전담부서 및 연구기관으로 신고되지 않은 업체에게 연구개발을 위탁하여 지급한 비용은 연구 및 인력개발비 세액공제 대상이 아님

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 2010사업연도에 대한 법인세 신고시 주식회사 OOO사무소(이하 “수탁법인”이라 한다)에 지출한 연구 및 인력개발비 OOO원을 조세특례제한법제10조의 연구 및 인력개발비 세액공제 대상에 포함하여 OOO원을 세액공제 신고하였다.
• 나. 처분청은 수탁법인이 한국산업기술진흥협회장(기술개발촉진법에 따라 교육과학기술부장관으로부터 연구개발전담부서 신고접수 및 인정업무를 위임받음)에게 연구개발전담부서의 신고를 이행하지 않은 업체에 해당하여 조세특례제한법에서 규정하는 연구 및 인력개발비 세액공제 요건을 충족하지 아니한 것으로 보아 2012.7.6. 청구법인에게 2010사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.8.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 ‘OOO’이라는 기술을 개발하기 위하여 수탁법인에 연구개발을 위탁하여 그에 따른 결과물을 얻고 소요된 개발비에 대해 세액공제를 신청하였으며, 조세특례제한법에서 연구개발을 위탁할 경우 수탁업체의 전담부서를 교육과학기술부장관에게 신고하도록 규정한 조문이 없음에도, 처분청이 전담부서를 반드시 신고하여야 세액공제가 가능한 것으로 해석한 것은 조세특례제한법 시행규칙 제7조 제1항 에서 언급한 조세특례제한법 시행령 별표6의 제1호 가목을 나목에서 유추해석한 것이므로 나목에서 규정한 전담부서가 교육과학기술부장관에게 신고하도록 요하는 등의 절차를 요건으로 하지 않는다고 해석된다. 대법원판례(대법원 2001.1.16. 선고 99두11943)에서도 1명 이상의 전담연구요원을 확보하는 등 전담부서의 요건을 갖추는 것으로 충분하고, 주무부처장관에 대한 신고까지 마쳐야 하는 것은 아니라고 보는 것이 타당하다고 판시하고 있으며, 수탁법인이 전담부서를 신고하지 않은 단순한 절차상의 하자는 있으나, ‘OOO’은 설계메뉴얼에서 보는 것처럼 유익한 기술로 확인되므로 그 실질에 비추어 세액공제가 허용되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법 시행규칙제7조 1항의 규정에서 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서는 교육과학기술부장관의 인정을 받아야 하는 것으로 명시되어 있으며, 수탁법인 사업장을 현지 확인하여 확인한 바, 전담부서임을 알 수 있는 명칭이 없고, 다른부서와 사무실이 분리되어 있지 않으며, 수탁법인 대표 이호찬과 면담하여 확인한 바, 연구전담요원이 상시 확보되어 있지 않고, 대표자가 연구와 설계용역을 겸직하고 있는 것으로 확인되는 등 청구법인이 수탁법인에게 지출한 위탁 연구개발 용역비용은 조세특례제한법제10조에서 규정하는 연구 및 인력개발비 세액공제 대상에 해당하지 않은 것으로 봄이 타당하다.

• 가. 쟁 점 교육과학기술부장관(한국산업기술진흥협회장)에 전담부서 및 연구기관으로 신고되지 않은 업체에게 연구개발업무를 위탁하고 지급한 비용이 연구 및 인력개발비 세액공제 대상에 해당하는지 여부
• 나. 관련법령

(1) 조세특례제한법 제10조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2012년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.

1. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비(이하 이 조에서 “신성장동력연구개발비”라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

2. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 “원천기술연구개발비”라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 원천기술연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 “일반연구·인력개발비”라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액

• 가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액
• 나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비에 다음 계산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 하며, 중소기업의 경우에는 100분의 25)을 곱하여 계산한 금액 100분의 3 + 해당 과세연도의 수입금액에서 연구·인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1

② 제1항 제3호에 따른 4년간의 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】① 법 제10조 제1항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 비용(자체기술개발비용만 해당한다. 이하 이 조에서 “신성장동력연구개발비”라 한다)을 말한다.

1. 기획재정부령으로 정하는 전담부서에서 별표 7에 따른 신성장동력산업 분야별 대상기술의 연구개발업무(이하 이 조에서 “신성장동력산업연구개발업무”라 한다)에 종사하는 연구원 및 이들의 연구개발업무를 직접적으로 지원하는 사람에 대한 인건비. 다만, 기획재정부령으로 정하는 사람에 대한 인건비는 제외한다.

2. 신성장동력산업연구개발업무를 위하여 사용하는 견본품, 부품, 원재료와 시약류 구입비

② 법 제10조 제1항 제2호에서 “대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 비용(자체기술개발비용만 해당한다. 이하 이 조에서 “원천기술연구개발비”라 한다)을 말한다.

1. 기획재정부령으로 정하는 전담부서에서 별표 8에 따른 원천기술 분야별 대상기술의 연구개발업무(이하 이 조에서 “원천기술연구개발업무”라 한다)에 종사하는 연구원 및 이들의 연구개발업무를 직접적으로 지원하는 사람에 대한 인건비. 다만, 기획재정부령으로 정하는 사람에 대한 인건비는 제외한다.

