청구법인이 실질대표자 소유의 토지를 고가양수한 것으로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용한 처분은 정당함

OOO세무서장이 2012.6.15. 청구법인에게 법인세 OOO원(2009사업연도분 OOO원, 2010사업연도분 OOO원, 2011사업연도분 OO,OOO,OOO원), 실질대표자인 최OOO에게 OOO원을 대표자상여로 소득처분하고 2009년 귀속 소득금액변동통지를 한 처분은

1. 2009사업연도 OOO원, 2010사업연도 OOO원, 2011사업연도 OOO원을 공제대상 연구인력개발비세액으로 하여 각 사업연도 세액을 경정한다.

2. 나머지 청구는 이를 기각한다.

• 가. 청구법인은 2000.11.1.부터 건설업OOO을 영위하면서, 연구인력개발비 세액공제를 적용하여 각 사업연도 법인세를 신고․납부하였다
• 나. 처분청은 청구법인이 2009～2011사업연도에 연구인력개발 용역을 수행한 사실이 없다 하여, 연구인력개발비세액 OOO원(2009사업연도 OOO원, 2010사업연도 OOO원, 2011사업연도 OO,OOO,OOO원)의 공제를 배제하고, 2009.12.24. 청구법인의 실질대표자인 최OOO이 자신의 토지(OOOO OOO OO동 41-1외 5필지, 이하 “쟁점토지”라 한다)를 청구법인에게 양도하고 그 양도대금 중 일부로 법인에 대한 채무를 상환(상계처리)한 사실을 확인하고, 청구법인이 실질대표자인 최OOO으로부터 쟁점토지를 고가양수하여 최OOO의 채무를 부당하게 면제해 준 것으로 보아, 2012.6.15. 청구법인에게 법인세 OOO원(2009사업연도분 OOO원, 2010사업연도분 OOO원, 2011사업연도분 OOO원)을 경정․고지하고, 실질대표자인 최OOO에게 O,OOO,OOO,OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 대표자상여로 소득처분하고 2009년 귀속 소득금액변동통지를 하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.9.7. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 최OOO은 OOO리 산 243-1 외 26필지 일대에 청소년수련원을 건설하고 있었는데, 건설이 진행되던 중 자금부족으로 어려움을 겪던 중 OOO청소년수련원의 지분(1/2)을 김OOO에게 양도하고 김OOO는 OOO억원에 상당하는 투자를 청소년수련원에 투자(동업)하기로 약정하고, 계약서를 작성하고 계약금(어음)을 수령하였으며 투자에 따른 자세한 사항은 추후 논의하기로 하고 투자대상 토지에 김OOO 명의로 가등기를 경료하였다. 매매계약서를 살펴보면, 쟁점토지를 매매대금 OOO원에 양도하기로 하고 계약금은 2009.12.5.에, 잔금은 2009.12.15.에 지급 하기로 약정하였으나, 실제로 대금을 지급한 사실은 없었고, 제4조에 “매도인은 잔금지급일 현재의 위 부동산에 관련된 채무 및 제세공과금을 변제키로 한다.”라고 기재되어 있으나, 최OOO은 쟁점토지에 설정된 저당권 및 가등기를 전혀 말소하지도 아니한 채 청구법인에게 소유권을 이전하였다. 그 후 쟁점토지는 최OOO의 개인채무로 인하여 강제경매되어 경락자에게 소유권이 이전되었다. 민법제576조(저당권, 전세권의 행사와 매도인의 담보책임) 제1항에는 “매매목적이 된 부동산에 설정된 저당권 또는 전세권의 행사로 인하여 매수인이 그 소유권을 취득할 수 없거나 취득한 소유권을 잃은 때, 매수인은 계약을 해제할 수 있다”고 규정되어 있는 바, 청구법인은 위 매매계약을 무효로 하는 회계처리를 아래와 같이 하였고, 쟁점토지의 매도인인 최OOO의 개인채무로 인한 저당권의 행사로 쟁점토지에 대하여 취득한 소유권을 잃었는 바, 계약은 해제된 것이므로 당초부터 양도가 없었던 것으로 보아야 한다. 따라서, 부당행위계산부인의 전제가 되는 양도행위가 처음부터 없었다고 보아야 하므로 처분청의 부당행위계산부인의 적용은 행위없는 곳에 대하여 과세한 것으로 부당하다.

