산학협력단에서 교수 등에게 지급한 직무발명보상금의 비과세 기타소득 여부

OOO세무서장이 2012.3.6. 청구법인에게 한 붙임 명세의 부과처분은 청구법인이 특허권․실용신안권․디자인권으로 등록한 것에 대한 기술료보상금 중 2008.1.1. 이후 지급분은 소득세법 제12조 제5호 라목의 비과세 기타소득으로 보아 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 청구는 이를 기각한다.

• 가. 감사원장은 2011년 8월경 비영리연구기관인 청구외 OOO연구원이 연구개발과제의 결과물을 기업체 등에게 실시를 허여(許與)하는 대가로 기술료를 징수하고, 참여연구원 등에게 지급한 기술료 성과급 등은 발명진흥법상의 직무발명보상금에 해당되지 않고, 근로소득에 해당된다는 이유로 국세청장에게 근로소득세 등을 징수하도록 통보하면서, 청구외 OOO연구원 이외의 다른 연구기관도 이와 유사한 사례가 있는지 확인하여 조치할 것을 통보하였다.
• 나. 처분청은 감사원장의 확인 및 조치 통보에 따라 청구법인이 연구에 참여한 교수에게 2006년 OOO원, 2007년 OOO원, 2008년 OOO원, 2009년 OOO원, 2010년 OOO원의 기술료(이하 “쟁점기술료”라 한다)를 지급한 것에 대하여, 2012.3.6. 청구법인에게 붙임의 명세와 같이 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.5.31. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구법인 주장 (1) 발명진흥법 제15조 에 의한 직무발명보상금이란 종업원 등이 직무발명을 사용자 등에게 승계시킨 것에 대한 보상차원에서 지급된 금원으로서, 그러한 직무발명 보상금의 범위에는 직무발명의 특허 출원, 등록시 지급하는 일정액의 보상금(출원보상, 등록보상)뿐만 아니라 직무발명이 사용자 등에게 승계된 이후 이를 사용자가 직접 실시하거나 타인에게 양도 또는 실시권을 허여하여 얻은 수입액의 일정 비율이 포함되는 것으로, 직무발명에 대한 보상금은 지식재산권 등록시 발명자에게 지급하는 일정한 보상금(이른바 직무발명보상금)과 발명에 따른 결과물이 실제 수익을 창출했을 때 지급하는 보상금(이른바 기술료 보상금)으로 이루어지는 것으로, 청구법인이 교수에게 지급한 이 건 보상금은 그 지급대상자의 범위가 발명자로 한정되어 있고, 직무발명의 범위를 특허권 등록 여부에 한정할 수는 없는 것으로 발명이 특허 등록이 된 이후에는 발명진흥법 제2조 제4호 에서는 산업재산권으로, 특허법 제2조 제2호 에서는 특허발명으로 발명의 정의와는 별도의 규정으로 정의하고 있음을 볼 때, 특허등록을 받아야만 발명으로 인정되는 것이 아님을 알 수 있고, 감사원의 청구외 OOO연구원에 대한 감사통보 내용과는 전혀 무관한 것으로 처분청이 근거로 제시한 주장들은 모두 사실관계 및 법리를 오인한 것들에 불과한 바, 쟁점기술료는 소득세법 제12조 제5호 라목에 해당되는 비과세대상이다.

(2) 비과세관행은 과세관청의 공적 견해의 표시 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 경우로서, 상당한 기간에 걸쳐 과세를 하지 아니한 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라, 과세관청 자신이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 않는다는 의사가 있어야 하며, 이과 같은 공적 견해나 의사는 명시적 또는 묵시적으로 표시되었을 경우에 성립하는 것으로, 국세청은 종업원이 직무관련 발명에 대해 사용자로부터 받는 보상금에 대해 기타소득세를 비과세하도록 한 소득세법 규정에 따라 지금까지 비과세라고 해석해 왔으며, 청구법인은 이러한 과세관청의 묵시적 의사표시를 근거로 기술료 보상금에 대하여 비과세 기타소득으로 세무신고를 하였다. (3) 국세기본법 제48조 제1항 에서 납세자가 의무를 이행하지 아니한데 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니하도록 규정하고 있는 바, 여기서 정당한 이유란 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 또는 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 할 만한 사정이 있을 때, 즉 책임을 물을 만한 기대가능성이 없을 때에 정당한 사유가 있다 할 것(대법원 2002두10780, 2004.6.24., 대법원 96누15404, 1997.8.22.)이므로, 처분청은 수년간에 걸쳐 기술료 보상금에 대한 비과세 처리를 인용하고 있었고, 향후 기술료 보상금에 대한 과세논란이 있음을 인지하고 있었음에도 불구하고 이에 대한 정확한 입장을 밝히지 않고 있던데 기인한 것인 바, 이제 와서 처분청이 감사원의 국세청 감사결과에 의해 청구법인에 대한 가산세를 부과하는 것은 부당하다.

