조세특례제한법제99조의3은 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 그 이후에 양도하는 경우를 구분하여 전자에 대하여는 세액을 감면하고, 후자에 대하여는 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상 소득금액에서 차감하도록 명문으로 달리 규정하고 있음
조세특례제한법제99조의3은 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 그 이후에 양도하는 경우를 구분하여 전자에 대하여는 세액을 감면하고, 후자에 대하여는 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상 소득금액에서 차감하도록 명문으로 달리 규정하고 있음
OOO세무서장이 2012.7.6. 청구인에게 한 2009년 귀속 양도소득세 13,507,470원의 부과처분은 OOO를 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.
(1) 처분청은 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액을 배제하였음에도(재산세과-227, 2009.1.20.), 청산금을 납부하고 취득한 재건축의 양도차익을 소득세법 시행령제166조 제2항 제1호에 따른 양도차익으로 계산한 양도소득금액은 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지 발생한 소득이 포함되어 있는 양도소득금액이 되어 위법하다. 청산금을 납부하고 취득한 재건축주택의 취득당시의 기준시가를 분자에는 신축주택의 취득당시 기준시가로 적용하고 분모에는 분자에 적용하는 신축주택의 취득당시의 기준시가와 다른 종전주택의 기준시가로 적용하는 것은 감면소득을 계산할 양도소득금액의 발생기간을 벗어난 날의 기준시가를 적용하여 위법하고 감면소득의 배분에 불합리한 논리적 모순이 있으므로 종전주택분에서 발생한 감면소득과 청산금납부분에서 발생한 감면소득으로 각각 구분계산한 후 이를 합계한 금액을 계산하여야 논리적으로 타당하다. 그렇다면, 청산금을 납부하고 취득한 신축주택 감면대상인 재건축주택을 양도한 경우 관련 계산식에 적용할 양도소득금액을 소득세법 시행령제166조 제2항 제1호에 따라 계산한 양도차익 중 관리처분계획인가후의 양도차익으로 계산한 양도소득금액으로 적용하고, 취득당시의 기준시가는 분자와 분모에 다같이 신축주택의 취득당시 기준시가를 적용하는 것이 타당하다.
(2) 청구인은 쟁점감면규정 제정 이후 10여간 시행하여 오던 과세관청의 세법해석에 따라 신고납부하였고, 청구인의 양도소득세 신고 후 처분청에서는 신고적격으로 검토하여 청구인에게 과소납부의 귀책사유가 없고, 납세의무를 태만히 한 사실이 없음에도 청구인이 신고납부한지 5년이 지난 후에 예규를 변경하여 과세하면서 4년간의 납부불성실가산세OOO를 과세한 것은 부당하다.
(3) 조세법에 감면대상소득의 내용과 범위를 일의적으로 해석되도록 명확하게 규정하지 아니하고 감면소득의 계산식과 감면신청서의 서식을 미비하게 규정하고서 관련법 규정을 개정하지 아니하고 처분청이 자의적으로 납세자에게 불리하게 예규를 변경하여 과세한 처분은 조세법률주의에 반하므로 취소되어야 하고, 처분청의 세법해석과 세무행정의 관행을 신뢰하고 감면세액을 계산하여 신고납부한 것을 신고일 후에 납세자에게 불리하게 예규를 변경하여 과세한 것은 세법의 해석기준 및 소급과세금지의 원칙과 신의성실의 원칙에 반하므로 취소되어야 한다.
(4) 쟁점감면규정에 해당 신축주택을 취득한 날부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 뺀다고 규정되어 있으므로 감면대상 소득을 양도소득금액에서 직접 차감하여 그 과세표준과 세액을 산출하여야 한다.
(1) 쟁점감면규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 그 감면대상 양도소득금액은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 쟁점감면규정의 적용대상으로 보기 어렵다. 또한, 쟁점감면규정 대상은 법문언 전체를 고려할 때 신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득으로 한정하는 것이지 구주택을 취득한 때로부터 신축주택을 양도한 때까지 전 기간에 발생한 소득으로 확대해석 할 수 없다.
(2) 청구인이 새로이 제시한 양도소득 계산은 그 계산근거가 불충분하고 국세행정에서 일반적으로 인정되는 방식으로 볼 수 없고 납부불성실가산세는 과소납부분에 대하여 이자성격의 가산세로 부과함이 정당하다.
① 조세특례제한법제99조에 따른 신축주택의 양도소득세 감면소득 산정방식이 적법한지 여부
② 납부불성실가산세의 부과가 부당하다는 청구주장의 당부
③ 조세법률주의 및 소급과세금지의 원칙 등에 위반한 처분인지 여부
④ 조세특례제한법제99조의 규정에 따라 계산한 감면대상 소득을 양도소득금액에서 직접 차감할 수 있는지 여부
(1) 처분청 심리자료 등에 의하면, 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 청구인은 1982.7.7. 종전주택을 취득하였고, 종전주택이 재건축되어 1998.9.18. 쟁점신축주택을 취득(사용승인일)하였으며, 2009.8.20. 쟁점신축주택을 양도하였다. (나) 청구인은 쟁점신축주택을 쟁점감면규정의 신축주택취득기간(1998.5.22.~1999.6.30.)내에 취득하였다. (다) 쟁점신축주택 양도에 따른 양도소득금액은 OOO원이며, 종전주택과 쟁점신축주택의 기준시가 내역은 아래 <표>와 같다. <표> OOOO OO (OO: O) (라) 청구인은 쟁점감면규정의 감면소득금액 산정을 위한 조세특례제한법 시행령제40조 제1항의 산식(이하 “쟁점산식”이라 한다)적용시에 분모의 “취득당시 기준시가”를 쟁점신축주택 취득당시 기준시가를 산입하여 계산하였고, 처분청은 종전주택의 취득당시 기준시가를 산입하여 감면소득금액을 계산하였다.
