특별조치법에 따라 종중 명의로 소유권을 환원한 토지의 취득시기는 명의신탁자인 청구종중이 쟁점토지를 실제 취득한 시기임

심판청구를 기각한다.

가.OOOOOOOO(이하 “청구종중”이라 한다)은 1983년에 충청남도 OOO를 취득하여 종중원의 명의로 소유권 이전등기를 하였다가, 1992.11.30. 법률 제4502호로 제정된부동산소유권이전등기등에관한특별조치법(이하 “특조법”이라 한다)에 따라 소유권 환원등기를 하면서 그 등기원인일을 1983.12.10. 및 1983.2.25.로, 등기접수일을 1994.6.16. 및 1993.6.14.로 하여 청구종중 명의로 소유권 환원등기를 하였으며, 이후 2009.10.27. OOO에 양도하고, 위 소유권 환원등기의 등기접수일을 쟁점토지의 취득시기라고 보고 환산가액을 취득가액을 적용하여2009.12.17. 양도소득세 OOO을 신고·납부하였다가 2011.6.11.과세표준 및 세액의 경정청구서에 의해 취득가액을 재계산하여 2011.8.16.자로 기납부한 양도소득세 중 OOO을 환급받았다.

• 나. 이후 처분청은 2012년 4월경 감사원 지적사항에 따라 쟁점토지의 취득시기를 등기접수일이 아닌 등기원인일로 보고 의제취득일인 1985.1.1.을 취득시기로 보아 2012.7.12. 청구종중에게 2009년 귀속 양도소득세114,018,540원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구종중은 이에 불복하여 2012.9.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구종중 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구종중 주장 (1)청구종중은 쟁점토지의 취득일을소득세법제98조 및 같은 법 시행령 제162조의 규정에 따라 대금청산이 분명하지 아니한 경우로 보아 등기부에 기재된 등기접수일을 취득일로 하여 신고하였으며, 관련법령에특조법에 의하여 등기된 자산은 달리 특별한 규정을 두고 있지 아니하므로 당초 등기접수일을 취득일로 신고한 것은 적법하며, 소득세법에 특조법에 따라 취득한 자산에 대한 취득시기를 결정하는 데 있어 특별히 다른 규정을 두고 있지 않으므로 대금청산일이 불분명한 경우 그 소유권이전등기 접수일을 취득시기로 보는 것이 조세법률주의에 합당함에도 처분청은 자의적인 해석에 따라 등기원인일로 보아 과세한 것은 조세법률주의에 위배된다. (2)일반적으로특조법에 따라 취득한 부동산의 취득시기는 공식적, 객관적으로 확인 가능한 등기접수일로 모든 납세자에게 받아들여졌으나등기원인일로 하여 추가 과세한 것은 과세관청의 공적인 의사표시를 신뢰하고 납세의무를 성실히 이행한 납세의무자에게 경제적 불이익을 주는 것이므로 이는 신의성실원칙에 위배된다. (3)처분청은 공적인 서류인 등기부등본이 실질적으로 잘못 기재되었다는 명백한 입증을 하여야 함에도 청구종중에게 매매거래가 맞는지 여부와 대금청산일이 1994년(1993년)임을 입증하라고 요구하여 추가로 과세한 것은 부당하다. (4)특조법에 따라 취득한 부동산의 취득시기에 대하여 새로운 세법해석이 발생하여 정당하게 과세가 되는 경우라 할지라도 종전의 해석과 상이한 경우에는 새로운 해석이 있는 날 이후에 납세의무가 성립하는 분(양도일)부터 새로운 해석을 적용하여야 함에도 세법의 해석이 변경되었음을 이유로 과세하는 것은 소급과금지의 원칙에 위배된다. (5)처분청이 추가 과세하더라도 청구종중의 의무불이행에 대한 세법해석 등 귀책사유가 정당한 경우에 해당하므로 신고·납부불성실 가산세는 감면되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 (1)국세기본법제14조 제2항에 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위, 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용하도록 규정하고 있고, 특조법은 매매나 상속·증여 등으로 부동산을 취득하였으나 등기부기재가 실제 권리관계가 일치하지 아니하거나 소유권보존등기가 되어 있지 않은 부동산을 용이한 절차에 의하여 등기할 수 있게 하기 위하여 제정된 한시법으로서 해당 부동산 소재지에 위촉된 보증인 3인의 보증을 받아 시·군·구청에 확인서 발급을 신청하고, 시장·군수·구청장이 현장조사와 2개월간의 공고과정을 거쳐 발급한 확인서를 첨부하여 등기를 신청할 수 있도록 동법 제8조에 규정하고 있는 점, 청구 종중이 1983.2.25. 종중원 안OOO 외 3인으로부터 위토로 매수하여 사실상 소유하여 오다가 특별조치법에 의하여 취득하였다는 보증인 3인의 보증서가 접수된 점과 청구종중 조상이 쟁점토지 외 수 만평의 토지를 취득하였으나, 당시 문중 내 신망있는 종중원 앞으로 등기하였다는 내용의 종중결의서가 작성된 것으로 볼 때, 쟁점토지의 실제 취득시기는 청구종중이 최초 소유권을 취득했던 시기인 등기원인일로 보는 것이 타당하다. (2)국세기본법제15조(신의성실의 원칙)에 위배된다는 청구주장은 같은 법 제14(실질과세의 원칙)에 따라 세법을 적용한 처분청의 판단이 동 원칙에 위배된다는 근거를 제시하여야 하나, 이는 객관적인 근거제시가 없으므로 이유없다.

