종계장 시설 등은 사업용고정자산손실보상금에 해당하여 총수입금액 산입대상으로 보지 아니하는 것임

OOO세무서장이 2012.3.28. 청구인에게 한 2007년 귀속 종합소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 1988.5.1.부터 충청남도 OOO외 본인 명의의 토지와 그 지상의 남편 지OOO 명의의 건물에서 ‘OOO농장’이란 상호로 개인사업자 등록을 하고 종계장(이하 “쟁점사업장”이라 한다)을 운영하던 중, 쟁점사업장이 택지개발지구에 편입되어 수용됨에 따라, 2006.2.24, 2006.5.19. 및 2006.7.20. 각각 한국토지주택공사로부터 토지보상금 OOO원, 지장물보상금 OOO원(영업용 고정자산 손실보상금이 포함된 영업권 보상금 OOO원과 그 외 나무 및 비품 지장물 보상금 OOO원) 합계 OOO원을 수령하였다.
• 나. 대전지방국세청장은 2011.4.19.부터 2011.5.25.까지 청구인에 대한 조사 결과, 청구인이 수령한 지장물보상금 OOO원 중에 쟁점사업장의 2년간 영업이익 보상금 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)이 포함되었으나, 청구인은 쟁점금액을 총수입금액에 산입하여 종합소득세를 신고하지 않았다고 보아, 처분청에 과세자료를 통보하였다.
• 다. 처분청은 위 과세자료를 근거로 하여, 2011.8.5. 청구인에게 2007년 귀속 종합소득세 OOO원을 고지하였고, 청구인은 이에 불복하여 2011.8.24. 심판청구를 제기하여 우리 원은 처분청에 2012.2.1. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 시행규칙 제46조 등에 의거 청구인의 사업소득 총수입금액에 산입하는 2년간 영업이익 보상금을 재조사하도록 결정하였으나, 처분청은 2012.3.28. 청구인에게 당초 처분이 정당하다는 재조사결과를 통보하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2012.4.13. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 국세기본법 제80조 의 규정에 의하면 심판청구에 대한 결정은 당초 처분청과 그 밖의 관계 행정청을 기속한다고 규정하고 있는바, 조세심판원에서 재조사 결정을 통보하였으면, 처분청은 주문대로 조세심판원의 결정에 따라야 한다. 조세심판원의 재조사 결정에 따를 경우 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 시행규칙(이하 “ 토지보상법 시행규칙”이라 한다) 제46조에 따른 최근 3년간 청구인의 평균영업이익은 OOO원이며, 결국 2007년 귀속 사업수입금액에 가산하는 영업이익금은 평균소득 OOO원의 2년간 영업이익금인 OOO원임에도 불구하고, 처분청이 재조사 결과 당초처분이 정당하다는 취지의 조사결과를 통지한 것은 국세기본법 제80조 에 반하는 위법한 결정이므로 조세심판원의 당초 결정에 의해 세액을 재경정하여야 한다. 청구인이 제출한 토지수용(협의매수)확인서(2011.1.18.), 토지수용확인원(2011.6.3.) 등에 의하면, 보상대상에 관하여 영업손실보상금에 포함되는 2년간 영업이익금에 대한 내역 없이 토지, 지장물, 영업권 형태로만 표시되어 있고, 위 제출증빙에 의하면, 쟁점사업장과 관련하여 종계장 시설, 종계, 기타 ‘물건’에 대한 손실보상으로 OOO원을 수령한 것으로 나타나고 있어 쟁점금액 OOO원 중 종합소득세 신고 기준 2년간의 영업이익인 OOO원을 초과한 금액은 ‘사업과 관련하여 무상으로 받은 자산’이 아니라 물건에 대한 손실보상금액으로 보는 것이 타당하다. 처분청은 청구인의 2003년∼2005년 귀속 관련 제 증빙 및 보상금 산정을 위한 청구인의 사업용 자산 목록 등의 서류가 존재하지 않아 실지 영업이익을 확인할 수 없다는 의견이나, 토지보상법 시행규칙 제46조 에서 2년간의 영업이익(개인영업인 경우에는 소득)은 청구인이 OOO세무서장에게 2003년∼2005년 귀속으로 신고한 종합소득세 과세표준 및 세액 신고서에 의하여 확인할 수 있으므로 처분청의 주장은 부당하다. 처분청은 2년간의 영업이익을 OOO원으로 인정하면, 총 수령액 OOO원 중 OOO원을 초과 수령한 결과가 되며, 이 금액은 ‘사업과 관련하여 무상으로 받은 자산’에 해당한다는 의견이나, 토지보상법 제75조 에 의하면 건축물 등을 이전하기 어렵거나 그 이전으로 인하여 건축물 등을 종래의 목적대로 사용할 수 없게 된 경우에는 건축물·입목·공작물과 그 밖에 토지에 정착한 물건에 대하여는 해당 물건의 가격으로 보상하여야 한다고 규정하고 있고, 같은 법 제77조에 의하면 영업을 폐지하거나 휴업함에 따른 영업손실에 대하여는 영업이익과 시설의 이전비용 등을 고려하여 보상하여야 한다고 규정하고 있는바, 청구인은 위 법의 규정에 따라 쟁점사업장과 관련하여 종계장 시설, 종계, 기타 지장물 등의 물건 값과 손실보상금의 합계액을 영업권의 명목으로 OOO원(보상금 내역서 제출)을 수령하였으며, 영업권에는 수용확인원의 물건(물건 개별 평가를 하지 아니하고 일괄로 평가했음)과 기타 OOO번지의 지장물 등이 영업권에 포함되어 있다. 따라서 청구인이 OOO원을 초과 수령하였다는 처분청의 의견은 부당하다. 또한, 감정평가법인의 평가내역으로 보면 종계의 수입은 그 금액이 높은 2001년을 기준으로 하였으나, 비용은 2004년을 기준으로 하여 평가기준연도가 상이하여 그 산출근거가 불합리하고, 종계는 사업용 고정자산에 해당되어 고정자산매각손실보상금으로 OOO원을 수령하고 폐기처분하였는바, 청구인이 주장하는 종계 106,000마리(단가 OOO원: AI관련 살처분 가축의 보상금 지급기준단가) 보상가액 OOO원과 큰 차이가 있으며, 처분청은 보상금 차이내역에 대한 입증책임은 청구인에게 있다는 의견이나, 이는 국세기본법 제16조 (근거과세)에 위반된다.
• 나. 처분청 의견