(2) 처분청은 연구소(건물)의 내부를 살펴본 바, 건물내부는 먼지만 쌓인 구형컴퓨터와 망가진 집기 등이 방치된 창고였고, 연구직원이 근무한 흔적을 찾아볼 수 없었으며, 안내받은 건물 이외의 사무실에는 경리여직원과 공사계약관련 업무를 수행하는 3인이 근무하고 있었다고 주장하나, 2012년 4월 세무조사를 실시하던 기간 중에 조사공무원이 연구소를 살펴본 것은 사실이나, 2009년 12월에 연구소가 설립되어 2011년 11월말경까지는 정상적인 연구활동을 진행하였지만, 회사경영실적이 급격히 나빠져 도저히 연구소를 운영할 형편이 되지 아니하여2011년 12월 중순경부터 연구소직원이 현장일을 하고 있으며, 연구소는운영할 자금여력이 없어 조만간 연구소를 폐쇄하려한다고 진술한 바 있었고, 2012년 7월 경에는 연구소에 대한 폐쇄신고를 한 상태이다. 청구법인은 연구분야를 3개부문으로 나누어 조경부문에서는 식수와 관련된 착생률을 높일 수 있는 연구와 식수의 디자인에 대한 연구를 진행하였고, 토목부문에서는 비탈면의 안정화에 대한 여러 가지 공법을 연구하였으며, 건축부문에서는 콘크리트쪼인트공사에 대하여 연구하고 있었던 사실이 (사)한국산업기술진흥협회에서 인정한 기업부설연구소인정서, 공인회계사 배OOO이 확인한 확인서 및 연구원급여지급명세서, 연구소직원 명함사본 등에 의하여 확인되고, 연구원의 경력사항은 아래와 같다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구법인의 대표이사인 최OOO은 부친인 최OOO으로부터 아래와 같이 부동산을 취득하고 법인장부의 자산에 토지가액을 O,OOO,OOO,OOO원으로 계상하였으며, 동 부동산은 2012.3.9. 임의경매로 소유권이 이전된 사실이 나타난다. 쟁점토지의 기준시가는 OOO천원으로 평가되었는 바, 쟁점토지에는 근저당OOO과 가압류 등이 설정된 상태로 부동산평가액보다 채무가 훨씬 많아 실제 자산가치는 전혀 없는 것으로 확인됨에도 청구법인은 쟁점토지를 무려 OOO천원 취득하여 2009.12.5.에 OOO,OOO천원, 2009.12.15.에 OOO천원을 공사미수금과 상계처리한 후 나머지 OOO천원을 선수금으로 장부에 계상하였다가 2011.12.31. 대표자에 대한 가지급금과 상계하는 것으로 회계처리를 하였다. 따라서, 청구법인이 최OOO으로부터 쟁점토지를 부당하게 고가로 매입한 사실이 확인되므로 최OOO이 청구법인으로부터 부당하게 이득을 분여받은 것으로 보고, 부당행위계산부인하여 과세한 이 건 처분은 정당하다.

