청구인이 겸영사업자로부터 농업용 비닐하우스 기자재와 그 설치공사를 공급받은 경우, 농업용기자재 관련 매입세액은 환급함

OOO세무서장이 2012.11.8. 청구인에게 한 2011년 제2기 부가가치세 OOO,OOO,OOO원 의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인과 ㈜OOO(건설업/금속구조물창호공사․비닐하우스설치공사, 도소매업/농업용파이프․비닐․농자재, 이하 “OOO”이라 한다)은 2011.6.22. 자동화 비닐하우스 시설공사(이하 “쟁점공사”라 한다)에 관한 도급계약을 체결하였다.
• 나. 청구인은 2011년 제2기에 OOO으로부터 쟁점공사 중 농업용 기자재 부분에 해당하는 공급가액 OOO원의 세금계산서 4매(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하고,조세특례제한법제105조의2 규정의 따라 환급신청을 하여 2012.2.29. 처분청으로부터 관련매입세액을 환급받았다.
• 다. 처분청은 건설용역과 함께 공급받는 농업용 기자재는조세특례제한법제105조의2 규정에 의한 환급대상에 해당하지 아니한다고 보아 2012.11.8. 청구인에게 2011년 제2기 부가가치세 OOO원(기환급분)을 경정․고지하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2012.11.20. 심판청구서를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 조세특례제한법제105조의2 제1항은 “농․어업에 사용하기 위하여 구입하는 기자재(부가가치세법 제3조 제4항 의 규정에 의한 일반과세자로부터 구입하는 기자재에 한한다)로서 대통령령이 정하는 것에 대하여는 기자재를 구입한 때에 부담한 부가가치세액을 당해 농․어민에게 대통령령이 정하는 바에 따라 환급할 수 있다.”라고 규정하고 있는바, 우리나라에서 생산된 농산물․축산물․수산물과 임산물은 대부분 부가가치세 면세로서, 면세사업과 관련하여 매입세액이 발생하는 경우 원칙적으로 매입세액공제를 인정하지 않고 매입시 매입원가에 산입하여 매출원가로서 비용으로 인정받는 것이나, 농어촌의 젊은 노동력의 도시집중화로 인한 농어촌의 고령화 및 낙후된 농․어업의 기술력 등으로 인한 농․어업 산출물의 부가가치 저하로 이를 보전하고 지원하기 위한 세제상의 지원책으로 농․어민이 농․어업에 사용하기 위하여 구입하는 기자재에 대해 부가가치세 환급을 인정하겠다는 것이 동 규정의 입법취지이다. 기자재를 농민이 직접 구매해서 설치하는 업체에게 주기 위해서는 비닐하우스를 짓는 데 필요한 기자재의 품목․제조회사․규격 등을 일일이 파악해야 하나, 쟁점공사와 같은 대규모의 자동화 비닐하우스 등 고도의 기술을 필요로 하는 비닐하우스를 설치하기 위해서는 농사만을 짓는 농민이 이를 알 수 없어 일반적으로 농민이 비닐하우스를 설치하는 때에는 영농 기자재를 판매도 하고 설치도 하는 업자에게 일괄적으로 도급을 주는 것이 일반적인 현상이다. 처분청은 농업용 기자재도 판매하고 비닐하우스 설치공사도 제공하는 OOO을 건설업자로 보고, 건설업자로부터 재화와 용역을 모두 공급받은 경우에는 건설용역의 공급에 해당한다고 판단한 것으로 보인다. 같은 취지라면 기자재 판매와 설치용역 모두를 제공하는 업체로부터 기자재를 먼저 매입한 다음, 설치용역을 별도로 제공받는다면, 기자재 매입분은 부가가치세의 환급을 인정할 것인지, 아니면 형식적으로 나누어 공급받았다는 이유로 전체를 건설용역을 제공받은 것으로 하여 부가가치세 환급을 부인할 것인지 문제가 된다. 