쟁점주식 양도일 현재 주식 발행법인의 부동산보유비율이 50%에 미달하므로 기타자산에 해당하지 않음

OOO세무서장이 2011.11.21. 청구인에게 한 2009년 귀속 양도소득세 OOO원의 환급에 대한 경정청구의 거부처분은 OOO주식회사를 부동산보유비율이 50% 미만의 중소기업으로 보고소득세법제104조 제1항 제4호 나목의 세율(양도소득과세표준의 100분의 10) 을 적용하여 청구인이 신고한 세액을 경정한다.

• 가. 청구인은 골프장의 운영을 주된 사업목적으로 2007.3.27. 설립된 비상장법인인 OOO가 발행한 주식 60,000주(1주당 OOO원, 취득가액 OOO원으로, 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 취득하여 보유하다가 2009.8.25. OOO주식회사에게 OOO원(1주당 158,000원, OOO법인이 실지조사후 결정된 가액)에 양도한 후에, 2009.9.10. 쟁점주식을소득세법제104조 제1항 제1호에 의한 기타자산(같은 법 제94조 제1항 제4호)으로 보아 양도소득과세표준에 100분의 35(같은 법 제55조 제1항 제1호)를 적용하여서 산정한 양도소득세 OOO원을 청구인의 주소지를 관할하는 송파세무서장에게 신고․납부하였다.
• 나. 그 후 2011.9.27. 쟁점주식을 양도할 당시 OOO은 중소기업으로 소득세법 시행령제158조 제1항 제1호 가목에서 규정하고 있는 자산총액 중 부동산 등의 자산가액이 차지하는 비율(이하 “부동산보유비율”이라 한다)이 100분의 50 미만에 해당하므로 양도소득과세표준에 대하여 적용할 세율은 같은 법 제104조 제1항 제4호 나목에서 규정한 100분의 10인 단일세율임에도 착오에 의하여 부동산보유비율이 100분의 50 이상인 기타자산으로 보아서 신고․납부하였으므로, 해당 세율차이에 상당하는 양도소득세 OOO원(이하 “쟁점세액”이라 한다)의 환급을 구하는 경정청구를 처분청에 제기하였다.
• 다. 처분청은 쟁점주식 양도당시인 2009.7.31. 현재 OOO법인의 ‘자산․부채 실사보고서’에 의하면, OOO의 부동산보유비율이 100분의 60에 해당하므로 쟁점주식은소득세법제94조 제1항 제4호 다목 및 같은 법 시행령 제158조 제1항 제1호에 규정하는 기타자산에 해당한다고 하여 청구인이 제기한 경정청구를 거부하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2012.2.1. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점주식은 회원제골프장 운영업을 목적으로 설립된 중소기업인 OOO이 발행한 것으로, 양도당시 작성한 OOO의 자산․부채 실사보고서에 의하면 자산총액 중에 부동산의 자산가액(토지, 건물 및 부동산에 관한 권리가액의 합계)이 차지하는 비율이 100분의 50 미만에 해당하므로 중소기업의 일반주식을 양도할 때에 적용하는 단일세율인 양도소득과세표준의 100분의 10을 적용하는 것이 타당하다.
• 나. 처분청 의견 쟁점주식을 발행한 OOO은 골프장 영업을 위하여 토지를 매입하여 사업을 진행하기는 하였으나 사업계획승인도 받지 아니한 상태이므로 골프장건설을 영위하는 법인으로 보기 어렵고, 청구인은 쟁점주식의 매매계약을 2009.8.6. 체결하여 2009.8.27. 양도한 것이며, 설령 OOO을 골프장 운영사업을 영위한 법인으로 본다 하더라도, 당해 법인의 장부상에 계상되어 있었던 건설가계정을 자산가액에 합산하는 경우 부동산보유비율이 100분의 92.3으로 나타나므로 양도소득과세표준의 100분의 35를 적용하여 신고한 것은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점주식을 기타자산이 아니라 중소기업 일반주식의 양도로 볼 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 (1) 소득세법 시행령 제158조 【기타자산의 범위】

① 법 제94조 제1항 제4호 다목에서 “대통령령이 정하는 자산”이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 것을 말한다.

