주식의 취득시기는 증권회사(후입선출법)보다 납세자(선입선출법)가 거래내역을 기장한 장부상의 방식을 우선 적용하여야 하고, 쟁점주식 취득시기가 불분명한 경우에는 선입선출법을 적용하여야 함
주식의 취득시기는 증권회사(후입선출법)보다 납세자(선입선출법)가 거래내역을 기장한 장부상의 방식을 우선 적용하여야 하고, 쟁점주식 취득시기가 불분명한 경우에는 선입선출법을 적용하여야 함
OOO세무서장이 2011.1.17 청구인에게 한 2010년 귀속 양도소득세 OOO의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.
(1) 청구인은 선입선출법에 의하여 주식을 양도하였으므로 쟁점주식은 청구인이 2001.4.28. 유상증자에 의하여 취득한 주식을 양도한 것으로 보아야 한다. (가) 소득세법제115조에 따른 주식기장의무자인 청구인은 종목별로 구분하여 장부에 쟁점주식의 취득 및 양도내역을 기록․관리하여 왔는바, 기장한 장부에 따라 양도세 및 증여세를 신고․납부하였으므로국세기본법제16조에 따라 청구인이 기록․관리한 개별법 관리방식이 타인인 증권회사의 후입선출법에 의한 관리방식보다 우선 적용하는 것이 타당하므로, 쟁점주식의 취득시기를 장부에 기록된 바와 같이 2001.4.28. 유상증자 시점으로 보아야 한다. (나) 처분청이 주장하는 증권회사의 위탁계좌 관리방식인 후입선출법 관리방식은조특법제91조【장기보유주식의 배당소득에 대한 소득세 비과세 및 원천징수특례(2010.12.27.삭제됨)】제4항에 규정된 방식으로서, 소액주주의 배당소득세 특례(3년 이상 보유)를 적용하기 위한 보유기간 산정시 장기투자자가 특례를 적용받도록 보유기간을 후입선출법으로 산정하라는 것이 입법취지인바, 동 규정은 양도소득세의 취득가액을 산정하기 위한 본 건과는 무관한 별도의 규정이고, 청구인의 경우 대주주인 관계로조특법제91조를 적용할 대상이 아님에도 불구하고 동 규정에 근거하여 후입선출법을 적용하는 것은 위법․부당하다. (다) 쟁점주식이조특법제14조의 양도소득세 특례주식에 해당함을 주장한 본 건의 경우와 동일한 입법취지와 목적으로 신설된 조특법 제13조와 비교해 볼 때,조특법제13조는 적용대상이 법인이라는 차이점 외에는조특법제14조와 동일한 특례 대상을 규정한 조항이고,조특법제13조 제4항은 양도차익의 계산을 같은 법 시행령 제11조의2에 위임하여,『보유주식의 일부를 양도하는 경우 먼저 취득한 주식 등을 먼저 양도한 것으로 본다』고 명시적으로 규정하고 있는바, 쟁점주식의 양도차익 특례여부 판단시 동 시행령 제11조의2 제1항 제1호를 준용하여 선입선출법을 적용함이 세법의 합목적적 해석에도 부합되는 것이다. (라) 처분청은 증권회사에서 위탁계좌 관리방식으로 후입선출법을 적용하여 취득시기 및 취득가액을 관리하고 있으므로 증권회사의 관리방식을 따라야 한다고 주장하나, 조세심판원에서는 주권상장법인 대주주에 대하여 양도소득세 과세시 주식위탁계좌를 통하여 거래된 주식의 취득가액은 양도된 주식의 주권발행번호를 확인할 수 없어 양도한 주식의 취득시기를 특정할 수 없는 경우이므로 양도한 주식의 취득시기가 불분명한 것으로 보아 선입선출법에 따라야 한다고 일관되게 결정(조심 2011중1165, 2011.12.27. 외 다수)해오고 있는 바, 청구인의 기장내역을 부인함과 더불어조특법 시행령제11조의2 규정을 무시하고 처분청의 주장과 같이 증권회사의 관리방식을 따른다할지라도, 본 건은 취득시기를 특정할 수 없는 경우에 해당되므로 소득세법 시행령제162조 제5항에 근거하여 선입선출법을 적용하는 것이 타당하다.