• 나. 처분청 의견 기술료 성과급의 경우 첫째, 비영리연구기관에서 정부출연금 등을 재원으로 하여 수행한 연구개발결과물의 소유권은 원칙적으로 국가 또는 연구기관 등에 귀속되고, 둘째, 그 실질이 비영리기관의 매출(수입)에 기여한 데 대한 인센티브 성격의 금원이며, 셋째, 연구개발 결과물에서 기술료가 발생하면 지급하는 것이므로 그 지급 여부는 연구개발 결과물의 특허 관련성과 무관하며, 넷째, 그 지급대상에 발명자는 물론 참여연구원, 심지어는 해당 연구에 참여하지 않은 지원인력도 포함하도록 규정되어 있는 점 등으로 볼 때, 청구법인이 연구개발이 완료된 신기술 중 일부를 사업자에게 기술이전 계약을 체결하고 대가를 받은 것을 재원으로 하여 교수에게 지급한 쟁점기술료는 연구개발 결과물의 특허 관련성과는 무관하고, 발명자인 종업원이 특허권 등을 사용자 등에게 승계하는 대신 지급받는 직무발명보상금과는 그 성격이 다르므로 기술료 성과급에 대하여 기타소득으로 과세한 처분은 잘못이 없다.

• 가. 쟁 점

(1) 청구법인이 교수에게 지급한 쟁점기술료를 기타소득으로 보아 과세한 처분의 당부

(2) 비과세관행의 성립 여부 및 가산세(원천징수불이행가산세, 지급조서제출불성실가산세) 부과처분의 당부

• 나. 관련법령 (1) 소득세법 제12조 (2007.12.31. 법률 제8825호로 개정된 것)【비과세소득】 다음 각 호의 소득에 대해서는 소득세를 과세하지 아니한다.

5. 기타소득 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소득

• 라. 종업원의 직무와 관련된 우수발명으로서 대통령령으로 정하는 것에 대하여 지급되는 다음의 보상금 1) 종업원이 발명진흥법 제15조 에 따라 사용자로부터 받는 보상금

2. 대학의 교직원이 소속 대학에 설치된 산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률에 따른 산학협력단으로부터 같은 법 제32조에 따라 받는 보상금 제12조(2007.12.31. 법률 제8825호로 개정되기 전의 것)【비과세소득】 다음 각 호의 소득에 대해서는 소득세를 과세하지 아니한다.

5. 기타소득 중 다음 각 목의 1에 해당하는 소득

• 라. 종업원의 직무와 관련된 우수발명으로서 대통령령이 정하는 것에 대하여 사용자로부터 받는 보상금 (2) 소득세법 시행령 제18조 (2008.2.22. 대통령령 제20618호로 개정되기 전의 것)【비과세되는 기타소득의 범위】

② 법 제12조 제5호 라목에서 "대통령령이 정하는 것"이란 발명진흥법에 따른 직무발명을 말한다. (3) 발명진흥법 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "발명"이란 특허법·실용신안법 또는 디자인보호법에 따라 보호 대상이 되는 발명, 고안 및 창작을 말한다.

2. "직무발명"이란 종업원, 법인의 임원 또는 공무원(이하 "종업원등"이라 한다)이 그 직무에 관하여 발명한 것이 성질상 사용자·법인 또는 국가나 지방자치단체(이하 "사용자등"이라 한다)의 업무 범위에 속하고 그 발명을 하게 된 행위가 종업원등의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명을 말한다.

4. "산업재산권"이란 특허법·실용신안법·디자인보호법 또는 상표법에 따라 등록된 특허권, 실용신안권, 디자인권 및 상표권을 말한다. 제10조【직무발명】

① 직무발명에 대하여 종업원등이 특허, 실용신안등록, 디자인등록(이하 "특허등"이라 한다)을 받았거나 특허등을 받을 수 있는 권리를 승계한 자가 특허등을 받으면 사용자등은 그 특허권, 실용신안권, 디자인권(이하 "특허권등"이라 한다)에 대하여 통상실시권(通常實施權)을 가진다. 제15조【직무발명에 대한 보상】

① 종업원등은 직무발명에 대하여 특허등을 받을 수 있는 권리나 특허권등을 계약이나 근무규정에 따라 사용자등에게 승계하게 하거나 전용실시권을 설정한 경우에는 정당한 보상을 받을 권리를 가진다. (4) 특허법 第2條【定義】 이 法에서 사용하는 用語의 定義는 다음과 같다.