(1) 청구요건에 관하여 보면, 국세기본법 제55조 제5항 제1호 에서 심판청구에 대한 처분은 불복청구의 대상에서 제외하고 있으므로, 청구인이 조세심판원의 재조사 결정에 따른 재조사 결과 통지에 대해 제기한 심판청구는 각하 결정함이 타당하다.

(2) 청구주장의 타당성에 대하여 보면, 2005년말 기준 최근 3년간 평균 영업이익(소득)은 OOO원으로 산정되어 이는 실제 수령한 영업손실 보상금과 차이가 너무 많아 재조사를 실시하였으나, 2003～2005년 귀속 관련 제 증빙 및 보상금산정을 위한 청구인의 사업용 자산 목록 등의 서류가 존재하지 않아 실지 영업이익을 확인할 수 없었다. 그리고, 조세심판원 결정대로 2년간의 영업이익을 OOO원으로 산정한다해도 총 수령액 OOO원 중 OOO원을 초과 수령한 결과가 되며, 이 금액은 ‘사업과 관련하여 무상으로 받은 자산’에 해당하여, 소득세법 제24조 및 같은 법 시행령 제51조 제3항 제4호에 따라 총수입금액에 산입해야 할 것으로 과세표준에는 변함이 없기 때문에 당초 과세 처분한 내용과 차이가 없음이 확인된다. 한편, 감정평가법인이 토지보상법에서 규정한 절차를 거쳐 영업손실 보상금을 산정하였으며, 청구인은 영업이익 산정을 위한 협의과정에 관여하고, 평가에 대한 이의제기 없이 보상계약을 체결하고 보상금을 수령하는 등 보상금 평가 결과를 알고 있었던 것으로 판단되고, 평가기관이 아닌 과세관청은 평가결과 산정된 각 보상금에 대해 항목별로 세법상 과세여부에 대해서 판단하는 것으로, 소득세법 제24조 에서 규정한 총수입금액 합산대상에 해당하는 영업이익 OOO원을 총수입금액에 산입하여 종합소득세 과세한 당초의 처분은 적법하며, 보상금 평가 및 결정시 재고자산 및 사업시설 등에 대한 고정자산 매각손실로 OOO원을 산정하여 보상한 것으로 확인되므로 축산폐업 보상에서 추가적인 과세제외 사항은 없는 것으로 판단된다. 이와 같이 청구인과 보상기관과의 합의에 따라 적정하게 산정된 보상금에 대하여 한 처분청의 처분은 적법한 것이며, 보상지급내역과의 차이를 주장한다면 이를 주장하는 청구인에게 입증책임이 있는 것이나 청구인은 이를 재조사에서도 입증한 사실이 없다.

