벤처기업 확인서 유효기간의 공백이 일시적인 점, 벤처기업 확인의 취소사유가 있었던 것으로 보이지 않는 점 등을 종합할 때, 처분청의 창업중소기업 세액감면 배제처분은 부당함
벤처기업 확인서 유효기간의 공백이 일시적인 점, 벤처기업 확인의 취소사유가 있었던 것으로 보이지 않는 점 등을 종합할 때, 처분청의 창업중소기업 세액감면 배제처분은 부당함
OOO세무서장이 2012.11.5. 청구법인에게 한 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.
② 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조제1항에 따른 벤처기업(이하 "벤처기업"이라 한다) 중 대통령령으로 정하는 기업으로서 창업 후 3년 이내에 같은 법 제25조에 따라 2012년 12월 31일까지 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 "창업벤처중소기업"이라 한다)의 경우에는 그 확인받은 날 이후 최초로 소득이 발생한 과세연도(벤처기업으로 확인받은 날부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 제1항을 적용받는 경우는 제외하며, 감면기간 중 벤처기업의 확인이 취소된 경우에는 취소일이 속하는 과세연도부터 감면을 적용하지 아니한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제5조 (창업중소기업 등에 대한 세액감면)
④ 법 제6조제2항에서 "대통령령으로 정하는 기업"이란 다음 각호의 1에 해당하는 기업을 말한다.
1. 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조의2의 요건을 갖춘 중소기업(같은 조 제1항제2호나목에 해당하는 중소기업을 제외한다)
2. 연구 및 인력개발을 위하여 지출하는 비용중 기획재정부령이 정하는 비용(이하 이 조에서 "연구개발비"라 한다)이 당해 과세연도의 수입금액의 100분의 5이상인 중소기업
(3) 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조(정의)
① "벤처기업"이란 제2조의2의 요건을 갖춘 기업을 말한다.
(4) 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조의2(벤처기업의 요건)
① 벤처기업은 다음 각 호의 요건을 갖추어야 한다.
1. 중소기업기본법 제2조 에 따른 중소기업(이하 "중소기업"이라 한다)일 것
2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당할 것
(1) 기술신용보증기금법에 따른 기술신용보증기금(이하 "기술신용보증기금"이라 한다)이 보증(보증가능금액의 결정을 포함한다)을 하거나, 중소기업진흥에 관한 법률 제68조 에 따른 중소기업진흥공단(이하 "중소기업진흥공단"이라 한다) 등 대통령령으로 정하는 기관이 개발기술의 사업화나 창업을 촉진하기 위하여 무담보로 자금을 대출(대출가능금액의 결정을 포함한다)할 것
(2) (1)의 보증 또는 대출금액과 그 보증 또는 대출금액이 기업의 총자산에서 차지하는 비율이 각각 대통령령으로 정하는 기준 이상일 것
(3) (1)의 보증 또는 대출기관으로부터 기술성이 우수한 것으로 평가를 받을 것
(5) 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제25조(벤처기업의 해당 여부에 대한 확인)
① 벤처기업으로서 이 법에 따른 지원을 받으려는 기업은 벤처기업 해당 여부에 관하여 기술신용보증기금 등 대통령령으로 정하는 기관이나 단체(이하 "벤처기업확인기관"이라 한다)의 장에게 확인을 요청할 수 있다.
② 벤처기업확인기관의 장은 제1항에 따라 확인 요청을 받으면 지식경제부령으로 정하는 기간 내에 확인하여 그 결과를 요청인에게 알려야 한다. 이 경우 그 기업이 벤처기업에 해당될 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 유효기간을 정하여 벤처기업확인서를 발급하여야 한다.
(6) 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제25조의2(벤처기업 확인의 취소)
① 벤처기업확인기관의 장은 벤처기업이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 제25조제2항에 따른 확인을 취소할 수 있다. 다만, 제1호에 해당하는 경우에는 확인을 취소하여야 한다.
