신축주택 취득하고 5년이 경과한 후 양도하는 경우, 양도소득에서 감면소득을 차감하여 과세표준 및 세액을 계산함이 타당함

OOO세무서장이 2012.5.8. 청구인에게 한 2006년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 서울특별시 OOO OOO OOO OOOOOO OOO-OOOO의 양도소득 중조세특례제한법제99조 제1항에 따른 양도소득세 감면대상 소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

• 가. 청구인은 1994.10.1. 서울특별시 OOO 소재 아파트 (대지 135㎡, 주택 61.16㎡, 이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하여 보유하던 중 재건축으로 인하여 서울특별시 OOO(이하 “쟁점신축주택”이라 한다)를 1998.9.18. 취득(사용승인)하여 2006.12.28. 이를 양도하고 2007.1.30. 양도소득세 산출세액 OOO원 중 OOO원을조세특례제한법상 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면대상으로 하여 양도소득세 예정신고를 하였다.
• 나. 처분청은 청구인의 쟁점신축주택에 대한 양도소득세 신고내용 중 종전주택의 취득일로부터 쟁점신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 양도소득세 감면대상이 아니라고 보아 2012.5.8. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.30. 이의신청을 거쳐 2012.11.26. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 (1)조세특례제한법상 감면소득의 계산식에 적용할 양도소득금액은 전체 양도소득금액 중에서 종전주택의 취득일부터 쟁점신축주택의 취득일 전일까지 발생한 양도소득금액을 차감한 신축주택의 취득일부터 양도일까지 발생한 양도소득금액으로 적용하여야 한다. 또한, 청산금을 납부하고 취득한 재건축주택의 경우에는 신축주택 취득일 이후 청산금 납부분에서 발생한 소득과 종전주택 취득일 이후 양도할 때까지 종전주택에서 발생한 소득으로 구분계산한 다음 청산금 납부분의 양도소득은 그 취득시기가 신축주택의 취득일이므로 취득 당시의 기준시가를 분자와 분모에 다같이 신축주택의 취득당시의 기준시가를 적용하고 종전주택분의 양도소득은 그 취득시기가 종전주택의 취득일이므로 취득당시의 기준시가를 분모에는 종전주택의 취득당시 기준시가, 분자에는 쟁점신축주택 취득당시의 기준시가를 적용하여 이를 각각 구분계산하여 이를 합계한 금액으로 계산함이 타당하며 적어도, 대법원 판례와 같이 전체의 양도소득에서 감면소득을 차감하여 양도소득세를 계산하여야 한다.

(2) 청구인은 신축주택 취득자의 양도소득세 감면 규정이 제정된 이후 10년간 시행하여 오던 과세관청의 세법해석과 행정관행을 신뢰하여 이 건 양도소득세를 신고납부하였고, 처분청 또한 동 신고납부행위의 적격여부를 검토하여 적격인 것으로 보는 등 납세의무를 해태한 귀책사유가 없으므로 납부불성실가산세를 가산하여 과세한 처분은 부당하다.

• 나. 처분청 의견

(1) 이 건의 경우 합법성의 원칙을 희생하더라도 납세자의 신뢰를 보호함으로써 정의의 관념에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있거나 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지 발생한 양도소득금액에 대하여도 과세특례를 인정하겠다는 의사표시를 표명한 사실이 없으므로 조세법률주의 내지 소급과세금지 원칙 등에 위반하였다는 청구주장은 받아들이기 어렵다 할 것이고,조세특례제한법제99조의3 제1항에 의하면 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도한 경우 감면대상이 되는 양도소득금액은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액으로 규정하고 있어 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액까지 위 규정의 과세특례 대상에 포함되는 것으로 보기 어렵다.