• 가. 쟁점

① 재조사결정에 따른 처분청의 후속조치 결과 당초 처분 유지에 대하여 심판청구를 제기한 것이 국세기본법 제55조 에 반하는 부적법한 심판청구로서 각하대상인지 여부

② 공공사업 시행과 관련하여 사업장이 수용되면서 받은 지장물보상금 중 사업소득의 총수입금액에 산입하는 2년간 영업이익 보상금을 쟁점금액이라고 보아, 종합소득세를 부과한 처분의 당부

• 나. 관련 법령 (1) 국세기본법 제16조 (근거과세) ① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이에 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.

② 제1항에 따라 국세를 조사·결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.

③ 정부는 제2항에 따라 장부의 기록 내용과 다른 사실 또는 장부 기록에 누락된 것을 조사하여 결정하였을 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 적어야 한다.

④ 행정기관의 장은 해당 납세의무자 또는 그 대리인이 요구하면 제3항의 결정서를 열람 또는 복사하게 하거나 그 등본 또는 초본이 원본과 일치함을 확인하여야 한다.

⑤ 제4항의 요구는 구술(口述)로 한다. 다만, 해당 행정기관의 장이 필요하다고 인정할 때에는 열람하거나 복사한 사람의 서명을 요구할 수 있다. 제55조 (불복) ① 이 법 또는 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이 장의 규정에 의한 심사청구 또는 심판청구를 하여 그 처분의 취소 또는 변경이나 필요한 처분을 청구할 수 있다.

⑤ 다음 각호의 처분은 제1항의 처분에 포함되지 아니한다.

1. 이 장의 규정에 의한 이의신청ㆍ심사청구 또는 심판청구에 대한 처분. 다만,이의신청에 대한 처분에 대하여 심사청구 또는 심판청구를 하는 경우는 제외한다. (2) 소득세법 제19조 (사업소득) ① 사업소득은 당해 연도에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 농업(작물재배업을 제외한다. 이하 같다) 및 임업에서 발생하는 소득

② 사업소득금액은 당해연도의 총수입금액에서 이에 소요된 필요경비를 공제한 금액으로 한다. 제24조 (총수입금액의 계산) ① 거주자의 각 소득에 대한 총수입금액의 계산은 당해연도에 수입하였거나 수입할 금액의 합계액에 의한다. 제27조 (필요경비의 계산) ① 부동산임대소득금액·사업소득금액 또는 기타소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입할 금액은 당해연도의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다.

② 당해연도전의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 당해연도에 확정된 것에 대하여는 당해연도 전에 필요경비로 계상하지 아니한 것에 한하여 당해연도의 필요경비로 본다. (3) 소득세법 시행령 제51조 (총수입금액의 계산) ③ 사업소득에 대한 총수입금액의 계산은 다음 각 호에 의한다.

4. 사업과 관련하여 무상으로 받은 자산의 가액과 채무의 면제 또는 소멸로 인하여 발생하는 부채의 감소액은 총수입금액에 이를 산입한다. 다만, 법 제26조 제2항의 경우에는 그러하지 아니하다.

