종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이전까지의 양도소득은 조세특례제한법 제99조의3에서 규정한 감면대상에 해당한다고 보기 어려움

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1997.2.25. OOO동 10-150 외 1필지의 토지와 건물(이하 “종전주택”이라 한다)을 취득한 뒤 재건축한 아파트(2003.6.7. 사용승인되었으며, 이하 “신축주택”이라 한다)를 2006.12.15. 김OOO에게 양도하면서조세특례제한법제99조의3의 규정을 적용하여 산출한 세액 OOO원 전액을 감면하는 것으로 하여 양도소득세 예정신고를 하였다.
• 나. 처분청은 청구인의 전체 양도소득금액 중에 신축주택 취득일로부터 5년 이내 발생한 양도소득금액만을 감면하고 나머지 보유기간에 대한 양도차익에 대해 납부불성실가산세 OOO원을 포함한 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 2012.5.7. 청구인에게 경정?고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.19. 이의신청을 거쳐 2012.11.23. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 조세특례제한법제99조의3 및 같은 법 시행령 제40조 제1항에서 감면소득금액 계산산식이 {양도소득 금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}이고, 분모의 취득당시의 기준시가와 분자의 취득당시의 기준시가를 달리 적용하라는 내용이 없으므로, 위 계산산식에 따라 계산한 종전주택 양도소득금액이 포함된 양도소득금액 전체에 대해 양도소득세 전액을 감면신고한 당초 신고내용은 정당한 것이며, 처분청에서 국세청 예규에 의거 과세결정한 이 건 처분은 과세당국이 자의적으로 해석?적용한 것으로서 조세법률주의, 소급과세금지의 원칙 및 공평과세의 원칙에 위배되어 무효이고, 납부불성실가산세까지 부과하는 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법제99조의3 규정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면규정은 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액에 대한 양도소득세를 감면하도록 명확히 하고 있고, 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20.) 등에서 재건축주택에 있어서 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지 양도소득금액은 감면소득에 해당하지 아니한다고 일관되게 해석하고 있는 바, 관련 법령, 국세청 해석 및 관행, 합목적성 및 형평 등에 있어서 종전주택 양도소득금액을 배제하고 감면세액을 재계산하여 경정한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례(조세특례제한법제99조의3) 규정에서 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액이 감면대상 양도소득금액에 해당하는지, 이 건 처분이 조세법률주의, 소급과세금지 원칙, 공평과세의 원칙에 위배되는지 여부 및 납부불성실가산세를 면할 수 있는지 여부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은조세특례제한법제99조의3 규정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면규정은 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액에 대한 양도소득세를 감면하도록 명확히 하고 있으므로 이 건 양도소득세 부과 및 가산세 부과 처분이 정당하다면서, 신축주택 감면세액 계산 적정여부 검토서 등을 제시하였다.

(2) 청구인은 종전주택 양도소득금액이 포함된 양도소득금액 전체에 대해 감면신고한 당초 신고내용은 정당하며, 이 건 처분은 조세법률주의, 소급과세금지의 원칙 및 공평과세의 원칙에 위배되어 무효이고, 납부불성실가산세까지 부과하는 것은 부당하다고 주장하면서, 신축주택 매매계약서 등을 제출하였다. (3)조세특례제한법제99조의3 제1항에서 거주자가 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제40조 제1항에서 양도소득금액은 {양도소득 금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}의 산식에 의하여 계산한 금액이라고 규정하고 있다. 한편,국세기본법제47조 제1항에서 정부는 세법에서 규정한 의무를 위반한 자에게 이 법 또는 세법에서 정하는 바에 따라 가산세를 부과할 수 있다고 규정되어 있다.

(4) 살피건대,조세특례제한법제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 ‘신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화’에 그 입법취지가 있는 점,조세특례제한법제99조의3 제1항에 의하면 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 ‘해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등으로 볼 때, 양도소득세의 감면 대상이 되는 취득일부터 5년 이내에 발생하는 소득이라 함은 신축주택의 취득일로부터 양도시까지 발생하는 소득을 의미한다고 보아야 할 것(조심 2010부415, 2010.9.17. 외 다수 같은 뜻)이므로 이 건 부과처분이 조세법률주의의 원칙에 위배된다는 청구주장은 받아들이기 어렵다. 또한, 소급과세금지의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용된다고 할 것이고, 그 조항에서의 일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 조세행정의 관행이란 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정납세자가 아닌 불특정한 일반납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 말하고, 단순히 세법의 해석기준에 관한 공적 견해의 표명이 있었다는 사실만으로 그러한 해석 또는 관행이 있다고 볼 수는 없는 것(대법원 1992.9.8. 선고 91누13670 판결 참조)인데, 이 건은 과세관청이 납세자에게 신축주택의 취득 전 양도소득을 감면대상에 포함한다는 공적인 견해를 표명한 사실이 나타나지 아니하여 처분청이 소급과세금지의 원칙, 공평과세의 원칙을 위반하였다고 볼 수 없고, 아울러 납부불성실가산세를 면책할만한 정당한 사유가 있다고 보기도 어렵다. 따라서, 처분청이 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전까지의 양도소득금액은조세특례제한법제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 보아 청구인에게 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.