(3) 청구종중은 쟁점토지의 취득시기에 대한 입증책임을 청구종중에게 부당하게 전가하였다고 주장하나, 처분청이 해당 시·군에 출장하여 보증인의 보증서와 종중결의서 등을 확인한 것으로 청구종중에게 입증책임을 요구한 사실이 없다.

(4) 처분청은국세기본법제14(실질과세의 원칙)에 따라특조법에 의해 부동산이전등기를 하는 경우에도 사실상 취득원인에 따라 취득시기를 정하였으며, 그에 반하는 새로운 세법해석을 한 사실이 없으므로 소급과세금지의 규정에 위배되지 아니한다.

(5) 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 사유없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 것으로 청구종중의 경우 세법해석상의 문제가 아닌 취득 일자를 잘못 적용한 것으로 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다.

• 가. 쟁점 ⓛ 쟁점토지의취득시기를 등기접수일(1994.6.16., 1993.6.14.)이 아닌 등기원인일로 보아 의제취득일(1985.1.1.)로 과세한 처분의 당부

② 특별조치법에 의한 부동산의 취득시기는 일반적으로 등기접수일이므로 이 건 과세가 신의성실원칙에 위배된다는 청구주장의 당부

③ 취득시기의 입증책임을 청구종중에게 전가하였다는 청구주장의 당부

④ 취득시기를 등기원인일로 보아 과세한 처분이 소급과세금지원칙에 위배된다는 청구주장의 당부

⑤ 세법해석 등 의의가 있는 등 가산세 부과세가 부당하다는 청구주장의 당부

• 나. 사실관계 및 판단 (1)국세기본법제14조(실질과세) 제2항은 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다고 규정하고 있고, 같은 법 제15조(신의·성실)는 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 하고, 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다고 규정하고 있으며, 소득세법제98조(양도 또는 취득의 시기)에서 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다고 규정하고 있고, 그 부칙<제4803호, 1994.12.22> 제8조(양도자산의 취득시기에 관한 의제)는 제94조 제1호에 규정하는 자산으로서 1984년 12월 31일 이전에 취득한 것은 1985년 1월 1일에 취득한 것으로 보며, 동조 제2호 내지 제5호에 규정하는 자산의 경우로서 대통령령이 정하는 자산에 대하여는 대통령령이 정하는 날에 취득한 것으로 본다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제162조(양도 또는 취득의 시기) 제1항 제1호에서는 법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우로 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의개서일로 한다고 규정하고 있다.

(2) 또한, 특조법제1조(목적)에서 이 법은 부동산등기법에 의하여 등기하여야할 부동산으로서 이 법 시행당시 소유권보존등기가 되어 있지 아니하거나 등기부기재가 실제 권리관계와 일치하지 아니하는 부동산을 용이한 절차에 의하여 등기할 수 있게 함을 목적으로 한다고 규정하고 있고, 같은 법 제3조(적용범위)는 이 법은 제2조에 규정된 부동산으로서 1985년 12월 31일 이전에 매매·증여·교환 등 법률행위로 인하여 사실상 양도된 부동산, 상속받은 부동산과 소유권보존등기가 되어 있지 아니한 부동산에 대하여 이를 적용한다고 규정하고 있다.

(3) 심리자료를 보면, 이 건 과세는 감사원 지적에 따른 국세청(감사담당관실)의 특정감사계획(2012.4.4.～4.20.)에 따른 현지시정사항으로 청구종중 등 17개 종중에 대하여특조법에 의해 등기한 부동산양도 시 실제 취득시기는 등기원인일(명의신탁환원이므로 당초 명의수탁자 등의 취득일이 종중의 취득시기임)임에도 등기접수일을 취득시기로 취득가액을 계산하여 청구종중의 경우 OOO을 부족징수한 사실에 대하여 과세한 것으로 나타난다.

(4) 처분청이 제시한 확인서 발급신청서(1993.3.26.)를 보면, 청구종중OOO은 쟁점토지의 대장상 소유자가 안OOO 외 3인OOO이나 청구종중이 1983.2.25. 사실상 소유하고 있음을 OOO에게 확인·신청한 것으로, 보증서OOO를 보면, 안OOO은 청구종중이 1983.2.25.부터 쟁점토지를 매수하여 사실상 소유하고 있음을 연대하여 보증한다고 기재되어 있고, 청구종중규약에는 쟁점토지의 등기가 개인 외 수인으로 명의되었으나, 이는 문중의 명의신탁에 의한 것이고 사실상 토지와 임야전부의 소유권자는 대소파문중임을 종인일동은 확인하고, 쟁점토지 일부를 임야에 보안된 선조제향의 경비로 충당하며, 그 외의 토지는 임대키로 한다고 기재되어 있다.