(2) 쟁점주식은조특법제14조 제1항 제4호에서 규정하는 양도소득세 과세특례 요건을 갖춘 주식이다. (가) 쟁점주식은 OOO의 벤처기업 확인일(1999.12.7.)로부터 3년 이내인 2001.4.28. 현금납입에 의한 유상증자로 취득되어진 주식으로서, 주식발행법인인 OOO이상법제4절【신주의 발행】제416조 내지 제421조의 규정을 준수하여 청구인으로부터 신주발행가액 OOO을 전액 현금으로 납입 받은 후 청구인에게 신주 58만주를 교부하였으므로 유상증자임이 명백하고,상법제183조【변경등기】규정에 따라 2001.4.28. 자본금 변경등기를 완료하여 법원으로부터 현금납입에 따른 적법한 신주발행으로 인정받았는바, 처분청이 인터넷기사를 근거로 동 유상증자를 주식교환으로 주장하는 것은 법적인 근거가 전혀 없는 주장일 뿐 아니라 주식교환이란 용어가 상법에 규정된 용어도 아니고 그 의미 역시 주주간에 주식을 교환하는 것을 말하는 것인데, 청구인은 어느 누구와 주식을 교환한 것도 아니므로 명백히 사실관계를 오해하여 주장한 것에 불과하다. (나) 청구인이 2001.4.28. 쟁점주식을 취득할 당시 청구인은 OOO의 등기이사나 주주가 아니었고 OOO의 사업방침의 결정 등 경영에 대하여 영향력을 행사할 수 있는 위치에도 있지 아니하였는바, 처분청이 핵심기술을 보유한 사실을 근거로 청구인을 사실상 영향력을 행사한 자였다고 주장하는 것은 법적인 근거가 전혀 없는 주장이고, 사업방침 결정 등의 경영에 영향력을 행사하려면 상법상 주주총회 또는 이사회를 통하여 경영에 관여하여야 하는 것이나 청구인에게는 주주나 이사들에게 영향력을 행사할 만한 권한도 있지 아니하였으며, 처분청이 제시한 인터넷 기사는 청구인이 “검색기술의 일인자”라는 사실과 OOO의 이OOO사장과 대학교 동문”이라는 사실이 기재되어 있을 뿐 청구인이 OOO의 사업방침을 결정하는 등 경영에 관여하였다는 근거가 될 수 없고, 만일 청구인이 가진 “기술력”을 근거로 특수관계가 성립한다고 주장한다면 이는 마치 채권자인 주거래은행이 채무자인 법인에 채권자로서 영향력을 끼칠 수 있으므로 주거래은행을 특수관계인으로 보아야 한다는 것이나 이는 세법에도 위배되는 부당한 주장이며, 인터넷 기사는 기자들의 개인적인 시각에 근거하여 작성된 보도 자료일 뿐 세법에서 규정하는 특수관계인 여부를 판단하는 기준이 될 수 없는 바, 2001.4.28. 당시 청구인과 OOO간에는법인세법및소득세법상 특수관계가 성립되지 아니하므로 쟁점주식은조특법제14조의 특례 요건을 충족한다.