5. 제1호 내지 제4호의 2 외의 사업과 관련된 수입금액으로서 당해 사업자에게 귀속되었거나 귀속될 금액은 총수입금액에 산입한다. (4) 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제14조 (토지조서 및 물건조서의 작성) ① 사업시행자는 공익사업의 수행을 위하여 제20조의 규정에 의한 사업인정전에 협의에 의한 토지등의 취득 또는 사용이 필요한 때에는 토지조서 및 물건조서를 작성하여 서명 또는 날인을 하고 토지소유자 및 관계인의 서명 또는 날인을 받아야 한다. 다만, 토지소유자 및 관계인이 정당한 사유없이 서명 또는 날인을 거부하거나 또는 토지소유자 및 관계인을 알 수 없거나 그 주소·거소를 알 수 없는 등의 사유로 인하여 서명 또는 날인을 할 수 없는 경우에는 그러하지 아니하되, 사업시행자는 해당 토지조서 및 물건조서에 그 사유를 기재하여야 한다.

② 토지와 물건의 소재지, 토지소유자 및 관계인 등 토지조서 및 물건조서의 기재사항과 작성에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제77조 (영업의 손실등에 대한 보상) ① 영업을 폐지하거나 휴업함에 따른 영업손실에 대하여는 영업이익과 시설의 이전비용 등을 참작하여 보상하여야 한다. (5) 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 시행규칙 제46조 (영업의 폐지에 대한 손실의 평가 등) ① 공익사업의 시행으로 인하여 영업을 폐지하는 경우의 영업손실은 2년간의 영업이익(개인영업인 경우에는 소득을 말한다. 이하 같다)에 영업용 고정자산ㆍ원재료ㆍ제품 및 상품 등의 매각손실액을 더한 금액으로 평가한다.

③ 제1항에 따른 영업이익은 해당 영업의 최근 3년간(특별한 사정으로 인하여 정상적인 영업이 이루어지지 아니한 연도를 제외한다)의 평균 영업이익을 기준으로 하여 이를 평가하되, 공익사업의 계획 또는 시행이 공고 또는 고시됨으로 인하여 영업이익이 감소된 경우에는 당해 공고 또는 고시일전 3년간의 평균 영업이익을 기준으로 평가한다. 이 경우 개인영업으로서 최근 3년간의 평균 영업이익이 다음 산식에 의하여 산정한 연간 영업이익에 미달하는 경우에는 그 연간 영업이익을 최근 3년간의 평균 영업이익으로 본다. 제49조 (축산업의 손실에 대한 평가) ① 제45조부터 제47조(제46조제3항 후단 및 제47조제5항 후단을 제외한다)까지의 규정은 축산업에 대한 손실의 평가에 관하여 이를 준용한다.

② 제1항에 따른 손실보상의 대상이 되는 축산업은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로 한다.

1. 축산법 제22조 에 따라 등록한 부화업ㆍ계란집하업ㆍ종축업 또는 가축사육업

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 본다. 처분청은 국세기본법 제55조 제5항 제1호 에서 심판청구에 대한 처분은 불복청구의 대상에서 제외하고 있으므로, 청구인이 조세심판원의 재조사 결정에 따른 재조사 결과 통지에 대해 제기한 심판청구는 각하 결정함이 타당하다는 의견이나, 위법·부당한 부과처분에 대한 납세자의 권리구제를 확대하고 각 재결기관에 자기시정기회를 부여하는 것이 합리적이라는 점에서 재조사에 따른 경정처분(재조사결과 당초부과처분을 유지하는 처분도 실질적인 경정처분으로 보는 것이 타당하다)에 불복하여 다시 심판청구를 제기할 수 있고(국심 2001서1137, 2002.7.15. 합동회의, 국심 2003서1287, 2003.10.20. 참조), 그에 대한 불복청구의 기산일은 청구법인이 과세관청으로부터 재조사결과 당초부과처분을 유지한다는 통지를 받은 날이다. 그렇다면, 2012.3.28. 당초부과처분을 유지한다는 취지의 통지를 받은 청구법인이 그 날부터 90일 이내인 2012.4.13. 당초 부과처분을 유지한다는 재조사 경정처분에 불복하여 제기한 심판청구는 적법하므로 본안 심리대상이다.

