건물로 구분한 금액(토지 OOO원)으로 정정신고를 대행한 사실이 있다고 확인하면서 정정신고 거래금액이 기재된 부동산거래계약 신고내역표를 제출하고 있으며, 2006.8.23. OOO군수가 교부한 부동산거래계약신고필증에는 쟁점건물의 거래금액이 OOO원으로 기재되어 있고, 참고사항에 금액정정 재신고건과 관련한 것이라고 기재되어 있다. (마) 쟁점부동산의 부동산처분신탁계약서에 의하면 위탁자는 청구인, 수탁자는 OOO, 수익자는 OOO로 되어 있고, 특약사항 제2조에 총 매매대금은 OOO원으로 건물분 OOO원, 토지분 OOO원으로 구분 기재되어 있으며, 계약금 OOO원은 계약시에 중도금 OOO원은 2006.6.30.에 청구인 대표자 박OOO의 우체국 계좌(번호 OOO)로 지급하는 것으로 되어 있다.

(4) 청구인의 주요 주장에 대해 처분청에서 제시하는 주요 의견은 다음과 같다. (가) 쟁점건물은 1994년에 신축한 건물(259.3㎡)로서 거래가액은 ㎡당 OOO원 정도이고, OOO에서 매수한 인근지역인 OOO 811 소재 신축건물(67.7㎡, 1982년 신축)의 ㎡당 거래가액은 OOO원 정도로서 신축연도가 10년 이상 차이가 나는데도 비슷한 거래단가를 보여주고 있다는 청구인의 주장에 대해, OOO에는 공부상(67.7㎡)외 상당한 부외 건물이 있는 것으로 확인되고 있고, 등기부등본상 OOO 811의 토지 소유주는 1991년에 상속으로 취득한 박OOO으로, 건물 소유주는 1982년에 취득한 김OOO으로 되어 있는 등 토지와 건물의 소유주가 각각 다른 것으로 확인되는 바, 동 건물의 매매금액은 사실상 지상권가액과 이주비, 부외건물의 보상비가 포함된 것으로, 토지·건물의 소유자가 동일한 쟁점건물의 거래가액과 토지·건물의 소유자가 상이하고 공부상 면적 외 부외건물이 있는 건물의 거래가액을 비교하는 것은 적절하지 아니하다. (나) 쟁점건물의 양도당시 기준시가는 OOO원이며, 쟁점토지의 양도당시 기준시가는 OOO원으로 기준시가를 기준으로 쟁점토지와 쟁점건물의 양도가액을 안분계산하면 쟁점건물의 양도가액은 OOO원에 불과한바, 이에 비해 청구인이 신고한 쟁점건물의 양도가액(OOO원)은 무려 406%에 달하는 비정상적인 가액이다. (다) 쟁점건물은 1984년도에 신축된 건물로 청구인이 쟁점계약서에 구분기재한 쟁점건물가액에 대한 감정평가액 등 합리적인 계산근거를 제시하지 못하고 있고, 양도일 현재 쟁점건물의 시가를 추정해 보기 위해 건설업 종사자에게 탐문한 바에 의하면, 쟁점건물과 유사한 철근콘크리트조 스라브 건물의 2006년 현재 ㎡당 신축비는 약 OOO원(평당 약 OOO원)으로 확인하고 있음을 볼 때 쟁점건물의 시가는 약 OOO으로 추정되며, 쟁점건물의 기준시가는 OOO원으로 건물평가에 관하여 감정평가사에게 문의한 결과 건물기준시가는 건물평가에 있어 시가 유사가액으로 취급하고 있다고 확인한 사실이 있는바, 위와 같은 사실을 감안하여 쟁점건물의 거래가액 OOO원)이 합리적 기준에 의하여 책정된 가액인지에 대하여 살펴보면, 쟁점건물의 거래가액은 유사건물 시가추정액의 9.3배, 건물시가표준액의 12.3배에 달하는 등 쟁점건물의 거래가액은 객관적 근거에 의하여 합리적으로 책정된 금액으로 볼 수 없다. (라) 청구인은 쟁점토지의 토지가액은 인근토지의 매매사례가액과 비슷한 ㎡당 OOO원으로 평가하여 OOO원에 매도하였다고 주장하면서 전체양도가액 OOO원에서 토지가액을 제외한 OOO원은 순수건물가액이라고 주장하고 있으나 쟁점부동산이 인근 토지거래가액에 비하여 높게 거래된 것은 OOO이 쟁점부동산을 매수하면서 매수가 지연되자 쟁점부동산 전체가액을 상향조정하면서 발생한 것으로 판단되며 일괄양도에 있어 전체 거래가액을 특정한 이유로 토지가액와 건물가액으로 구분하려 할 경우, 부동산거래에 있어 토지가액은 매수자의 이용목적과 매도자의 매도에 대한 의지 등 극히 주관적요소가 작용이 되는 반면 건물가액의 경우는 재취득원가추정 등 비교적 객관적 요소로 거래가액을 측정할 수 있는 것이 일반적인 것임을 감안할 때 쟁점부동산 거래가액을 자산별로 책정함에 있어 토지가액은 인근토지의 거래단가를 기준으로 하여 책정하고 나머지는 모두 건물가액을 보아야 한다는 청구인의 주장은 타당하지 아니하다. (마) 쟁점부동산은 일반 개인의 부동산거래와 달리 종중단체의 종중회관이 소재한 특수한 사항이 존재하는 부동산 거래로 쟁점건물가액 OOO원은 종중건물 이축에 따른 금액으로 청구인과 OOO과의 쌍방 합의한 거래이므로 쟁점 건물가액을 구분 기재한 가액은 정당하다고 주장하나, 종중건물 이축에 따른 신축비용은 종중자체의 문제이지 양도가액을 산정하는데 있어 합리적인 기준이 아니며, 사회통념상으로도 양도 이후 종중의 자산취득에 관한 내용이지 양도가액 결정과 적접 관련된 내용이라고 볼 수 없다.

(5) 살피건대, 쟁점토지 가액이 비슷한 시기에 OOO에 매도된 인근 지번의 토지가액과 대동소이한 것으로 나타나는 점에서 쟁점토지 가액은 정상적인 가액으로 보여지고, 쟁점계약서의 특약사항에 건물분과 토지분 매매대금이 구분 기재되어 있으며, 쟁점건물의 부동산등기부등본에 쟁점계약서의 건물분 구분 기재가액이 거래가액으로 기재되어 있고, 청구인 및 한라건설이 작성한 종중재산 매각경위서나 청구인 종중의 긴급회의록 등에 쌍방간 합의를 거쳐 쟁점건물가액을 OOO원으로 산정한 사실이 나타나는 점 등을 고려하면, 청구인이 쟁점토지가액과 쟁점건물가액을 임의로 구분하여 산정하였다고 보기 어려우므로, 쟁점건물가액이 양도당시 기준시가에 비하여 높다는 이유로 쟁점부동산 전체 양도가액을 건물과 토지의 기준시가로 안분하여 각각의 양도가액을 산정한 것은 타당하지 아니하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로국세기 본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한