원자재가 생산공정에 투입된 이후의 물류비용은 세액공제대상인 제3자 물류비용에 해당하지 않음

심판청구를 기각한다..

• 가. 청구법인은 2000.10.23. 개업하여 OOO에서 강선제조업을 영위하는 내국법인으로서 2011.9.8. 청구법인이 2008사업연도에 지출한 OOO원(이하 “총지출금액”이라 한다)이 조세특례제한법제104조의14의 제3자물류비용에 대한 세액공제 대상인 것으로 보아 이에 대한 세액공제액인 OOO원에 대해 경정청구를 하였다.
• 나. 처분청은 총지출금액 중 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)이 제3자물류비용에 해당되지 않는다고 보아, 총지출금액 중 나머지 금액인 OOO원에 대한 세액공제액 OOO원에 대해서만 일부 환급하고, 2012.5.7. 나머지 세액공제액 OOO원에 대한 경정청구는 거부처분하였다. 한편, 청구법인은 위 경정청구 거부처분에 대해 2012.7.23. 처분청에 이의신청을 제기하였고, 처분청은 조세특례제한법제104조의14의 제3자물류비용에 대한 세액공제 적용시 전체물류비를 계산함에 있어 쟁점금액을 차감(총지출금액-쟁점금액)하여 재계산하는 것으로 일부 인용결정하여 OOO원을 추가로 청구법인에게 환급하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.7.23. 이의신청을 거쳐 2012.11.27. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구법인이 지출한 쟁점금액은 기업물류비 산정지침(국토해양부 고시 제2008-380호, 2008.7.25.)상 조달물류비에 해당되고, 이는 조세특례제한법 제43조의4 제6항 제1호 에 따른 물류비용에 해당되므로 조세특례제한법 제104조의14 에서 규정하고 있는 제3자물류비용 세액공제 대상이다. 한편, 처분청이 경정청구 거부처분의 근거로 제시하고 있는 국세청 예규(법규과-599, 2010.4.9.)는 생산공정에 포함된 물류비로 100% 출자한 중국의 현지법인에서 가공 후 완성되어 판매장으로 이동되는 형태인 반면 청구법인은 선박건조에 필요한 블록을 특수관계 없는 사외블럭 제작업체에 발주하여 청구법인의 보관창고까지 발생되는 비용으로 본 건과 사실관계가 매우 상이하므로 위 예규내용을 근거로 경정청구를 거부한 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법 제104조의14 에 해당하는 물류비용은 조세특례제한법 시행령 제43조의4 제6항 제1호 에서 물자가 조달처로부터 운송되어 물자의 보관창고에 입고, 관리되어 생산공정 또는 공장에 투입되기 직전까지의 물류활동에 따른 물류비용인 것으로 규정하고 있는바, 쟁점금액은 생산공정 중 일부를 외주임가공을 통하여 수행함에 따라 원재료 및 재공품의 이동 등과 관련하여 발생한 운반비로 제3자물류비용에 대한 세액공제 대상에 해당되지 아니한다.

• 가. 쟁 점 쟁점금액이 조세특례제한법 제104조의14 의 제3자물류 비용에 대한 세액공제 적용대상에 해당되는지 여부
• 나. 관련법령

(1) 조세특례제한법 제46조의4【자가물류시설의 양도차익에 대한 법인세 과세특례】② 제1항의 규정을 적용받은 내국법인이 자가물류시설의 양도일 이후 3년 이내에 해당사업을 폐지하거나 해산한 경우 또는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 요건을 충족하지 못한 경우에는 해당사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산의 경우 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 익금에 산입하여야 한다. 이 경우 익금에 산입할 금액에 대하여는 제33조 제3항 후단의 규정을 준용한다.

