연구개발용역을 의뢰받은 수탁자가 전담부서가 있는 업체에게 재위탁한 비용은 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상임

OOO세무서장이 2011.11.18. 청구법인에게 한 2007사업연도 법인세 OOO, 2009사업연도 법인세 OOO 의 부과처분은 처분청이 연구 및 인력개발비 세액공제 대상에서 제외한 금액 OOO에 대하여 수탁자인 OOOOOO 주식회사로 부터 재위탁 받은 기업 중 연구기관 또는 전담부서를 보유한 기업이 수행한 연구개발용역비를 재조사하여 이를 세액공제 대상으로 하여 그 세액을 경정한다.

• 가. 청구법인은 금융업(생명보험업)을 영위하는 법인으로, 각종 보험업에 필요한 전산시스템개발과 관련하여 연구전담부서를 보유한 OOO 주식회사(이하 “수탁자”라 한다) 등에 기술용역을 위탁하고, 2007사업연도(2007.4.1.～2008.3.31.) 및 2009사업연도(2009.4.1.～2010.3.31.)에 대한 연구 및 인력개발비 세액공제대상 지출액을 각 OOO, 연구 및 인력개발비 세액공제금액을 각 OOO으로 하여 법인세를 신고하였다.
• 나. 처분청은 수탁자가 위탁용역을 직접 수행하지 아니하고 제3자에게 재위탁한 부분에 대한 연구개발용역비 OOO를 제외하고 세액공제를 재계산하여 2011.11.18. 청구법인에게 2007사업연도 법인세 OOO, 2009사업연도 법인세 OOO, 합계 O,OOO,OOO,OOOO 을 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.1.10. 심판청구를 제기하였

• 가. 청구법인 주장 청구법인의 2007사업연도 세액공제분은 재위탁을 배제한다는 기획재정부의 유권해석(재조특-844, 2009.9.25.)이 나오기 전에 적용된 것으로 2009년도 해석에 따라 2007년도에 적용한 소급과세이며, 청구법인의 2009사업연도 세액공제도 2007사업연도에 시작된 동일한 프로젝트가 연속 진행 과정에서 발생한 중도금 내지 잔금 등에 적용한 것들이므로 세액공제대상에 포함되어야 하는 점, 수탁자는 대부분 연구개발전담부서가 있는 회사에 재위탁하였고, 위탁연구개발비 인정조건으로 수탁회사의 연구개발전담부서가 중요하듯이 재위탁회사에 대해서도 똑같은 기준이 적용되어야 하는 점, 전산시스템 개발시 청구법인은 수탁자가 개발을 진행하는 것으로 믿고 계약을 하는바, 수탁자가 재위탁 계약을 체결한 내역을 전혀 알 수 없고 수탁자 입장에서도 이를 영업비밀로 취급하여 공개하지 아니하여 청구법인은 수탁자와의 계약사항을 기초로 세액공제를 적용할 수밖에 없는데, 사전에 회사가 파악할 수도 없는 업체간 재위탁을 이유로 세액공제를 배제하는 것은 재위탁으로 인해 개발시스템 품질저하 위험을 당한 회사에 추가로 세제상 불이익을 주는 불합리한 처분인 점 등을 고려하여 볼 때 처분청의 과세처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 소급과세 금지는 새로운 세법의 해석 이전에 일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법해석이 명백히 존재하는 경우에 한하여 적용되는 것으로, 재위탁용역비는 세법을 납세자가 임의로 확대해석하고 있던 부분을 명확히 예규로 해석한 것으로 납세자의 질의에 대한 과세관청의 회신 또는 견해표명의 내용이 불분명하거나 합리적인 근거에 입각하지 아니하여 납세자의 일정한 행위 또는 계산의 원인이 되지 아니하는 경우로서 보호할 만한 가치있는 신뢰의 대상이 없는 때에는 적용되지 아니하는 점, 세법규정은 변칙거래 등을 방지하기 위하여 법률에 정한 요건을 갖춘 경우에만 인정하도록 엄격하게 해석하여야 하므로 수탁자가 직접 위탁용역을 수행하지 아니하고 제3자에게 위탁용역을 재위탁하는 경우 전담부서 여부를 불문하고 세액공제를 받을 수 없는 것이며, 기획재정부 및 국세청 유권해석(재조특-884, 2009.9.25., 법인세과-483, 2010.5.26.)도 같은 입장이고, 위탁의 본질은 재위탁을 포함하지 아니하는 것으로서 전담부서에 연구개발용역 등을 위탁함에 따른 비용이라고 열거되었을 뿐 재위탁에 대한 공적인 견해표명은 없는 점, 청구법인은 수탁자 또는 수탁자의 재위탁업체의 작업진행상환 확인 및 감독을 위하여 수탁자에게 자료를 요청할 수 있고, 용역작업수행 특정기술자에 대한 위탁업체의 교체요구, 기술자교체시 위탁업체의 동의 등 수탁자에게 재위탁에 대하여 지출하는 금액을 확인요청하면 재위탁현황을 파악할 수 있고, 수탁자가 재위탁할 경우 재위탁비용으로 일정부분 마진을 차감하고 지급하는 것이 일반적인 점 등을 종합하면 처분청의 과세처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구법인으로부터 연구개발용역을 의뢰받은 수탁자가 그 용역 중 일부를 직접 수행하지 않고 제3자에게 다시 위탁한 경우, 이에 상당하는 금액이 조세특례제한법제10조의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상에 해당하는지 여부
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제10조 【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】① 내국인[도박장ㆍ무도장ㆍ유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 “소비성서비스업”이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “연구 및 인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 중소기업: 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액