(1) 청구인은 후입선출법에 의하여 주식을 양도하였으므로 쟁점주식은 청구인이 2006.8.16. 무상증자에 의하여 취득한 주식을 양도한 것으로 보아야 한다. (가) 청구인은 증권사 위탁계좌로 거래하면서 후입선출방식에 의하여 거래한 것이 확인되었고, 2004.2.27. 무상증자 이후인 2005.1.21. 청구인의 처와 자에게 OOO 주식 21,400주를 증여(처 권OOO 8,700주, 자 이OOO 8,700주 및 이OOO 4,000주)하였으며 이 주식은 후입선출에 의한 것이 아닌 먼저 취득한 유상증자 주식을 특정하여 증여한 것이 금융자료에 나타나므로 청구인이 증권사의 위탁계좌로 주식을 거래하면서 매도나 증여 시 대상 주식을 특정할 수 있는 상황이었다는 것이 입증되므로, 쟁점주식의 취득시기를 청구인이 관리한 방식인 선입선출법으로 하여야 한다는 청구인의 주장은 이유 없고,조특법제16조【중소기업창업투자조합 출자 등에 대한 소득공제】규정상 사후관리 목적으로 선입선출법으로 관리하였다는 주장도 5년 이상 의무보유기간을 충족하기 위해서라면 후입선출방식으로 관리하여야 청구인에게 유리함에도 선입선출방식으로 관리하였다는 것은 상식적으로도 설득력이 없으며, 같은 법 제91조【장기보유주식의 배당소득에 대한 소득세 비과세 및 원천징수특례】규정은 청구인의 경우 적용대상이 아니라고 하였으나, 이 조항의 적용대상이 아니라고 해서 매도된 주식의 취득시기가 달라지는 것은 아니다. (나)조특법 시행령제11조의2【주식양도차익 및 배당소득의 계산 등】제1항 본문에는 “법 제13조 제1항에 따라 법인세가 부과되지 아니하는 주식 또는 출자지분의 양도차익의 계산은 다음 각 호의 방법에 따른다“라고 규정되어 있으므로 비과세주식 판정시 선입선출법을 적용하라는 것이 아니라 양도차익 계산 시에 선입선출법을 적용하라는 것이고, 개인의 경우 같은 법 제14조【창업자 등에의 출자에 대한 과세특례】제1항 본문에서 ”제13조 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 취득하는 경우만 해당한다“규정하고 있으므로 주식의 취득방법만을 원용하고 있고, 개인의 경우 주식 취득시기가 분명한 경우 그 취득시기를 적용하여야 하고, 취득시기가 불분명할 경우에만 소득세법 시행령제162조 제5항에 의하여 선입선출법을 적용하여야 하며, 청구인의 경우 주식의 취득시기가 유상증자 1회, 무상증자 2회, 총3회로 그 취득시기가 단순하고 쟁점주식의 취득시기도 무상증자로 취득한 주식으로 확인된다. (다) 쟁점주식의 취득시기를 판단함에 있어서 청구인이 선입선출법을 적용하여 왔다고 하여 그 취득시기가 달라지는 것이 아니고 실제 거래가 후입선출방식으로 이루어졌고 금융자료에도 명백히 그 점이 나타나므로 사실에 근거한 처분이다. (라)조특법제14조의 경우 주식 양도소득에 대한 비과세 규정이고, 주식의 취득시기 및 취득가액 산정방법에 대하여 같은 조항에 명시적으로 규정되어 있지 아니므로 개인의 경우,소득세법규정에 의하여 주식의 취득시기 및 취득가액을 산정하여야 하므로 당초 처분은 정당하다.
(2) 쟁점주식은조특법제14조 제1항 제4호에서 규정하는 양도소득세 과세특례 요건을 갖추었다고 보기 어렵다. (가) 청구인과 OOO 간의 주식거래와 유상증자 과정을 보면, 청구인의 OOO 주식 양도대금이 OOO 유상증자 주식 인수대금으로 납입되었으므로 현금납입에 의한 증자거래라고 주장하나, 벤처기업인 OOO의 입장에서 보면, 2001.4.27. OOO이라는 법인자금이 외부로 유출되었다가 그 익일인 2001.4.28. 동일 금액이 다시 법인으로 유입되는 결과이므로 법인자금의 변동이 전혀 없으며 단지 청구인이 보유하던 OOO 주식 30,769주만이 OOO의 자산으로 유입된 결과로서 이는 OOO 주식양도대금 지급과 OOO 유상증자 주식대금 납입이라는 거래형식을 취하였으나 그 거래의 실질내용은 주식을 서로 교환한 것일 뿐이며 유상증자 관련 OOO의 2001.4.12.(실제 목요일이나 회의록에는 금요일로 기재되어 있음) 이사회회의록을 보더라도 안건제목이 “신기술 보유를 위한 지분교환에 의한 출자 件”이라고 되어 있고 “주식교환방법에 회사는 이OOO가 보유한 OOO 주식 전부(30,769주)를 인수하고, 신주 580,000주를 발행하여 이OOO에게 일괄 배정함”이라고 되어 있는 것으로 보아도 실질상 주식교환에 해당하는 것이지 현금납입에 의한 증자거래라고 볼 수 없고, 국세청장의 유권해석에 “상법에 규정된 주식발행절차에 따라 현물출자를 통하여”라고 되어 있으며 실질적으로 주식교환거래인 경우를 현물출자로 보려면 감정인의 감정 및 법원의 심사 등을 거쳐야 하나, 이러한 법적 절차를 거치지 않았고 그와 관련된 어떠한 자료도 제출하지 않았으므로조특법제13조 제2항 제2호에 규정한 “증자대금을 납입하는 방법”으로 인정할 수 없다. (나) OOO의 유상증자(2001.4.28.) 당시 언론 보도자료에 따르면 청구인은 OOO의 사업방침의 결정 등 당해 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자로 보아야 할 것이므로 청구인과 OOO는 법인세법 시행령제87조 제1항 제1호에 의하여 특수관계인에 해당된다 할 것이므로 과세특례규정은 적용될 수 없다
② 쟁점주식이조특법제14조 제1항 제4호의 양도소득세 과세특례요건을 갖추었는지 여부
② 제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.