1. 자가물류시설을 양도한 후 대통령령이 정하는 기간 동안 각 사업연도에 지출한 물류비용 중 법인세법 제52조 제1항 의 규정에 따른 특수관계자 외의 자에게 지출한 물류비용(이하 이 조 및 제104조의14에서 "제3자물류비용"이라 한다)이 100분의 70이상일 것 제104조의14【제3자물류비용에 대한 세액공제】① 제조업을 영위하는 내국인이 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 2010년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 지출한 물류비용 중 제3자물류비용이 직전 과세연도에 지출한 제3자물류비용을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 3에 상당하는 금액을 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다. 다만, 공제받는 금액이 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세의 100분의 10을 초과하는 경우에는 100분의 10을 한도로 한다.

1. 각 과세연도에 지출한 제3자물류비용이 각 과세연도에 지출한 물류비용의 100분의 50 이상일 것

2. 해당 과세연도에 지출한 물류비용 중 제3자물류비용이 차지하는 비율이 직전 과세연도보다 낮아지지 아니할 것

② 제1항을 최초로 적용하는 경우에는 해당 과세연도에 지출한 물류비 중 제3자물류비용이 100분의 50을 초과하면 그 초과금액의 100분의 3에 상당하는 금액을 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다. (단서 생략) (2) 조세특례제한법 시행령 제43조의4【자가물류시설의 양도차익에 대한 법인세 과세특례】⑥ 법 제46조의4 제1항 및 제2항을 적용하는 경우 물류비용은 제1호 및 제2호에 따른 물류비용의 합계액으로 한다.

1. 물자가 조달처로부터 운송되어 물자의 보관창고에 입고, 관리되어 생산공정 또는 공장에 투입되기 직전까지의 물류활동에 따른 물류비 용

2. 판매가 확정되어 물자의 이동이 개시되는 시점부터 소비자에게 인도 또는 반품되거나 재사용 또는 폐기까지의 물류활동에 따른 비용으로서 재정경제부령이 정하는 물류비용 (3) 조세특례제한법 시행규칙 제19조의2【물류비용의 범위 등】② 영 제43조의4 제6항 제2호에서 "재정경제부령이 정하는 물류비용"이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 비용을 말한다.

1. 생산되거나 매입한 물자(포장·수송용 용기, 자재 등을 포함한다. 이하 이 항에서 같다)를 판매창고에 보관하여 소비자에게 인도할 때까지의 물류활동에 따른 비용

2. 소비자에게 판매(위탁판매를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)한 물자가 판매계약의 취소 등으로 인하여 소비자로부터 판매자에게 물자가 반품될 때까지의 물류활동에 따른 비용

3. 소비자로부터 재활용가능한 물자를 회수하여 다시 사용이 가능하도록 할 때까지의 물류활동에 따른 비용

4. 소비자로부터 파손 또는 진부화된 물자를 회수하여 폐기할 때까지의 물류활동에 따른 비용 (4) 물류정책기본법 제2조 【 정의 】

① 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

1. "물류(物流)"란 재화가 공급자로부터 조달·생산되어 수요자 에게 전달되거나 소비자로부터 회수되어 폐기될 때까지 이루어지는 운송·보관·하역(荷役) 등과 이에 부가되어 가치를 창출하는 가공·조립·분류·수리·포장·상표부착·판매·정보통신 등을 말한다. (중 략)

10. "제3자물류"란 화주가 그와 대통령령으로 정하는 특수관계에 있지 아 니한 물류기업에 물류활동의 일부 또는 전부를 위탁하는 것을 말한다. 제26조 【 물류회계의 표준화 】

① 국토해양부 장관은 지식경제부장관과 협의하여 물류기업 및 화주기업의 물류비 산정기준 및 방법 등을 표준화하기 위하여 대통령령 으로 정하는 기준에 따라 기업물류비 산정지침을 작성하여 고시하여야 한다.

(5) 기업물류비 산정지침(국토해양부 고시 제2008-380호, 2008.7.25.) 제7조(물류비의 과목분류) 물류비의 실태를 파악하기 위하여 영역별, 기능별, 지급형태별, 세목별로 구분하고, 물류비를 관리하기 위해 관리항목별, 조업도별로 구분한다.

① 영역별로 다음 각호와 같이 구분한다.

