쟁점토지를 고가매입 한 것으로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용하여 과세한 처분은 부당함.

○○세무서장이 2012.1.14. 청구법인에게 한 2009년 귀속 법인세(원천징수분 근로소득세) 96,843,520원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청주법인의 대표이사 박○○은 2005.7.8. ○○○으로부터 취득한 ○○북도 ○○ 군 ○○읍 ○○리 132번지 소재 전 4,760㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2009.3.6. 청구 법인에 양도하고, 취득가액 5억원, 양도가액은 5억1,000만원으로 하여 2009년 귀속 양도소득세 264,347원을 예정 신고·납부하였다.
• 나. 처분청은 박○○에 대한 조사(2011.8.22∼2011.9.2.)결과, 청구법인이 쟁점토지를 박○○으로부터 고가로 매입한 것으로 보아법인세법제52조(부당행위계산의 부인)에 따라 이를 부인하고, 같은 법 시행령 제89조 제2항 제1호에 따라 청구법인이 2009.3.6. 증평농협으로부터 대출 담보를 위해 감정평가한 가액 2억1,896만원(이하 “쟁점감정평가액”이라 한다)을 쟁점토지의 양수가액으로 보아 박○○이 납부한 양도소득세를 환급하고, 양수가액 차액을 대표자 상여로 소득처분하여, 2012.1.14. 청구법인에게 2009년 귀속 법인세(원천징수분 근로소득세) 96,843,520원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.4.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 처분청은 박○○의 취득가액은 인정하면서도, 박○○과 청구법인 사이의 양수도가액에 대해서는 박○○이 신고한 5억1,000만원(107,142원/㎡)을 부인하고 쟁점감정평가액 2억1,896만원(46,000원/㎡)을 인정하였다. 그러나, 담보목적으로 제공한 쟁점감정평가액은 시가로 부적정한바, 판례(서울고법 2009누11082, 2009.11.3. 참고)는 시가가 불분명한 경우 감정가액으로 평가할 수는 있으나 대출을 받기 위한 가액을 단순히 금융기관이 평가한 경우에는 시가로 인정될 수 없다고 하고, 또한 심판결정례(조심 2009광57, 2010.3.17.)에서도 1개의 감정가액이라고 합리적으로 산정된 경우 시가로 인정할 수 있지만, 1개의 감정평가기관이 담보제공목적으로 평가한 감정가액은 시가로 인정받지 못한다고 결정하였으며, 쟁점감정평가액 산정시 비교표준지인 ○○북도 ○○군 ○○읍 ○○리 29번지는 지목, 지형 등이 쟁점토지와 상이하다. 쟁점감정평가액은 이후 쟁점토지 일부에 대한 수용보상가액과 비교하여도 시가로 부적정한바, 2009.3.6. 양수도 이후 쟁점토지의 일부 813㎡가 도로로 편입되어 ○○군수가 2010.2.18. 보상을 위해 감정평가하였고, 그 가액은 ㎡당 92,150원, 쟁점토지의 면적으로 환산시 4억3,863만원(2012.3.30. 최종결정시 96,800원/㎡, 면적환산시 4억6,076만원)으로서, 쟁점감정평가액은 위 보상액의 49.9%에 불과하여 현저히 시가에 미달한다. 또한, 매매사례가액 및 소급감정평가액과 비교하여도 쟁점평가가액은 부적정한바, 매매사례가액으로서 인근 ○○북도 ○○군 ○○읍 ○○리 137-1번지 답 2,112㎡가 2009.2.23. 2억원(94,697원/㎡)에 매매되었고, 이를 쟁점토지 면적으로 환산하면 4억 5,075만원이며, 2012년 소급하여 감정(2009.2.20. 기준)한 평가액도 4억3,545만원(91,481원/㎡)으로서, 위와 같은 매매사례가액 및 소급감정평가액과 비교하면 쟁점평가가액은 부적정하다. 박○○은 평생을 종자 개량 및 개발에 힘써 왔으며, 개발 목적의 토지를 회사자금사정으로 인해 박○○은 개인의 자금까지 사용하여 연구에 매진하였고, 토지를 통해 시세차익을 얻을 목적이나 사실이 전혀 존재하지 아니하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 담보목적으로 제공된 쟁점감정평가액이 시가로 부적정하다고 주장하나, 본 건은 특수관계 있는 자 간의 양도거래에 대하여법인세법제52조의 부당행위계산부인 규정을 적용하는 경우로서, 이에 따라 당해 토지가 시가로 불분명하여 같은 법 시행령 제89조 제2항의 규정을 적용할 때에는 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 평가한 은행대출을 위한 담보목적의 감정가액이 있으면 그 감정가액을 당해 토지의 시가로 볼 수 있다. 청구법인은 수용보상가액에 비하면 쟁점감정평가액이 부적당하다고 주장하나, 오히려 수용보상가액을 시가로 참조할 수 없는바, 수용보상을 위한 감정평가시 양도일(2009.9.6.)과 가격산정시점(2012.4.5.)이 1년 이상 경과하여 소득세법 시행령제176조의2 제3항 제1호에 위배(양도일 전후 3개월 이내)되고, 쟁점토지에 대하여는 당시 수용된 다른 토지들과 달리 공시지가가 높은 곳을 비교표준지로 산정하였으며, 기타 매매사례의 선정에서도 쟁점토지와 지목이 상이한 ○○북도 ○○군 ○○읍 ○○리 1051번지의 공장용지와 쟁점토지 자체를 선정하여 부적절하고, 양수도 당시의 지가하락률을 반영하지 못하였다. 청구법인이 드는 매매사례가액은 쟁점토지의 공시자가(28,400원/㎡)보다 높은 공시자가의 토지(68,400원/㎡)에 대한 것으로서 부적절하고, 쟁점감정평가액과 유사한 사례의 매매사례가액이 있으며(○○북도 ○○군 ○○읍 ○○리 26번지 2009.6.5. 양도시 65,344원/㎡, 같은 리 27-2번지 2009.5.20. 양도시 36,152원/㎡, 같은 리 1121번지 2009.1.6. 양도시 30,232원/㎡), 세법적용의 안정성을 위하여 소급감정평가액을 인정할 수 없다. 쟁점토지는 지가하락 추세에 있었던바, 청구법인의 양수시 감정평가서에서 확인되는 쟁점토지 소재 ○○북도 ○○군 관리지역의 지가변동률은 하락 추세에 있었고, 박○○의 취득 당시 2004년∼2005년에는 ○○대학교 ○○캠퍼스의 이전에 따른 개발심리 등으로 지가가 급등하였으나 당초 계획과는 달리 쟁점토지 주변에 ○○대학교 ○○캠퍼스의 정문이 아닌 후문이 위치하게 되어 박○○이 청구법인으로 양도 당시 분명히 지가하락 요인이 존재하였다.