1. 거짓이나 그 밖의 부정한 방법으로 벤처기업임을 확인받은 경우
2. 제2조의2의 벤처기업의 요건을 갖추지 아니하게 된 경우
3. 휴업·폐업 또는 파산 등으로 대통령령으로 정하는 기간 동안 기업활동을 하지 아니하는 경우
4. 대표자·최대주주 또는 최대출자사원 등이 기업재산을 유용(流用)하거나 은닉(隱匿)하는 등 기업경영과 관련하여 주주·사원 또는 이해관계인에게 피해를 입힌 경우 등 대통령령으로 정하는 경우
(1) 청구법인이 제출한 벤처기업 확인서(3매)를 보면 2009.6.16.자 벤처기업확인서(기술보증기금 이사장)에는 업체명이 주식회사 OOO(청구법인), 확인유형이 기술평가보증기업(기술보증기금), 평가기관이 기술보증기금, 유효기간이 2009.6.16.～2010.6.15.로 기재되어 있고 위 업체는 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제25조의 규정에 의하여 벤처기업임을 확인한다고 되어 있다. 또한, 2011.5.17.자 벤처기업확인서에도 위와 같은 내용이 기재되고 다만 유효기간이 2009.6.16.～2011.6.15.로 기재되어 있으며(변경일자: 2011.5.17., 변경내역: 분실훼손 등), 2012.5.30.자 벤처기업확인서에도 위와 같은 내용이 기재되고(2009.6.16.자 벤처기업확인서의 업체명, 확인유형, 평가기관 등과 동일) 유효기간이 2012.5.30.～2014.5.29.로 기재되어 있다.
(2) 청구법인은 당사가 2011사업년도 종료일 현재 벤처기업확인이 되지 않은 것은 담당 직원의 업무미숙 등으로 인해 갱신신청을 늦게 함에 따라 발생된 절차적 문제로 벤처기업의 요건을 갖추지 못해 발생된 실체적인 문제는 아니며, 2012.5.30 벤처기업 확인을 갱신받아 벤처기업의 실체가 계속 유지되었다고 할 수 있으므로 이 건 경정청구 거부처분은 부당하다고 주장한다.
(3) 처분청은 2011.6.15. 청구법인에 대한 벤처기업확인서의 유효기간이 만료되어 2011사업연도에 대해 창업벤처기업 세액감면을 적용할 수 없다는 의견이며, 청구법인이 2009사업연도에는 결손이었고 2010사업연도의 경우 창업벤처기업으로 법인세액을 감면받은 사실에 대해 청구법인과 처분청 간 다툼이 없다.
(4) 살피건대, 청구법인은 2011년도 종료일 현재 벤처기업확인이 안된 것은 담당직원의 업무미숙 등으로 갱신신청을 늦게 함에 따른 것이라고 주장하는 가운데 청구법인은 2009.6.16. 등에 벤처기업 확인서를 교부받은 뒤 2011.6.15. 벤처기업 확인서 유효기간이 만료된 후 다시 2012.5.30. 벤처기업확인서를 교부받았고 2009사업연도 결손 이후 2010사업연도에도 창업벤처기업으로 법인세액을 감면받은 사실 등을 감안할 때, 청구법인에 대한 벤처기업 확인은 2011사업연도 종료일 현재 취소되지 아니하고 계속 유지된 것으로 보아야 할 것이다. 또한, 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제25조의2에서는 벤처기업 유효기간에 대한 기간만료 사유를 벤처기업 확인의 취소사유로 규정하고 있지 않으며, 조특법 제6조 제2항에서도 창업벤처기업이 감면기간 중에 벤처기업의 확인이 취소된 경우에 한해 그 취소일이 속하는 과세연도부터 법인세 감면을 적용하지 아니한다고 규정하고 있는 점 등을 감안할 때, 처분청이 2011사업연도 종료일 현재 청구법인이 벤처기업인지 확인할 수 없다 하여 창업벤처기업 법인세 감면에 대한 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다(조심 2008서4180, 2009.6.23. 등 참조).
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.