1. 조달물류비는 물자(원자재, 부품, 제품 등을 포함하며 이하 동일하다)의 조달처로부터 운송되어 매입자의 보관창고에 입고, 관리되어 생산공정(또는 공장)에 투입되기 직전까지의 물류활동에 따른 물류비를 말한다.

2. 사내물류비는 매입물자의 보관창고에 완제품 등의 판매를 위한 장소까지의 물류활동에 따른 비용을 말한다. 다만 재료의 생산이나 제품의 제조공정내에서 발생하는 비용은 생산원가 또는 제조원가에 산입되므로 물류비에서는 제외시킨다.

3. 판매물류비는 생산된 완제품 또는 매입한 상품을 판매창고에서 보관하는 활동부터 고객에게 인도될 때까지의 물류비를 말한다.

4. 리버스(Reverse)물류비는 회수물류비, 폐기물류비, 반품물류비로 세분화한다.

• 가. 회수물류비란 공용기와 포장자재 등이 회수되어 재사용 가능할 때까지의 물류비를 말한다.
• 나. 폐기물류비란 제품이나 상품, 포장용 또는 수송용 용기나 자재 등을 회수하여 폐기할 때까지의 물류비를 말한다.
• 다. 반품물류비란 판매한 제품·상품 또는 위탁판매한 제품·상품의 취소, 위탁의 취소 등의 물류활동에 따른 물류비를 말한다.

② 기능별로는 다음 각호와 같이 분류한다.

1. 운송비는 물자를 물류거점간 및 고객에게 이동시키는 활동에 따른 물류비를 말한다. 다만, 개별기업의 물류비 계산목적에 따라 다음과 같이 세분화할 수 있다.

• 가. 수송비는 기업의 필요에 따라 물자를 물류거점까지 이동시키는 물류비를 말한다.
• 나. 배송비는 물자를 고객에게 배달시키는 물류비를 말한다.

2. 보관비는 물자를 창고 등의 물류시설에 보관하는 활동에 따른 물류비를 말한다.

3. 하역비는 유통가공 및 운송, 보관, 포장 등의 업무에 수반하여 상차 및 하자, 피킹, 분류 등 물자를 상하·좌우로 이동시키는 물류비를 말한다.

4. 포장비는 물자 이동과 보관을 용이하게 하기 위하여 실시하는 상자, 골판지, 파렛트 등의 물류포장(최종소비자를 위한 판매포장은 제외)활동에 따른 물류비를 말한다.

5. 물류정보·관리비는 물류활동 및 물류기능과 관련된 정보처리와 관리에 따른 물류비를 말한다. 다만, 개별기업의 물류비 계산목적에 따라 다음과 같이 세분화할 수 있다.

• 가. 물류정보비는 구매, 수송, 생산, 창고운영, 재고관리, 유통망 등 물류 프로세스를 전략적으로 관리하고 효율화하기 위하여 컴퓨터 등의 전자적 수단을 사용하여 지원하는 활동에 따른 물류비를 말한다.
• 나. 물류관리비는 물류활동 및 물류기능의 합리화와 공동화를 위하여 계획, 조정, 통제 등의 물류관리 활동에 따른 물류비를 말한다.

③ 지급형태별로는 다음 각호와 같이 분류한다.

1. 자가물류비는 자사의 설비나 인력을 사용하여 물류활동을 수행함으로써 소비된 비용을 말하며, 다시 재료비, 노무비, 경비, 이자의 항목으로 구분한다.