(5) 쟁점토지의 등기부등본 기재내용을 보면, 쟁점토지 중 OOO는 각각 등기원인일이 1983.12.10. 등기접수일이 1994.6.16.로, OOO는 등기원인일이 1983.2.25. 등기접수일이 1993.6.14. 매매로 소유권이전된 것으로 기재되어 있고, 모두 2009.10.27. 공공용지협의취득으로 대한주택공사에 소유권이 이전된 것으로 나타난다.

(6) 청구문중은 쟁점토지의 양도일이 등기접수일OOO이라며, 양도소득세 예정신고서, 우리 원의 선 결정 및 예규 등을 제시하였다. (7)쟁점ⓛ에 대하여 본다. 청구인은 소득세법에서 잔금청산일이 분명하지 아니한 경우에는 소유권 이전등기 접수일을 취득시기로 보도록 하였을 뿐, 그 등기원인일을 취득시기로 보도록 한 규정이 없으므로 잔금청산일이 분명하지 아니한 이 건의 경우에는 등기접수일을 취득시기로 보아야 한다고 주장한다. 그러나, 이 건은 청구종중이 쟁점토지를 1993년 및 1994년에 취득한 것이 아니라 1983년에 취득하여 종중원 안OO O OO(OOO,OOO,OOO)의 명의로 소유권 이전등기를 하였던 것임이 청구종중과 처분청이 제출한 확인서발급신청서, 보증서 및 청구종중 규약 등에 의하여 확인되고 있는바, 특조법에 의한 소유권 이전등기는 명의신탁재산의 소유권 환원등기로 판단되고, 일반적인 재산의 취득시기는 잔금청산일과 등기접수일 중 빠른 날이 된다고 하겠으나, 명의신탁 재산의 취득시기는 실소유자의 명의로 환원등기를 한 때가 아니라, 명의신탁자가 명의수탁자의 명의로 그 재산을 취득하는 때라 할 것이어서 처분청이 명의신탁자인 청구종중이 쟁점토지를 실제 취득한 시기를 명의신탁 환원등기의 등기원인일로 보아 이 건 양도소득세를 재계산한 한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

(8) 쟁점②에 대하여 본다. 일반적으로 조세법률 관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하고 과세관청의 견해표명에 대한 신뢰에 납세자에게 귀책사유가 없어야 하는 것인바OOO, 이 건 과세는 처분청의 확인서발급신청서, 보증서 및 청구종중 규약 등에 따라 과세되었고, 양도소득에 대한 과세요건의 판단은국세기본법제14조(실질과세) 제2항의 규정에 따라 그 실질내용에 따라야 할 것이며, 처분청이 쟁점토지의 양도일이 등기접수일이라고 견해를 표명한 사실이 없는 점에서 청구주장은 이유가 없어 보인다.

(9) 쟁점③에 대하여 본다. 처분청은 이 건 과세를 함에 있어 조사담당자를 천안시청 등에 출장시켜 보증인의 보증서, 종중결의서 등을 수집하고, 이에 근거하여 등기원인일이 실제 취득일이라고 판단한 것으로 보이고, 청구종중에게도 실제 취득시기에 대한 입증자료를 요구하는 등 사실관계 규명을 위한 노력을 하지 아니하였다고 보기 어려우므로, 처분청이 공적 근거서류인 등기부 기재사항이 잘못임을 입증하지 아니한 상태에서 이 건 과세처분을 한 것이 부당하다는 청구주장은 이유가 없어 보인다.

(10) 쟁점④에 대하여 본다. 청구종중은 처분청이 이 건 과세처분을 하면서 종전이 유권해석을 변경하여 납세자에게 불리한 처분을 하였으므로 이 건 과세처분이 소급과세 금지의 원칙에 위배된 처분이라고 주장하나, 처분청은 관련법령의 규정에 따라 과세요건 성립여부 등을 판단한 후, 법령해석 등의 착오로 당초 처분이 부적법하거나 부당한 경우에는 언제라도 경정권을 행사하여 이를 바로 잡을 수 있는 것이며, 이 건의 경우에는 처분청이 기초사실에 대한 판단착오를 바로 잡은 것일 뿐, 종전의 법령해석을 변경하거나 소급과세의 원칙에 위배하여 부당한 처분을 한 것으로 보이지 아니하므로 이 점에 대한 청구주장은 이유가 없다고 판단된다.

(11) 쟁점⑤에 대하여 본다. 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 사유 없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 것인 바, 이 건 양도소득세를 적법하게 신고·납부하여야 할 의무는 원칙적으로 청구종중에게 있고, 처분청의 경정처분은 세법해석상의 문제가 아닌 취득일자를 잘못 적용한 것으로 법령의 오해나 부지를 넘어 세법해석상 의의 등 사유에 해당한다고 볼 수 없다고 보이므로, 이와 같은 사유를 이유로 이 건 가산세를 면제하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장에 이유가 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.