「조세특례제한법」제99조의3 규정은 신축주택의 취득일 이후 5년간 발생한 양도차익으로 해석하여야 하므로 양도소득세 과세 정당함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1989.1.20. OOO(이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하였다가 재건축으로 이를 멸실하고 2002.11.15. OOO(이하 “신축주택”이라 한다)를 신축한 후, 동 신축주택을 2006.12.1. 양도하고 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의3을 적용하여 양도소득금액 OOO원에 대하여 산출세액 OOO원의 100%를 감면대상으로 2007.2.27. 양도소득세 예정신고를 하였다.
• 나. 처분청은 종전주택을 보유하다 이를 멸실하고 신축주택을 취득한 경우, 종전주택의 취득일부터 신축주택취득일 전일까지의 양도소득금액에 대하여는 조특법 제99조의3 양도소득세 과세특례의 적용대상에 해당되지 아니하는 것으로 보아, 청구인이 감면신고한 세액 OOO원의 감면을 부인하고 납부불성실가산세 OOO원을 가산하여, 2012.5.7. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.30. 이의신청을 거쳐 2012.11.26. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 신축주택을 취득한 이후 5년 이내 양도하는 경우 양도소득세를 100% 감면한다는 법령해석을 일관되게 하여오다 2009.1.20일(재산-227)에 이르러 “종전 단독주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조특법 제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니한다.”라고 해석을 함으로서 종전 해석을 변경하고 이 건을 과세한 처분은 신의성실의 원칙 및 소급과세금지원칙에 위배되고, 청구인은 당시 국세청 법령해석을 존중하여 양도소득세 신고의무를 이행하였고 청구인에게 귀책사유가 없으므로 본건에 대한 납부불성실가산세를 부과한 처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 종전 예규의 해석 내용을 보면 종전주택의 보유로 인한 양도소득금액을 감면소득으로 본다고 명확하게 규정하고 있지 아니하고, 법문의 내용을 엄격히 해석하면 신축주택의 취득으로 인해 발생하는 소득에 대하여만 감면을 한다는 것이지 종전주택의 보유로 인하여 발생된 소득까지 감면한다는 것은 아니므로 신의성실의 원칙 또는 소급과세금지의 원칙을 위배하였다고 볼 수 없으므로 쟁점주택의 양도소득금액에 대해 과다감면소득금액의 부인은 적정하고, 상반된 예규를 시행한 경우 가산세를 적용할 수 없다고 주장하나, 종전 예규와 현행 예규가 상반된 예규로 볼 수 없고, 납세의무자가 세법에 따른 납부기한까지 국세의 납부하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부한 경우에 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액×납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간×금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율로 과소납부분에 대하여 이자성격의 가산세를 부과함은 정당하다.

• 가. 쟁 점 조세특례제한법제99조의3 규정에 따른 신축주택에 대한 감면소득 계산시 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일전까지의 양도소득금액은 감면소득에 해당하지 아니하는 것으로 보아 과세한 처분은 신의성실의 원칙 및 소급과세 금지의 원칙을 위배하였고, 납부불성실가산세를 부과한 처분이 부당하다는 청구주장의 당부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 종전주택 취득일부터 신축주택의 사용승인일 전일까지의 양도차익은 감면소득금액을 산정함에 있어 제외된다 하여 조특법 시행령 제40조 제1항을 적용하여 청구인이 당초 신고한 감면소득 OOO원을 부인하고, 감면소득금액을 OOO원으로, 감면세액을 OOO원으로 산정한 후, 납부불성실가산세 OOO원을 가산하여 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 조세특례제한법 제99조의3 에서 규정하고 있는 양도소득세 감면대상소득인 ‘당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 규정하고 있는 바, 청구인은 이 건 과세처분이 신의성실의 원칙 및 소급과세금지의 원칙을 위배하였고, 납부불성실가산세를 부과한 처분이 부당하다는 주장이나, 조세특례제한법 제99조의3 규정에 따른 신축주택에 대한 감면은 주택의 전체 보유기간의 양도차익 중 신축주택의 취득이후 5년간의 양도차익에 대하여 감면해 주는 것으로 해석하는 것이 타당해 보이므로, 종전주택 취득일로부터 발생한 양도소득금액 전액에 대하여 감면을 적용하지 아니하였다 하여 이 건 과세처분이 신의성실의 원칙 및 소급과세 금지의 원칙을 위배하였고, 납부불성실가산세를 부과한 처분이 부당하다는 청구인의 주장은 받아들이기 어려운 것(조심 2011서2062, 2011.9.30., 같은 뜻임)으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.