• 가. 해당 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액
• 나. 해당 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액

2. 제1호 외의 내국인: 다음 각 목에 해당하는 금액을 합한 금액

• 가. 해당 과세연도에 발생한 대학 또는 중소기업 등에게 위탁한 대통령령이 정하는 연구 및 인력개발비(이하 "중소기업 등에의 위탁 연구 및 인력개발비" 라 한다)가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구 및 인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액
• 나. 해당 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비 중 중소기업 등에의 위탁 연구 및 인력개발비 외의 연구 및 인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구 및 인력개발비 외의 연구 및 인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40에 상당하는 금액 (2) 조세특례제한법 시행령 제9조 【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】② 법 제10조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 비용”이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표 6의 비용을 말한다. 〔별표6〕 연구·인력개발비세액공제를 적용받는 비용 (제9조 제2항관련) 구분 비용

• 나. 위탁 및 공동기술개발

① 다음의 기관에게 기술개발용역 등을 위탁함에 따른 비용 및 이들 기관과의 공동기술개발을 수행함에 따른 비용 ㉮고등교육법에 의한 대학 또는 전문대학 ㉯국·공립연구기관 ㉰정부출연연구기관 ㉱과학기술분야를 연구하는 국내외의 비영리법인(비영리법인에 부설된 연구기관을 포함한다) ㉲국내외 기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는 전담부서 ㉳ 산업기술연구조합육성법에 의한 산업기술연구조합 (3) 조세특례제한법 시행규칙 제7조 【연구 및 인력개발비의 범위】① 영 제9조 제2항에 따른 영 별표 6의 제1호 가목에서 “전담부서”라 함은 기술개발촉진법 시행규칙 제7조 에 따라 인정받은 기업부설연구소와 동 규칙 제8조에 따라 과학기술부장관에게 신고한 기업내의 연구개발전담부서(이하 “전담부서”라 한다)를 말한다. (4) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령 제17조 【기업부설연구소 등의 준수사항】① 제16조 제1항 및 제2항에 따른 기업부설연구소 또는 전담부서(이하 “기업부설연구소등”이라 한다)의 연구전담요원, 연구보조원 및 연구관리직원(이하 “연구전담요원등”이라 한다)은 해당 기업의 연구업무 외에 다른 업무를 겸할 수 없으며, 해당 기업은 연구전담요원등이 연구에만 전념할 수 있도록 연구활동 외에 생산․판매․영업 등의 기업활동과 관련된 업무에 종사하는 별도의 상시 종업원을 확보하여야 한다. (5) 국세기본법 제15조 【신의·성실】납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다. 제18조【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 제시한 연구소/전담부서 인정관련 자료를 보면, 쟁점재위탁비 발생당시 수탁자 가 재위탁한 업체 중 전담부서 인정일이 OOO주식회사 부설연구소는 2010.2.3., OOO주식회사 기술연구소는 2010.7.8.로 나타난다.

