매매계약서상 토지와 건물의 가액이 불분명하다고 보아 기준시가로 안분하여 과세한 처분은 정당함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2006.10.4. 취득한 OOO 외 1필지 대지 1,019.7㎡(이하 “쟁점토지”라 한다) 지상에 2007.12.4. 어린이집 건물 1,675.06㎡ (이하 “쟁점건 물”이라 하고, 쟁점토지와 쟁점건물을 합쳐 이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 신축하여 2009.8.31. 쟁점부동산을 양도하고, 양도가액은 부동산매매계약서상의 매매가액 OOO원(쟁점토지분 OOO원, 쟁점건물분 OOO원)으로 하여 양도소득세를 신고하였다.
• 나. 처분청은 2011년 7월 청구인에 대한 위 양도소득세 신고내용에 대하여 세무조사를 실시한 결과 양도가액의 구분이 불분명한 것으로 보아, 양도 가액 OOO원을 기준시가로 안분계산하여 쟁점토지는 OOO원으로, 쟁점건물은 OOO원으로 각각의 가액을 산정하고 이에 대응하는 쟁점토지분 취득가액은 실지거래가액(OOO원)으로, 쟁점건물분 취득가액은 환산취득가액(OOO원)으로 하여 2011.11.15. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.1.10 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점부동산은 2008.8.7. 토지거래계약 허가일부터 양도시점까지 일관되게 토지 및 건물가액을 구분표기하여 매매가 이루어 졌고, 양도시에도 구분하여 신고하였는 바, 부동산 매매계약서상의 가액OOO이 적정함에도 불구하고, 쟁점토지와 쟁점건물의 가액이 불분명한 것으로 보아 양도가액 OOO원을 기준시가로 안분계산하여 과세한 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 쟁점건물에 대한 취득가액(장부가액)을 기장으로 계상한 사실이 없고, 당초 토지거래계약허가 신청시 자산별 구분 가액에 대한 근거를 전혀 제시하지 못하고 있으며, 그것을 근거로 작성된 매매계약서의 약정내용 또는 그 근거가 불명확하다. 쟁점건물 신축비용 등에 대한 근거 또한 구체적이고 객관적인 금융증빙을 전혀 제시하지 못하고 있고, 청구인도 이를 인정하여 쟁점건물에 대한 취득가액을 환산가액으로 결정함이 타당하다는 의견서를 제출한 사실이 있으며, 만일 청구인의 주장대로 건설도급공사와 제세공과금을 쟁점건물 신축비용으로 인정한다 할지라도, 거래 증빙이 전혀 없는 자가건설분과 인테리어 비용 등을 신축비용에 포함하여 쟁점건물가액으로 산정하는 것은 근거과세 원칙에 위배된다 할 것이다. 매매계약서에 자산별 거래가액을 구분하였다 할지라도 당해 매매계약서상의 쟁점토지와 쟁점건물의 매매가액이 시세를 그대로 반영한 가액임을 입증할 수 있는 객관적인 증빙이 불충분하다면 이를 자산별 구분 가액이 불분명한 것으로 보아 기준시가에 의해 양도가액을 안분하는 것이 타당할 것이므로 쟁점부동산의 양도가액을 기준시가에 의해 안분하여 한 부과처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 토지와 건물가액의 구분이 불분명하다 하여 양도가액(실지거래가액)을 기준시가로 안분계산한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 소득세법(2009.12.31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것) 제96조(양도가액)

① 제94조제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다. 제100조(양도차익의 산정)

① 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액(제96조제3항의 규정에 따른 가액 및 제114조제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조제7항에 따른 가액 및 제114조제7항의 규정에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액 등을 포함한다)에 의하고, 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

③ 양도차익을 산정함에 있어서 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 소득세법 시행령(2009.12.31. 대통령령 제22034호로 개정되기 전의 것) 제166조(양도차익의 산정 등)

⑥ 법 제100조제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는부가 가치세법 시행령제48조의2제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산한다. (3) 부가가치세법 시행령 제48조의2(과세표준의 안분계산)

④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 조에서 “건물등”이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액중 토지의 가액과 건물등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다.