1. "發明"이라 함은 自然法則을 이용한 技術的 思想의 創作으로서 高度한 것을 말한다.

2. "特許發明"이라 함은 特許를 받은 發明을 말한다.

3. "실시"라 함은 다음 各 目의 1에 해당하는 행위를 말한다.

• 가. 물건의 發明인 경우에는 그 물건을 生産·사용·讓渡·貸與 또는 輸入하거나 그 물건의 讓渡 또는 貸與의 請約(讓渡 또는 貸與를 위한 展示를 포함한다. 이하 같다)을 하는 행위
• 나. 방법의 發明인 경우에는 그 방법을 사용하는 행위
• 다. 물건을 生産하는 방법의 發明인 경우에는 나目의 행위외에 그 방법에 의하여 生産한 물건을 사용·讓渡·貸與 또는 輸入하거나 그 물건의 讓渡 또는 貸與의 請約을 하는 행위 (5) 과학기술기본법 제11조의3 【국가연구개발사업결과물의 소유·관리 및 활용촉진 】① 국가연구개발사업의 결과물은 국가연구개발사업에 참여하는 연구형태와 비중, 연구개발결과물의 유형 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 연구기관 등의 소유로 한다. 다만, 중앙행정기관의 장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 국가의 소유로 할 수 있다.

2. 연구개발결과물을 공공의 이익을 목적으로 활용하기 위하여 필요한 경우

3. 연구기관 등이 국외에 소재한 경우

4. 그 밖에 연구기관 등이 소유하기에 부적합하다고 인정되는 경우 제11조의4【기술료의 징수 및 사용】

① 연구개발결과물 소유기관의 장(제11조의3 제2항에 따라 전문기관 등에 위탁한 경우에는 위탁받은 기관의 장)은 연구개발결과물을 실시(연구개발결과물을 사용․양도․대여 또는 수출하려는 것을 말한다. 이하 같다)하려는 자와 실시권의 내용, 기술료 및 기술료 납부방법 등에 관하여 계약을 체결하는 때에는 기술료를 징수하여야 한다. 다만, 연구개발결과물 소유기관이 소유하고 있는 결과물을 직접 실시하려는 경우에는 전문기관의 장이 기술료를 징수할 수 있다.

③ 연구개발결과물 소유기관의 장은 제1항에 따라 징수한 기술료를 다른 법률에 특별한 규정이 없으면 다음 각 호의 용도에 사용하여야 한다.

1. 참여연구원이나 기술확산에 기여한 직원 등에 대한 보상금

3. 그 밖에 대통령령으로 정하는 분야

(6) 산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률 제25조【산학협력단의 설립․운영】

① 대학은 학교규칙으로 정하는 바에 따라 대학에 산학협력에 관한 업무를 관장하는 조직(이하 “산학협력단”이라 한다)을 둘 수 있다.

② 산학협력단은 법인으로 한다.

③ 산학협력단은 대통령령으로 정하는 바에 따라 주된 사무소의 소재지에서 설립등기를 함으로써 성립한다.

④ 산학협력단의 명칭에는 해당 학교명이 표시되어야 한다. 제31조【수입】

① 산학협력단은 다음 각 호의 재원을 수입으로 한다.

1. 국가나 지방자치단체로부터의 출연금 및 보조금

2. 제24조 제1항에 따른 산학협력계약에 따른 수입금, 유가증권, 그 밖에 재산적 가치가 있는 물건

3. 산학협력 성과에 따른 수익금, 유가증권, 건물, 그 밖에 재산적 가치가 있는 물건

4. 산학협력에 관하여 접수한 기부금품

5. 제36조에 따라 국․공립대학 또는 산학협력단이 설치한 학교기업으로부터의 운영 수입금

6. 기술지주회사로부터의 배당 및 그 밖의 수익

7. 그 밖에 이자수입(이자수입) 등 대통령령으로 정하는 수입금 제32조【지출】

① 산학협력단은 다음 각 호의 지출을 할 수 있다.

