이 건 부과처분은 국세기본법 제18조를 위배한 처분이라는 청구주장의 당부 등

[참조결정] 국심2005서3764

[주 문] OOO세무서장이 2012.5.7. 청구인에게 한 2006년 귀속 양도소득세 OO,OOO,OOOO의 부과처분은 서울특별시 OOO OOO OOO OOOOOOO OOOO OOOO의 양도소득세 과세대상소득금액에서조세특례제한법제99조 제1항에 따른 양도소득세 감면대상 소득금액인 OOO을 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 청구는 이를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구인은 1995.4.30. 서울특별시 OOO 토지(이하 “종전부동산”이라 한다)를 취득하여 보유하다가, 주택재개발사업으로 서울특별시 OOO(이하 “신축주택”이라 한다)를 취득(사용승인일: 1999.4.20.)하였으며, 2006.11.23. 신축주택을 OOO에 양도한 다음 2007.1.29. 양도소득세 예정신고 시조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제99조(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면)에 따른 신축주택에대한 “신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”의 계산을 위한 조특법 시행령 제40조 제1항의 산식을 적용하면서 분자 및 분모에 사용되는 취득당시의 기준시가를 모두 “신축주택의 취득당시기준시가”로 보아 OOO에 대하여 감면세액으로 신고하였다.
• 나. 처분청은 조특법 시행령 제40조 제1항의 산식을 적용하면서 분모에 사용되는 취득당시의 기준시가는 “신축주택의 취득당시 기준시가”가 아닌 “종전부동산의 취득당시 기준시가”라고 하여 이에 따라 감면소득금액을 OOO으로 재계산한 후, 동 감면소득금액에 대한 감면세액을 재계산하여 2012.5.7. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.31. 이의신청을 거쳐 2012.11.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 국세기본법제18조(세법해석의 기준 및 소급과세의 금지) 제3항은 "세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다“라고 규정하고 있고, 국세기본법통칙 18-0-1에서도 ”세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후“라 함은 성문화 여부에 관계없이 행정처분의 선례가 반복됨으로써 납세자가 그 존재를 일반적으로 확신하게 된 것을 말하며 명백히 법령위반인 경우는 제외한다라고 규정하고 있다. 신축주택 양도와 관련하여 1998년 신축주택감면 규정이 신설된 이래지금까지 십수년 동안 대부분의 납세자들이 구주택의 취득일부터 감면을 적용하여 신고하여 왔으며 아울러 과세관청에서도 지금까지 납세자의 신고납부에 대하여 달리 처분한 적이 없고, 십수년간 이러하게 국세행정이 집행되어 왔다면 일반적으로 납세자에게 받아들여졌다고 볼 수 있으며 과세관청이 일반적으로 받아들여진 국세행정의 관행을 위반하고 새로운 관행에 의하여 소급과세한 이 건은 위법한 처분이라 하겠음으로 이 건 처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 조특법 제99조에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 신축주택의 취들일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 그 감면대상 양도소득금액은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액으로 규정하고 있어, 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 동규정의 과세특례규정에 포함되지 않으므로 종전주택의 취득일부터 신축주택 취득일전일까지의 양도소득금액 상당액은 감면대상 양도소득금액에 해당한다고 보기 어렵고, 납세의무자가 “신축주택의 취득일로부터 5년내 양도한 양도소득금액을 감면”한다는 법령에 따라 적정하게 신고·납부한 납세자들도 있어 이들과의 과세형평에 비추어 볼 때 이 건 처분은 정당하며, 소득세법제114조 제2항에서 납세지관할 세무서장은 “예정신고를 한 자 또는 확정신고를 한 자의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다”고 규정하고 있으므로 부과제척기간 내의 경우 경정이 가능한 것으로 소급과세금지의 원칙 및 신의 성실의 원칙에 위배된다고 볼 수 없으며, 납세의무자가 “신축주택의 취득일로부터 5년내 양도 한 양도소득금액을 감면” 한다는 법령에 따라 적정하게 신고 납부한 납세자들도 있어 이들과의 과세형평에 비추어 볼 때에도 처분청의 이 건 처분은 정당하다. 또한,국세기본법제18조는 세법 해석의 기준 및 소급과세 금지 원칙을 천명하여 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다고 규정하고 있지만, 국세청의 세법 해석기준에 대한 공적 견해의 표명이 있었다는 사실만으로 그러한 해석또는 관행이 있다고 볼 수 없는 것이고, 법원이나 국민을 기속하는 효력이 있는 법규가 아니므로, 과세처분이 납세의무 성립 당시의 조세법규에 근거하는 이상, 그 해석과 관련하여 그 후 에 개정 또는 제정된 행정해석 등의 규정을 참작하였다고 하더라도 그 점만으로 소급과세라 할 수 없을 것이다(대법원 1992.9.8. 선고 91누13670 판결 참조). 나아가, 양도소득세의 감면 취지가 신축국민주택에 대한 수요를 촉진하고 건설경기 활성화를 위한 조세지원에 있다는 사실을 감안할 때, 감면대상 양도소득금액은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액으로 국한되어야 할 것이다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 종전부동산의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 감면소득에 해당한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련법령