③ 정부는 제2항에 따라 장부의 기록 내용과 다른 사실 또는 장부 기록에 누락된 것을 조사하여 결정하였을 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 적어야 한다. (2) 조세특례제한법 제13조 【중소기업창업투자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세】② 제1항을 적용할 때 출자는 중소기업창업투자회사, 벤처기업출자유한회사ㆍ신기술사업금융업자 또는 기금운용법인 등이 직접 또는 창투조합 등을 통하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 창업자ㆍ신기술사업자 또는 벤처기업의 주식 또는 출자지분을 취득하는 것으로 하되, 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우는 제외한다.
1. 해당 기업의 설립 시에 자본금으로 납입하는 방법
2. 해당 기업이 설립된 후 7년 이내에 유상증자하는 경우로서 증자대금을 납입하는 방법
3. 해당 기업이 설립된 후 7년 이내에 잉여금을 자본으로 전입하는 방법
4. 해당 기업이 설립된 후 7년 이내에 채무를 자본으로 전환하는 방법 제14조【창업자 등에의 출자에 대한 과세특례】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(제1호·제2호·제2호의2·제3호·제4호 및 제6호에 따른 주식 또는 출자지분은 제13조 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 취득하는 경우만 해당한다)의 양도에 대해서는소득세법제94조 제1항 제3호를 적용하지 아니한다. 다만, 제1호·제2호·제2호의2·제3호·제4호 및 제6호의 경우에는 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우는 제외한다.
4. 벤처기업에 출자함으로써 취득(괄호 생략)한 대통령령으로 정하는 주식 또는 출자지분 (3) 조세특례제한법 시행령 제11조의2 【주식양도차익 및 배당소득의 계산 등】① 법 제13조 제1항에 따라 법인세가 부과되지 아니하는 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 “주식 등”이라 한다) 양도차익의 계산은 다음 각 호의 방법에 따른다.
1. 법 제13조 제1항 각 호의 방법으로 취득한 주식 등과 다른 방법으로 취득한 주식 등을 함께 보유하고 있는 중소기업창업투자회사 또는 신기술사업금융업자(이하 이 조에서 “중소기업창업투자회사 등”이라 한다)가 보유주식 등의 일부를 양도하는 경우에는 먼저 취득한 주식 등을 양도한 것으로 본다.
2. 중소기업창업투자회사 등이 취득한 주식 등의 취득가액은 법인세법 시행령제74조 제1항 제1호 라목 또는 마목에 따른 방법 중 당해 기업이 납세지 관할 세무서장에게 신고한 방법으로 계산한다. 제12조【창업자 등에의 출자에 대한 과세특례】① 법 제14조 제1항 제4호에서 “대통령령으로 정하는 주식 또는 출자지분”이란 제1호 및 제2호의 규정에 적합한 출자에 의하여 취득한 주식 또는 출자지분으로서 그 출자일부터 5년이 경과된 것을 말한다.