1. 다음 가목 및 나목에 해당하는 법인의 주주 1인 및 기타 주주가 그 법인의 주식 등의 합계액의 100분의 50 이상을 주주 1인 및 기타 주주 외의 자에게 양도하는 경우의 당해 주식 등

• 가. 당해 법인의 자산총액 중 법 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 자산가액의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 50 이상인 법인
• 나. 당해 법인의 주식 등의 합계액 중 주주 1인과 기타 주주가 소유하고 있는 주식 등의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 50 이상인 법인

5. 다음 각목 및 나목에 해당하는 법인의 주식 등을 양도하는 경우의 당해 주식 등

• 가. 당해 법인의 자산총액 중 법 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 자산가액의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 80 이상인 법인 나.체육시설의 설치․이용에 관한 법률에 의한 골프장업․스키장업 등 체육시설업 및관광진흥법에 의한 관광사업 중 휴양시설관련업과 부동산업․부동산개발업으로서 기획재정부령이 정하는 사업을 영위하는 법인

② 제1항 제1호의 경우 주주 1인과 기타 주주가 주식 등을 수회에 걸쳐 양도하는 때에는 그들 중 1인이 주식 등을 양도하는 날부터 소급하여 3년 내에 그들이 양도한 주식 등을 합산한다. 이 경우 동항 본문 및 각호에 해당하는 여부의 판정은 그들 중 1인이 주식 등을 양도하는 날부터 소급하여 그 합산하는 기간의 초일 현재의 당해 법인의 주식 등의 합계액 또는 자산총액을 기준으로 한다.

③ 제1항 제1호 가목 및 동 항 제5호 가목의 규정에 의한 자산총액 및 자산가액은 당해 법인의 장부가액(토지의 경우에는 기준시가)에 의한다. 이 경우 다음 각 호의 금액은 자산총액에 포함하지 아니한다.

1. 법인세법 시행령제24조제1항 제2호 바목 및 사목의 규정에 의한 무형고정자산의 금액

2. 양도일부터 소급하여 1년이 되는 날부터 양도일까지의 기간 중에 차입금 또는 증자 등에 의하여 증가한 현금ㆍ금융재산(상속세 및 증여세법제22조의 규정에 의한 금융재산을 말한다) 및 대여금의 합계액

• 다. 사실관계 및 판단

(1) OOO은 강원도 OOO OO OOO O OOO OOO OOO OOO, OOOOO OOO 158실을 건축하여 골프장 운영을 주된 사업목적으로 하여 2007.3.27. 설립된 비상장법인으로, 설립당시 자본금 OOO원(50,000주)을 납입한 후 2008년에 유상증자(OOO원, 50,000주)를 실시하여 쟁점주식을 양도할 당시 발행주식총수는 100,000주이다.

(2) 청구인은 특수관계 없는 이OOO 외 2인과 공동으로 OOO을 설립하면서 자본금OOO원 중에 OOO원을 납입하고 주식 30,000주를 취득한 후, 2008년에 OOO이 실시하는 유상증자(신주 50,000주 발행)시 OOO원(30,000주)을 납입하여 쟁점주식의 양도당시까지 총 60,000주(총 발행주식의 60%)를 취득하였으며, 2009.8.6. OOOO의 주주인 청구인 외 3인과 OOO주식회사 간에 2009.7.31. 기준으로 하여 법인의 자산․부채현황을 실사하는 조건으로 쟁점주식을 포함한 100,000주(OOO이 발행한 전체주식)를 청구인 외 3인이 OOOO주식회사 에게 OOO원(청구인이 쟁점주식을 양도한 금액은OOO원으로 1주당 OOO원)에 양도하기로 하는 계약을 체결하고, 청구인은 쟁점주식 양도대가로 OOO원(2009.8.6. 계약금 OOO원과 2009.8.25. OOO을 수령하였다.

(3) OOO은 골프장건설을 위하여 2007.12.1. OOO 검토 협의OOO와 2008.7.21. 사전환경성 검토 협의(원주지방환경청)를 시작으로 골프장용지의 매입과 동시에 13회에 걸쳐 각종 인․허가 및 협의 등을 거쳐 쟁점주식 양도일 이전에 강원도지사로부터 2009.7.30. 사업계획승인을 받은 사실이 있으며, 쟁점주식 양도당시인 2009.7.31. 현재를 기준으로 OOO법인이 작성한 OOO의 자산․부채 실사보고서에 의하면 자산총액은OOO원인 것으로 나타난다.