1. 토지와 건물등에 대한소득세법제99조의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액[제21조에 규정된 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 감정평가법인이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료는 다음과 같다. (가) 청구인은 2006.10.4. 김OOO으로부터 매매를 원인으로 쟁점토지를 취득한 후, 2007.12.4. 쟁점토지지상에 3층 건물(어린이집)을 신축하고, 2008.8.7. OOO구청장으로부터 쟁점토지에 대한 토지거래계약 허가를 받아, 2008.8.31. 강OOO에게 쟁점부동산을 양도한 사실이 청구인이 제출한 심리자료 등에서 확인된다. (나) 청구인의 쟁점부동산 양도에 대한 양도소득세 예정신고내역 및 처분청의 경정․고지내역은 아래와 같다. (다) 한편, 처분청이 제출한 자료에 의하면 쟁점토지의 개별공시지가 변동내역은 아래와 같다. (라) 2008.8.7. OOO구청장 명의의 쟁점토지 관련 토지거래계약허가증상 기재사항은 아래와 같다. (마) 2008.8.20. 청구인과 강OOO 간에 작성한 부동산 매매계약서의 별지 “매매 부동산에 대한 세부 약정사항”에는 쟁점부동산의 총 거래금액은 OOO원이며 쟁점토지가액은 OOO원, 쟁점건물가액은 OOO원으로 구분하여 매매하기로 약정되어 있다. (바) 2007.12.4.을 가격시점으로 하여 2007.12.6. 한국감정원이 작성한 감정평가서(평가 의뢰인: OOO동지점장)에 의하면, 쟁점건물의 평가가액은 OOO원으로 나타나고, 2006.10.20.을 가격시점으로 하여 2006.10.23. 주식회사 OOO감정평가법인의 감정평가서(평가의뢰인: OOO기업금융지점장)에 의하면 쟁점토지의 평가가액은 OOO원으로 나타난다. (사) 당초 양도소득세 신고시 청구인이 계상한 쟁점건물의 취득가액 OOO원은 쟁점부동산의 신축공사 도급금액인 OOO원에 설계비 등을 합한 OOO원과 취득세 등 OOO원, 시설물 공사 OOO원을 합한 금액이며, 쟁점건물 공사는 진행률이 약 60%인 상태에서 2007.9.15. 도급금액이 OOO원에서 OOO원으로 계약이 변경되었고, 나머지 공사는 자가건설로 준공한 것으로 청구인은 주장하고 있으나, 시설물 공사비 OOO원과 자가건설비에 대한 명확한 증빙자료는 제시되지 아니한다. (아) 한편, 청구인은 쟁점건물 신축 후 2008.1.23. 사업자등록(상호: OOO 어린이집)한 후 2009.11.2. 폐업하였고, 사업기간 내 동 사업과 관련하여 발생한 사업실적은 없으며, 소득세 신고유형을 간편장부로 하여 건물에 대한 장부가액을 계상하지 않은 것으로 국세통합시스템에 의해 확인된다.

(2) 자산의 양도가액은 실지거래가액에 의하며(소득세법제96조), 양도가액을 실지거래가액에 의한 때에는 취득가액도 실지거래가액(환산취득가액도 포함)에 의하며(소득세법제100조 제1항), 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산한다고소득세법제100조 제2항에서 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제166조 제6항에서는 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령제48조의2 제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산한다고 규정하고 있다.

(3) 살피건대, 청구인의 경우 비록 쟁점부동산 양도시 토지거래계약허가서와 부동산 매매계약서에 쟁점토지와 쟁점건물가액을 구분하여 기재한 사실이 있으나, 청구인이 건설한 쟁점건물 신축비용과 시설물 공사비 OOO원에 대한 객관적인 증빙자료가 제시되지 아니하는 등 자산별 구분 가액에 대한 명확한 근거를 제시하지 못하고 있고, 청구인이 제시한 쟁점토지와 쟁점건물에 대한 감정평가서 또한 가격시점(2006.10.20.과 2007.12.6.)이 취득당시 평가액이므로 부동산 양도시(2009.8.31.)와는 시기적으로 차이가 있어 동 감정가액을 양도당시 토지 및 건물의 시가로 인정하기는 어려운 것으로 판단된다. 더욱이, 쟁점토지의 개별공시지가 변동추이를 보면 2006년부터 2009년까지 33.48%에서 36.05% 상승하였는데, 청구인이 신고한 가액을 보면, 쟁점토지의 경우 취득당시인 2006년 감정가액이 쟁점부동산 전체가액 대비 45.2%를 점하고 있다가 2009년 양도당시 신고가액은 38.4%로 감소하여 위 개별공시지가 변동추이와 반대의 현상을 보이고 있고, 쟁점건물의 경우는 오히려 그 점유비율이 54.8%에서 61.6%로 증가한 것을 알 수 있다. 따라서, 청구인이 신고한 금액 구분이 불분명한 것으로 보아 처분청이 양도가액을 기준시가로 안분계산하여 토지와 건물의 양도가액을 산정하고, 이에 대응하는 쟁점토지분 취득가액은 실지거래가액으로, 쟁점건물분 취득가액은 환산취득가액으로 하여 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.