[요지] 청구법인이 2009사업연도에 전기오류수정손익으로 계상하게 된 직접적이고 객관적인 외부감사인의 지적의견 등 관련 증빙을 제시하지 못하고 있고, 청구법인이 당초 결산과 수정 결산시 회계처리한 구체적인 증빙서류가 없어 청구법인이 제시한 증빙만으로는 수정된 재무제표가 사실과 부합하는지 여부를 확인하기 곤란하므로 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없음
[요지] 청구법인이 2009사업연도에 전기오류수정손익으로 계상하게 된 직접적이고 객관적인 외부감사인의 지적의견 등 관련 증빙을 제시하지 못하고 있고, 청구법인이 당초 결산과 수정 결산시 회계처리한 구체적인 증빙서류가 없어 청구법인이 제시한 증빙만으로는 수정된 재무제표가 사실과 부합하는지 여부를 확인하기 곤란하므로 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없음
[주 문] 심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 2008사업연도에 대한 회계감사 시 외부감사인으로부터 매도가능증권평가손익을 2006사업연도에 OOO원, 2007사업연도에 OOO원, 2008사업연도에 OOO원을 계상하였어야 함에도 이를 계상하지 않았다는 지적을 받고 전진법을 적용하여 2009사업연도에 전기오류수정이익으로 하여 OOO원을 계상하였으나 2011사업연도 회계감사 시 2009사업연도와 다른 외부감사인으로부터 2009사업연도에 수익으로 계상한 전기오류수정이익이 착오라는 지적을 받고 이를 다시 감액수정한 것으로, 유권해석(서면2팀-722, 2006.5.2., 법인 46012-663, 1998.3.17.)에 의하면, 법인이 기업회계기준에 의한 전기오류수정손익을 당해 사업연도의 익금 또는 손금으로 산입한 경우, 당해 사업연도의 소득금액계산상 익금불산입 또는 손금불산입하고 당초의 귀속 사업연도에 따라국세기본법제45조의2 규정에 의하여 경정 등의 청구를 관할세무서장에게 할 수 있는 것으로 해석하고 있는바, 2011사업연도 회계감사과정에서 지적된 2009사업연도에 계상하였던 전기오류수정손익 중 일부를 취소하고 과세표준에 포함되어 있는 전기오류수정손익에 대하여 익금불산입하여 경정청구기한 내에 적법하게 경정청구한 경우에 해당하므로 처분청이 2009사업연도에 과다계상된 전기오류수정이익에 대한 경정청구를 거부한 처분은 부당하다. 또한, 참고로 청구법인은 2011사업연도 회계감사 시 2009사업연도에 계상하였던 전기오류수정손익 중 일부를 취소하고 그 결과 해당 효과가 이익잉여금의 누적액으로 반영된 2011사업연도 기초이익잉여금에서 OOO원 만큼 조정한 사실이 있으며, 처분청의 답변과 같이 2006사업연도 감사보고서 상 이연법인세 반영 전 매도가능증권평가손익누계액은 OOO원과 2006사업연도 세무조정계산서 자본금과 적립금조정명세서(을) 및 감사보고서 주석17-3에는 이연법인세 반영 전 매도가능증권평가손익누계액(유보잔액) OOO원과의 차이가 OOO원으로 나타나고 있으나, 이는 청구법인이 결산보고서 작성 및 세무조정 등을 수행함에 있어 유가증권 종목별 매도가능증권평가손익에 대한 관리를 제대로 수행하지 않은 원인으로 발생한 것이고, 2006사업연도 감사보고서상의 매도가능증권 감액손실 OOO원과 동 기간의 결산보고서상 매도가능증권감액손실 OOO원과 OOO원의 차이가 발생하나 결산보고서상 OOO원은 원화매도가능증권에 대한 감액손실이고 감사보고서상 OOO원은 외화매도가능증권에 대한 감액손실 OOO원을 반영하지 못한 숫자로 이를 조정하면 양자는 일치한다.