(4) 소득세법(2009.12.31. 법률 제9897호로 개정되기 이전의 것) 제94조 제1항 제3호 다목에서 주권상장법인이 아닌 법인의 주식 등의 양도로 인하여 발생한 소득 또는 같은 법 제1항 제4호 다목의 기타자산(① 당해 법인의 자산총액 중 법 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 자산가액의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 50 이상인 법인 및 ② 당해 법인의 주식 등의 합계액 중 주주 1인과 기타 주주가 소유하고 있는 주식 등의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 50 이상인 법인에 해당하는 법인의 주주 1인 및 기타주주가 그 법인의 주식 등의 합계액의 100분의 50 이상을 주주 1인 및 기타 주주 외의 자에게 양도하는 요건을 충족하는 당해 주식 등)의 양도로 발생한 소득에 대하여 양도소득세를 과세하는 것으로 규정하면서, 같은 법 제104조 제1항 제1호에서 제94조 제1항 제1호(토지․건물)ㆍ제2호(부동산에 관한 권리) 및 제4호(기타자산)의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 같은 법 제55조 제1항에 따르는 세율(누진세율)을, 기타자산이 아니라 같은 법 제94조 제1항 제3호의 주권상장법인이 아닌 중소기업이 발행한 주식의 양도에 대하여는 같은 법 제104조 제1항 제4호 나목에 규정하고 있는 양도소득과세표준의 100분의 10의 세율을 적용한다고 규정하고 있다.

(5) 양도하는 주식이 기타자산에 해당하는지의 여부에 대한 판단기준을 정하는소득세법제158조 제1항 제1호 가목에 의하면, 당해 법인의 자산총액 중 법 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 자산가액의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 50 이상인 법인으로 규정하고 있고, 자산총액과 부동산 등의 자산가액의 산정방법에 관하여 규정한 소득세법 시행령제158조 제3항에 의하면, 자산총액 및 자산가액은 당해 주식의 양도일 현재의 당해 법인의 장부상 자산총액(세무상의 장부가액)을 기준으로 판정하되 토지의 경우에는 기준시가로 산정한 가액으로 하도록 규정하고 있으며, 자산총액에는 ① 법인세법 시행령제24조 제1항 제2호 바목 및 사목의 규정에 의한 무형고정자산의 금액, ② 양도일부터 소급하여 1년이 되는 날부터 양도일까지의 기간 중에 차입금 또는 증자 등에 의하여 증가하는 현금ㆍ금융재산(상속세 및 증여세법제22조의 규정에 의한 금융재산을 말한다) 및 대여금의 합계액을 포함하지 아니한다고 규정하고 있고, 자산가액에는 법 제94조 제1항 제1호(토지가액 또는 건물가액) 및 제2호(부동산에 관한 권리로 부동산을 취득할 수 있는 권리, 지상권, 전세권과 등기된 부동산임차권)의 자산가액의 합계액으로 규정하고 있으며, 건설가계정은 준공일(사용검사필증교부일), 임시사용승인일, 실제 사용개시일 중 가장 빠른 날이 당해 주식의 양도일 현재 도래하지 아니한 경우에 자산총액에는 포함하나 자산가액에는 포함하지 아니하는 것으로 해석(국심 1998부3171, 1999.8.13., 심사양도 1999-4169, 1999.6.11., 부동산거래관리과-812, 2010. 6.14. 외 다수 참조)하고 있는바, 청구인이 2009.8.25. 양도한 쟁점주식 양도시점의 OOO의 부동산보유비율을 보면, 처분청과 청구인 간에 2009.7.31. 현재를 기준으로 하여 OOO법인이 실사한 뒤에 보고한 자산․부채실사보고서상의 자산가액을 당해 주식의 양도일 현재 당해 법인의 자산총액[당해 법인의 장부가액(세무상 장부가액으로 토지의 경우에는 기준시가)]으로 보는 것에 대하여는 다툼이 없고, 이에 따라 계산한 부동산보유비율은 아래 산정내용과 같이 18.1%임을 알 수 있다.

