과세관청이 종전 예규를 변경하여 양도소득세를 과세한 것은 소급과세금지의 원칙 및 신의성실의 원칙에 위배된 것이라는 청구주장은 부당함

OOO세무서장이 2012.5.8. 청구인에게 한 2006년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은,

1. 이 중 납부불성실가산세 OOO원의 부과처분은 이를 취소하고,

2. 청구인이 OOO를 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정하며,

3. 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

• 가. 청구인은 1985.1.1. OOO(이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하여 보유하던 중, 종전주택이 재건축됨에 따라 1998.9.18.(사용승인일) 같은 동 404 OOO(이하 “신축주택”이라 한다)를 취득하였는데, 2006.12.12. 신축주택을 양도한 후, 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제99조가 규정한 ‘신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 감면’ 대상으로 보아, OOO원을 감면세액으로 하여 양도소득세를 신고하였다.
• 나. 처분청은 청구인의 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 양도소득세 감면대상이 아닌 것으로 보는 등 하여 2012.5.8. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원(납부불성실가산세 OOO원 포함)을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.31. 이의신청을 거쳐 2012.11.23. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 주택재건축사업에 따라 청산금을 납부하고 신축주택을 취득한 경우에는 감면소득 계산시 ‘종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일’의 양도소득은 제외하고 ‘신축주택 취득일부터 양도일까지 발생한 양도소득금액’만을 조특법 시행령 제40조 제1항의 양도소득금액으로 보아야 한다. 그렇다면, 감면소득을 배분하는 기준시가액은 감면소득을 계산할 양도소득금액의 발생기간 내에 있어야 하고, 각 기준시가액을 구성하는 취득가액이 동일하여야 논리적으로 타당하므로, 조특법 시행령 제40조 제1항의 감면소득계산식 중 분모와 분자의 취득당시의 기준시가는 모두 동일하게 ‘신축주택 취득당시의 기준시가’로 적용하여 계산하여야 한다. 그리고 최종적으로 양도소득세를 산정함에 있어 감면대상 양도소득금액은 과세대상 양도소득금액에서 차감하는 방법으로 계산하여야 한다.

(2) 조특법상 감면대상소득의 내용과 범위를 일의적으로 명확하게 규정하지 아니하고, 종전의 유권해석 등을 신뢰하여 누구나 동일한 방식으로 계산해 온 것을, 이제와 자의적으로 납세자에게 불리하게 예규를 변경하여 소급적용하는 것은 조세법률주의 및 소급과세금지의 원칙 등에 반한다.

(3) 청구인은 감면 규정이 제정된 이후 10년간 시행하여 오던 과세관청의 세법해석과 행정관행을 신뢰하고 양도소득세를 신고․납부하여 납세의무를 해태한 귀책사유가 없으므로 납부불성실가산세를 과세함은 부당하다. 또한, 처분청은 2006년 귀속 양도소득세를 2012년 5월 부과제척기간의 종료가 임박하여 과세처분을 하면서 청구인에게 과세예고통지나 설명도 하지 아니하였고, 당초 고지서에 과세표준 및 세율과 세액을 계산하고 가산세 및 각종 공제액을 산출하여 고지세액을 계산하였으나, 가산세가 종류별로 구분되지 아니한 채 그 합계액이 본세액과 별도로 구분되어 있을 뿐, 관계법령에서 요구하는 기재사항을 누락하는 등 하자가 있고, 달리 그 하자가 보완되었거나 치유되었다고 볼 사정도 없으므로, 이 건 가산세 부과처분은 취소되어야 한다.

• 나. 처분청 의견 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있고, 신축주택 취득으로 인한 5년 동안의 양도소득세를 감면하여 주택건설시장의 활성화에 목적이 있으므로 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전까지의 양도소득은 감면대상에 해당되지 않고, 법령상 과세특례대상 양도소득금액을 ‘해당 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액’으로 규정하고 있어 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려우므로, 이 건 과세처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

① 조특법 제99조에 따른 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 금액 및 감면 방법 등의 적정 여부

② 소급과세금지의 원칙 등에 위반한 부과처분인지 여부

③ 납부불성실가산세 부과처분의 적정 여부

• 나. 관련법령: 별첨
• 다. 판단 쟁점별로 이 건 부과처분의 적법 여부 등에 관하여 살펴본다.