(2) 청구법인은 일부 매도가능증권의 처분 시 이동평균법에 의한 취득원가를 산정하면서 매도가능증권평가손익을 처분비율에 따라 매도가능증권 계정의 대변과 차변의 회계처리를 적정하게 수행하지 아니하여 유가증권처분손익이 적정하게 계상되지 아니하였고, 이에 따라 회계상 취득원가(장부가액-매도가능증권평가손익)와 세무상 취득원가 간에 차이가 발생하였는바, 이는 청구법인은법인세법 시행령제75조 제1항에 따라 관할세무서장에게 신고한 유가증권의 평가방법인 이동평균법으로 평가하여 신고하였어야 함에도 회계상 취득원가(장부가액-매도가능증권평가손익)로 함에 따른 차이로, 청구법인은 매도가능증권평가손익 세무조정 시 자본조정에 계상된 매도가능증권평가손익을 익금(손금)산입〈기타〉로 소득처분을 하는 동시에 이를 손금(익금)산입〈유보〉로 소득처분하는 세무조정을 수행하였으나 2009사업연도에 잘못된 전기오류수정이익의 계상 시 어떠한 세무조정도 수행하지 아니하였는바, 쟁점유가증권을법인세법상 신고된 이동평균법을 적용하여 평가하면서 착오에 의하여 발생한 평가차액에 대하여 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
(1) 청구법인은 2009사업연도분 전기오류수정이익을 과대계상하였다고 주장하고 있으나 2006사업연도 매도가능증권평가손익 재계산과정에서의 오류발생에 대한 설명자료에 의하면 이연법인세 반영 전 매도가능증권평가손익누계액은 OOO원으로 나타나고 있으나 2006사업연도 세무조정계산서 중 자본금과 적립금조정명세서(을) 및 감사보고서 주석17-3에는 이연법인세 반영 전 매도가능증권평가손익누계액은 OOO원으로 OOO원의 차이가 있고, 매도가능증권 관련 오류가 발생하기 시작한 2006사업연도 감사보고서상의 매도가능증권 감액손실은 OOO원이나 동 기간의 결산보고서상 매도가능증권감액손실은 OOO원으로서 OOO원의 차이가 발생하는 등 재계산 과정에서 오류를 파악하기 위한 최초 사업연도인 2006사업연도의 기초자료가 신뢰성이 없으며, 청구법인이 제출한 감사보고서 및 결산보고서를 검토한 결과, 감사보고서 주석에 표기된 매도가능증권평가손익과 결산보고서상의 평가손익이 일치하지 않았고, 소명자료에 따르면 매도가능증권의 공정가치(장부가액)와 평가손익만이 확인될 뿐 각 사업연도 중 매도가능증권의 변동내역을 파악할 수 없었기에, 2006사업연도부터 2011사업연도까지의 기초·기말 매도가능증권의 종목별 취득원가, 공정가액(장부가액), 평가손익(누계액 포함) 및 처분손익 뿐만 아니라 매도가능증권의 평가에 따른 감액손실(환입), 상환손익, 외화환산손익 등을 파악할 수 있는 추가적인 자료제출을 요청하였으나 청구법인이 기한(2012.8.13.) 내 보정요구서류를 제출하지 아니함에 따라 경정청구를 거부한 것이므로 정당하다.
(2) 청구법인은 심판청구시 첨부한 ‘종목별 취득원가 및 매도가능증권평가손익 재산정 결과’(제3호증)를 근거로 법인세 경정의 정당성을 주장하고 있으나, 위 제3호증은 대차대조표상 매도가능증권의 평가손익누계액만을 비교하여 세무조정한 자료로, 매도가능증권 계정과 관련된 평가손익, 처분손익 및 감액손실 변동 등에 대한 세무조정 적정여부는 검증된 것이 아니고 단순히 회사가 계산한 장부가액에 의한 것으로 이를 입증할 수 있는 증빙이 없으므로 청구법인의 주장은 근거없는 주장으로 인정할 수 없다.
3. 심리 및 판단
① 2009사업연도에 전기오류수정이익이 착오계상된 것으로 볼 수 있는지 여부
② 보유유가증권의 취득원가 산정과정에서 발생되었다는 평가차액에 대하여 경정청구를 거부한 처분의 당부
(1) 법인세법 제3조【과세소득의 범위】①법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 이를 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호의 소득에 대하여만 이를 부과한다.
1. 각 사업연도의 소득
2. 청산소득
② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다. 1.제조업, 건설업, 도ㆍ소매 및 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것 2.소득세법제16조 제1항 각 호의 규정에 의한 이자ㆍ할인액 및 이익 3.소득세법제17조 제1항 각 호의 규정에 의한 배당 또는 분배금
4. 주식ㆍ신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인하여 생기는 수입
5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입
6. 제1호 내지 제5호외에 대가를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령이 정하는 것 제19조【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.
② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.
③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제40조【손익의 귀속사업연도】① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.
② 제1항의 규정에 의한 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2)국세기본법 제45조의2【경정 등의 청구】① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각 호의 1에 해당하는 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 법정 신고기한 경과 후 3년(각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 이의신청·심사청구 또는 심판청구 기간을 말한다) 이내에 관할세무서장에게 청구할 수 있다.