4. 제31조 제1항 제2호부터 제7호까지의 재원 수입에 기여한 교직원 및 학생에 대한 보상금

② 제1항 제4호에 따른 보상금 지급의 기준․절차와 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(7) 산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률 시행령 제22조【보상금의 지급】

① 법 제32조 제1항 제4호에 따라 산학협력단의 재원 수입에 기여한 교직원과 학생에게 지급하는 보상금은 재원의 성격, 수입금액의 정도, 지급대상자의 기여도 등을 고려하여 지급액을 달리하며, 구체적인 지급기준은 정관으로 정한다. 다만, 보상금 지급에 관하여 다른 법령에서 따로 정하고 있는 경우에는 그에 따른다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률에 의하여 설립된 특별법인이고, OOO대학교 학칙의 적용을 받는 대학의 부속기관으로 교육연구용역을 제공하는 비영리법인이며, 청구법인은 교수로부터 승계한 특허권의 양도, 전용실권의 설정 및 통상실시권의 허여로 수입이 발생한 경우 지급받은 기술료의 60% 상당을 연구자인 교수에게 실시보상금으로 지급하고 있다. (가) 감사원은 과학기술기본법 제11조의4 와 국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정 제23조 등의 규정에 따라 청구외 OOO연구원에서 기술료를 재원으로 하여 연구개발과제에 참여한 연구원 등에게 인센티브로 지급한 기술료 성과급을 비과세 기타소득인 직무발명보상금으로 잘못 판단함에 따라 부족 징수된 소득세를 징수하도록 국세청장에게 통보하였고, 청구외 OOO연구원 이외에 다른 연구기관도 유사한 사례가 있는지 확인하고 부족 징수된 소득세의 추가 징수하는 방안도 마련할 것을 통보하였으며, 감사원의 통보자료에는 OOOOOOO연구원, OOO연구원, OOO연구소는 기술료 성과급을 모두 과세되는 근로소득으로 분류하여 신고한 것으로 나타난다. (나) 청구법인은 2006년～2010년까지 연구개발과제에 참여한 연구원에게 지급한 쟁점기술료를 발명진흥법에 의한 직무관련 발명보상금으로 보아 비과세 기타소득으로 분류하고 신고하지 아니하였으며 그 지급내역은 아래의 〈표〉와 같다. 〈표〉쟁점기술료 연도별 지급내역 (단위: 원) 귀속연도 기술료수입액 지급내역 비과세기타소득 인원 지급액 인원 지급액 2006 78,081,487 2 13,979,770 2 13,979,770 2007 505,504,507 7 209,631,800 7 209,631,800 2008 477,530,459 16 176,727,940 16 176,727,940 2009 640,717,242 22 398,581,585 22 398,581,585 2010 655,336,202 23 399,422,670 23 399,422,670 총계 2,357,169,897 70 1,198,613,765 70 1,198,613,765

(2) 청구법인은 쟁점기술료가 직무발명의 승계를 원인으로 하여 그에 대한 보상차원에서 지급된 금원으로 발명진흥법 제15조 의 직무발명보상금에 해당되고, 보상금이 기술료 보상금에 해당한다 하더라도 기술료 보상금은 비과세 기타소득에 해당한다는 주장으로, OOO대학교지식재산권규정 등을 제시하였는 바, 주요 주장 논거는 다음과 같다. (가) 처분청은 사실관계가 전혀 다른 별개의 사안에 대하여 동일한 과세논리를 적용하는 위법을 범하고 있는바, 청구법인은 이 건 보상금을 오로지 발명자에게 한하여 지급하고 있고, 청구외 OOO연구원이 지급한 보상금은 당초 근로소득으로 과세처분 되었으나, 청구법인이 지급한 이 건 보상금(기타소득)과는 성격을 달리하는 것으로 아래와 같이 차이가 있다. 구분 청구외 OOOOOO연구원 청구법인 법률 소득세법 제20조 제1항 제1호 소득세법 제21조 제1항 제7호 소득 구분 지급대상자는 청구외 연구원 소속 직원으로, 기술료 보상금은 근로제공으로 인하여 지급하는 성과급으로 파악하여 근로소득으로 과세 발명자인 교수는 OOO대학교 소속 직원으로, 청구법인으로부터 받는 이 건 보상금은 근로재공의 대가로 볼 수 없어 기타소득으로 과세 지급 대상자 연구개발사업에 직접 참여하지 않은 지원인력 등의 자도 포함 해당발명자에게 보상함을 말함 해당 발명자에게만 지급 (나) 청구법인이 지급한 이 건 보상금이 기술료 보상금에 해당한다 하더라도, 기술료 보상금은 소득세법 제12조 제5호 라목 소정의 비과세 기타소득인 직무발명보상금에 해당한다.