(2) 쟁점②에 대하여 본다. (가) 청구인은 쟁점사업장이 택지개발지구에 편입되어 수용됨에 따라, 아래 <표1>과 같이 2006.2.24, 2006.5.19. 및 2006.7.20. 각각 한국토지주택공사로부터 합계 OOO원을 수령하였다. <표1> 청구인 보상금 수령내역 (단위: 원) 수령인 수령일자 내역 금액 청구인 2006.2.24. 2006.5.19. 2006.7.20. 토지보상금 OOO원 지장물보상금(배나무, 포도 등) OOO원 영업권보상금(재고, 고정자산 등 포함) OOO원 합 계 OOO원 (나) 한국토지주택공사의 토지수용확인서(2011.1.18.), 한국토지주택공사가 청구인에게 송부한 정보공개 요청에 대한 회신(2011.5.12.), 한국토지주택공사 OOO사업본부장의 축산폐업 보상평가 세부내역 요청에 대한 3개 감정평가법인의 회신문 및 OOO감정평가법인이 우리 원에 제출한 축산보상세부산출내역 등에 의하면 아래와 같이 나타난다.

1. 청구인이 영업권보상금(축산폐업 보상)으로 수령한 OOO원 중 쟁점금액은아래 <표2>와 같이 산정된 것으로 나타난다. <표2> 축산폐업 보상 세부내역

2. 위 평가법인 중 미래새한감정평가법인은 쟁점사업장의 2년간의 영업이익을 아래 <표3>과 같이 산출한 것으로 나타나는바, 종계의 수입 중 1수당 연소득 OOO원은 종계에 대한 별도의 소득자료가 없어 2000～2003년 농축산물소득자료집의 산란계 소득자료를 기준으로 하되, 연도별 소득변동이 심하여OOO, 소득비 비교적 안정적인 2001년의 60% 수준으로 결정하였고, 종계의 비용 중 종계 판매단가 OOO원은 대한양계협회 시세정보(2004.8.19.～8.14.) 노계 판매단가(@OOO원)를 고려하여 결정하였으며, 종란의 수입 중 판매단가(병아리 가격)는 각 통계자료와 협회의 자료가 차이가 많아 이를 종합적으로 참작하여 @OOO원으로 결정하였고, 종란의 비용 중 판매단가(달걀 가격)는 각 통계자료와 협회의 자료를 종합하여 @OOO원으로 결정한 것으로 나타난다. (다) 청구인은 쟁점금액은 사업과 관련하여 무상으로 받은 자산이 아니라고 주장하는바, 영업권보상금 중에는 물건과 기타 OOO번지의 지장물 등이 포함되어 있다고 주장하면서, 아래와 같은 증빙을 제출하였다.

1. 한국토지주택공사 OOO사업본부장이 발급한 토지수용(협의매수)확인서(2011.1.18.) 및 이에 첨부된 수용물건 내역에는, 보상대상이 토지, 지장물, 영업권별로 표시되어 있고(영업권 보상액은 OOO원), 영업손실보상금에 포함되는 2년간 영업이익금에 대한 내역은 나타나지 아니한다.

2. 한국토지주택공사 OOO사업본부장이 발급한 토지수용확인원(2011.6.3.) 및 이에 첨부된 물건조서에는 충청남도 OOO소재 종계, 종란, 급수기 등의 물건의 보상내역이 기재된 것으로 나타나고(합계 OOO원), 2년간 영업이익금에 대한 내역은 나타나지 아니한다.