1. 창업 후 3년 이내인 벤처기업(벤처기업육성에 관한 특별조치법제2조 제1항의 규정에 의한 벤처기업을 말한다. 이하 같다) 또는 벤처기업으로 전환한지 3년 이내인 벤처기업에 대한 출자일 것
소득세법 시행령제98조 제1항 또는 법인세법 시행령제87조 제1항의 규정에 의한 특수관계(이하 이 항에서 “특수관계”라 한다)가 없는 벤처기업에 대하여 행한 출자이거나벤처기업육성에 관한 특별조치법제13조의 규정에 의한 조합이 그 조합원과 특수관계가 없는 벤처기업에 대하여 행한 출자일 것. 이 경우 법인세법 시행령제87조 제1항의 규정을 적용함에 있어서 동항 제6호 중 “100분의 50”은 각각 “100분의 30”으로 본다. (4) 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권과 대통령령으로 정하는 증권예탁증권을 포함한다. 이하 이 장에서 “주식 등”이라 한다)의 양도로 발생하는 소득
⑤ 제1항 내지 제4항의 규정을 적용함에 있어서 양도한 자산의 취득시기가 분명하지 아니한 경우에는 먼저 취득한 자산을 먼저 양도한 것으로 본다. (6) 법인세법 시행령 제87조 【특수관계자의 범위】① 법 제52조 제1항에서 “대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자”라 함은 법인과 다음 각호의 1의 관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)를 말한다.
1. 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 당해 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자(상법제401조의2 제1항의 규정에 의하여 이사로 보는 자를 포함한다)와 그 친족
2. 주주 등(소액주주를 제외한다. 이하 이 관에서 같다)과 그 친족
3. 법인의 임원·사용인 또는 주주 등의 사용인(주주 등이 영리법인인 경우에는 그 임원을, 비영리법인인 경우에는 그 이사 및 설립자를 말한다)이나 사용인 외의 자로서 법인 또는 주주 등의 금전 기타 자산에 의하여 생계를 유지하는 자와 이들과 생계를 함께 하는 친족
(7) 구 조세감면규제법 제81조의3【장기보유주식 배당소득에 대한 원천징수특례】(1997.12.13. 법률 제5417호로 신설되었다가 1998.12.28 법률 제5584호에 의해 전면 개정되어 조세특례제한법 제91조 로 이관되기 전의 것으로 2010.12.27. 법률 제10406호로 삭제된 것) ① 대통령령이 정하는 주식을 3년 이상 보유한 거주자로서 소득세법 제20조 제3항 의 규정에 의한 소액주주에 해당하는 자 중 대통령령이 정하는 자가 받는 배당소득에 대한 원천징수세율은 소득세법 제129조 제1항 제2호 의 규정에 불구하고 100분의 10으로 한다.
(1) 쟁점ⓛ에 대하여 살펴본다. (가) 청구인은 <표1>과 같이 쟁점주식이 선입선출법에 의해 2001.4.28. 최초 유상증자로 취득한 주식이므로 아래와 같은 이유로조특법제14조의 과세특례를 적용하여야 한다면서, 2011.1.11. 쟁점주식에 상당하는 이미 납부한 양도소득세 OOO을 환급하여야 한다는 경정청구를 제기한 것으로 나타난다.
1. 주식기장의무자(대주주)인 청구인은 종목별로 구분하여 장부에 쟁점주식의 취득 및 양도내역을 기록․관리하여 왔고,국세기본법제16조에 따라 청구인이 기록․관리한 개별법 관리방식이 타인인 증권회사의 후입선출법에 의한 관리방식보다 우선 적용하는 것이 타당하므로 쟁점주식의 취득시기를 장부에 기록된 바와 같이 2001.4.28. 유상증자 시점으로 보아야 한다.
2. 처분청이 주장하는 증권회사의 위탁계좌 관리방식인 후입선출법 관리방식은조세특례제한법제91조【장기보유주식의 배당소득에 대한 소득세 비과세 및 원천징수특례(2010.12.27.삭제됨)】제4항에 규정 본 건과는 무관한 별도의 규정이다.
3. 쟁점주식이조특법제14조의 양도소득세 특례주식에 해당함을 주장한 이 건의 경우와 동일한 입법취지와 목적으로 신설된 조특법 제13조와 비교해 볼 때,조특법제13조는 적용대상이 법인이라는 차이점 외에는조특법제14조와 동일한 특례 대상을 규정한 조항이고,조특법제13조 제4항은 양도차익의 계산을 같은 법 시행령 제11조의2에 위임하여,『보유주식의 일부를 양도하는 경우 먼저 취득한 주식 등을 먼저 양도한 것으로 본다』고 명시적으로 규정하고 있는 바, 쟁점주식의 양도차익 특례여부 판단 시 동 시행령 제11조의2 제1항 제1호를 준용하여 선입선출법을 적용함이 세법의 합목적적 해석에도 부합되는 것이다.
