청구외법인이 다른 업체에게 재위탁한 연구개발비 중 전담부서가 있는 업체에게 재위탁한 비용은 연구 및 인력개발비 세액공제 대상으로 인정하는 것이 타당하다 할 것이나, 심리자료에 의하여 재위탁한 연구개발비 중 전담부서를 보유한 업체에게 지급한 금액과 그러하지 아니한 업체에게 지급한 금액이 명확하게 구분되지 아니하므로 이를 재조사하여 경정하는 것이 타당함
청구외법인이 다른 업체에게 재위탁한 연구개발비 중 전담부서가 있는 업체에게 재위탁한 비용은 연구 및 인력개발비 세액공제 대상으로 인정하는 것이 타당하다 할 것이나, 심리자료에 의하여 재위탁한 연구개발비 중 전담부서를 보유한 업체에게 지급한 금액과 그러하지 아니한 업체에게 지급한 금액이 명확하게 구분되지 아니하므로 이를 재조사하여 경정하는 것이 타당함
OOO세무서장이 2011.11.2. 청구법인에게 한 2008사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 청구법인으로부터 전산시스템의 연구개발용역을 위탁받은OOO 주식회사 등이 제3자에게 재위탁한OOO 중 조세특례제한법 시행령제9조 제2항에 따른 별표6의 제2호 가목에서 규정한 전담부서를 보유한 업체에게 재위탁한 금액은 조세특례제한법제10조의 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용하되, 이에 해당하는 금액에 대하여는 재조사하여 그 결과에 따라 세액을 경정한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점세액공제제도를 둔 취지는 기업의 연구 및 인력개발을 촉진하여 기술을 축적하고 우수한 인력의 확보를 용이하게 함으로써 기업의 대외경쟁력을 향상시키고 성장잠재력을 확충하기 위한 것인바, 조세특례제한법제10조 등 관련 규정에서 재위탁한 비용에 대하여 쟁점세액공제를 배제하는 근거가 없음에도 처분청이 자의적으로 판단하여 쟁점비용에 대하여 쟁점세액공제의 적용을 배제하는 것은 법문언에 따라 엄격해석을 하여야 하는 조세법의 해석원칙에 비추어 볼 때 부당하다. 청구법인은 위탁자로서 수탁자의 하도급 여부, 하도급업체 선정 등에 전혀 관여하거나 통제를 할 수 없음에도 수탁자가 재위탁한 부분에 대하여 쟁점세액공제를 허용하지 아니하는 것은 청구법인에게 아무런 책임이 없는 사유에 대하여 세제상 불이익을 주는 것으로 법적안정성 및 예측가능성을 침해한다.
(2) 조세특례제한법제10조에 의하면 전담부서를 보유한 업체에게 지출된 위탁연구개발비에 한하여 쟁점세액공제가 적용되는 것으로 규정되어 있는바, 이러한 요건의 취지는 일정수준의 기술개발능력을 보유한 업체에게 지출된 연구개발비에 한하여 세제혜택을 부여하겠다는 것으로 이해되므로, 쟁점비용 중 최소한 전담부서를 보유한 업체에게 재위탁한 비용은 법리상 쟁점세액공제 대상에서 제외할 이유가 없다.
(1) 조세법률주의의 원칙에서 파생되는 엄격해석의 원칙은 납세자에게 유리하다고 하여 합리적인 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하는 것인바, 조세특례제한법 시행령제9조 제2항에서 쟁점세액공제대상을 “연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표6의 비용”으로 규정하고 있고, 별표6에서는 “국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서에 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용”으로 규정하고 있으므로, 이를 수탁자가 재위탁한 경우까지 적용되는 것으로 해석하는 것은 확장해석에 해당되어 타당하지 아니하며, 기획재정부(조세지출예산과-OOO 2009.9.25.)에서도 재위탁부분에 대하여는 세액공제대상에 해당하지 않음을 명확히 하고 있다. 쟁점세액공제 대상이 되는 위탁연구개발비는 수탁받은 업체에 전담부서가 있어야 하고, 그 부서 내에서 연구활동이 이루어져야 하는바, 수탁자가 재위탁을 하였다는 것은 결국 수탁자의 연구부서 내에 연구원 및 연구기술이 없는 등 연구활동이 이루어지지 않았다는 결과가 되는 것이므로 쟁점세액공제를 적용할 수 없다.