• 가. 쟁 점 쟁점토지를 특수관계자로부터 고가로 양수한 것으로 보아 부당행위계산 부인하고 대표이사에게 상여처분하여 과세한 처분의 당부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 박○○으로부터의 쟁점토지 양수가액 5억1,000만원은, 양수 후 쟁점토지 일부에 대한 수용보상가액이나 매매사례가액, 소급감정가액과 비교하여 정당하다고 주장하면서, 쟁점토지 일부 813㎡에 대한 손실보상금 지급명세(2012.3.30.), 쟁점토지 인근 ○○북도 ○○군 ○○읍 ○○리 137-1 답 2,112㎡에 대한 부동산등기부등본, 쟁점토지에 대한 주식회사 중앙감정평가법인 및 주식회사 대한감정평가법인의 감정서(2012.4.10., 2012.4.11.), 쟁점토지에 대한 개별공시지가 등을 제출하였다.

(2) 처분청은 현장 조사 결과 박○○과 청구법인 사이의 쟁점토지의 양수도시 인근 지역의 지가가 하락하고 있었고, 쟁점토지 일부에 대한 수용보상가액은 가격산정시점, 비교표준지 산정, 지가상승률의 반영 등에 있어 시가 참조 대상이 아니며, 청구법인이 제시한 매매사례가액이나 소급감정가액은 이를 인정할 수 없어 시가가 불분명하므로, 법인세법 시행령제89조 제2항 제1호에 따라 감정평가법인이 감정한 가액으로 쟁점토지의 양수가액을 산정한 것은 정당하다는 의견으로서, 양도소득세 조사종결보고서(2011년 9월), 쟁점토지 일부의 보상을 위해 작정된 주식회사 ○○감정법인 및 주식회사 △△감정평가법인 감정평가서(2010.3.17, 2010.3.18.), 쟁점토지 인근 ○○북도 ○○군 ○○리 26번지, 같은 리 27-2번지 및 같은 리 1121번지의 매매사례 등을 제시하였다.

(3) 법인세법제52조 제1항은 특수관계자와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다고 규정하고 있고, 같은 조 제2항에서는 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계자가 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(이하 “시가”라 한다)을 기준으로 평가하도록 규정하고 있다. 법인세법 시행령제88조 제1항 제1호에서는 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우를 말한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제89조 제2항에서는 시가가 없는 경우에 부동산은 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액과 상속세 및 증여세법제61조의 규정을 준용하여 평가한 가액을 순차적으로 적용하도록 규정하고 있다.

