신축주택을 취득 5년 경과 후 양도하는 경우 양도소득에서 감면소득을 차감하여 세액을 계산하여야 함

OOO세무서장이 2012.11.30. 청구인에게 한 2006년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 서울특별시 OOO의 양도소득 중조세특례제한법제99조의3에 따른 양도소득세 감면대상 소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

• 가. 청구인은 1993.8.4. 서울특별시 OOO OOO OOO-OO OOOOOO OO-OOO(이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하여 보유하던 중 재건축으로 인하여 서울특별시 OOO(이하 “쟁점신축주택”이라 한다)를 1998.9.18. 취득(사용승인)하여 2006.12.28. 이를 양도하고 2007.2.5. 양도소득세 OOO원 전액을조세특례제한법제99조의 규정에 의한 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면대상으로 하여 양도소득세 예정신고를 하였다가 동 신고내용 중 종전주택의 기준시가 적용에 착오가 있음을 확인하고 감면세액을 OOO원으로 정정하여 2007.8.30. 양도소득세 수정신고를 하였다.
• 나. 처분청은 청구인의 쟁점신축주택에 대한 양도소득세 신고내용 중 종전주택의 취득일로부터 쟁점신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 양도소득세 감면대상이 아니라고 보아 2012.5.9. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.6.27. 이의신청을 거쳐 2012.10.25. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점신축주택에 대한 당초 양도소득세 신고는 대법원 판례(2010두3725, 2012.6.28.)의 취지와 같이 정당하게 신고되었으므로 이 건 양도소득세는 위 대법원 판례에 따라 경정되어야 하고 세법 해석에 있어 모호한 경우 납세자의 이익으로 해석함이 타당함에도 분자/분모의 취득시 기준시가를 자의적으로 해석하여 과세한 처분은 부당하다 할 것이고, 국세청의 업무처리 지침 등 종전의 유권해석을 믿고 신뢰에 따라 누구나 동일한 방식으로 계산해 온 방식을 변경된 예규(국세청 재산세과-220, 2009.1.20.)에 따라 소급적용하는 것은 소급과세금지의 원칙에 반하는 위법한 처분이다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법제99조의3 제1항에 의하면 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도한 경우 감면대상이 되는 양도소득금액은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액으로 규정하고 있어 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액까지 위 규정의 과세특례 대상에 포함되는 것으로 보기 어렵다 할 것이고, 종전 국세청 예규에서 과세특례 대상 소득금액을 전체 양도소득금액으로 본다고 답변한 사실이 없으며 “신축주택의 취득일로부터 5년내 양도한 양도소득금액만을 감면”한다는 법령에 따라 적정하게 신고납부한 납세의무자도 다수 있어 과세형평에 반한다고 보기 어려울 뿐만 아니라 과세관청은 신고내용에 탈루 오류가 있는 경우 부과제척기간 내에 그 세액 등을 경정할 수 있으므로 소급과세금지 원칙에 반한다는 청구주장은 이유없다.

• 가. 쟁 점 신축주택 취득전 양도소득에 대하여 세액감면을 배제하여 과세한 처분의 당부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료 등에 의하면 아래 사실들이 확인된다. (가) 청구인은 1993.8.4. 종전주택을 취득하여 보유하던 중 재건축으로 인하여 1998.9.18. 쟁점신축주택을 취득(사용승인일)하였고, 쟁점신축주택을 취득한 날로부터 5년이 경과한 이후인 2006.12.28. 이를 양도하고 2007.2.5. 양도소득세 OOO원 전액을 감면대상으로 하여 양도소득세 예정신고를 하였다가 2007.8.30. 종전주택의 기준시가 적용을 정정하여 감면대상 세액을 OOO원으로 하여 양도소득세 수정신고를 하였다. (나) 처분청은 조세특례제한법 시행령제40조 제1항에 의한 산식 분자의 취득당시 기준시가를 종전주택의 취득당시 기준시가를 적용하여 감면소득(OOO원)을 산출하였고, 전체 양도소득금액(OOO원)에 따른 산출세액(OOO원)에 감면소득에서 양도소득 기본공제(OOO원)를 한 후의 금액이 과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 감면세액(OOO원)을 계산하는 방식으로 양도소득세액을 계산하여 이 건 양도소득세를 과세처분하였다

(2) 살피건대, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다고 할 것인바(대법원 2003.1.24.선고 2002두9537 판결 등 다수),조세특례제한법및 그 시행령에서는 세액의 감면뿐만 아니라 소득공제 등 다양한 형태의 조세특례를 규정하고 있는데, 조세특례제한법제99조의3은 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 그 이후에 양도하는 경우를 구분하여 전자에 대하여는 세액을 감면하고, 후자에 대하여는 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상 소득금액에서 차감하도록 명문으로 달리 규정하고 있는 점, 양자에 대하여 동일한 방법으로 양도소득세를 감면하여야만조세특례제한법제99조의3 입법 목적을 달성할 수 있다고 보기도 어려운 점, 그리고 조세법규에 대한 엄격해석의 원칙 등을 종합하여 보면, 조세특례제한법제99조의3에서 규정한 신축주택을 그 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우 그에 따른 양도소득세의 과세표준 및 세액은 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하는 방법으로 산정하여야 하고, 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 마찬가지로 그 양도소득금액에 대한 세액을 감면하는 방법으로 산정할 것은 아니다 할 것이다(대법원 2012.6.28. 선고 2010두3725 판결 및 조심 2012서3421, 2012.12.31., 같은 뜻임). 따라서, 이 건 양도소득세 과세처분은 처분청이 계산한 감면대상 양도소득금액을 양도소득금액에서 직접 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.