만약, 기자재 판매와 설치용역 모두를 제공하는 업체로부터 기자재를 먼저 구입하고 난 후 설치용역을 추가로 공급받은 것을 모두 건설용역을 공급받은 것으로 보고 기자재 매입분을 부가가치세 환급대상으로 보지 않는다면, 결국은 기자재 구입처와 설치용역을 공급하는 사업자가 다른 경우에만 부가가치세 환급을 인정하겠다는 것으로 결론지어진다. 관련법령의 입법취지는 기자재 판매와 설치용역 모두를 제공하는 업체로부터 기자재와 설치용역을 동시에 공급받거나, 기자재를 먼저 공급받고 설치용역을 그 후에 공급받거나, 또는 기자재 구입처와 설치용역을 공급하는 사업자가 다른 경우를 차이를 두고 법을 적용하겠다는 것으로 보이지는 않는다. 사인간 거래에 있어 거래방식의 선택은 사적자치의 원칙에 따라 전적으로 당사자의 의사에 의하여 결정되는 것이므로 실질거래내용에 따라 환급여부를 결정해야지, 거래방식에 따라 환급여부를 결정하는 것은 잘못이다. 청구인은 도소매업(농업용기자재)과 건설업(비닐하우스 설치공사)을 겸업하는 사업자로부터 농업용 기자재와 비닐하우스 설치공사용역을 함께 공급받고 세금계산서도 구분하여 수수한 것이므로 농업용 기자재 매입분에 대한 관련매입세액은조세특례제한법제105조의2 규정에 의하여 환급되어야 할 것이다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법제105조의2 규정의 입법취지는 농․어민이 사용하는 농․어업용 기자재 중 일반산업용과 구분이 명확치 않은 특정품목에 대하여는 사전면세인 영세율을 적용하기 곤란하여 특정 농․어업용 기자재를 농․어민에게 공급할 때는 부가가치세를 먼저 과세하되, 추후 농․어민이 해당 기자재를 본래의 용도에 사용할 때 관련 부가가치세를 농․어민에게 직접 환급하여 줌으로써 해당 농․어업용 기자재가 다른 용도로 전용되는 것을 방지하고, 세부담 경감효과는 농․어민에게 돌아갈 수 있도록 지원하기 위하여 만든 제도이다. 기획재정부 예규(재부가-50, 2012.2.1.)를 보면, 농어민이 건설업을 영위하는 사업자로부터 농어업용 시설공사를 제공받고 그 대가를 지급하는 경우, 그 공사는 재화의 공급이 아닌 건설용역의 공급으로조세특례제한법제105조의2에서 규정하는 부가가치세 환급대상의 농어업용 기자재에 해당하지 아니한다고 해석하고 있는바,조세특례제한법제105조의2에 따른 부가가치세 환급대상 농․어업용 기자재는 재화에 한정되는 것이고, 건설용역에 포함된 기자재의 경우 용역의 일부로 보아야 할 것이다. 쟁점공사는 OOO 일원에 자동화 비닐하우스를 설치하는 것으로 이에 필요한 기자재에 대한 계약이 따로 없으므로 건설업체가 제공한 자재에 대하여는 재화의 공급이 아닌 건설용역에 포함된 용역의 공급으로 보는 것이 타당하다. 따라서 청구인이 건설용역과 함께 공급받는 농업용 기자재 관련 부가가치세에 대하여 용역의 공급으로 보아 기환급된 부분을 추징한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 농민인 청구인이 도․소매업(농업용 기자재)과 건설업(비닐하우스 설치공사)을 겸영하는 사업자로부터 농업용 비닐하우스 기자재 및 그 설치공사를 공급받은 경우, 농업용 기자재 관련 매입세액을조세특례제한법제105조의2에 의한 환급대상으로 볼 수 있는지 여부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 OOO농업협동조합의 조합원으로 농사에 종사하고 있으며, OOO은 건설업(금속구조물창호공사․비닐하우스설치공사)과 도소매업(농업용파이프․비닐․농자재)을 겸영하고 있는 것으로 처분청의 심리자료에 의하여 확인된다.

