특수관계법인의 보유주식수를 포함하여 대주주에 해당하고 양도일 직전사업연도 종료일 현재 중소기업에 해당하지 않음으로 30%의 세율을 적용하여 양도소득세 과세함이 타당함
특수관계법인의 보유주식수를 포함하여 대주주에 해당하고 양도일 직전사업연도 종료일 현재 중소기업에 해당하지 않음으로 30%의 세율을 적용하여 양도소득세 과세함이 타당함
심판청구를 기각한다.
(1) 2008년 말 AAAAA 주식의 최종시가는 주당 52,600원으로 청구인이 보유한 주식 수는 161,214주, 시가총액은 8,479,856,400원이고, 국세기본법 시행령제20조 제11호에 의한 특수관계 법인인 BBBB의 2008년 말 쟁점주식 시가총액은 6,539,810,600원(124,331주)이므로, 소득세법제94조 제1항 제3호 가목 및 소득세법 시행령제157조 제4항 제2호에 의하여 청구인과 BBBB의 2008년 말 AAAAA 주식 시가총액이 100억 원 이상으로 대주주에 해당되어 양도소득세 과세대상이다.
(2) 중소기업법 제2조 및 중소기업법 시행령제3조에 의하여 AAAAA의 중소기업여부 검토한 바, 2001년 결산서의 자본금이 131,949,593,035원의 매출액이 124,735,958,006원으로 조세특례제한법 시행령제2조 제1항 따른 자기자본 1천억 원 초과, 중소기업기본법제2조 제3항에 따른 유예기간 3년 경과후인 2005년부터는 중소기업에 해당하지 않는 것이다. 한편, 청구인이 제출한 우리투자증권의 거래내역서 상의 후입선출법으로 취득가액 10,593,216,600원, 양도가액 20,404,927,700원으로 산정하고, 거래내역서에 기재된 수수료와 증권거래세 등 필요경비를 제외하여 양도차익 9,749,432,477원으로 조사하였다. 따라서, 청구인은 AAAAA의 대주주에 해당하고, AAAAA가 2001년 중소기업의 범위를 초과하여 당초 처분은 적법하다.
(1) 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】① 양도소득은 당해 연도에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.
3. 다음 각목의 1에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권을 포함한다). 이하 이 장에서 “주식 등”이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득
4. 제94조 제1항 제3호의 규정에 의한 자산
2. 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식 등의 시가총액이 100억 원(코스닥시장상장법인의 주식 등과 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령제178조 제1항에 따라 거래되는 벤처기업육성에 관한 특별조치법제2조 제1항에 따른 벤처기업의 주식 등의 경우에는 50억 원)이상인 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주 (3) 국세기본법 시행령 제20조 【친족 기타 특수관계인의 범위】 법 제39조 제2항에서 “대통령령이 정하는 친족 기타 특수관계에 있는 자”라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 자를 말한다. 다만, 주주 또는 유한책임사원이 출가녀인 경우 제9호 내지 제13호의 경우를 제외하고 그 남편과의 관계에 의한다.
11. 주주 또는 유한책임사원이 개인인 경우에는 그 주주 또는 유한책임사원과 그와 제1호 내지 제10호의 관계에 있는 자들의 소유주식수 또는 출자액(이하 “소유주식수 등”이라 한다)의 합계가 발행주식총수 또는 출자총액(이하 “발행주식총수 등”이라 한다)의 100분의 50이상인 법인 (4) 조세특례제한법 시행령 제2조 【중소기업의 범위】 ① 조세특례제한법(이하 “법”이라 한다)제5조 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 중소기업”이란 작물재배업, 축산업, 어업, 광업, 제조업(제조업과 유사한 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업을 포함한다. 이하 같다), 하수·폐기물 처리(재활용을 포함한다)·원료재생 및 환경복원업, 건설업, 도매 및 소매업, 운수업 중 여객운송업, 음식점업, 출판업, 영상·오디오 기록물 제작 및 배급업(비디오물 감상실 운영업을 제외한다), 방송업, 전기통신업, 컴퓨터 프로그래밍·시스템 통합 및 관리업, 정보서비스업, 연구개발업, 광고업, 그 밖의 과학기술서비스업, 포장 및 충전업, 전문디자인업, 전시 및 행사대행업, 창작 및 예술관련 서비스업, 인력공급 및 고용알선업(농업노동자 공급업을 포함한다), 콜센터 및 텔레마케팅 서비스업, 법 제7조 제1항 제1호 커목에 따른 직업기술 분야 학원, 제5조 제6항에 따른 엔지니어링사업, 제5조 제8항에 따른 물류산업, 제6조제1항에 따른 수탁생산업, 제54조 제1항에 따른 자동차정비공장을 운영하는 사업, 해운법에 따른 선박관리업,의료법에 따른 의료기관을 운영하는 사업, 관광진흥법에 따른 관광사업(카지노, 관광유흥음식점업 및 외국인전용 유흥음식점업은 제외한다), 노인복지법에 따른 노인복지시설을 운영하는 사업, 노인장기요양보험법 제32조 에 따른 재가장기요양기관을 운영하는 사업, 전시산업발전법에 따른 전시산업, 에너지이용 합리화법 제25조 에 따른 에너지절약전문기업이 하는 사업, 근로자직업능력 개발법에 따른 직업능력개발훈련시설을 운영하는 사업, 건물 및 산업설비 청소업, 경비 및 경호 서비스업, 시장조사 및 여론조사업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억 원 이상, 매출액이 1천억 원 이상 또는 자산총액이 5천억 원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.