4. 조세심판원에서는 주권상장법인 대주주에 대하여 양도소득세 과세시 주식위탁계좌를 통하여 거래된 주식의 취득가액은 양도된 주식의 주권발행번호를 확인할 수 없어 양도한 주식의 취득시기를 특정할 수 없는 경우 주식의 취득시기가 불분명한 것으로 보아 선입선출법에 따라야 한다고 일관되게 결정(조심 2011중1165, 2011.12.27. 외 다수)해오고 있는바, 청구인의 기장내역을 부인함과 더불어조특법 시행령제11조의2 규정을 무시하고 처분청의 주장과 같이 증권회사의 관리방식을 따른다할지라도, 본 건은 취득시기를 특정할 수 없는 경우에 해당되므로 소득세법 시행령제162조 제5항에 근거하여 선입선출법을 적용하는 것이 타당하다며, 양도소득세 신고자료, 2000년 간추린 개정세법(재정경제부) 등을 제출하였다. (나) 처분청은 쟁점주식의 취득시기를 판단함에 있어서 청구인이 선입선출법을 적용하여 왔다고 하여 그 취득시기가 달라지는 것이 아니고 청구인이 OOO증권사 위탁계좌로 거래하면서 실제 거래가 ‘후입선출법’ 방식으로 이루어졌고 금융자료에도 명백히 그 점이 나타나는 것으로 쟁점주식이 아래 <표2>와 같이 후입선출법에 의해 2006.8.16. 실시된 무상증자(2차)로 취득한 주식으로 확인되고, 동 주식은 창업(1999.6.2.) 후 3년이 경과하여 취득한 것이며, 양도당시 출자일로부터 5년이 경과하지 아니한 주식으로 이는조특법제14조 및 같은 법 시행령 제12조의 특례요건을 충족하지 못하는 것이라며, 이의신청재조사결정에 따른 처리결과 통보 공문, 증권사 위탁계좌거래내역 등을 제출하였다.
1. 이의신청 재조사 결정에 따른 처리결과 통보문(2011.10.5.)을 보면, 청구인이 2010.9. 양도한 주식 OOO은 증권회사의 주식위탁계좌를 통하여 양도한 것으로, 이는 증권회사의 회계관행에 따라 그 취득일자를 특정할 수 있으므로 그 취득가액 산정은 후입선출법을 적용하여야 하고, 후입선출법 적용시 청구인이 2010.9. 양도한 주식은 2006.8.16. 무상증자(2차)로 취득한 주식으로 확인되고, 2006.8.16. 무상증자로 취득한 주식은 창업 후 3년이 경과하여 취득한 것이며, 또한 양도당시 출자일로부터 5년이 경과하지 아니한 주식으로 이는 조특법제14조 및 동법 시행령 제12조의 특례요건을 충족하지 못하므로 당초 청구인의 경정청구에 대한 처분청의 경정청구거부처분은 정당한 것이라고 기재되어 있다.