(1) 우선, 청구인은 조특법 제99조에 따른 감면대상 양도소득의 계산을 위한 산식 적용시 종전주택 취득시부터 신축주택 취득전까지의 소득은 ‘양도소득금액’에서 제외되어야 하고, 분모 및 분자의 ‘취득당시의 기준시가’는 모두 신축주택 취득당시의 기준시가로 하여야 한다는 취지로 주장(쟁점ⓛ)하고 있다. 그러나, 동 산식은 ‘양도소득금액’을 소득세법제95조 제1항에 따른 양도소득금액(양도가액에서 필요경비를 공제하고, 그 금액에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액)을 적용하도록 규정하고 있어, 신축주택 취득 이후에 발생한 양도소득금액만을 한정하는 것으로 보기 어려운 점, 조특법 제99조의 내용상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기는 어려운데, 처분청과 같은 방식으로 산식을 적용할 경우 종전주택 취득시부터 신축주택 양도시까지의 전체 양도소득금액 중 감면대상인 양도소득(신축주택 취득시부터 신축주택 취득일부터 5년이 되는 날까지의 양도소득)이 산정되고, 종전주택 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상인 양도소득에서 제외되는 결과가 되어, 결국 동 조항의 입법취지에 따라 감면되는 양도소득금액이 합리적으로 산정된 것으로 보이는 점 등을 종합하면, 위 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다(조심 2012서5062, 2013.3.8. ; 조심 2012서5122, 2013.3.19. 등 같은 뜻임). 다만, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하는데, 조특법 제99조 제1항은 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 그 이후에 양도하는 경우를 구분하여 전자에 대하여는 세액을 감면하고, 후자에 대하여는 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상 소득금액에서 차감하도록 달리 규정하고 있는 반면, 양자에 대하여 반드시 동일한 방법으로 양도소득세를 감면하여야만 조특법 제99조의 입법 목적을 달성할 수 있는 것으로 보기는 어려우므로, 1998.9.18. 사용승인을 얻어 그로부터 5년이 경과한 2006.12.12. 양도한 이 건 신축주택의 양도소득세를 산정함에 있어서는 처분청의 계산방법과는 달리, 감면대상 양도소득금액을 양도소득금액에서 직접 차감하여 과세표준과 세액을 계산하는 것이 타당하다(조심 2012서3421, 2012.12.31., 같은 뜻임)할 것이다.

(2) 다음으로, 청구인은 처분청이 종전의 유권해석 등을 자의적으로 변경하여 소급적용 하였으므로 이 건 과세처분은 부당하다는 취지의 주장(쟁점②)을 하고 있다. 그러나 청구인의 주장과는 달리, 과세관청이 종전에 납세자에게 신축주택의 취득 전 양도소득을 감면대상에 포함한다는 등의 내용의 공적인 견해를 표명한 것으로 보기는 어려우므로, 위 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(3) 마지막으로, 청구인은 기존의 해석을 신뢰하여 그에 따라 양도소득세를 신고․납부하였으므로 청구인에게 납세의무의 해태를 탓할 만한 귀책사유가 없다고 주장(쟁점③)하고 있다. 그러나 법령의 무지 또는 오인은 가산세가 감면되는 정당한 사유에 해당하지 않고, 처분청이 종전에 신축주택의 양도소득세 감면에 관한 명확한 입장을 밝혔던 것으로 보기도 어려우므로, 달리 특별한 사정이 없는 한, 청구인에게 납세의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기는 어려운 것으로 판단된다. 다만, 가산세 부과처분도 그 종류와 세액의 산출근거 등을 전혀 밝히지 않고 가산세의 합계액만을 기재한 경우에는 그 부과처분은 위법함을 면할 수 없는 것이고, 그 예외로 과세관청이 과세처분에 앞서 납세의무자에게 보낸 과세예고통지서 등에 의하여 납세의무자가 불복신청 등에 전혀 지장을 받지 않았음이 명백하다면 그러한 납세고지서의 흠결이 보완되거나 하자가 치유될 수 있다 할 것(대법원 2010두12347, 2012.10.18. 참조)인데, 이 건의 경우 납세고지서에 “가산세 12,104,390원”의 기재만 있을 뿐, 어떠한 가산세가 어떻게 산출되었는지는 나타나지 않으며, 처분청이 부과제척기간의 종료가 임박하여 이 건 과세처분을 하는 과정에서 청구인에게 별도의 과세예고통지를 하였거나, 그 밖에 가산세에 관한 상세한 설명을 하는 등의 사정도 나타나지 않으므로, 가산세 산출근거 및 내역 등을 기재하여 다시 과세하는 것은 별론으로 하더라도, 처분청이 납세고지서에 별도의 산출근거 등의 구분 기재 없이 가산세를 부과한 처분은 잘못이 있다 할 것이다.

(4) 따라서, 이 건 부과처분의 경우, 처분청의 감면소득금액 계산(적용)방법과 가산세 부과처분의 고지방법 등에 있어 잘못이 있는 것으로 판단된다(조심2013서18, 2013.5.29., 같은 뜻임).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로, 국세기본법 제81조 와 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [별첨] 관련법령

제99조 [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면]

① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배이내의 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득한 날부터 5년이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하며, 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 신축주택이소득세법제89조 제1항 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 자기가 건설한 주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)으로서 1998년 5월 22일부터 1999년 6월 30일까지의 기간(국민주택의 경우에는 1998년 5월 22일부터 1999년 12월 31일까지로 한다. 이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)사이에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 주택

2. 주택건설사업자로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간내에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 다른 자가 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

시행령 제40조 [구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등]

① 법 제43조 제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은 소득세법제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는법인세법제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)} 제99조 [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면] ① 법 제99조 제1항 본문에서 "당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다.

제90조 [양도소득세액의 감면] 제95조의 규정에 의한 양도소득금액에 이 법 또는 이 법외의 법률에서 규정하는 감면소득금액이 있는 때에는 제92조 제2항의 규정에 의한 양도소득과세표준에 제104조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 금액에 당해 감면소득금액에서 제103조 제2항의 규정에 의한 양도소득기본공제를 한 후의 금액이 양도소득과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 양도소득세를 면제한다. 제95조 [양도소득금액] ①양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

제18조 [세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지] ③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.