(2) 청구법인이 연구인력개발을 수행하는 연구소(건물) 내부를 살펴본 바, 먼지만 쌓인 낡은 구형컴퓨터와 망가진 집기 등이 방치된 창고로 연구직원이 근무한 흔적은 찾아볼 수 없었으며, 안내받은 건물 이외의 사무실에는 경리여직원과 공사계약관련 업무를 수행하는 3인이 근무하고 있었다. 또한, 조사기간(20일) 중 안내받은 연구소(건물)에 연구원들이 출입 하는 모습을 찾아 볼 수가 없었고, 연구인력개발과 관련한 계획서 및 결과물도 전혀 확인되지 않은 상태이며, 청구법인은 연구원급여라는 지급명세서만 제출하였다. 따라서, 연구인력개발을 수행한 연구원이라는 자의 급여지급명세서 이외에는 연구인력개발 용역을 수행하였다는 근거가 없고, 청구법인은 평직원을 연구원이라고 변칙회계처리하고 추후 유리하게 건설업도급을 받기 위하여 연구인력개발비를 비용처리한 것으로 보이므로 연구인력 개발비 세액공제를 부인한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점

(1) 청구법인이 실질대표자인 최OOO 소유의 쟁점토지를 고가로 양수하여 최OOO의 채무를 부당하게 면제해 준 것으로 보고 부당행위계산부인하여 청구법인에게 법인세를 과세하고, 최OOO에게 대표자상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 한 처분의 당부

(2) 청구법인이 연구인력개발용역을 수행한 사실이 없다 하여 연구인력개발비 세액공제를 배제한 처분의 당부

• 나. 관련법령

(1) 법인법 제52조【부당행위계산의 부인】

① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령으로 정하는 특수관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계자가 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하은 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.

③ -이하생략-

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위 계산의 유형 및 시가의 산정 등에 관하여 필요한 사항은 대통령으로 정한다. (2) 법인세법 시행령 제87조 【특수관계자의 범위】

① 법 제52조 제1항에서 “대통령이 정하는 특수관계에 있는 자”라 함은 법인과 다음 각호의 1의 관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)를 말한다. 1.임원의 임면권 행사, 사업방침의 결정 등 당해 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자(상법 제401조 의 2 제1항의 규정에 의하여 이사로 보는 자를 포함한다)와 그 친족 2.주주 등(소액주주 등을 제외한다. 이하 이 관에서 같다)과 그 친족 3.법인의 임원․ 사용인 또는 주주 등의 사용인(주주 등이 영리법인인 경우에는 그 임원을, 비영리법인인 경우에는 그 이사 및 설립자를 말한다)이나 사용인외의 자로서 법인 또는 주주 등의 금전 기타 자산에 의하여 생계를 유지하는 자와 이들과 생계를 함께 하는 친족

(3) 법인세법 시행령 제88조 【부당행위계산의 유형 등】

① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다 1.자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우

(4) 조세특례제한법 제10조 【연구․ 인력개발비에 대한 세액공제】

① 내국인이 각 과세연도에 연구․ 인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2012년 12월 31일까지 발생한 해당 연구․인력개발비에 대해서만 적용한다

3.제1호 및 2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구․ 인력개발비(이하 이 조에서 “일반연구․ 인력개발비”라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액 가.해당 과세연도에 발생한 일반연구․ 인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발행한 일반연구․ 인력개발비의 연평균 발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액 나.해당 과세연도에 발생한 일반연구․ 인력개발비에 다음의 구분에 따라 비율을 곱하여 계산한 금액

1. 중소기업의 경우: 100분의 25

2. -이하생략- (5) 조세특례제한법 제9조 【연구 및 인력개발비 대한 세액공제】 (구) ⑦법 제10조제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 과세표준신고와 함께 기획재정부령이 정하는 세액공제신청서 및 연구 및 인력개발비명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.<개정 2000.12.29, 2003.12.30, 2007.2.28, 2008.2.29> (신) ⑧법 제10조제1항을 적용받으려는 내국인은 과세표준신고를 할 때 기획재정부령으로 정하는 세액공제신청서, 연구및인력개발비명세서 및 연구개발계획서 등 증거서류를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다<2010.2.18〉