2. OOO증권에서 쟁점주식 등을 입고받은 OOO증권(2006.8.23. 현재, OOO지점, 계좌번호: OOO-) 잔고현황에는 청구인의 2002.6.28. 매수분 OOO 주식 373,449주, 2004.2.27. 매수분 OOO 주식 23,151주, 2004.3.30. 매수분 323,400주, 2006.8.16. 매수분 OOO 주식 1,440,000주가 잔고로, OOO증권에서 입고 받은 OOO증권(2011.8.3. 현재, OOO지점, 계좌번호: OOO2*)의 주식매수일자별 잔고현황에는 청구인의 2002.6.28. 매수분 OOO 주식 373,449주, 2004.2.27. 매수분 OOO 주식 23,151주, 2004.3.30. 매수분 OOO 주식 323,400주, 2006.8.16. 매수분 1,080,000주가 잔고로 각각 나타나 있다. (다) 이상의 사실관계 및 관련규정을 종합하여 살피건대, 대주주인 청구인은소득세법제115조 제1항의 규정에 따라 기장의무가 있으므로 양도소득세 신고시 주식양도소득계산명세서, 그 거래내역 및 관련 증권회사 거래명세서에 거래정보가 나타나는 증빙을 갖추어 신고하였고, 처분청도 그 신고내용을 시인한 것으로 적법한 기장으로 납세자의 기록방식이 증권사의 기록에 우선 적용되어야 할 것이어서 쟁점주식도 청구인이 기왕에 양도한 주식과 관련하여 계속적으로 신고해 온 방식인 선입선출법에 의하여 양도된 것으로 보는 것이 합리적이라고 보이고, 처분청이 제시한 구조특법제91조의 규정은 소액주주의 배당소득세 관련 규정으로 이 건과는 무관한 규정으로 보이며, 조특법제13조는 법인의 경우뿐만 아니라 개인의 경우에도 원용되는 것이 법 취지에 부합한 것으로 보인다. 또한, 쟁점주식은 증권계좌를 통하여 거래한 것으로 주권발행번호를 확인할 수 없어 그 취득시기를 확인하기가 어려운 점이 있으므로 청구인이 쟁점주식의 취득시기가 불분명한 것으로 보아 소득세법 시행령제162조 제5항의 규정에 따라 선입선출법에 의하여 양도소득세 신고를 한 것 또한 달리 잘못이 없다고 판단된다(조심 2011중1165, 2011.12.27. 외 다수 같은 뜻). 따라서, 쟁점주식은 청구인이 2001.4.28.자 유상증자에 의하여 취득한 주식으로 보는 것이 타당하다고 판단된다.
(2) 쟁점②에 대하여 살펴본다. (가) 처분청은 OOO이 1999.6.2. 설립된 인터넷서비스업체로서 2001.4.28. 유상증자 시점은 사업 초기에 해당하며 당시 다른 경쟁업체와는 차별화된 검색엔진개발이 앞으로 회사의 존폐를 결정할 수 있는 중요한 사안이었으며, 당시 법인의 자산 중 유형의 자산이 차지하는 비중은 극히 작고 무형의 자산인 사람, 지식, 기술이 거의 전부였으므로 핵심기술을 가진 자가 곧 회사를 경영하고 지배하는 자와 같은 의미라 할 것으로, 청구인은 검색엔진개발 핵심기술 보유자로서 그 당시 OOO에 대하여 이러한 지위에 있다고 보이고, 그 후부터 현재까지 OOO의 최고기술경영자(CTO), 최고기획관리책임자(CAO), 최고운영책임자(COO) 등을 역임한 것을 보아도 그러한 사실이 입증된다 할 것이고, 벤처기업의 육성 및 지원을 입법취지로 하는조특법제14조에서 법인의 특수관계인을 과세특례대상에서 배제시킨 사유는, 특수관계인 간 기업내부정보 공유 등 편법을 이용하여 모험기업인 벤처기업 출자에 대한 위험부담 없이 주식양도에 대한 비과세특례를 적용받을 가능성이 있고, 그로 인한 세 부담 없는 부의 창출이 가능해지므로 이를 방지하기 위함이었으며, 청구인은 유상증자 당시 보도 자료와 같이 OOO의 내부사정 및 경영환경, 핵심기술 보유 여부 등 회사경영상의 여러 가지 중요한 정보를 알 수 있는 위치에 있는 자였으므로 그러한 자가 유상증자로 취득한 주식, 그것도 실질적인 주식교환으로 취득한 주식을 과세특례대상 주식으로 보는 것은, 동 규정의 입법취지인 기업의 내부정보 등을 모르는, 특수관계인이 아닌 제3자가 모험기업인 벤처기업에 그야말로 큰 리스크를 안고 모험적으로 투자를 한 것에 대하여 “비과세”라는 큰 세제 혜택을 줌으로써 벤처기업에 대한 투자유인을 제공하여 벤처기업을 지원하는 것과는 부합하지 않으며, 청구인은 2001.4.28. 