1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때
2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때
② 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 제1항에서 규정하는 기간에 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.
1. 최초의 신고·결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 동일한 효력을 가지는 화해 기타 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정된 때
2. 소득 기타 과세물건의 귀속을 제3자에게 변경시키는 결정 또는 경정이 있은 때
3. 조세조약의 규정에 의한 상호합의가 최초의 신고·결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어진 때
4. 결정 또는 경정으로 인하여 당해 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과한 때
5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령이 정하는 사유가 당해 국세의 법정 신고기한 경과 후에 발생한 때
③ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2월 이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다.
(1) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 1999.12. 부실금융회사의 효율적 정리를 위해 예금자보호법에 근거하여 예금보험공사가 전액 출자하여 정리금융기관인 (주)OOO를 설립한 후 정부의2차 공공기관 선진화추진계획에 따라 OOO 형태의 정리금융기관으로 전환하면서 2009년1월1일 현재의 상호로 변경된 법인이며, 정관 제2조에서 “청구법인은 예금자 등의 보호 및 금융제도의 안정성 유지를 위하여 부실(우려)금융기관의 정리와 관련한 영업 또는 계약을 양수하거나 정리업무를 수행하기 위한 제반업무 및 위임받은 재산의 관리·처분업무를 영위함을 목적으로 하고 있다. (나) 청구법인은 2000사업연도에는 OOO원, 2001사업연도에는 OOO원의 이월결손금이 발생하는 등 2002사업연도까지 이월결손금이 계속적으로 발생한 것으로 나타나고 있고, 2003사업연도부터 당기순이익이 발생하였으나 과거의 이월결손금으로 인하여 2008사업연도까지는 납부할 세액이 없는 것으로 신고되었으며, 청구법인이 회계기준에 따라 보유 중인 매도가능증권에 대하여 매년 종목별, 개별적으로 평가를 실시한 후 평가손익을 자본조정으로 계상하고, 익금 및 손금으로 동시 세무조정을 실시하여 법인세를 신고한 것으로 나타난다. 〈표〉2005～2009사업연도 법인세 과세표준 및 세액 신고현황 (단위: 백만원) (다) 청구법인의 경정청구내역을 보면, 2008사업연도 재무제표에 대한 외부감사인의 회계감사 시 당초 2009사업연도 재무제표 상 기초 매도가능증권평가이익에 오류(2006～2007사업연도에 계상될 평가이익이 과소계상)계상되었다고 지적됨에 따라 매도가능증권평가이익 OOO원을 증액하고 법인세 신고 시 전기오류수정손익을 영업외수익으로 계상하여 2009사업연도 과세표준에 포함하여 법인세를 신고·납부하였으나,2011사업연도 회계감사 시 다른 외부감사인이 2009사업연도에 계상된 전기오류수정손익은 착오에 의하여 계상된 것이라고 지적함에 따라 2009사업연도에 계상된 해당 전기오류수정손익 중 OOO원을 수정감액하고 그에 따라 2009사업연도 및 2010사업연도의 재무제표를 재작성한 후,2012.6.21. 처분청에 2009사업연도의 법인세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기한 것으로 나타나고 있다. (라) 청구법인은 2008사업연도 감사보고서상 매도가능증권평가손익(이연법인세전) OOO원과 재계산을 통하여 산출된 매도가능증권평가손익(이연법인세전) OOO원과의 차이 OOO원을 2009사업연도의 전기오류수정이익(영업외수익)으로 계상하였다고 하면서 2009사업연도 전기오류수정손익이 착오계상된 원인으로 2006사업연도 말 감사보고서상 매도가능증권평가손익(이연법인세전) OOO원이고, 감사보고서 ‘주석6-8’상 매도가능증권평가손익(이연법인세전)은 OOO원으로 OOO원의 차이가 발생되었는데, 동 차이는 2005사업연도에 계상되었던 이연법인세부채(청구법인은 2005사업연도에 이연법인세부채를 최초로 