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 심리자료에는 아래의 사실들이 나타난다. (가) 최OOO이 쟁점토지를 매매를 원인으로 취득(1996.5.6.)하였다가 청구법인에게 양도(2009.12.5.)하였으며, OOO협동조합이 경매를 신청(2010.9.7.)하여 임의경매를 원인으로 정OOO에게 소유권이 이전(2012.3.9.)된 사실이 등기부등본에 의하여 확인된다. (나) 쟁점토지에 대한 양도계약서를 살펴보면, 매매대금은 OO OOOO만원에 쟁점토지를 양도하기로 하고 계약금은 2009.12.5. 지급하고 잔금은 2009.12.15. 지급하기로 하였으나, 실제로 대금지급은 전혀 없었고, 제4조에 “매도인은 잔금지급일 현재의 위 부동산에 관련된 채무 및 제세공과금을 변제키로 한다.”라고 기재되어 있으나, 최OOO은 쟁점토지에 설정된 저당권 및 가등기를 전혀 말소하지 아니한 채 청구법인에게 소유권 이전등기를 하였다. 그 후 쟁점토지는 최OOO의 개인채무로 인하여 강제경락되어 낙찰자에게 소유권이 이전되었다. (다) 2009.12.24. 청구법인이 최OOO으로부터 쟁점토지를 취득하고 회계처리한 내역은 아래 <표1>와 같다. OOOOOOOOOO OOOOO OOOOOO (OO: OO) (라) 처분청의 청구법인에 대한 조사종결보고서를 보면 “2009.12.24. 특수관계자(근로소득자) 최OOO으로부터 쟁점토지를 OOO백만원에 취득하여 공사미수금과 상계처리하였고, 기설정된 근저당채무 OOO백만원 등에 대한 인계인수 여부가 계약서에 미기재되어 있으며, 동 토지가 2012.3.9. 경매로 양도되었으나, 청구법인은 채권회수를 위한 조치를 취한 사실이 확인되지 않아 청구법인이 쟁점토지를 근저당 채무 등을 실제로 인수한 것으로 판단하여 평가하였고, 최OOO은 개인소유 토지로 미지급금을 변제하면서 부당하게 토지가액을 고가 매입하게 하여 최OOO의 채무를 면제하여 준 거래이다(고가매입으로 기선수금과 공사미수금을 변제하고 남은 고가매입을 양도자로부터 재차 선수금을 받은 것으로 계상)”라고 기재되어 있다. (마) 2009.12.29. 한국산업기술진흥협회장이 발행한 기업부설연구소인정서에는 “청구법인의 기술연구소를기술개발촉진법제16조 및 동 법 시행령 제15조 제1항의 규정에 의하여 기업부설연구소로 인정한다”라고 기재되어 있다. (바) 2009.11.25. 한국산업기술진흥협회가 발행한 연구사업개요서를 보면 “청구법인은 조경전문 시공업체로서 건축 및 토목분야에서도 많은 시공실적을 보유하고 있고, 최근 급속도로 발전하고 있는 조경기술과 신공법 출현으로 청구법인은 자체적인 기술개발의 필요성을 절감하고 있어 청구법인의 기술경쟁력 강화 및 원할한 수주활동을 위해 기업 부설연구소를 설립하게 되었다, 신고일로부터 1년간 직접 수행할 연구과제로 조경분야: 조경식수, 기타 조경기술 및 디자인 연구개발, 토목분야: 인프라(도로, 교량, 상하수도 등) 시공기술 개발, 건축분야: 아파트, 빌라, 상가 등 건축시공기술을 개발한다”라고 기재되어 있다 (사) 2010.6.23.과 2011.3.31. 및 2012.4.12.에 공인회계사 배OOO이 대한건설협회장에게 보고한 기술개발투자비 확인서에 의하면 “청구 법인은 2009년도에 자체연구개발: 건설부문 OOO천원을, 중소기업에 대한 인력개발 및 기술지도를 위하여 지출하는 비용으로 OOO,OOO,OOOO(OOOOO OO,OOO,OOOO, OOOOO OO,OOO,OOOO)을 지출하였다”고 기재되어 있고, 연도별 연구원의 급여지급 내역은 아래 <표2>와 같다. OOOOOOOOOO OOO OOO OOOOOOO (OO: OO) (아) 쟁점토지의 양도자인 최OOO은 2011.9.21. OOO지방법원에 개인회생을 신청하였으나, 2012.3.8. 회생불능판결을 받았고 은행권 부채 및 보증채무로 OOO천원이 연체되어 신용불량상태임이 확인된다. (자) 청구인의 세무대리인은 2012.3.13. 조세심판관회의에 출석하여 “쟁점토지가 강제경매로 인하여 매매계약이 취소되어 부당행위계산 부인 대상이 아니고, 연구소를 설치하고 연구개발비를 실제로 지출한 사실이 청구법인의 회사조직도 및 연구소직원 명함, 사진, 기술개발 투자비확인서 등에 의하여 확인된다”는 취지로 의견진술을 하였다.

