쟁점토지 취득시기를 잔금청산일로 보고 쟁점토지가 비사업용 토지에 해당하는 것으로 보아 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없음

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 2000.11.10.부터 아파트를 건설·분양하는 부동산공급업을 영위하는 법인으로, 2004.4.30. OOOOO OOO OOO OOO-O O OOO 3,914㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 OOO 외 3인(이하 “양도자들”이라 한다)으로부터 OOO억원에 매입하기로 계약(잔금청산일 2005.10.27.)을 체결하고, 2004.11.23. 시공사인 주식회사 OOO과 쟁점토지 지상에 아파트를 건설하기로 사업약정서를 체결하였으나, 2005.9.28. 서울특별시 OOOOO으로부터 민영주택건설 사업계획 승인 불가 통보를 받고 사업시행이 중단됨에 따라 2008.12.31. 주식회사 효성에 쟁점토지를 150억원에 양도하고, 쟁점토지를 비사업용토지의 양도로 보아 양도차익 O,OOO,OOO,OOOOO OO OOO O,OOO,OOO,OOO원을 신고·납부한 후, 2009.6.4. 쟁점토지의 실제 취득일은 쟁점토지에 대한 사용승낙을 받은 매매계약일인 2004.4.30.이고, 잔금청산일인 2005.10.27. 이전인 2005.9.28. 사용이 제한된 사업용 토지에 해당한다 하여 OOO에게 당초 납부한 법인세의 환급을 구하는 경정청구를 제기하여 2009.9.24 OOO을 환급받았다.
• 나. 2011년 OOO에 대한 교차감사를 실시하여, 청구법인의 쟁점토지 취득일은 잔금청산일인 2005.10.27.이므로 취득일을 재검토하여 과세여부를 판단하라는 감사지적을 하였고, 처분청은 청구법인의 쟁점토지 취득일을 계약일이 아닌 잔금청산일로 보고 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 2011.12.9. 청구법인에게 2008사업연도 법인세 OOO원(쟁점토지 3,914.1㎡중 별도합산토지로 과세된 2,608.1㎡를 제외한 1,306㎡에 대한 양도차익 OOO)을 경정·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.1.19. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 부동산등기에 의하여 법적으로 취득하는 소유권의 경우 사용·수익할 수 있는 권리뿐만 아니라 점유·처분 등도 할 수 있는 전면적이고 포괄적인 권리로서 잔금청산이 되지 않은 상태에서는 매수자가 매도자의 승낙 없이 어떠한 권리도 행사할 수 없는 것이 일반적이며, 매매목적물이 대규모 개발사업지구 내의 토지로서 사업시행기간이 장기이거나 매매대금이 고액인 경우 법적 소유권은 여전히 매도자에게 있음에도 사용승낙을 통하여 매수자에게 부동산 취득목적에 사용할 수 있도록 허용하고 있는 바, 청구법인은 쟁점토지를 취득하면서 계약 당일 양도인들로부터 쟁점토지에 대한 토지사용승낙을 받고, 2004.9.11. 토지사용승낙서를 첨부하여 사업계획승인 신청을 하였으며, 부동산PF대출을 받아 쟁점토지상의 근저당권 등을 말소하는 등 쟁점토지를 실질적으로 사용 내지 지배한 사실이 명확함에도 처분청이 쟁점토지의 취득일을 2005.10.27.로 보아 이 건 법인세를 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인이 제출한 쟁점토지 사용승낙서의 사용목적을 보면, 건축물 공사관련 인·허가용에 한하며 기타 다른 용도로 사용할 수 없도록 되어 있고 매매계약서 또한 잔금청산일에 인도하기로 명시하고 있는 등 동 사용승낙서는 청구법인의 인·허가와 관련된 행정업무를 위한 용도일 뿐이므로 법인세법상 취득의 기준인 사용·수익에 해당하지 않아 사용승낙일인 2004.4.30.을 쟁점토지의 취득일로 볼 수 없고, 쟁점토지는 전 소유자인 양도인들이 소유권이전등기일인 2005.10.27.을 양도일로 하여 양도소득세 신고를 하였으며, 기타 청구법인이 사업진행을 위하여 시공사 등과의 사업약정, PF대출약정 등의 행위만으로는 쟁점토지를 사용·수익한 것으로 보기 어려우므로, 청구법인의 쟁점토지 취득일을 잔금청산일인 2005.10.27.로 보아 법인세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구법인의 쟁점토지 취득일을 매매계약일(토지사용승낙일)인 2004.4.30.로 볼 것인지, 잔금청산일인 2005.10.27.로 볼 것인지 여부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 청구법인의 쟁점토지 취득일을 매매계약일이 아닌 잔금청산일인 2005.10.27.로 보고 쟁점토지가법인세법제55조의2 제2항에 의한 비사업용토지에 해당하는 것으로 보아 법인세를 과세하였고, 청구법인은 쟁점토지에 대한 사용승낙을 받아 실질적으로 사용·수익한 매매계약일인 2004.4.30.이 쟁점토지 취득일로서 쟁점토지 취득후인 2005.9.28. 쟁점토지의 사용이 제한되어 비사업용토지에 해당되지 않는 다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 본다.

