수탁자가 제3자에게 재위탁한 기술개발용역 관련 비용은 연구기관 또는 전담부서를 보유한 경우 연구 및 인력개발비 세액공제 대상임

OOO세무서장이 2 011.6.28. 청구법인에게 한 2005.4.1.～2006.3.31.사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 OOO기술주식회사로부터 재위탁 용역을 받은 기업이 조세특례제한법 시행령별표6에서 정한 연구기관 또는 전담부서를 보유하였는지 여부를 재조사하여 연구기관 또는 전담부서를 보유한 경우 연구 및 인력개발비 세액공제 대상으로 보아 그 세액을 경정한다.

• 가. 청구법인은 손해보험업을 영위하는 법인으로서 2005.4.1.～2006.3.31.사업연도에 보험 전산시스템 구축 개발용역(이하 “위탁개발용역”이라 한다)을 OOO기술 주식회사(이하 “OOO기술”이라 한다)에 위탁하고 발생한 OOO원에 대하여 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 OOO원을 적용하여 법인세를 신고납부하였다.
• 나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 청구법인에 대한 법인세 통합조사를 하여 청구법인의 위탁개발용역 중 일부용역 OOO원(이하 “쟁점재위탁개발용역”이라 한다)은 수탁자가 직접 수행하지 않고 제3자에게 재위탁한 사실을 확인하고, 쟁점재위탁개발용역과 관련하여 발생한 연구 및 인력개발비는 세액공제 대상이 아닌 것으로 보아 처분청에 과세자료를 통보하였으며, 이에 따라 처분청은 2 011.6.28. 청구법인에게 2005.4.1.～2006.3.31.사업연도 법인세 OOO원 을 경정고지하였다.
• 다. 청구법인은 2011.9.23. 이의신청을 거쳐 2012.1.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 조세특례제한법제10조 같은 법 시행령 제9조 및 별표6에 연구․인력개발비 세액공제는 연구 및 인력개발을 위한 비용으로서 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서에 기술개발요역을 위탁함에 따른 비용 및 이들 기관과의 공동기술개발을 수행함에 따른 비용에 해당하면 연구․인력개발비 세액공제를 허용하도록 규정하고 있을 뿐이며 재위탁과 관련하여 어떠한 규정도 두고 있지 아니하므로 처분청이 법률에 근거없이 새로운 과세요건을 추가하여 과세한 이 건 처분은 조세법률주의에 위배되어 부당하다. 또한, 2005년 당시 연구․인력개발비 세액공제에 관한조세특례제한법규정을 적용함에 있어서 재위탁 용역 여부에 관계없이 기술개발용역비에 대하여 세액공제가 혀용된 것은 이미 비과세관행으로 확립된 것이므로 이러한 관행이 받아 들여진 이후에 과세당국의 유권 해석을 근거로 과세한 처분은 소급과세금지원칙에 위배되어 부당하다. 그리고, 2012년에 개정된 조세특례제한법 시행령별표6의 내용에 따르면 위탁연구개발비 뿐만 아니라 재위탁으로 집행된 연구개발비까지도 연구․인력개발비 세액공제를 허용하고 있고, 기획재정부가 발표한 개정이유에 ‘최근 기술융합 추세에 따라 위탁받은 R&D용역 일부를 재위탁하는 것이 일반적인 현실임을 고려한다’고 기재되어 있는데 이는 기술개발용역이 재위탁 부분을 포함하는 것의 의미를 명확하게 한 것이다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법 시행령별표6에 연구개발비 세액공제 대상은 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서에 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용으로 규정되어 있고, 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제는 국가정책적으로 조세측면에서 특별히 지원하는 제도이어서 법률에 정한 요건을 갖춘 경우에만 적용하도록 엄격하게 해석하여야 하므로 수탁자가 자체적으로 수행하지 않고 영리활동을 하는 제3자에게 재위탁한 경우 세액공제를 받을 수 없는 것이다. 또한, 소급과세금지의 원칙은 조세법령의 제정 또는 개정이나 과세관청의 법령에 대한 해석 또는 처리지침 등의 변경이 있는 경우 그 효력발생 전 과세요건 사실에 대하여 당해 법령 등을 적용할 수 없다는 것이지 그 이전부터 계속되어 오던 사실이나 이 이후에 발행한 과세요건 사실에 대하여 새로운 법령 등을 적용하는 것을 제한 하는 것이 아니라 할 것이므로(대법원 97누6476, 1998.12.23.) 수탁자가 위탁용역을 직접 수행하지 않고 제3자에게 위탁한 부분에 상당하는 금액은 조세특례제한법제9조 제1항에 따른 연구․개발에 필요한 비용에 해당하지 않는다는 기획재정부의 유권해석(조세특례제도과-844, 2009.9.25.)이 있기 전에 이미 발생한 연구․인력개발비는 세액공제대상이라는 청구주장은 받아들일 수 없다. 그리고, 2012년에 개정된 조세특례제한법 시행령별표6의 내용을 살펴보면, 재위탁연구개발비만 개정된 것이 아니라 세액공제 대상 요건 전체가 개정된 것으로 당초 입법시점부터 위탁의 범위에 재위탁이 포함되어 모호한 문구를 명확히 할 목적으로 개정된 것이 아니라 과세요건이 개정된 것이다.