(2) 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 청구법인의 법인세 신고 및 이 건 과세처분시 처분청이 인정한 세액공제 대상 연구 및 인력개발비 발생액은 아래 <표>와 같

• 다. (3) 청구법인으로부터 연구개발용역을 의뢰받은 수탁자가 그 용역 중 일부를 직접 수행하지 않고 재위탁한 경우, 이에 해당하는 비용을 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상으로 볼 것인지, 아니면 세액공제 대상에서 제외하여야 하는지에 대하여 살펴보면, 금융기관 전산시스템의 개발은 대규모 전산개발용역으로 이를 수행하기 위해서는 한 업체의 기술만으로 개발하기에는 한계가 있고 다른 업체가 보유한 특정한 기술 등을 구입하여 사용하여야 하는 필요성이 있다고 보이는 점, 조특법 제10조 등 관련규정에서 연구개발용역의 수탁자가 그 용역의 일부를 제3자에게 다시 위탁할 경우 해당 비용을 세액공제 대상에서 제외한다는 규정을 두고 있지 아니한 점, 위 별표6에서 자체기술개발 뿐만 아니라 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용을 세액공제 대상으로 하면서 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서로 위탁대상 기관을 한정한 것은 동 용역을 수행한 당해 기관의 기술력, 전문성 등을 담보하기 위한 데에 그 취지가 있는 것으로 보이는바, 전담부서에 위탁하는 기술개발용역 비용 중 수탁자가 위탁용역을 직접 수행하지 아니하고 제3자에게 재위탁하였다 하더라도 재위탁받은 제3자가 위 별표6의 규정에서 정한 전담부서에 해당하는 경우에는 세액공제 대상으로 보는 것이 위 규정의 취지에 부합한다고 할 수 있는 점, 1986.12.31. 대통령령 제11937호로 개정된조세감면규제법 시행령별표6에서 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용을 세액공제 대상으로 하면서 “전담부서를 보유한 기업”을 추가하였고, 1992.12.31. 대통령령 제13804호로 개정시 “전담부서를 보유한 기업”에서 “국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서”로 규정하여 심리일 현재까지 시행되고 있으나, 위탁의 경우 처분청도 이 건 과세 이전에는 그간 전담부서를 보유한 기업에 위탁한 비용을 세액공제 대상으로 하면서 전담부서 외의 부서에서 수행한 비용에 대하여 과세하지 아니한 점, 국세청 도 세액공제 대상을 “전담부서를 보유한 기업”으로 해석한 사례가 다수 존재하는 점(법규-2998, 2007.6.15., 법인-675, 2010.7.14. 참조), 전담부서가 다른 업체로부터 위탁받은 연구활동을 수행할 수 있는지 여부에 대한 국세청의 질의에 대하여 교육과학기술부는 “다른 기업으로부터 위탁받은 연구활동을 수행할 수 있다고 하면서, 다만 다른 기업으로부터 위탁만을 받아 연구개발을 하고 해당 연구개발활동의 결과물이 위탁기업의 소유가 된다면 해당 기업 전담요원의 연구개발활동으로 볼 수 없다”고 회신(기초과학정책과-1673, 2012.3.12.)하였고,기초진흥연구 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령제17조 제1항에서 기업부설연구소 또는 전담부서의 직원들은 해당 기업의 연구업무 외에 다른 업무를 겸할 수 없으며, 해당 기업은 연구 전담요원 등이 연구에만 전념할 수 있도록 규정하고 있어 전담부서에서는 사실상 위탁 업무를 수행하기 어려운 것으로 보이는 점, 이에 비해 오늘날의 기술개발은 융합개발로 대규모 전산개발용역을 수행하기 위해서는 한 기업의 기술만으로 개발하기는 한계가 있다고 보여지고 결국 다른 기업의 기술을 구입(위탁)하여 수행할 수밖에 없다고 보이는 점, 이 건과 같이 금융기관이 위탁을 통해 전산시스템을 개발한 것에 대하여 “전담부서를 보유한 기업”에게 위탁한 개발 비용을 세액공제 대상으로 해석하였던 점(조심 2009서3678, 2010.9.1. 참조) 등을 감안할 때, 전담부서가 있는 업체에게 재위탁한 비용은 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상(조심 2011서1923, 2012.6.8. 같은 뜻)으로 보이나, 쟁점재위탁비 발생당시 연구 및 인력개발비를 재위탁받은 제3자가 연구기관 또는 전담부서가 있는지 여부 및 금액이 확인되지 아니하므로 처분청으로 하여금 쟁점재위탁비 중 전담부서가 있는 제3자에게 재위탁한 비용을 재조사하여 그 결과에 따라 해당 사업연도 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.