2. 위탁물류비는 물류활동의 일부 또는 전부를 타사에 위탁하여 수행함으로써 소비된 비용을 말하며, 물류자회사 지급분과 물류전문업체 지급분으로 구분한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 청구법인은 선박을 건조하는 회사로서 선박 1척을 건조하기 위해 수백여개의 모양과 크기가 다른 블럭을 만들고, 이 블럭과 블럭을 하나로 결합하는 과정을 거쳐 엔진 등 수많은 기자재를 장착하고 도장, 의장, 시운전 등의 제작과정을 거침으로써 하나의 선박을 완성하고 있으며, 조선소 특성상 사내 제작에 대한 인력 및 제작공간 부족 등의 한계로 인해 상당부분(50%이상) 블럭제작을 사외로 아웃소싱(outsourcing)하고 있으며, 사외 제작한 블럭 등을 투입하여 선박의 건조생산이 이루어지고 있다. (가) 청구법인이 블럭제작을 사외로 아웃소싱함에 따른 청구법인의 물류비용 발생과정에 대하여 보면, 청구법인이 구입한 원자재 및 기자재를 블럭회사로 운송하는 과정은, 기자재 구매계약, 자재발주, 사내․사외 전처리작업장 입고, 국내․국외 블록제작업체 순으로 이루어 지고, 이 과정에서 선박 건조에 필요한 대부분의 원자재는 선주의 승인을 득한 것이어야 하는데, 사외 소규모 제작처에서는 선주의 승인을 득하는데 어려움이 있는 관계로 원자재 구입이 불가능한 실정이고, 이로 인해 청구법인이 원자재 및 기자재 대부분을 구입하여 사외 블럭제작처에 보급함에 따라 쟁점금액이 발생되고 있으며, 이때 제공되는 자재는 철판이 대부분이며, 제철소에서는 녹방지 처리 작업(“전처리 작업”이라고도 한다)을 하지 않고 철판을 제공하기 때문에 사외 블럭제작업체는 작업 전 반드시 전처리 작업을 하여야 하나, 해당 설비가 고가인 관계로 청구법인이 직접 사내공장 또는 전문 전처리 업체에 운송을 위탁하여 포항, 융진 등 사외 전처리 업체에서 전처리 작업을 한 후에 사외블럭 제작업체에 제공하고 있는 것으로 나타난다. (나) 사외 블럭제작업체는 직접구매 또는 청구법인이 제공한 부품, 기자재, 생산부재 등을 이용하여 대형블럭을 생산하며, 블럭제작 완료 후 운반선(주로 바지선 또는 블럭운반선)에 선적한 후, 특수관계 없는 운송업체가 청구법인의 보관장소(창고 등)까지 운송함에 있어 일련의 물류비용이 발생되고 있다. (다) 이처럼 청구법인이 2008사업년도에 지출한 쟁점금액은 청구법인이 선박건조시 블럭을 외주임가공을 통하여 제작하면서 원재료 및 블럭 운반 등에 따른 비용인 것으로 나타난다.

(2) 쟁점금액에 대한 발생내역은 아래 <표>와 같고, 청구법인은 이에 대한 증빙으로 2008년 물류비용 회계처리 사업장별 내역을 제출하였다. OOOOOOOOO (OO: OO)

(3) 위 사실관계 및 제시증빙과 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 조세특례제한법 제46조의4 제2항, 같은 법 제104조의14 제1항 및 같은 법 시행령 제43조의4 제6항 제1호에 의하면, 세액공제 적용대상이 되는 제3자물류비용은 특수관계자 외의 자에게 지출한 물류비용으로서 물자가 조달처로부터 운송되어 물자의 보관창고에 입고, 관리되어 생산공정 또는 공장에 투입되기 직전까지의 물류활동에 따른 물류비용으로 규정되어 있는바, 청구법인의 선박 제조과정을 볼 때, 녹방지 처리공정이 선박생산에 있어 필수적이고, 블록제작을 사외 블록제작업체에 일부를 아웃소싱하는 것이 선박 생산공정의 일부분으로 보이며, 원자재의 녹방지 처리공정 투입시점을 선박 생산공정 투입시점으로 봄이 합리적이라고 할 것이어서, 쟁점금액은 원자재가 생산공정에 투입된 이후의 물류비용에 해당하므로 세액공제 대상인 제3자물류비용으로 보기는 어렵다고 할 것이다. 따라서 처분청이 쟁점금액을 조세특례제한법 제104조의14 에서 규정한 제3자물류비용에 대한 세액공제 대상에 해당되지 않는다고 하여 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.