(2) 조세특례제한법제99조 제1항에서 같은 항 제1호 및 제2호에 해당하는 신축주택을 취득하여 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하며, 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제99조 제1항 및 제40조에는 “당해 부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은소득세법제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는법인세법제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다고 규정하고 있다. {양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}
(3) 쟁점①에 대하여 살펴본다. 청구인은 쟁점산식에 적용할 양도소득금액은 신축주택 취득일로부터 양도일까지 발생한 양도소득금액을 적용하고, 취득당시의 기준시가는 분자와 분모에 다 같이 신축주택 취득당시의 기준시가를 적용하여 계산하여야 한다고 주장하나, 쟁점산식에서는 양도소득금액에 관하여소득세법제95조 제1항에 따른 양도소득금액(양도가액에서 필요경비를 공제하고, 그 금액에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액)으로 규정하고 있어, 해당 산식의 양도소득금액을 신축주택 취득 이후에 발생한 양도소득금액에 한정한다고 보기 어려운 점(조심 2012서5122, 2013.3.19. 참조),조세특례제한법제99조의 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운바, 처분청의 산정방법과 같이 같은 법 시행령 제40조 제1항의 산식 중 양도소득금액은 종전주택 취득시부터 신축주택 양도시까지의 양도소득금액으로 하고, 이 금액에 신축주택 양도당시의 기준시가에서 종전주택 취득당시의 기준시가를 차감한 금액을 분모로, 신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가에서 신축주택 취득당시의 기준시가를 차감한 금액을 분자로 한 비율을 곱하면, 종전주택 취득시부터 신축주택 양도시까지의 양도소득금액 중 감면대상인 양도소득(신축주택 취득시부터 신축주택 취득일부터 5년이 되는 날까지의 양도소득)이 산정되고, 종전주택 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상에서 제외되므로, 같은 법 제99조의 입법취지를 감안하여 감면되는 양도소득세를 합리적으로 산정한 것으로 보이는 점(서울행정법원 2011구단27363, 2012.3.9, 조심 2012서5062, 2013.3.8 외 참조) 등을 고려하면, 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다(조심 2012서5210, 2013.4.5. 같은 뜻임).
(4) 쟁점②에 대하여 살펴본다. 청청구인은 양도소득세를 과소납부한 귀책사유가 없고 납세의무를 태만히 한 사실이 없으므로 납부불성실가산세는 취소되어야 한다고 주장하나, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 그 의무의 이행을 납세의무자에게 기대하는 것이 무리인 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다 할 것이나(대법원 2004두930, 2005.11.25. 참고), 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고, 법령의 무지 또는 오인은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하며(대법원 2005두10545, 2007.4.26. 참조), 종전 국세청 예규가 종전주택의 보유로 인한 양도소득금액을 감면소득으로 본다고 명확하게 규정하고 있지 아니하고, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등을 감안할 때, 처분청이 신의성실의 원칙을 위반하였다거나 청구인에게 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유가 있다고 볼 수 없으므로 청구인에게 납부불성실가산세를 부과한 처분청의 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다(조심 2012서5210, 2013.4.5. 같은 뜻).
(5) 쟁점③에 대하여 살펴본다. 청구인은 이 건이 위와 같이 조세법률주의에 반하고, 세법의 해석기준 및 소급과세금지의 원칙과 신의성실의 원칙에 반하므로 취소되어야 한다고 주장하나, 이 건은 과세관청이 납세자에게 신축주택의 취득 전 양도소득을 감면대상에 포함한다는 공적인 견해를 표명한 사실이 나타나지 아니하여 처분청이 소급과세금지의 원칙을 위배하였다고 볼 수 없다고 판단된다(조심 2012서5210, 2013.4.5. 같은 뜻).
(6) 쟁점④에 대하여 살펴본다. 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하는 점,조세특례제한법제99조 제1항은 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 그 이후에 양도하는 경우를 구분하여 전자에 대하여는 세액을 감면하고, 후자에 대하여는 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상 소득금액에서 차감하도록 명문으로 달리 규정하고 있는 점, 양자에 대하여 동일한 방법으로 양도소득세를 감면하여야만조세특례제한법제99조의 입법 목적을 달성할 수 있다고 보기도 어려운 점 등을 종합하여 볼 때, 쟁점신축주택의 감면대상 양도소득금액을 양도소득금액에서 직접 차감하여 쟁점신축주택의 양도에 따른 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다(조심 2012서3421, 2012.12.31. 같은 뜻).
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로국세기본법제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.