청구교회는 법인으로 승인받은 사실이 없으므로 청구교회를 거주자로 보아 양도소득세를 과세한 처분은 정당함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구교회는 재단법인 OOO재단(이하 ‘OOO 소재 대지 177㎡ 및 같은리 384-116 소재 대지 358㎡(이하 ‘쟁점토지’라 한다)를 2009.2.16. 양도하고 양도소득세를 신고하지 아니하였다.
• 나. 처분청은 청구인을 양도소득세 납세의무가 있는 거주자로 보고 쟁점토지의 양도소득에 대하여 2012.2.8. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정·고지하였다.
• 다. 청구교회는 이에 불복하여 2012.4.27. 이의신청을 거쳐 2012.8.2. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구교회 주장 청구인은 주무관청의 승인을 받아 설립된 비영리종교법인인 기독교대한성결교재단에 소속된 교회로, 쟁점토지를 소유하면서 3년 이상 고유목적 사업에 직접 사용하다가 양도하였는바, 이로 인하여 얻은 수입은법인세법제3조 제3항 제5호, 동법 시행령 제2조 제2항의 ‘비영리법인의 고유목적 사업용 자산의 처분으로 인한 수입’으로서 비과세 대상인데 이에 대하여 양도소득세를 부과한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 기독교대한성결교재단 총회에 소속된 교회일 뿐 독립적으로 운영되고 있고 재산에 대한 권리도 독립적으로 행사하고 있으므로 청구인의 자산양도소득을 위 재단의 소득과 같이 취급하여 법인세법을 적용할 수 없으며, 청구인의 대표자가 관할세무서장에게 법인으로 보는 단체 신청을 하여 승인받은 사실도 없으므로 국세기본법제13조의 ‘법인으로 보는 단체’에 해당하지 아니하여 소득세법제2조 제1항, 제3항에 따라 ‘거주자’로 보아 그 자산의 양도소득에 대하여 양도소득세가 과세되는 것이며, 법인세법제3조의 ‘비영리법인의 고유목적 사업용 자산의 처분으로 인한 수입에 대한 비과세’는 적용받을 수 없다.

• 가. 쟁 점 법인으로 보는 단체 승인을 받지 않은 교회를 거주자로 보고 부동산 양도소득에 대하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 국세기본법 제13조 [법인으로 보는 단체] ① 법인(법인세법 제1조제1호 및 제3호에 따른 내국법인 및 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 "법인 아닌 단체"라 한다) 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단, 재단, 그 밖의 단체로서 등기되지 아니한 것

2. 공익을 목적으로 출연(出捐)된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것

② 제1항에 따라 법인으로 보는 사단, 재단, 그 밖의 단체 외의 법인 아닌 단체 중 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 것도 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 해당 사단, 재단, 그 밖의 단체의 계속성과 동질성이 유지되는 것으로 본다.

1. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 조직과 운영에 관한 규정(規程)을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있을 것

2. 사단, 재단, 그 밖의 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유ㆍ관리할 것

3. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것 (2) 법인세법 제3조 [과세소득의 범위] ③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 (3) 법인세법 시행령 제2조 [수익사업의 범위] ② 법 제3조제3항제5호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. (후문생략) (4) 소득세법 제2조 [납세의무] 제2조 [납세의무] ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 개인은 이 법에 따라 각자의 소득에 대한 소득세를 납부할 의무를 진다.

③ 국세기본법 제13조제1항 에 따른 법인 아닌 단체 중 같은 조 제4항에 따른 법인으로 보는 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다) 외의 법인 아닌 단체는 거주자 또는 비거주자로 보아 이 법을 적용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 쟁점토지 양도당시 법인으로 등기하거나 국세기본법 제13조 제2항 에 따라 관할 세무서장에게 법인으로 보는 단체 신청을 하여 승인을 받지 않은 사실, 쟁점토지는 OOO재단 의 자산은 아닌 사실에 대하여는 다툼이 없다.

(2) 살피건대, 일반적으로 교회는 예배를 목적으로 하는 교인들로 구성된 사단으로 그 교회가 속한 교단과는 별개의 단체를 구성하며, 교회가 배타적인 관리·처분권을 가지는 교회의 자산을 그 소속 교단의 자산으로 보아 취급할 수는 없으므로, 교회가 독자적으로 법인으로 등기하거나 그 대표자가 관할세무서장에게 신청하여 법인으로 보는 단체 승인을 받는 등으로 국세기본법제13조의 ‘법인으로 보는 단체’의 요건을 충족하지 아니한 경우에는 그 자산의 처분이익에 대하여법인세법제3조의 ‘비영리법인의 고유목적 사업용 자산의 처분으로 인한 수입에 대한 비과세’는 적용할 수 없고, 소득세법제2조 제1항, 제3항의 ‘거주자’로서 그 자산의 양도소득에 대하여 양도소득세가 과세되는 것이다(조심 2010서515, 2010.9.20. 참조).

(3) 따라서 법인으로 등기하거나 그 대표자가 관할세무서장에게 신청하여 법인으로 보는 단체 승인을 받는 등으로 국세기본법제13조의 ‘법인으로 보는 단체’의 요건을 충족하지 아니한 청구인에게 쟁점토지에 대한 양도소득세를 과세한 처분은 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.