(2) 납부불성실가산세의 경우 행정벌적 성격 외에 지연이자 성격이 포함되어 있는 것이므로 설령 청구인에게 고의나 귀책사유가 없다 하더라도 납부불성실가산세를 부과한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점

① 신축주택 취득전 양도소득에 대하여 세액감면을 배제하여 과세한 처분의 당부

② 납부불성실 가산세를 가산한 처분의 당부

• 나. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 부동산등기부등본 및 과세자료 등에 의하면 아래 사실들이 확인된다.

1. 청구인은 1994.10.1. 종전주택을 취득하여 보유하던 중 재건축으로 인하여 1998.9.18. 쟁점신축주택을 취득(사용승인일)하였고, 쟁점신축주택을 취득한 날로부터 5년이 경과한 이후인 2006.12.28. 이를 양도하고 2007.1.30. 산출세액 OOO원 중OOO원을 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면대상으로 하여 양도소득세 예정신고를 하였다.

2. 처분청은 조세특례제한법 시행령제40조 제1항에 의한 산식 분자의 취득당시 기준시가를 종전주택의 취득당시 기준시가를 적용하여 감면소득(OOO원)을 산출하였고, 전체 양도소득금액(OOO원)에 따른 산출세액(OOO원)에 감면소득금액이 과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 감면세액(OOO원)을 계산하는 방식으로 양도소득세액을 계산하여 이 건 양도소득세를 과세처분하였다. (나) 살피건대,조세특례제한법제99조 제1항 명문의 규정상 신축주택 양도에 따른 양도소득 중 그 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우, 5년간 발생한 양도소득금액만이 감면대상인 것이 명확하므로 종전주택 취득시점부터 쟁점주택 취득 전까지 발생한 양도소득금액 등은 감면대상이 아닌 것으로 보아야 할 것이며, 이러한 명문의 규정내용상 위 조세특례제한법제99조의 위임에 따라 감면대상 소득금액을 계산하는 같은 법 시행령 제40조 제1항 산식 상 분자의 취득당시 기준시가는 쟁점주택의 취득당시 기준시가이고, 분모의 취득당시 기준시가는 종전 연립주택의 취득당시 기준시가를 말하는 것으로 보아야 할 것이므로 처분청이 그와 같이 감면대상 소득금액을 계산한 것은 타당하다고 할 것이다(조심 2012서2934, 2012.8.22. 외 다수 같은 뜻임). 다만, 조세특례제한법 및 그 시행령에서는 세액의 감면뿐만 아니라 소득공제 등 다양한 형태의 조세특례를 규정하고 있는데, 조세특례제한법제99조는 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 그 이후에 양도하는 경우를 구분하여 전자에 대하여는 세액을 감면하고, 후자에 대하여는 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상 소득금액에서 차감하도록 명문으로 달리 규정하고 있는 점, 양자에 대하여 동일한 방법으로 양도소득세를 감면하여야만 조세특례제한법제99조의 입법 목적을 달성할 수 있다고 보기도 어려운 점, 그리고 조세법규에 대한 엄격해석의 원칙 등을 종합하여 보면, 조세특례제한법제99조에서 규정한 신축주택을 그 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우 그에 따른 양도소득세의 과세표준 및 세액은 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하는 방법으로 산정하여야 하고, 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 마찬가지로 그 양도소득금액에 대한 세액을 감면하는 방법으로 산정할 것은 아니다 할 것이다(대법원 2012.6.28. 선고 2010두3725 판결, 같은 뜻임). 따라서, 이 건 양도소득세 과세처분은 처분청이 계산한 감면대상 양도소득금액을 양도소득금액에서 직접 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다(조심 2012서3421, 2012.12.31. 같은 뜻임).

(2) 쟁점②에 대하여 살펴본다. (가) 과세자료에 의하면, 처분청이 납부불성실가산세 OOO원을 가산하여 이 건 양도소득세를 과세처분한 것으로 나타난다. (나) 살피건대, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납부의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하는 것이며, 법령의 무지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없으므로 처분청이 납부불성실가산세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다(조심 2012서3441, 2012.10.30. 외 다수 같은 뜻임).

이 건 심판청구는 심리결과국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.