3. 청구인은 AI관련 살처분 가축의 보상금 지급기준단가(1마리 당 OOO원), 2005년 3월에 취득한 부화기 공급내역서(수입관세 포함 OOO원) 등을 제시하였다. (라) 청구인이 쟁점사업장에 대한 사업소득 신고내역은 아래 <표4>와 같이 나타난다. (마) 청구인이 당초 부과처분 등에 불복하여 제기한 심판청구(조심 2011전3076, 2012.2.1.)에 대하여 우리 원은 감정평가법인의 평가내역으로 보면 종계의 수입은 그 금액이 높은 2001년을 기준으로 하였으나, 비용은 2004년을 기준으로 하여 평가기준연도가 상이하여 영업이익금 산출근거를 신뢰하기 어렵고, 영업이익이 매출액의 50% 이상에 달하는 등 산정된 영업이익이 과다해 보이는 점, 종계는 사업용 고정자산에 해당되어 고정자산매각손실보상금으로 OOO원을 수령하고 폐기처분하였는바, 청구인이 주장하는 종계 106,000마리(단가 OOO원: AI관련 살처분 가축의 보상금 지급기준단가) 보상가액 OOO원과 큰 차이가 있는 점, 쟁점사업장에 대한 청구인의 사업소득 신고내용에 의하면, 보상일로부터 최근 3개년도의 년 평균소득금액이 OOO원에 불과하여 쟁점금액 전부를 2년간 영업이익금으로 보기 어려운 점, 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 시행규칙 제46조 규정에 의하면 영업의 폐지에 대한 손실의 평가 등에서 영업이익은 최근 3년간 평균영업이익(개인의 경우 소득)을 기준으로 평가하도록 되어 있으나, 종계 등에 대한 연 소득금액을 일률적으로 적용하여 산정한 점, 이 건 총수입금액 OOO원의 88.7%에 해당하는 결정소득으로 청구인과 동일업종 단순경비율(7.5%)의 11.3배에 가까운 결정소득률로 과세되었는바, 이는 감정평가법인이 청구인의 영업이익금 산출을 청구인이 신고한 연 평균 소득금액에 비하여 사회통념상 받아들이기 어려울 정도로 지나치게 과대 평가된 점 등을 고려하면, 처분청은 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 시행규칙 제46조 규정 등에 의거 최근 3년간 청구인 영업의 평균영업이익(소득)을 기준으로 영업이익금을 재조사하여 산정하는 것이 타당하고 가산세도 그에 따라 산정되어야 할 것으로 판단되므로, 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 시행규칙 제46조 규정 등에 의거 청구인의 사업소득 총수입금액에 산입하는 2년간 영업이익 보상금을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하도록 결정한 것으로 나타난다. (바) 살피건대, 처분청은 2003～2005년의 청구인의 영업이익을 확인할 수 있는 자료가 없고, 청구인이 주장하는 2년간의 영업이익을 OOO원으로 산정하더라도 총 수령액 OOO원 중 이를 초과하는 금액은 사업과 관련하여 무상으로 받은 자산에 해당하므로 과세표준에 변동이 없으며, 청구인과 보상기관과의 합의에 따라 적정하게 산정된 보상금에 대하여 한 처분청의 처분은 적법하다는 의견인바, 청구인이 제출한 토지수용(협의매수)확인서(2011.1.18.) 및 토지수용확인원(2011.6.3.) 등에 의하면, 2006년 수용 당시 보상대상에 관하여 영업손실보상금에 포함되는 2년간 영업이익금에 대한 내역 없이 토지, 지장물, 영업권 형태로만 표시되어 있고, 쟁점사업장과 관련하여 종계장 시설, 종계, 기타 물건에 대한 손실보상으로 OOO원을 수령한 것으로 나타나는 점, 손실보상금을 수령한 후 5년이 경과한 시점에 이르러 종계의 수입은 2001년으로, 비용은 2004년을 기준으로 하여 평가기준연도가 상이한 산출내역을 근거로 쟁점금액이 총수익금액에 산입되어야 한다는 감정평가법인의 영업이익금 산출내용은 신뢰하기 어려운 점, 종계는 사업용 고정자산에 해당되어 고정자산매각손실보상금으로 OOO원을 수령하고 폐기처분하였는바, 청구인이 주장하는 종계 106,000마리(단가 OOO원: AI관련 살처분 가축의 보상금 지급기준단가) 보상가액 OOO원과 큰 차이가 있는 점 등으로 보면 청구인이 쟁점금액을 포함하여 보상받은 OOO원은 종계장 시설, 종계, 부화기 등에 대한 사업용고정자산손실보상금에 해당한다고 보이므로, 쟁점금액은 총수입금액 산입대상으로 보지 아니함이 타당하다고 판단된다. 따라서 처분청이 쟁점금액을 총수입금액에 산입하여 이 건 종합소득세를 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.