유상증자 전에 OOO의 주식을 보유하였던 사실이 있어 OOO과 법인세법상 특수관계에 해당되는 시기가 있었고, 2000.6.9. 김OOO으로부터 OOO 주식 50,000주(액면가 OOO)를 주당 OOO, OOO에 매입(당시 지분율 1.42%)하고 2001.4.28. 유상증자 한달 전인 2001.3.23. 9개월여 만에 동일인인 김OOO에게 다시 50,000주를 OOO에 매도(당시 지분율 1.04%)하는 거래를 한 사실이 있었고, 2001년 당시는 비상장주식의 경우 단 1주라도 보유하면 주식발행법인과 그 주주 간에는 법인세법상 특수관계가 성립하였으며, 청구인의 경우 2000.6.9.부터 2001.3.23.까지 보유지분이 1% 이상이었으므로 그 기간 동안은 OOO과 법인세법상 특수 관계가 성립하였고, 아래 <표3>과 같이 청구인의 2001.4.28. 유상증자 전․후 OOO 주식 거래내역을 보면, 청구인이 유상증자 주식 580,000주를 전부 일괄 인수한 시점을 전후하여 주식가격이 큰 폭으로 상승하였음이 나타나고, 청구인은 실질적인 주식교환(스와핑)으로 유상증자에 참여하였으므로 쟁점주식은조특법제14조의 입법취지에 부합하지 않으므로 과세특례 적용대상 주식이 아니라는 의견이다. (나) 이에 대하여 청구인은 쟁점주식이 OOO의 벤처기업 확인일(1999.12.7.)로부터 3년 이내인 2001.4.28. OOO의 현금납입에 의한 유상증자로 취득되어진 주식으로서, 2001.4.28. 쟁점주식을 취득할 당시 청구인은 2001.4.28. 쟁점출자 당시까지 법인등기부등본 상 OOO의 임원으로 등재된 사실이 전혀 없고, OOO으로부터 근로소득을 지급받은 사실이 없으며, 1997.9.1.부터 2001.4.28. 출자 당시까지 계속하여 OOO대학교 교수로 재직하고 있어 OOO의 경영에 관여할 수 있는 상황이 아니었고, 실제 OOO의 주요 서류를 결제하였거나 법인의 의사결정에 참여하는 등의 행위를 한 적이 없고, 청구인이 검색엔진기술의 권위자라는 이유만으로 OOO에 영향력을 행사하였다고 보는 것은 사실에 부합하지 않는 근거 없는 것으로, 청구인과 OOO 사이에는법인세법및소득세법상 특수 관계가 성립되지 아니하므로 쟁점주식은조특법제14조의 특례요건을 충족한다며, 직접투자 관련 증빙으로 주식인수계약서, 금융거래조회서, 국세청질의회신 내용, OOO과 특수관계가 아니라는 증빙으로 청구인의 1999～2001년 종합소득세 신고내역, 기술제공 및 이전에 관한 계약, 연구개발계약서, 특허출원내역 등을 제시하고, 그 밖에 벤처기업투자확인서(2002.12.17.), 주식대금 납입영수증(2002.12.), OOO 이사회의사록(2001.4.12.), OOO 명의의 OOO은행 통장 사본, 벤처기업확인서(서울지방중소기업청장, 1999.12.7.) 등을 증빙으로 제시하였다. (다) 살피건대, 처분청은 쟁점주식이 사실상 주식교환거래에 해당되어 창업자 등에의 출자로 볼 수 없다는 의견이나, 청구인이 OOO의 벤처기업 인증일인 1999.12.7.로부터 3년 이내인 2001.4.28. OOO의 유상증자에 참여하여 주금 OOO을 현금납입하고 신주 58만주를 교부받은 사실이 자본금 변경등기 된 법인등기부등본, 금융증빙 등에 의해 확인되는 점에서조특법제13조 제2항 제2호의 규정에 부합되는 것으로 보인다. 또한, 쟁점주식 취득당시 청구인과 창업 벤처기업이 법인세법 시행령제87조 제1항의 특수관계에 해당하는지 여부는 과세특례 적용요건의 하나로 엄격하게 해석하여야 할 것인데, 당시 언론 보도내용으로 보아 청구인이 OOO의 경영에 사실상 영향력을 행사한 것으로 보인다는 처분청의 조사내용만으로 쟁점주식 취득당시 청구인과 OOO이 법인세법 시행령제87조 제1항의 특수관계에 해당된다고 보기는 어렵다고 판단된다. 따라서, 쟁점주식은조특법제14조 제1항 제4호의 양도소득세 과세특례 요건을 갖춘 주식에 해당된다고 판단되므로 동 규정의 양도소득세 과세특례를 적용하여야 할 것이다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.