(1) 조세특례제한법(2006.12.30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것) 제99조 (신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면) ①거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배이내의 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득한 날부터 5년이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하며, 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 신축주택이 소득세법 제89조제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 자기가 건설한 주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)으로서 1998년 5월 22일부터 1999년 6월 30일까지의 기간(국민주택의 경우에는 1998년 5월 22일부터 1999년 12월 31일까지로 한다. 이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)사이에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 주택

2. 주택건설사업자로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간내에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 다른 자가 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다. 제99조의3 (신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조제1항제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

(2) 조세특례제한법 시행령(2008.2.29. 대통령령 제20720호로 개정되기 전의 것) 제99조(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면) ①법 제99조 제1항 본문에서 "당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은 제40조제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다. 제99조의3 (신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례)

② 법 제99조의3제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다 제40조(구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등) ① 법 제43조 제1항에서 “당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은소득세법제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는법인세법제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. 양도소득금액 × 취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득 당시의 기준시가 양도 당시의 기준시가 - 취득 당시의 기준시가

(3) 국세기본법 제15조(신의ㆍ성실) 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다. 제18조(세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지) ① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니 한다.

⑤ 세법 외의 법률 중 국세의 부과ㆍ징수ㆍ감면 또는 그 절차에 관하여 규정하고 있는 조항은 제1항 부터 제3항까지의 규정을 적용할 때에는 세법으로 본다.

(4) 소득세법 제90조(양도소득세액의 감면) 제95조에 따른 양도소득금액에 이 법 또는 이 법 외의 법률에서 규정하는 감면소득금액이 있을 때에는 제92조 제2항에 따른 양도소득과세표준에 제104조에 따른 세율을 적용하여 계산한 금액에, 해당 감면소득금액에서 제103조 제2항에 따른 양도소득 기본공제를 한 후의 금액이 양도소득 과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 양도소득세를 면제한다. 제95조(양도소득금액) ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저, 청구주장에 대하여 살펴본다. 비과세관행의 원칙은 헌법상 법치국가원리에서 파생된 법적 안정성원칙에 그 근거를 둔 것으로 합법성원칙을 희생하여서라도 납세자 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용된다 할 것이고,국세기본법제18조 제3항에 의하면, “세법의 해석이나 국세 행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다”고 규정되어 있는바, 비과세관행이 성립하려면 상당한 기간에 걸쳐 과세를 하지 아니한 객관적 사실이 존재하고, 그 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여져야 하며, 과세관청이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 아니한다는 의사가 있어야 하고, 이와 같은 의사는 묵시적으로도 가능하나 묵시적 의사표시가 있다고 하기 위해서는 단순한 과세누락과는 달리 과세관청이 상당기간 과세하지 아니하겠다는 의사표시를 한 것으로 볼 수 있는 사정이 있어야 할 것(대법원 2001.4.24. 선고 2000두5203 판결, 같은 뜻임)이며, 단순히 세법해석기준에 관한 공적견해표명이 있거나 국세청 기본통칙이나 예규가 제정·공포되었다는 사실만으로 그러한 해석 또는 관행이 있다고 볼 수는 없다(대법원 2000.9.29. 선고 97누4661 판결, 국심 2005서3764, 2006.11.1. 참고). 그렇다면, 청구인은 그 동안 과세관청이 이 건과 같이 종전부동산 취득일부터 발생한 양도소득을 감면대상소득으로 하여 신고한 경우 이에 대하여 아무런 지적 없이 받아들여 달리 처분한 적이 없다고 주장하나, 청구주장과 같이 비과세관행이 성립되었다고 볼 수 있는 입증이 없고, 이 건의 경우에도 처분청이 청구인의 종전부동산취득일부터 신축주택 취득일 전일까지 발생한 양도소득금액에 대하여도과세특례를 인정하겠다는 의사표시를 한 사실도 없으므로 이 건 과세처분이 국세기본법 제18조를 위배하였다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(2) 다만, 이 건 신축주택은 청구인이 1999.4.20. 취득하여 5년이 경과한2007.1.29. 양도한 것으로써,처분청은신축주택 사용승인일부터 5년이내에 발생한 양도소득금액만을 감면소득금액으로 계산(OOO)하여 동 감면소득금액에서 양도소득기본공제를 한 후의 금액이 양도소득세과세표준에서 차지하는 비율을 양도소득세 과세표준에 따른 산출세액에 곱하여 계산한 금액을 감면세액으로 계산하여 이 건 부과처분한 것으로 처분청의 심리자료에 나타나고 있는데, 조특법 제99조 제1항에서 거주자가 신축주택을 취득하여 그 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일로부터 5년이 경과된 후 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감한다고 규정하고 있으므로, 신축주택 취득일부터 5년 경과 후 양도한 이 건의 감면방식은 감면소득금액을 양도소득세과세대상소득금액에서 차감하는 방식으로 하여야 할 것이다(대법원 2010두3725, 2012.6.28. 참고). 따라서, 이 건 양도소득세 과세처분은 처분청이 계산한 감면대상 소득금액 OOO을 양도소득금액에서 직접 차감하여 그 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구의 심리결과국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.