2. 원천기술연구개발업무를 위하여 사용하는 견본품, 부품, 원재료와 시약류 구입비 제8조【연구 및 인력개발준비금의 범위 등】① 법 제9조 제2항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비용”이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발활동 및 인력개발활동을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. < 조세특례제한법 시행령 별표 6> ㅇ 연구·인력개발비세액공제를 적용받는 비용(제8조 제1항 관련) 구 분 비 용

• 가. 자체연구개발

① 연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 전담부서(이하 “전담부서”라 한다)에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령이 정하는 자의 인건비

• 나. 위탁 및 공동연구개발

① 다음의 기관에게 연구개발용역 등을 위탁함에 따른 비용(전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다. 이하 이 목에서 같다) 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용 ㉲ 국내외 기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는 전담부서 (3) 조세특례제한법 시행규칙 제7조【연구 및 인력개발비의 범위】① 영 제8조 제1항에 따른 영 별표 6의 제1호 가목에서 “전담부서”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 연구소 및 전담부서(이하 “일반연구인력개발 전담부서”라 한다)를 말한다.

1. 기술개발촉진법 시행규칙제7조에 따라 인정받은 기업부설연구소와 같은 규칙 제8조에 따라 교육과학기술부장관에게 신고한 기업 내의 연구개발전담부서

2. 문화산업진흥기본법 시행규칙제11조의6에 따라 인정받은 기업부설창작연구소 또는 기업창작전담부서로서 문화체육관광부장관의 추천을 받아 기획재정부장관이 문화산업의 연구개발활동 여부를 고려하여 고시하는 연구소 또는 전담부서

② 영 제9조 제1항 제1호 및 같은 조 제2항 제1호에서 “기획재정부령으로 정하는 전담부서”란 제1항 제1호 또는 제2호에 해당하는 전담부서로서 영 제9조 제1항 제1호 및 같은 조 제2항 제1호에 따른 신성장동력산업연구개발업무 및 원천기술연구개발업무(이하 이 항에서 “해당업무”라 한다)만을 수행하는 부서(이하 이 조에서 “신성장동력산업ㆍ원천기술연구인력개발 전담부서”라 한다)를 말한다. 다만, 일반연구인력개발 전담부서가 있는 경우로서 그 전담부서 내에 해당업무에 관한 별도의 조직을 구분하여 운영하는 경우에는 이를 신성장동력산업ㆍ원천기술연구인력개발 전담부서로 본다.

(4) (2011.11.25. 지식경제부령 제214호로 폐지되기 전) 기술개발촉진법 시행규칙 제8조【기업의 연구개발전담부서의 신고 등】① 영 제15조 제2항에 따라 기업의 연구개발전담부서를 신고하려는 자는 별지 제8호의2 서식의 연구개발전담부서 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 협회장에게 제출(정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다.

2. 연구개발전담부서의 직원현황 및 연구전담요원의 자격을 증명하는 서류

② 협회장은 제1항에 따른 신고를 받고 연구개발전담부서로 인정한 때에는 별지 제8호의3서식의 연구개발전담부서인정서를 교부하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2010사업연도에 대한 법인세 신고시 수탁법인 등에게 지출한 OOO원을 조세특례제한법제10조의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상으로 신고하였으며, 처분청은 이 중 OOO원은 수탁법인이 한국산업기술진흥협회장에게 연구개발전담부서의 신고를 이행하지 않은 업체에 해당하여 세액공제대상에 해당되지 아니한 것으로 보아 세액공제를 부인한 사실이 처분청이 제출한 심리자료에 나타난다.

(2) 청구법인은 수탁법인이 제공하는 용역은 ‘OOO’ 공동주택의 단점을 개선하여 공사비 절감과 공사기간 단축을 가능하게 하며, 가변성이 확보된 장수명 구조물로서 국가적으로 추진하고 있는 자원 및 에너지절감정책에 부응하고, 탄소발생(CO2) 절감을 위한 원천기술이라고 주장하면서 ‘OOO’ 설계 매뉴얼 및 타당성 분석자료를 제출하였으며, 수탁법인이 연구전담팀을 갖추고 있고, 이에 따른 연구용역을 수행한 사실이 있음을 주장하면서 수탁법인 조직도와 공동기술개발협약서 사본을 제출하였다.

(3) 살피건대, 청구법인은 연구 및 인력개발비 세액공제 요건에 수탁업체의 전담부서를 교육과학기술부장관에게 신고하도록 세법에서 규정하고 있지 않으며, 수탁법인이 실질적인 연구개발업무를 수행하였으므로 수탁법인에게 지출된 비용은 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용하여야 한다고 주장하고 있으나, 1998.3.21. 재정경제부령 제14호로 개정된 조세감면규제법 시행규칙제7조에 따라 연구개발전담부서를 ‘과학기술부장관(현재 교육과학기술부장관)에게 신고한 기업의 연구개발전담부서로 한다’고 개정되었고, 현재 시행되는 조세특례제한법제10조 제1항, 같은 법 시행령 제9조 및 같은 법 시행규칙 제7조의 규정에 의하면, 위탁개발하는 경우에도 세액공제의 요건의 대상이 되는 전담부서에 대하여 교육과학기술부장관(위임받은 한국산업기술진흥협회장)에게 신고한 전담부서로 한정하고 있으므로 청구법인이 수탁법인에게 위탁하고 지급한 비용은 연구 및 인력개발비 세액공제의 요건을 갖추었다고 보기 어려워 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다 하겠다. 따라서, 청구법인이 수탁법인에게 연구개발업무를 위탁하고 지급한비용을 연구 및 인력개발비 세액공제대상에 해당되지 아니하는 것으로 보아 처분청이 청구법인에게 이 건 법인세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.