계상하였고, 매도가능증권평가손익에 대하여만 이연법인세부채를 계상함)임에도 매도가능증권평가손익을 재계산하는 과정에서 오류가 발생한 원인은 2005사업연도에 계상한 이연법인세부채가 차감된 매도가능증권평가손익인 OOO원을 이연법인세부채가 차감되기 전 매도가능증권평가손익으로 착오인식함에 따라 동 금액을 기초로 하여 2008사업연도까지의 매도가능증권평가손익을 재계산하였기 때문에 2009사업연도에 쟁점전기오류수정손익이 발생하게 된 것으로 주장하고 있으나 청구법인이 2009사업연도에 전기오류수정손익으로 계상하게 된 직접적이고 객관적인 외부감사인의 지적의견 등 관련 증빙을 제시하지 못하고 있고, 청구법인이 제시한 증빙만으로는 실제 청구법인이 2009사업연도 매도가능증권의 평가손익을 착오에 의하여 계상한 것인지 불분명한 것으로 나타난다. (마) OOO에서는 당기에 발견한 전기 또는 그 이전기간의 오류는 당기 손익계산서에 영업외손익 중 전기오류수정손익으로 보고 있으며, 다만, 전기 이전기간에 발생한 중대한 오류의 수정은 자산·부채 및 자본의 기초금액에 반영하여 반영하여 비교재무제표를 작성하는 경우 중대한 오류의 영향을 받는 회계기간의 재무제표 항목은 재작성하도록 하고 있다. (바) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 매도가능증권평가손익을 재계산하는 과정에서 오류가 발생한 원인은 2005사업연도에 계상한 이연법인세부채가 차감된 매도가능증권평가손익인 OOO원을 이연법인세부채가 차감되기 전 매도가능증권평가손익으로 착오인식함에 따라 동 금액을 기초로 하여 2008사업연도까지의 매도가능증권평가손익을 재계산하였기 때문에 2009사업연도에 쟁점전기오류수정손익이 발생하게 된 것으로 주장하나, 청구법인이 2009사업연도에 전기오류수정손익으로 계상하게 된 직접적이고 객관적인 외부감사인의 지적의견 등 관련 증빙을 제시하지 못하고 있는 점, 청구법인이 제시한 증빙만으로는 실제 청구법인이 2009사업연도 매도가능증권의 평가손익을 착오에 의하여 계상한 것인지 불분명한 점 등에 비추어 법인세 신고 시 첨부한 재무제표를 수정하여 경정청구하였으나 청구법인이 당초 결산과 수정 결산 시 회계처리한 구체적인 증빙서류가 없어 청구법인이 제시한 증빙만으로는 수정된 재무제표가 사실과 부합하는지 여부를 확인하기 곤란하다 할 것이므로 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.
(2) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 회계상 매도가능증권에 대하여 종목별 이동평균법에 의하여 취득원가를 산정하고 있으며,법인세법상으로도 이동평균법으로 평가하는 것으로 신고할 수 있도록 규정하고 있어 회계상 평가방법과 세무상 평가방법은 동일하나, 개별 종목별 장부가액에서 매도가능증권평가손익(이연법인세 전)을 차감한 금액(회계상 취득원가)과법인세법상 이동평균법으로 평가한 세무상 취득원가(평가액)를 대사한 결과 일부 종목에서 차이가 발생한 사실이 있고, 이는 일부 매도가능증권의 처분 시 매도가능증권평가손익을 처분비율에 따라 대변과 차변의 회계처리를 적정하게 수행하지 아니하여 유가증권처분손익이 적정하게 계상하지 아니한 것에 기인하여 일부 종목에서 회계상 취득원가(장부가액-매도가능증권평가손익)와 이동평균법에 의하여 계산한 세무상 취득원가(평가액) 간에 차이가 발생한 것이므로 처분청이 경정청구를 거부한 처분이 부당하다고 주장하나 청구법인이 제시한 증빙만으로는 주장사실이 확인된다고 볼 수 없다. (나)법인세법 시행령제75조 제1항에서 같은 법 시행령 제73조 제2호 가목 및 나목에 따른 유가증권의 평가는 다음 각 호의 방법 [개별법(채권의 경우에 한한다), 총평균법, 이동평균법] 중 법인이 납세지 관할세무서장에게 신고한 방법에 의하도록 규정하고 있다. (다) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 일부 매도가능증권의 처분 시 매도가능증권평가손익을 처분비율에 따라 매도가능증권 계정의 대변과 차변의 회계처리를 적정하게 수행하지 아니하여 유가증권처분손익이 적정하게 계상되지 아니하였으며, 이에 따라 회계상 취득원가(장부가액-매도가능증권평가손익)와 이동평균법에 의한 세무상 취득원가 간에 차이가 발생하였으므로 2009사업연도의 경정청구를 거부한 처분이 부당하다고 주장하나, 청구법인이 제시한 증빙만으로는 청구법인이 주장하는 금액이 이동평균법에 의한 평가차이에 해당하는지 객관적으로 확인된다고 볼 수 없는 점 등에 비추어 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.