공급대가를 반환하고 작성된 합의서에 매출의 차감으로 정정처리한 점으로 보아 쟁점세금계산서는 적법하게 발행한 것임

〇〇세무서장이 2011.12.12. 청구인에게 한 2011년 제2기 부가가치세 42,000,000원 환급거부 처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구법인은 〇〇지방해양항만청을 원도급자로 하고 그 하도급자인 주식회사 △△원(이하 “△△원”이라 한다)으로부터 AIS단말기 공급을 수주한 ◆◆텍 주식회사(이하 “◆◆텍”이라 한다)로부터 재하청을 받아 2009.12.17. ◆◆텍에 항로표지용 AIS단말기 물품공급 및 제품 판매권에 대한 계약을 체결하였으며, 2009.12.24. 385,000천원, 2010.12.20. 385,000천원의 대금을 수령하고 위 같은 날 각각 공급대가 385,000천원의 세금계산서를 발행하였다.
• 나. 이 후 〇〇지방해양항만청의 사정으로 당해 사업이 취소되었고 청구법인은 ◆◆텍에게 2011.5.17. 100,000천원, 2011.8.1. 285,000천원을 반환한 후 2011.9.1. △385,000천원의 수정세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 발행하였으며, 2011.9.9. “2010.12.20. 발행한 매출세금계산서는 양사가 매출의 차감으로 정정한다”는 합의서를 작성하였다.
• 다. 청구법인은 2011년 제2기 부가가치세 예정신고시 쟁점세금계산서를 반영하여 81,019,670원을 환급신청하였으나, 처분청은 합의서상에 계약의 해지 등 공급가액 변동이 없다 하여 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 2011.12.12. 2011년 제2기 부가가치세 42,000,000원을 환급거부하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2012.2.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 부가가치세법제16조 및 같은 법 시행령 제59조 제1항 제3호에 계약의 해지 등에 따라 공급가액에 추가 또는 차감되는 금액이 발생하는 경우 증감사유가 발생한 날을 작성일자로 하여 수정세금계산서를 발행하도록 규정되어 있고, ◆◆텍은 〇〇지방해양항만청의 사정으로 당해 사업이 취소되자 청구법인과의 계약을 2012년 ◊◊ 지방해양항만청 사업으로 유예하였으며, 이 과정에서 청구법인의 노력과 발생비용을 감안하여 당초 계약금액의 절반을 취소하는 것으로 합의하여 청구법인이 절반의 대금을 반환한 후 쟁점세금계산서를 발행하였는 바, 이는 계약 해지 등에 따라 공급가액에 차감되는 금액이 발생한 것에 대하여 수정세금계산서를 발행한 것이어서 적법한데도 처분청이 사실과 다른 세금계산서로 보아 동 감액세액을 환급세액에서 차감하여 환급거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 쟁정세금계산서 발행(2011.9.1.) 이후인 2011.9.9. 작성된 합의서를 제시하면서 쟁점세금계산서가 계약의 해지 등에 따라 발행되었다고 주장하나, 위 합의서에는 본 계약이 유지되는 것으로 기재되어 있으므로 계약이 해지되었다는 청구주장은 받아들일 수 없으며, 설령 계약의 해지로 보더라도 1차 합의금 반환(2011.5.17.)이전에 합의가 이루어진 것으로 보아야 할 것이므로 2011.9.1. 발행된 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서이다.

• 가. 쟁 점 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 감액세액을 환급세액에서 차감한 처분의 당부
• 나. 관련법령

(1) 부가가치세법 제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 공급을 받은 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정(訂正) 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 발급할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호부터 제4호까지의 사항 외에 대통령령으로 정하는 사항 (2) 부가가치세법 시행령 제59조 【수정세금계산서 발급사유 및 발급절차】

① 법 제16조 제1항 후단에 따른 수정세금계산서는 다음 각 호의 사유 및 절차에 따라 발급할 수 있다.