(2) 쟁점(1)에 대하여 본다. 청구법인은 쟁점토지의 매매계약서 제4조에서 “매도인은 잔금지급일 현재 위 부동산에 관련된 채무 및 제세공과금을 변제키로 한다”라고 기재되어 있고, 양도자의 개인채무로 인하여 쟁점토지가 경매되어 경락됨으로서민법제576조에 의하여 매매계약이 해제되어 부당행위계산부인의 전제가 되는 양도행위가 당초부터 없었다고 주장하나, 청구법인이 계약해제에 관한 의사표시를 서면으로 한 사실이 확인 되지 아니하고, 이 건 세무조사 이후에 당초 회계처리의 반대의 회계처리를 한 사실이 확인되어 계약해제의 효과가 발생하였다고 보기 어려운 점, 청구법인은 쟁점토지에 설정된 근저당부채, 가압류채무 등의 가액이 부동산평가액보다 많음에도 쟁점토지를 최OOO으로부터 양수하고 공사미수금과 상계한 사실이 확인되는 점 등에 비추어 볼 때, 청구법인이 실질대표자인 최OOO 소유의 쟁점토지를 고가로 양수하여 최OOO의 채무를 부당하게 면제해 준 것으로 보아 부당행위계산부인하여 과세한 이 건 처분에 잘못이 없다고 판단된다.

(2) 쟁점(2)에 대하여 본다. 청구법인은 연구노트, 업무일지, 연구실적을 제출한 사실이 없으나, 한국산업기술진흥협회장이 청구법인의 기술연구소를기술개발촉진법제16조 및 동법 시행령 제15조 제1항의 규정에 의하여 기업부설연구소로 인정한 사실이 확인되는 점, 한국산업기술진흥협회가 발행한 연구사업개요서를 보면 “청구법인은 조경전문 시공업체로서 건축 및 토목분야에서도 많은 시공실적을 보유하고 있고, 최근 급속도로 발전하고 있는 조경기술과 신공법 출현으로 청구법인은 자체적인 기술개발의 필요성을 절감하고 있어 청구법인의 기술경쟁력 강화 및 원할한 수주활동을 위해 기업부설연구소를 설립하게 되었다”고 기재되어 있는 점, 청구법인이 제시한 사진에 의하면 기술연구소가 있었음이 확인되는 점, 공인회계사 배OOO이 대한건설협회장에게 보고한 기술개발투자비 확인서를 보면 2009년 OOO천원, 2010년 OOO천원, 2011년 OO,OOO천원을 기술개발투자비로 지출하였다는 사실이 확인되는 점 등에 비추어 볼 때, 청구법인이 연구인력개발 용역을 수행한 사실이 없는 것으로 보고, 연구인력개발비 세액공제를 배제하여 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.