(2) 처분청 및 청구법인이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 2004.4.30. 청구법인과 양도인들간의 쟁점토지 매매계약서에 의하면, 청구법인은 쟁점토지를 OOO억원에 매수하면서 계약금OOO을 각각 지급하고, 잔금청산일에 매매목적물의 80%까지 인도, 명도하기로 하며, 쟁점토지에 대하여 발생하는 수익 및 부담은 인도일을 기준으로 그 전까지는 매도자에게 귀속하고, 제세 공과금은 소유권 이전일을 기준으로지방세법상 납부대상자가 부담하기로 하며, 계약일에 토지사용승낙서를 교부하되 동 승낙서는 공동주택 사업신청에 필요한 범위내로 한정하기로 약정한 것으로 나타난다. (나) 2005.10.27. 쟁점토지 매매계약서에 의하면, 잔금 OOO원을 2005.10.27.에 지급하고 잔금지급일에 매매목적물의 100%를 인도 하기로 당초 매매계약 내용을 변경한 것으로 나타난다. (다) 청구법인이 제출한 토지사용승낙서에는 사용용도를 건축물 공사관련 인·허가용(심의 및 건축허가용)에 국한하며 기타 다른 용도로는 사용되지 않음에 동의하는 것으로 기재되어 있다. (라) 청구법인은 2004.9.11. 위 토지사용승낙서를 첨부하여 성동구청에 건축심의를 접수하고, 2004.11.23. 시공사인 주식회사 효성과 사업약정 및 주식회사 OOO 아파트 신축사업 PF대출 약정을 하였으며, 2004.12.28., 2005.6.29. 성동구청에 사업계획승인을 접수하였으나, 2005.9.28. OOO으로부터 사업계획승인 처리 불가 통보를 받은 후 2005.10.27. 쟁점토지의 소유권이전등기한 사실이 등기부등본 등에 의하여 나타난다. (마) 양도인들은 쟁점토지를 소유권이전등기일인 2005.10.27. 청구법인에게 양도한 것으로 하여 양도소득세 신고를 하였다.

(3) 법인세법제55조의2 제2항 제4호는 토지를 소유하는 기간 중 대통령령이 정하는 기간 동안 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지로 지방세법에서 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지는 비사업용토지로 보도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제92조의11은 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 제한된 기간 등과 건축물이 멸실·철거되거나 무너진 토지의 경우 그 날로부터 2년간은 비사업용토지에 해당되지 않는 것으로 규정하고 있다.

(4) 살피건대, 쟁점토지 매매계약서에 의하면, 청구법인은 쟁점토지에 대하여 발생하는 수익 및 부담은 인도일을 기준으로 그 전까지는 매도자에게 귀속하고, 잔금청산일인 2005.10.27.에 쟁점토지를 인도하기로 약정한 점, 쟁점토지의 사용승낙서에는 그 사용목적을 건축물 공사관련 인·허가용에 한하며 기타 다른 용도로 사용할 수 없도록 되어 있어 청구법인이 사용승인일에 건축허가 등 행정목적 이외에 쟁점토지를 실질적으로 사용·수익한 것으로 보기 어려운 점, 쟁점토지는 전 소유자인 양도인들이 소유권이전등기일인 2005.10.27.을 양도일로 하여 양도소득세 신고를 한 점 등을 감안할 때, 쟁점토지의 사용승인일을 쟁점토지의 취득일로 보아야 한다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다. 따라서, 처분청에서 청구법인의 쟁점토지 취득시기를 잔금청산일인 2005.10.27.로 보고 쟁점토지가 비사업용 토지에 해당하는 것으로 보아 법인세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.