1. 직무발명보상금의 근거 법령인산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률 제32조 및 동법 시행령 제28조, 발명진흥법 제15조 에서는 직무발명보상금을 특정 유형으로 한정하지 않고 연구기관의 정관 내지 운영규정에서 자유롭게 정하도록 규정하고 있다.

2. 대법원 판례(2010다26769, 2010.11.11.) 또한 직무발명보상금의 산정 기준을 설시함에 있어 연구개발결과물의 실시료율을 고려하므로 직무발명보상금과 기술료 보상금을 따로 구분하고 있지 않다.

3. 기술료 보상금은 기술이 활용된 후 보상금을 지급하는 것이고, 직무발명보상금은 발명품이 활용되기 전에도 보상금을 지급할 수 있어 보상금의 지급시기에만 차이가 있을 뿐, 발명자에게 발명에 대한 대가를 지급한다는 점에서 그 성격이 동일한 것이다.

4. 직무발명보상금의 근거 법률인 발명진흥법과 기술료 보상금의 근거 법률인 과학기술법은 과학기술발전과 발명을 장려하기 위하여 제정된 법으로 서로 배척하는 관계에 있지 않은바, 발명진흥법 제15조 는 소속기관이 있는 자가 직무상 발명을 한 경우 발명자와 소속기관과의 관계를 정립하고 그 발명자를 보호하기 위하여 규정이고, 과학기술법 제11조의4는 비영리법인이 기업체로부터 징수한 기술료를 우선적으로 발명자 등에게 지급하도록 제한하기위한 것으로 두 법률 모두 발명자에게 적절한 보상금을 보장하는데 그 의의가 있다. (다) OOO대학교 지식재산권규정(2002.10.29. 제1089호로 제정, 2006.8.21. 제1303호로 개정)의 주요내용은 아래와 같다. 제1조(목적) 이 규정은 OOO대학교(이하 “대학교”라 한다)의 교원, 직원 및 연구업무에 종사하는 자(이하 “교직원등”이라 한다)의 직무발명과 실시보상 및 기술이전 등에 관하여 규정함으로써 지식재산권을 보호․장려하고 연구개발기술의 이전 및 활용을 촉진함을 목적으로 한다. 제3조(용어의 정의) 이 규정에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각 호와 같다.

1. “직무발명”이라 함은 교직원 등이 그 직무에 관하여 발명한 것이 그 성질상 본교의 사업범위에 속하며, 그 발명을 하게 된 행위가 당해 교직원 등의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 경우를 말한다.

3. “발명자”라 함은 발명을 한 교직원 등을 말한다.

6. “실시보상”이라 함은 기술이전으로 인하여 기술료 수입이 발생하였을 때, 이를 해당 발명자에게 보상함을 말한다.

7. “실시자”라 함은 대학교가 단독 혹은 공동으로 보유한 지식재산권 등을 사용․활용 및 기업화하고자 요청하는 외부 제3자를 말한다. 제4조(발명자에 대한 보상) “연구원”이 제3조의 규정에 따라 권리를 승계한 때에는 이 규정이 정하는 바에 따라 보상금을 지급하여야 한다. 제6조(직무발명의 신고) ① 교직원 등이 제3조 제1호에서 규정한 직무발명을 한 경우 지체없이 그 발명의 내용을 협력단에 신고하여야 한다. 제8조(승계의 결정 및 통지) ① 발명자로부터 발명의 신고를 받은 협력단은 신고된 발명에 대하여 지식재산권심의위원회의 심의를 거쳐 권리의 승계여부를 결정한다. 다만, 신고된 발명이 제3조 제1호에 규정한 직무발명에 해당하고 발명자가 이에 동의한 경우에는 심의를 생략할 수 있다.

② 승계결정을 통보받은 발명자는 즉시 직무발명에 대한 특허권 또는 특허를 받을 수 있는 권리를 협력단에 양도하여야 한다. 제11조(출원 등의 제한) 발명자는 제8조의 규정에 따라 협력단이 특허를 받을 권리를 승계하지 아니하겠다는 통지를 받은 이후가 아니면 자기 명의로 특허출원을 하거나 특허를 받을 수 있는 권리를 제3자에게 양도할 수 없다. 제24조(등록보상금) ① 협력단은 공무원직무발명의처분․관리및 보상등에관한규정 제16조 및 제22조에 의하여 등록보상금을 매 권리당 특허권은 50만원, 실용신안권은 30만원, 의장권은 20만원을 발명자에게 지급할 수 있다. 다만, 실용신안권에 대한 등록보상금은 실용신안법 제25조 제2항 의 규정에 의한 유지결정을 받은 경우에 한한다.

