종합부동산세 공정시장가액비율 및 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 공제되는 재산세액을 산정한 처분은 정당함

심판청구를 기각한다.

• 가. 처분청은 청구법인이 종합부동산세 과세기준일(2011.6.1.) 현재 보유하고 있는 과세물건에 대하여 종합부동산세액 계산시 공제되는 재산세 상당액을 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용한 과세표준의 표준세율 재산세액을 적용하여2011.11.22. 청구법인에게 2011년 귀속 종합부동산세 OOO원과 농어촌특별세 OOO원을 결정·고지하였다.
• 나. 청구법인은 이에 불복하여 2012.2.7. 이의신청을 거쳐 2012.5.18.심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 종합부동산세는 과세기준일인 매년 6월 1일 현재 일정한 가액을 초과하는 주택과 토지를 보유하는 자에 대하여 그 부동산 가액을 과세표준으로 삼아 과세하는 세금으로서 일정한 부동산의 보유 자체에 담세력을 인정하여 부과하는 재산보유세에 해당한다. (구)종합부동산세법제9조 제3항, 제14조 제3항, 제6항은 종합부동산세 과세대상 부동산의 과세표준 금액에 대하여 ‘해당 과세대상 부동산’의 재산세로 부과된 부동산의 종합부동산세액에서 이를 공제한다고 규정하여 재산세와 종합부동산세의 같은 과세대상 부분에 대하여 부과된 재산세액을 공제하여 주는 방식으로 이중과세를 방지하고 있다.

(2) 2009년 개정된종합부동산세법제9조 제3항, 제14조 제3항, 제6항 및 동 법 시행령 제4조의 2, 제5조의 3 제1항, 제2항은 종합부동산세액을 산정함에 있어 종합부동산세의 과세대상이 되는 부분에 대하여 재산세로 부과된 세액을 종합부동산세에서 공제되는 재산세액을 산정함에 있어 계산방식으로 규정한 종합부동산세법 시행규칙별지 제3호 서식상의 계산방식을 따르고 있고, 위 계산방식에 의하면 종합부동산세 과세대상이 되는 부분에 대하여 부과된 재산세액 중 종합부동산세에 적용되는 공정시장가액비율이 적용된 만큼만 공제되고 나머지 부분(재산세액 × (1-공정시장가액비율)은 공제되지 않게 되는 바, 이 부분은 동일한 과세대상에 대한 재산세와 종합부동산세의 이중과세에 해당되므로 종합부동산세에서 ‘공제할 재산세액’을 납부한 재산세 전액에 대하여 공제할 재산세액으로 계산하여 종합부동산세를 과세하는 것이 타당하다.

• 나. 처분청 의견 청구법인은 동일한 과세물건에 대하여 부담의 본질이 같은 세목을 중복적으로 과세하는 것은 이중과세에 해당한다고 주장하나 동일한 과세물건에 대하여 동일한 부동산 보유세인 재산세와 종합부동산세가 중첩적으로 부과되는 이상 이중과세의 문제는 필연적으로 발생하게 마련이고,종합부동산세법은 그 세액을 산정함에 있어 이미 납부한 재산세를 공제하도록 하여 재산세와 종합부동산세의 이중과세 문제를 조정하고 있음에도 종합부동산세 시행규칙이 재산세액 중 일부만 공제하도록 규정하고 있어 위법하다고 주장하나, 재산세액 공제제도란 동일재산에 대하여 재산세와 종합부동산세가 이중으로 과세되는 현상을 방지하기 위하여 종합부동산세 과세표준 금액에 부과된 재산세를 납부할 종합부동산세액에서 공제하여 줌으로써 이중과세를 방지하기 위한 제도인 바, 이 같은 이중과세의 문제는 종합부동산세가 부과되는 부분에 대한 재산세액을 납부할 종합부동산세액에서 공제하면 해소되는 것인데, 종합부동산세는 과세기준금액을 초과하여 부동산을 보유하고 있는 자에게 부과되는 세금이긴 하나, 종합합산토지는 공시가격에서 5억원을, 별도합산토지는 공시가격에서 80억원을 공제하고 여기에 다시 공정시장가액비율과 세율을 곱하여 계산함으로써 공제된 과세기준금액 및 과세표준에서 제외된 부분[(공시지가 - 5억원 등) x (1 - 공정시장가액비율)]에 대하여는 종합부동산세는 부과되지 않는 것이므로 이중과세문제가 발생하지 않는다.

• 가. 쟁점 종합부동산세액 계산에서 공제되는 재산세액을 종합부동산세 과세표준금액에 대한 재산세 표준세액을 적용하여 과세한 처분의 당부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 이 건 과세관련 심리자료에 의하면 아래의 사실이 나타난다. (가) 처분청의 과세처분 및 종합부동산세 산출내역은 아래 <표1>·<표2>와 같고, 청구주장 종합부동산세 산출내역은 아래 <표3>과 같다. (나)종합부동산세법제13조【과세표준】제1항 및 제2항에 의하면, 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 5억원을, 별도합산과세대상인 경우 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 80억원을 공제한 금액에 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 하도록 규정되어있고, 종합부동산세법 시행령제2조의4【공정시장가액 비율】에서 종합합산과세대상 토지 및 별도합산과세대상 토지에 대하여 공정시장 가액비율을 100분의 80으로 규정하였다. (다) 종합부동산세법 시행령제5조의3 【토지분 종합부동산세의 재산세 공제】제1항 및 제2항에 의하면, 전체 재산세 표준세액에서 종합부동산세 과세표준금액 에 대한 재산세표준세액이 차지하는 비율에 상당하는 금액을 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액으로 하도록 규정하고 있다. (라) 종합부동산세법 시행규칙별지 제3호 서식 부표(2) 작성요령 7번에 의하면, 종합합산토지는 “(감면후 공시가격 - 5억) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 0.5%”를, 별도합산토지는 “(감면후 공시가격 - 80 억) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 0.4%”를 종합부동산세 과세표준 표준세율 재산세액”으로 하도록 규정하고 있다.

(2) 살피건대,종합부동산세법상 재산세액 공제 규정은 종합부동산세 과세표준금액에 부과된 재산세를 납부할 종합부동산세에서 공제함으로써 이중과세 문제를 조정하고자 함에 그 제도적 취지가 있다 할 것인 바, 종합부동산세법에서 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 종합부동산세의 과세표준으로,지방세법에서 시가표준액에 재산세 공장시장가 액비율을 적용한 금액을 재산세 과세표준으로 하도록 각각 규정하고 있으므로 종합부동산세법 시행령제5조의3 제1항 및 제2항의 각 산식 중 분자에 해당하는 “종합·별도합산과세대상인 토지분 과세기준 금액을 초과하는 분에 대하여 종합·별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액”이라 함은 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 종합부동산세 과세표준 상당액에 다시 재산세 공정시장가액비율 및 재산세 표준세율을 적용한 금액이라고 하겠다(조심 2012서1112, 2012.5.31. 같은 뜻). 따라서, 종합부동산세액 계산시 공제되는 재산세액을 산정함에 있어 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.