(4) 위 사실관계와 제시증빙 및 관련 법률을 종합하여 살펴본다. (가) 처분청과 청구법인이 제시한 자료에 의하면, 쟁점토지의 양수가액에 관한 ①박○○의 신고가액, ②쟁점감정평가액, ③보상가액, ④소급감정가액, ⑤ 청구법인 제시 매매사례가액의 내역은 아래 〈표1〉과 같이 나타난다. 〈표1〉양수가액 자료 (단위: ㎡, 원)

① 박○○신고

② 쟁점감정평가액

③ 보상가액

④ 소급 감정가액

⑤ 매매 사례가액 대상 (지목·면적) 쟁점토지 (전·4,760) 쟁점토지 (전·4,760) 쟁점토지일부 (전·813) 쟁점토지 (전·4,760)

○○리137-1 (답·2,112) 행위일 2009.3.6.매매 2009.2.27.작성 2010.2.18.작성 2012.4.10.작성 2009.2.23.매매 기준시점 2009.2.27 2010.4.5. 2009.2.20. ㎡당 가액 107,142 46,000 92,150 91,481 94,697 4,760㎡ 환산가액 510,000,000 218,960,0000 438,634,000 435,450,000 450,757,575 비교표준지 (면적) (공시지가)

○○리29 답 (2,679) (36,000원/㎡)

○○리137-2 (1,640) (49,000원/㎡)

○○리29 (2,679) (36,000원/㎡) 기타사례

○○리142답

○○리40-1전

○○리119-4전

○○리1051

○○리132 목적

• ○○농협의 대출담보평가

○○군수 토지 보상

• 감정기관

• ○○감정 평가법인 △△감정평가법인,▲▲감정 평가법인 ▽▽감정평가법인,▼▼감정평가법인

• (나) 쟁점토지 등에 대한 공시지가는 아래 〈표2〉와 같이 나타나는바, 쟁점토지는 2009년 양수도 당시까지 쟁점토지의 공시지가는 상승하였던 것으로 나타난다. 〈표2〉 공시지가 쟁점토지

○○리29 (②쟁점감정평가액의 비교표준지)

○○리137-2 (③보상감정액의 비교표준지)

○○137-1 (청구법인 제시 매매사례) 2005(취득) 18,700 16,000 30,000 40,500 2006 24,100 30,000 40,000 54,000 2007 26,800 33,000 45,000 62,800 2008 29,400 36,000 49,000 68,400 2009(양도) 29,400 36,000 49,000 68,400 2010 29,400 36,000 49,000 68,400 용도지역 계확관리지역 계확관리지역 계확관리지역, 주거개발진흥지구, 주거전용 위치 도로 연접 토지 도로 건너편 토지 (다) 처분청은 박○○이 2005.7.8. 쟁점토지를 취득한 가액 5억원에 대하여는 적정하다고 판단한 것으로 나타난다. (라) 살피건대,법인세법소정의 부당행위계산 부인에 있어 법인과 특수관계에 있는 자 사이의 거래행위가 경제적 합리성을 무시한 비정상적인 것인지 여부를 판단함에 있어서 당해 거래행위가 대가 관계만을 따로 떼어내어 단순히 특수관계가 아닌 자와의 거래형태에서는 통상 행하여지지 아니하는 것이라 하여 바로 경제적 합리성이 없다고 없다고 볼 것이 아니라, 거래행위의 제반 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 것인지 여부에 따라 판단하는 것인바(조심2007서5252, 2009.2.16. 참고), 처분청은 쟁점토지의 양수도 당시 인근의 지가가 하락하여 박○○이 신고한 쟁점토지의 양도가액 5억1,000만원(107,142원/㎡) 보다 낮은 ㎡당 3∼6만원 정도였으므로, 청구법인이 대표이사인 박○○으로부터 쟁점토지를 고가로 양수한 것으로 보아 법인세법제52조에 따라 부당행위계산 부인하고 대표이사인 박○○에게 상여처분하여 이 건 근로소득세를 부과한 것은 정당하다는 의견이나, 쟁점토지의 공시지가는 2005년 박○○의 취득 당시 18,700원/㎡에서 2009년 청구법인의 양수 당시 29,400원/㎡으로 상승하였으며 이후 2010년에도 같은 금액으로 유지되었고, 쟁점토지 인근의 ○○북도 ○○군 ○○읍 ○○리 29번지, 같은 리 137-1번지, 같은 리 137-2번지 등 토지의 공시지가도 이와 유사하게 나타나는 점, 처분청은 박○○의 2005.7.8. 취득가액은 5억원으로 인정하였음에도 처분청이 박○○과 청구법인간의 양수도가액으로 인정한 쟁점감정평가액은 2억1,896만원으로서 취득가액의 43.8%에 불과한 점, 쟁점토지 양수도 이후 쟁점토지의 일부에 대한 수용보상가액은 92,150원/㎡로서 박○○이 신고한 양도가액 107,142원/㎡와 크게 차이나지 아니한 점, 처분청은 위 수용보상가액을 인정한 감정평가가 인근 다른 수용토지와 비교하여 가격산정시점, 비교표준지나 기타 매매사례의 선정, 지가상승률의 반영 등에서 객관성을 결여하므로 시가 참조 대상이 아니라는 의견이나, 보상감정가액이 객관성·합리성을 잃었다고 할 특별한 사정은 보이지 아니하는 점 등에 비추어 보면, 청구법인이 쟁점토지를 시가보다 고가로 박○○으로부터 양수하였다고 판단되지 아니하므로, 처분청이 박○○에게 상여로 처분하여 청구법인에게 이 건 근로소득세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.