② 제1항의 규정에 의한 등록보상금은 동일한 직무에 대하여 1회에 한하여 지급한다. 제25조(실시보상금) ① 협력단은 연구활동의 성과로서 획득한 지식재산권의 실시양도, 전용실시권의 설정, 통상실시권의 허여 또는 연구수행 과정중 획득한 노하우 등의 기술이전으로 인하여 수입이 발생하였을 경우에 특허출원 및 기술이전에 소요된 비용을 공제한 잔액을 발명자 60%, 협력단 40%의 비율로 배분한다. 단 연구협약에서 협약된 사항이 있을 경우 협약내용에 따른다.

(3) 정부는 대학이 고용관계에 있는 교직원에게 직접 지급하는 직무발명보상금은 비과세되나, 산학협력단이 소속대학 교직원에게 지급하는 직무발명 보상금은 과세되는 문제점을 해결하기 위하여 산학협력단이 지급하는 직무발명 보상금을 비과세에 추가하는 것으로 소득세법 제12조 제5호 를 2007.12.31. 법률 제8825호로 개정하여, 산학협력단이 2008.1.1. 이후 지급하는 분부터 적용되도록 하였다.

(4) 쟁점①에 대하여 살펴본다. 처분청은 산학협력단인 청구법인이 교수에게 지급한 쟁점기술료가 소득세법상 과세대상인 기타소득이라는 의견이나, 대학의 교직원이 소속대학에 설치된 산업교육진흥 및 산학협력 촉진에 관한 법률에 따른 산학협력단으로부터 같은 법 제32조에 따라 2008.1.1. 이후 지급받는 보상금은 비과세 대상으로 보도록 소득세법 제12조 제5호 가 2007.12.31. 법률 제8825호로 개정되었고, 쟁점기술료 중 청구법인이 특허권․실용신안권․디자인권으로 등록된 권리의 허여 등을 통하여 기업으로부터 수령한 수입금액 중 발명자인 교원에게 지급한 보상금은 소득세법 제12조 제5호 라목에 따른 비과세 기타소득에 해당되는 것(재소득 46073-181, 2002.12.30. 참조)임에도, 처분청이 쟁점기술료 모두를 과세대상의 기타소득으로 보아 기타소득세를 과세한 처분은 부당한 것으로 판단된다.

(5) 쟁점②에 대하여 본다. (가) 비과세관행이 성립하려면 상당한 기간에 걸쳐 과세를 하지 아니한 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라, 과세관청 자신이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 않는다는 의사가 있어야 하며, 위와 같은 공적견해나 의사는 명시적 또는 묵시적으로 표시되어야 하지만 묵시적 표시가 있다고 하기 위하여는 단순한 과세누락과는 달리 과세관청이 상당기간의 비과세 상태에 대하여 과세하지 않겠다는 의사표시를 한 것으로 볼 수 있는 특별한 사정이 있어야 하는 것(조심 2011중1443, 2011.6.27., 같은 뜻임)인 바, 이와 같은 사실이 확인되지 아니하는 이 건의 경우 비과세관행이 성립되었다고 보기 어렵다. (나) 또한, 청구법인은 원천징수불이행가산세 및 지급조서제출불성실가산세를 부과한 처분이 부당하다는 주장이나, 국세기본법 제48조 제1항 에서 납세자가 의무를 이행하지 아니한데 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니하도록 규정하고 있으나, 여기서 정당한 이유란 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 또는 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 할 만한 사정이 있을 때, 즉 책임을 물을 만한 기대가능성이 없을 때에 정당한 사유가 있다 할 것(대법원 2002두10780, 2004.6.24., 대법원 96누15404, 1997.8.22.)인 바, 산학협력단이 소속 대학에 설치된 산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률에 따른 산학협력단으로부터 같은 법 제32조에 따라 2008.1.1. 이후 지급받는 보상금은 비과세되는 것으로 개정(2007.12.31. 법률 제8825호) 되었고, 쟁점기술료 중 특허권․실용신안권․디자인권으로 등록된 권리에 따라 지급한 보상금만 비과세 기타소득에 해당되는 것(재소득 46073-181, 2002.12.30. 참조)으로 해석하여 왔으므로 가산세를 부과한 처분이 부당하다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.