(6) 소득세법제104조 제1항 제5호 나목에서는 중소기업의 주식 또는 출자지분의 양도에 대하여는 양도소득과세표준의 100분의 10의 세율을 적용하는 것으로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제167조의8(중소기업의 범위 등)을 보면, 위 법 제104조 제1항 제4호 가목에서 규정한 “대통령령이 정하는 중소기업”이라 함은 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재중소기업기본법제2조의 규정에 의한 중소기업에 해당하는 기업을 말하는 것으로, 같은 법 시행령 제3조(중소기업의 범위)에서 중소기업은 ① 해당 기업이 영위하는 주된 사업의 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 [별표 1]의 기준에 맞는 기업[상시 근로자수가 1천명 이상인 기업 또는 자산총액(직전사업연도 말일 현재의 대차대조표에 표시된 자산총액을 말한다)이 5천억원 이상인 법인 제외]으로, 골프장업의 경우 근로자수는 200명 미만이고, 매출액은 200억원 이하 기준에 해당하여야 하고, ② 소유와 경영의 실질적 독립성이 [별표 2]의 기준[㉮ 제3조 제1호 나목에 따른 법인이 발행주식(상법제370조에 따른 의결권 없는 주식은 제외한다) 총수의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 기업이 아닐 것과, ㉯독점규제 및 공정거래에 관한 법률제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하지 아니하는 회사일 것을 그 요건]에 맞는 기업의 기준을 모두 갖춘 기업으로 하는 것으로 규정하고 있는바, OOO은 골프장업으로 표준산업분류표에 의하면 예술, 스포츠 및 여가 관련 서비스업(3599)로 대분류되어 있어 업종기준에 적합한 경우 중소기업에 해당하는 업종이며, 쟁점주식의 양도일이 속한 사업연도 직전 사업연도말인 2008사업연도말 현재 대차대조표 및 손익계산서 등에 의하면, 아래의 검토표와 같이중소기업기본법에 따른 중소기업에 해당하는 것으로 나타난다.

(7) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피보건대, OOO은 강원도 OOO158실을 건축하여 골프장 운영을 주된 사업목적으로 2007.3.27. 설립된 비상장법인으로, OOO 명의로 골프장용 토지를 매입하는 동시에 2007.12.1. OOO 검토 협의OOO및 2008.7.21. 사전환경성 검토 협의(원주지방환경청)를 시작으로 골프장용지 매입과 동시에 13회에 걸쳐 각종 인․허가 및 협의 등을 거쳐 쟁점주식 양도일 이전에 강원도지사로부터 2009.7.30. 사업계획승인을 받는 등 실질적으로 골프장건설사업을 수행한 사실이 있는 법인인 점,소득세법(2009.12.31 법률 제9897호로 개정되기 전의 것) 제94조 제1항 제4호에서 양도한 주식 중 같은 법 제55조 제1항에 따른 세율(누진세율)을 적용할 수 있는 기타자산의 구성요건 중 하나로 당해 법인의 자산총액 중 법 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 자산가액의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 50 이상인 법인으로 규정하고 있는바, 2009.7.31. 현재 기준으로 OOO법인이 실사하여 작성한 자산․부채실사보고서상의 자산총액[당해 법인의 장부가액(세무상의 장부가액으로 토지의 경우에는 기준시가)]을 기준으로 청구인이 쟁점주식을 양도한 시점에 /보림개발/의 부동산보유비율을 산정한 결과 18.1%로 나타나고 있어 소득세법 시행령158조 제1항 제1호 가목에서 기타자산으로 보는 요건인 부동산보유비율이 100분의 50 미만이라서 당해 요건을 충족하고 있지 못한 점,소득세법제104조 제1항 제5호 나목에서 중소기업의 주식 또는 출자지분의 양도는 양도소득과세표준의 100분의 10의 세율을 적용한다고 규정하고 있는바, OOO은 쟁점주식 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재중소기업기본법제2조의 규정에 의한 중소기업에 해당하는 점 등을 보면, 처분청이 쟁점주식을 기타자산으로 보고 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.