종전주택 취득 시부터 쟁점신축주택 취득 전까지 발생한 양도소득금액은 감면대상이 아님

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1991.8.1. OOO 138-1 제1호 소재 주택(이하 “종전주택”이라 한다)을 상속을 원인으로 취득하여 보유하다가 종전주택을 멸실하고, 같은 곳 OOO빌라 301호(이하 “쟁점신축주택”이라 한다)를 재건축하여 2002.5.28. 사용승인을 받았으며, 2006.12.26. 쟁점신축주택을 OOO원에 양도하고, 종전주택 취득일부터 쟁점신축주택 취득시까지에 대하여도조세특례제한법제99조의3 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 특례규정(이하 “쟁점특례규정”이라 한다) 을 적용하여 양도소득세를 신고하였다.
• 나. 처분청은 쟁점신축주택의 양도에 따른 양도소득세 감면소득은 쟁점신축 주택을 취득한 후 5년 간 발생한 양도소득만 해당된다고 보아, 2012.5.8. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO 원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.31. 이의신청을 거쳐 2012.11.30. 심판청구를 제기하였다(이의신청 결과 양도소득세 OOO원 감액경정).

• 가. 청구인 주장 쟁점특례규정의 감면소득금액 계산을 위한 조세특례제한법 시행령제40조 제1항의 산식(이하 “쟁점산식”이라 한다)은 신축주택 취득후 5년 이후 양도분에 대하여 적용하는 것으로 쟁점신축주택 취득후 5년 이내에 양도한 청구인의 경우에는 적용대상이 아니고, 세법해석에 있어 모호한 경우 납세자 편의로 해석함에도 처분청이 자의적 해석에 의하여 쟁점산식의 분모인 “취득당시 기준시가”를 종전주택의 취득당시 기준시가를 산입하여 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다. 또한, 쟁점신축주택 양도당시에는 신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양도하는 경우에는 양도차익 전체금액이 감액된다고 보는 것이 과세관청의 일반적인 해석이었으므로, 처분청이 자의적으로 이에 반한 처분을 한 것은 세법해석의 기준 및 소급과세금지의 원칙에도 위배된다.
• 나. 처분청 의견 쟁 점특례규정은 신축주택 취득일로부터 5년간 발생한 소득에 대하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하는 것이므로 쟁점산식에 따라 양도소득세 감면대상 세액을 산출하여 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점신축주택은 신축일로부터 5년 이내에 양도하여 조세특례제한법 시행령제40조 제1항의 산식의 적용대상이 아니며, 동 산식을 적용한 것은 세법해석 기준 및 소급과세금지의 원칙에 위배된다는 청구주장의 당부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 처분청 심리자료 등에 의하면, 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 청구인은 1991.8.1. 종전주택을 취득하였고, 종전주택이 멸실하여 쟁점신축주택을 신축하여 2002.5.28. 취득(사용승인일)하였으며, 2006.12.26. 쟁점신축주택을 양도하였다. (나) 쟁점신축주택은 쟁점특례규정의 신축주택취득기간(2001.5.23.~2003.6.30.) 내인 사용승인되었다. (다) 쟁점신축주택 양도에 따른 양도소득금액은 OOO원이며, 종전주택과 쟁점신축주택의 기준시가 내역은 아래 <표>와 같다. OOOOOOOOO OOOO OO (OO: O) (라) 처분청은 쟁점산식의 분모인 “취득당시 기준시가”를 종전주택의 취득당시 기준시가를 산입하여 쟁점특례규정의 감면소득금액을 계산하였다.

(2) 청구인은 쟁점특례규정 적용시 신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양도하는 경우에는 쟁점산식의 적용없이 양도차익 전액에 대하여 감면해야 한다고 주장하고 있다. (3)조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것) 제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) 제1항에는 거주자가 같은 항 제1호 및 제2호에 해당하는 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제99조 제1항 및 제40조에는 “당해 부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다고 규정하고 있다. {양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}

(4) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 쟁점특례규정의 입법 취지가 신규주택의 수요를 촉진하여 주택건설경기를 부양하고자 도입된 것으로서 신축주택을 취득 후 양도 시 신축주택의 보유기간 중에 발생한 양도소득세를 감면하는 조항일 뿐 당초부터 보유하던 종전주택에서 발생한 양도소득금액까지 감면대상으로 하는 것은 아니라고 할 것이므로 이 건의 경우 종전주택 취득 시부터 쟁점신축주택 취득 전까지 발생한 양도소득금액은 감면대상이 아닌 것으로 볼 수 있으므로, 처분청이 쟁점산식 중 분모의 “취득당시의 기준시가”를 “종전주택 취득당시의 기준시가”로 적용하여 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다. 또한, 청구인은 과세관청이 양도소득세 감면대상 소득금액을 전체 양도소득금액으로 일반적으로 해석하다가, 이에 반하는 과세처분을 하여 청구인의 신뢰가 침해되었다고 주장하나, 국세청 예규가 양도소득세 감면대상 소득금액을 전체 양도소득금액이라고 본다고 명확히 답변하고 있지 않았으며, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기도 어려우므로, 처분청이 신의성실의 원칙을 위배하였다고 보기는 어렵다고 하겠다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.