• 가. 쟁점 기술개발용역 중에서 수탁자가 제3자에게 재위탁한 기술개발용역 관련 비용은 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 적용이 아닌 것으로 보아 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제10조 [연구 및 인력개발비에 대한 세액공제] ① 내국인(소비성서비스업을 영위하는 내국인을 제외한다)이 2006년 12월 31일 이전에 종료하는 과세년도까지 각 과세년도에 연구 및 인력개발을 위한 비용중 대통령령이 정하는 비용(이하 "연구 및 인력개발비"라 한다)이 있는 경우에는 다음 각호의 방법중 하나를 선택하여 세액공제를 적용받을 수 있다. 다만, 중소기업이 아닌 자에 대하여는 제1호의 규정만 적용한다.

1. 당해 과세년도에 발생한 연구 및 인력개발비가 당해 과세년도의 개시일부터 소급하여 4연간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 당해 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액을 당해 과세년도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법

2. 당해 과세년도에 발생한 연구 및 인력개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액을 당해 과세년도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법

② 제1항제1호의 규정에 의한 4연간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액의 계산에 관하여는 대통령령으로 정한다.

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제9조 [연구 및 인력개발비에 대한 세액공제] ② 법 제10조 제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 비용"이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용중 별표 6의 비용을 말한다. 【별표6】 구 분 비 용

• 가. 자체연구개발

① 연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 전담부서(이하 “전담부서”라 한다)에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령이 정하는 자의 인건비

• 나. 위탁 및 공동연구개발

① 다음의 기관에게 연구개발용역 등을 위탁함에 따른 비용(전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다. 이하 이 목에서 같다) 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용 ㉮ 고등교육법에 의한 대학 또는 전문대학 ㉱ 과학기술분야를 연구하는 국내외의 비영리법인(비영리법인에 부설된 연구기관을 포함한다) ㉲ 국내외 기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는 전담부서 ㉵국가과학기술 경쟁력강화를 위한 이공계지원특별법에 의한 연구개발서비스업을 영위하는 기업

② 고등교육법에 의한 대학 또는 전문대학에 소속된 개인(조교수 이상에 한한다)에게 연구개발용역을 위탁함에 따른 비용

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2005.4.1.～ 2006.3.31.사업연도에 보험 전산시스템 구축 개발용역을 OOO기술에 위탁하고 발생한 OOO원에 대하여 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 OOO원을 적용하여 법인세를 신고납부한 것으로 나타난다.

(2) 조사청의 조사서에는 청구법인의 2005.4.1.～2006.3.31.사업연도 위탁개발용역 및 쟁점재위탁개발용역과 관련된 비용명세는 다음<표>와 같은 것으로 조사되어 있다.

(3) 청구법인으로부터 연구개발용역을 의뢰받은 OOO기술이 그 용역 중 일부를 직접 수행하지 않고 재위탁한 경우, 이에 해당하는 비용을 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상으로 볼 것인지에 대하여 본다. (가) 조세특례제한법 시행령제9조 제2항에서 세액공제 대상을 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표6의 비용으로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 별표6에서는 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서에 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용으로 규정하고 있다. (나) 처분청은 위와 같은 조세감면 우대조치는 조세정책상 특혜를 주는 규정이므로 해당 요건을 엄격하게 해석하여야 하고, 이를 문언대로 해석하면 전담부서에 위탁하는 기술개발용역 비용 중 수탁자가 위탁용역을 직접 수행하지 않고 제3자에게 다시 위탁한 부분에 상당하는 금액은 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 적용받을 수 없다는 의견이다. (다) 청구법인으로부터 연구개발용역을 의뢰받은 OOO기술이 이 건 용역의 일부를 직접 수행하지 않고 제3자에게 재위탁할 것인지 여부에 대하여 청구법인이 관여하기는 어렵다고 보이는 점, 금융기관 전산시스템의 개발은 대규모 전산개발용역으로 이를 수행하기 위해서는 한 업체의 기술만으로 개발하기에는 한계가 있고 다른 업체가 보유한 특정한 기술 등을 구입하여 사용하여야 하는 필요성이 있다고 보이는 점, 조세특례제한법제10조 등 관련규정에서 연구개발용역의 수탁자가 그 용역의 일부를 제3자에게 다시 위탁할 경우 해당 비용을 세액공제 대상에서 제외한다는 규정을 두고 있지 아니한 점, 위 별표6에서 자체기술개발 뿐만 아니라 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용을 세액공제 대상으로 하면서 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서로 위탁대상 기관을 한정한 것은 동 용역을 수행한 당해 기관의 기술력, 전문성 등을 담보하기 위한 데에 그 취지가 있는 것으로 보이는 바, 전담부서에 위탁하는 기술개발용역 비용 중 수탁자가 위탁용역을 직접 수행하지 아니하고 제3자에게 재위탁하였다 하더라도 재위탁받은 제3자가 위 별표6의 규정에서 정한 전담부서에 해당하는 경우에는 세액공제 대상으로 보는 것이 위 규정의 취지에 부합한다고 할 수 있는 점 등을 감안할 때, 재위탁의 경우에도 위탁에 포함된다고 보아 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상으로 보는 것이 타당하다 하겠다.