(2) 청구인(도급인)과 OOO(수급인) 사이에 체결된 쟁점공사에 대한 도급계약서(2011.6.22.)를 보면, OOO 일원에 14,000평 규모의 자동화 비닐하우스를 시설하는 것으로 되어 있고, 붙임서류인 산출내역서에는 재료비ㆍ노무비ㆍ경비의 내역이 세부적으로 구분되어 있다.

(3) 쟁점공사와 관련하여 수수된 세금계산서의 내역은 다음과 같다.

(4) 청구인은조세특례제한법제105조의2(농·어업용 기자재에 대한 부가가치세의 환급에 관한 특례)에 따라 농업용 기자재 구입시 부담한 부가가치세에 대하여 OOO농업협동조합에 환급대행을 신청하였고, 환급대행자인 OOO농업협동조합은 처분청에 환급을 신청하였으며, 처분청은 현지확인조사를 실시하여 2012.2.29. 농업용 기자재 관련 매입세액을 환급하였다가, 2012.11.8. 건설용역과 함께 공급받는 농업용 기자재는 환급대상에 해당하지 아니한다고 보아 이 건 부가가치세를 과세하였다. (5)조세특례제한법제105조의2 제1항에 의하면, 대통령령이 정하는 농․어민이 농․어업에 사용하기 위하여 구입하는 기자재(부가가치세법 제3조 제4항 의 규정에 의한 일반과세자로부터 구입하는 기자재에 한한다)로서 대통령령이 정하는 것에 대하여는 기자재를 구입한 때에 부담한 부가가치세액을 당해 농․어민에게 대통령령이 정하는 바에 따라 환급할 수 있다고 규정되어 있는바, 농어업용 기자재에 대한 부가가치세 환급에 관한 특례제도는 농어민이 사용하는 농어업용 기자재 중 일반산업용과 구분이 명확치 않은 특정품목은 사전면세인 영세율을 적용하기 곤란하기 때문에 농어민에게 공급할 때는 부가가치세를 먼저 과세하되, 추후 농어민이 해당 기자재를 본래의 용도에 사용할 때 관련 부가가치세를 농어민에게 직접 환급하여 줌으로써 해당 농어업용 기자재가 다른 용도로 전용되는 것을 방지하고, 세부담 경겸효과는 모두 농어민에게 돌아갈 수 있도록 지원하기 위하여 도입된 것으로 읽힌다.

(6) 살피건대, 처분청은 건설용역과 함께 공급받는 농업용 기자재는 환급대상에 해당하지 아니한다는 의견이나, 청구인은 농민으로 부가가치세 환급대상 기자재를 구입하여 농업용으로 사용한 점,조세특례제한법제105조의2 규정의 입법취지는 농어민이 농어업에 사용하기 위하여 기자재를 구입하는 경우 그 농어민에게 실질적인 부가가치세 감면혜택이 돌아갈 수 있도록 하기 위한 것인 점, 청구인의 경우 농기자재 도소매업과 건설업을 겸영하는 사업자로부터 농기자재와 그 설치공사를 공급받았고 세금계산서도 농기자재 매입분과 건설용역분을 구분하여 수수하였으므로 일반적으로 건설업을 전업으로 영위하는 사업자로부터 건설용역에 포함하여 농기자재를 공급받는 경우와는 달리 취급할 필요가 있는 점, 총도급금액 OOO원 중 농기자재 매입액이 OOO원(76%)을 차지하는 점 등을 감안할 때, 청구인이 OOO으로부터 구입한 이 건 농업용 기자재는조세특례제한법제105조의2에서 규정하는 부가가치세 환급대상에 해당하는 것으로 보는 것이 합리적인 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.