(2) 청구법인은 쟁점비용 중 수탁업체가 전담부서를 보유한 업체에게 재위탁한 비용은 법리상 쟁점세액공제 대상에서 제외될 이유가 없다고 주장하나, 아무리 재위탁받은 업체가 연구개발전담부서를 보유하였다 하더라도 위탁업체가 위탁용역을 직접 수행하지 아니하고 제3자에게 재위탁한 경우에는 쟁점세액공제 대상이 될 수 없다.
1. 중소기업: 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액
2. 제1호 외의 내국인: 다음 각 목에 해당하는 금액을 합한 금액
① 기술개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 전담부서(이하 “전담부서”라 한다)에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령이 정하는 자의 인건비
① 다음의 기관에게 기술개발용역 등을 위탁함에 따른 비용 및 이들 기관과의 공동기술개발을 수행함에 따른 비용 ㉮ 고등교육법에 의한 대학 또는 전문대학 ㉯ 국·공립연구기관 ㉰ 정부출연연구기관 ㉱ 과학기술분야를 연구하는 국내외의 비영리법인(비영리법인에 부설된 연구기관을 포함한다) ㉲ 국내외 기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는 전담부서 ㉳산업기술연구조합육성법에 의한 산업기술연구조합 (3) 조세특례제한법 시행규칙 제7조 【연구 및 인력개발비의 범위】① 영 제9조 제2항에 따른 영 별표6의 제1호 가목에서 “전담부서”라 함은 기술개발촉진법 시행규칙제7조에 따라 인정받은 기업부설연구소와 동 규칙 제8조에 따라 과학기술부장관에게 신고한 기업내의 연구개발전담부서(이하 “전담부서”라 한다)를 말한다.
(2) 청구법인으로부터 연구개발용역을 위탁받은 청구외법인이 그 용역 중 일부를 직접 수행하지 아니하고 재위탁한 경우, 이에 해당하는 비용을 쟁점세액공제 대상으로 볼 것인지, 아니면 제외하여야 하는지에 대하여 본다. (가) 조세특례제한법 시행령제9조 제2항에서 세액공제 대상을 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표6의 비용으로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 별표6에서는 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서에 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용으로 규정하고 있다. (나) 처분청은 위와 같은 조세감면 우대조치는 조세정책상 특혜를 주는 규정이므로 해당 요건을 엄격하게 해석하여야 하고, 이를 문언대로 해석하면 전담부서에 위탁하는 기술개발용역 비용 중 수탁자가 위탁용역을 직접 수행하지 않고 제3자에게 다시 위탁한 부분에 상당하는 금액은 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 적용받을 수 없다는 의견이다(기획재정부 예규 조세특례제도과-OOO 2009.9.25. 참조). (다) 살피건대, 청구외법인이 이 건 용역의 일부를 직접 수행하지 않고 제3자에게 재위탁할 것인지 여부에 대하여 청구법인이 관여하기는 어렵다고 보이는 점, 금융기관 전산시스템의 개발은 대규모 전산개발용역으로 이를 수행하기 위해서는 한 업체의 기술만으로 개발하기에는 한계가 있고 다른 업체가 보유한 특정한 기술 등을 구입하여 사용하여야 하는 필요성이 있다고 보이는 점, 조세특례제한법제10조 등 관련규정에서 연구개발용역의 수탁자가 그 용역의 일부를 제3자에게 다시 위탁할 경우 해당 비용을 세액공제 대상에서 제외한다는 규정을 두고 있지 아니한 점, 위 별표6에서 자체기술개발 뿐만 아니라 기술개발용역을 위탁함에 따른 비용을 세액공제 대상으로 하면서 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서로 위탁대상 기관을 한정한 것은 동 용역을 수행한 당해 기관의 기술력, 전문성 등을 담보하기 위한 데에 그 취지가 있는 것으로 보이는바, 전담부서에 위탁하는 기술개발용역 비용 중 수탁자가 위탁용역을 직접 수행하지 아니하고 제3자에게 재위탁하였다 하더라도 재위탁받은 제3자가 위 별표6의 규정에서 정한 전담부서에 해당하는 경우에는 세액공제 대상으로 보는 것이 위 규정의 취지에 부합한다고 할 수 있는 점 등을 감안할 때, 청구외법인이 다른 업체에게 재위탁한 연구개발비 중 전담부서가 있는 업체에게 재위탁한 비용은 쟁점세액공제 대상으로 인정하는 것이 타당하다 할 것이다(조심 2011서1923, 2012.6.8. 합동회의, 같은 뜻임). 다만, 심리자료에 의하여 재위탁한 연구개발비 중 전담부서를 보유한 업체에게 지급한 금액과 그러하지 아니한 업체에게 지급한 금액이 명확하게 구분되지 아니하므로 이를 재조사하여 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.