(4) 다음으로 연구기관 또는 전담부서를 보유한 기업에게 재위탁한 비용을 세액공제 대상으로 볼 것인지, 각 연구기관 또는 전담부서에서 직접 수행한 비용을 세액공제 대상으로 볼 것인지 이에 대하여 본다. (가) 처분청은 조세특례제한법 시행령별표6 제1호 나목에 의하면 위탁 및 공동연구개발의 경우 기업의 연구기관 또는 전담부서에 위탁하는 연구개발비를 세액공제 대상으로 한다고 명확히 규정하고 있으 므로 전담부서를 보유한 기업에게 재위탁하였다 하더라도 전담부서에 서 수행한 비용에 한하여 세액공제 대상으로 보아야 한다는 의견이다. (나) 1986.12.31. 대통령령 제11937호로 개정된조세감면규제법 시행령별표6에서 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용을 세액공제 대상으로 하면서 “전담부서를 보유한 기업”을 추가하였고, 1992.12.31. 대통령령 제13804호로 개정시 “전담부서를 보유한 기업”에서 “국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서”로 규정하여 심리일 현재까지 시행되고 있으나, 위탁의 경우 처분청도 이 건 과세 이전에는 그 간 전담부서를 보유한 기업에 위탁한 비용을 세액공제 대상으로 하면서 전담부서 외의 부서에서 수행한 비용에 대하여 과세하지 아니한 점, 국세청 도 세액공제 대상을 “전담부서를 보유한 기업”으로 해석한 사례가 다수 존재하는 점(법규-2998, 2007.6.15., 법인-675, 2010.7.14. 참조), 전담부서가 다른 업체로부터 위탁받은 연구활동을 수행할 수 있는지 여부에 대한 국세청의 질의에 대하여 교육과학기술부는 “다른 기업으로부터 위탁받은 연구활동을 수행할 수 있다고 하면서, 다만 다른 기업으로부터 위탁만을 받아 연구개발을 하고 해당 연구개발활동의 결과물이 위탁기업의 소유가 된다면 해당 기업 전담요원의 연구개발활동으로 볼 수 없다”고 회신(기초과학정책과-1673, 2012.3.12.)하였고,기초진흥연구 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령제17조 제1항에서 기업부설연구소 또는 전담부서의 직원들은 해당 기업의 연구업무 외에 다른 업무를 겸할 수 없으며, 해당 기업은 연구 전담요원 등이 연구에만 전념할 수 있도록 규정하고 있어 전담부서에서는 사실상 위탁 업무를 수행하기 어려운 것으로 보이는 점, 이에 비해 오늘날의 기술개발은 융합개발로 대규모 전산개발용역을 수행하기 위해서는 한 기업의 기술만으로 개발하기는 한계가 있다고 보여지고 결국 다른 기업의 기술을 구입(위탁)하여 수행할 수밖에 없다고 보이는 점, 이 건과 같이 금융기관이 위탁을 통해 전산시스템을 개발한 것에 대하여 “전담부서를 보유한 기업”에게 위탁한 개발 비용을 세액공제 대상으로 해석하였던 점(조심 2009서3678, 2010.9.1. 참조), 동일 건에 대하여 감사원의 2003년 OOO지방국세청에 대한 감사(2001사업연도 신한은행 연구인력개발비 세액공제 관련 환급 경정청구)시도 과세되지 않았고, 감사원의 2011년 조세정책 및 법규실태 특정감사(2011.5.30-6.27.)시 문제 제기된 것에 대하여 2012.4.12. 감사위원회의에서 불문의결 되었다는 통지를 한 점(재정경제감사국 제4과-945) 등을 감안할 때, OOO기술이 다른 업체에게 재위탁한 연구개발용역비 중 전담부서가 있는 업체에게 재위탁한 비용은 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상으로 보아 해당 사업연도 세액을 경정함이 타당하다 하겠다 (조심 2011서1923, 2012.6.8. 합동회의 같은 뜻임). 따라서 쟁점재위탁개발용역을 수탁자인 OOO기술이 직접 수행하지 않고 제3자에게 재위탁하였다 하여 연구 및 인력개발비 세액공제 대상이 아닌 것으로 보아 과세한 이 건 처분은 OO OO 기술로부터 재위탁 용역을 받은 기업이 조세특례제한법 시행령별표6에서 정한 연구기관 또는 전담부서를 보유하였는지 여부를 재조사하여 연구기관 또는 전담부서를 보유한 경우 연구 및 인력개발비 세액공제 대상으로 보아 그 세액을 경정하여야 할 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.