(1) 처분청의 2011년 11월 양도소득세 조사(종결)복명서에 의하면, 주식관련 기획점검 결과 주주1인과 특수관계법인 소유 상장주식 시가 100억 원 양도소득세 과세대상에 해당되나 무신고하여 비정기 조사대상자로 선정하였다고 혐의내용에 확인되고, 조사내용은 아래와 같이 기재되어 있다. (가) 대주주 요건 검토는 소득세법제94조 제1항 제3호 가목 및 소득세법 시행령제157조 제4항 제2호에 의하여, ① 청구인의 2008년 소유주식 및 시가총액은 161,214주 × 52,600원(2008년 최종시세종가) = 8,479백만 원, ② 청구인과 특수관계 법인 BBBB 시가총액은 124,331주 × 52,600원(2008년 최종시세종가) = 6,539백만 원으로 청구인과 청구인의 지분을 소유하여 국세기본법 시행령제20조에 따른 특수관계법인 BBBB의 2008년 AAAAA 주식 시가 총액 합계액이 15,018백만 원이므로 양도소득세가 과세되는 대주주 요건에 해당되는 것으로 확인된다. (나) AAAAA 중소기업 여부는 종소기업기본법제2조 및 같은 법 시행령 제3조에 의하여, 2004년 결산서 상 중소기업기준 검토표의 매출액과 자기자본이 중소기업 요건을 초과하여 중소기업기본법제2조 제3항에 따른 유예기간 3년 경과 후인 2008년부터 중소기업에 해당되지 않기에 소득세법제104조에 따라 1년 이내 양도분은 세율 30%, 1년 이상은 20%를 적용한 것으로 나타난다. (다) 취득가액 확인은 청구인이 제출한 2008 ~ 2009년까지 우리투자증권 대전지점의 AAAAA 거래내역에 따라, 2008년 말 보유주식 161,214주와 2009년 취득한 43,465주 합계 204,679주에 대해 보유주식의 취득가액을 후입선출법으로 계산하여 10,252,689천원이 확인되었으며, 양도가액도 AAAAA 거래내역 상 2008년 말 보유주식 161,214주와 2009년 취득한 43,435주 합계 204,679주에 대해 후입선출법으로 2009년도 양도가액은 20,404,927천원으로 나타난다. (라) 기타 필요경비 확인은 소득세법 시행령제163조 제5항에 따른 필요경비로 증권거래세 30,607천원 및 주식매매 수수료 31,671천원을 공제하였다. (마) 처분청은 청구인이 대주주이며 양도 주식의 최종 매도일이 2009.4.15.이며, 보유주식의 최초 취득일이 2008.5.16.로 확인하여, 취득일로부터 양도일이 모두 1년 미만으로 소득세법제104조 규정에 의하여 30% 의 세율로 적용하여 양도소득세를 추징하고 조사 종결하였다고 조사(종결)복명서에 나타난다.
(2) 우리 원은 청구인에게 2012.8.31.까지 항변자료 등을 제출할 수 있다는 공문(우리 원 행정실-0049, 2012.8.16.)을 발송하였으며, 2012.10.26.까지 항변자료 제출요구 공문{우리 원 상임심판관(2)-0847, 2012.10.17.}을 발송하였지만, 청구인의 항변자료 제출은 없었다.
(3) 위 사실관계 및 제시증빙과 관련법령 등을 종합하여 살펴본다. 소득세법 시행령 제157조 제4항 제2호 에 의하면 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식 등의 시가총액이 100억 원 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주를 대주주로 판정하고 있고 보유하고 있는 AAAAA 주식의 가액이 15,019백만 원 대주주에 해당하여 양도소득세 과세대상으로 보이는 점 AAAAA의 2001년 결산서 자본금이 131,949,593,035원, 매출액이 124,735,958,006원으로 조세특례제한법 시행령제2조 제1항에 따른 자기자본 1천억 원 초과, 매출액 1천억 원 초과하여 중소기업 범위에 해당하지 않으며, 중소기업기본법제2조 제3항에 따른 유예기간 3년경과 후인 2005년부터는 중소기업에 해당하지 않는 것으로 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도인 2008년 종료일 현재 중소기업기본법제2조에 따른 중소기업에 해당하지 아니하여 양도세율 30%를 적용한 것이 타당하다고 보이는 점, 청구인이 제출한 우리투자증권 대전지점의 AAAAA 거래내역에 의하여 취득가액, 양도가액, 필요경비를 계산하여 양도차익과 과세표준을 산정하여 이 건 양도소득세를 부과하였다는 점 등 종합적으로 고려할 때, 처분청의 과세처분이 위법하여 취소하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.