1. 당초 공급한 재화가 환입된 경우: 재화가 환입된 날을 작성일자로 적고 비고란에 당초 세금계산서 작성일자를 부기한 후 붉은색 글씨로 쓰거나 부(負)의 표시를 하여 발급한다.

2. 계약의 해제로 재화 또는 용역이 공급되지 아니한 경우: 계약이 해제된 때에 그 작성일자는 당초 세금계산서 작성일자를 적고 비고란에 계약해제일을 부기한 후 붉은색 글씨로 쓰거나 부(負)의 표시를 하여 발급한다.

3. 계약의 해지 등에 따라 공급가액에 추가 또는 차감되는 금액이 발생한 경우: 증감사유가 발생한 날을 작성일자로 적고 추가되는 금액은 검은색 글씨로 쓰고, 차감되는 금액을 붉은색 글씨로 쓰거나 부(負)의 표시를 하여 발급한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 과세사실판단자문위원회 의결결과 통보서(2011.12.6.)에는 청구법인은 2011.9.1. 정상적으로 매출감세금계산서를 발행한 것으로 주장하고 있으나, 합의서상에도 2012년 ◊◊ 지방해양항만청 사업 시까지 본 계약을 유지하며 물품공급을 유예한다고 명시되어 있어 계약내용에 변동이 없으므로 2011.9.1. 발행한 매출감세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 기재되어 있다.

(2) 청구법인이 ◆◆텍간에 체결한 계약서(2009.12.17.)에는 청구법인이 ◆◆텍에 항로표지용 AIS단말기 100개를 공급가액 700,000천원으로 하여 공급하고, 물품대금은 선금 350,000천원을 계약 후 7일이내, 잔금 350,000천원을 납품 후 7일 이내에 현금으로 지급하는 것으로 기재되어 있다.

(3) 청구법인이 제시한 관련원가 명세서에는 2009.1.1. ~ 2011.12.13. 개발비 200,847천원, 유지보수 및 추가비용 530,460천원으로 기재되어 있다.

(4) 청구법인과 ◆◆텍간에 작성된 합의서(2011.9.9.)내용은 아래와 같다.

• 아 래 - 〇 2010.12.20.에 청구법인이 발행한 매출세금계산서는 종료되지 않은 사업에 발행된 것으로 기존 매출의 차감으로 양사가 정정처리한다. 〇 공급계약은 ◆◆텍이 〇〇지방해양항만청에서 발주한 항로표지통합관리시스템에 항로표지용 AIS단말기를 공급함이 목적이었으나 이에 성공하지 못하여 향후 사업인 2012년 ◊◊ 지방해양항만청 사업 시까지 본 계약을 유지하며 물품공급을 유예한다. 〇 공급계약이 유지되는 동안 ◆◆텍의 영업권 및 청구법인의 물품공급책임은 유지된다.

(5) 청구법인 명의의 예금계좌(〇〇은행 468--0010-)에는 ◆◆텍이 2009.12.24. 385,000천원, 2010.12.20. 385,000천원을 입금하고, 청구법인이 2011.5.17. 100,000천원, 2011.8.1. 285,000천원을 ◆◆텍에 송금한 것으로 기재되어 있다.

(6) 처분청은 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 감액세액을 환급세액에서 차감하였으나, 2011.9.9. 작성된 합의서에 2010.12.20.에 발행한 매출세금계산서는 매출의 차감으로 정정처리한다고 기재되어 있는 점, 청구법인은 쟁점세금계산서상의 공급대가 385,000천원을 ◆◆텍에 반환한 것으로 나타나는 점, 처분청은 계약의 변경으로 보더라도 1차 반환(2011.5.17.) 이전에 합의가 이루어진 것으로 보아야 한다는 의견이나, 1차 반환금은 합의가 이루어지는 과정에서 미리 지급된 것이고 계약의 변경이 발생한 시점은 합의일로 보이는 점 등으로 보아 2011.9.1. 발행된 쟁점세금계산서는 적법하게 발행된 것으로 보이므로 처분청이 이를 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 감액세액을 환급세액에서 차감하여 환급을 거부한 처분은 취소하여야 할 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.