[요지] 조세특례제한법제99조의3의 과세특례규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는 점, 동 규정 제1항에 의하면, 과세특례대상 양도소득금액을 “신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어, 명문상 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점, 종전 국세청 예규가 종전주택의 보유로 인한 양도소득금액을 감면소득으로 본다고 명확하게 해석하고 있지 아니한 점 등으로 볼 때, 청구주장을 받아들이기 어려움
[참조결정] 조심2012서3244 / 조심2012서3421 / 조심2012서2510
[주 문] OOO세무서장이 2012.5.10. 청구인에게 한 2006년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 서울특별시 OOO의 양도소득 중조세특례제한법제99조의3 제1항에 따른 양도소득세 감면대상 소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
(1) 처분청은 신축주택 취득일로부터 5년 경과 후 양도함으로써 발생한 양도소득에 대한 감면소득을 계산함에 있어 종전주택 취득일부터 신축주택취득일 전일까지의 기간에 해당하는 양도소득금액 상당액을 차감하는 방식으로 계산하였으나, 신축주택 취득 후 5년 이내의 양도시 전액 감면하는 것과 비교하여 볼 때 5년이 지난 후 양도하였다고 하여 감면세액에 차이를 두는 것은 과세형평에 맞지 않고 입법취지에도 부합하지 아니하며 법규정을 부당하게 자의적으로 해석한 것으로,조세특례제한법 시행령제40조 제1항 산식에서 ‘취득일’과 ‘취득당시’의 의미는 동일하고, 분자의 ‘취득당시’와 분모의 ‘취득당시’는 동일하게 해석하여야 함에도 처분청은 분자의 ‘취득당시’를 신축주택 취득 당시로 하고 분모의 ‘취득당시’를 ‘종전주택의 취득당시’로 보는 오류를 범하였다. 처분청은 2005.11.8.자 국세청 예규(서면4팀-2109)로서 감면대상소득금액을 산정하는 계산식에서 ‘취득당시’의 시기를 분모와 분자 공히 신축주택 취득일(사용검사필증교부일)로 보았음에도, 2009.1.20.자 국세청 예규(재산세과-227) 이후 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은조세특례제한법제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 않는 것이라고 입법취지와 달리 변경하였으며, 나아가 2011.2.10.자 국세청 예규(부동산거래관리과-127호)는조세특례제한법 시행령제40조 제1항,소득세법 시행령제166조 제2항 제1호에 따라 신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 계산함에 있어 “분모의 취득당시 기준시가는 종전 주택 취득당시 기준시가를 적용하는 것임”이라고 하여 자의적으로 해석하여 집행하였다. 재개발 및 재건축 조합원들이 신축주택을 취득함에 있어서 청산금 등 추가납부분의 양도차익은 관리처분계획인가일 이후부터 발생함에도 처분청의 산식대로 감면양도소득금액을 계산하다 보면 청산금 등 추가납부분에 대한 양도차익이 마치 종전주택 취득일부터 관리처분계획인가일 전일까지도 발생한 것처럼 되며, 세액감면신청서 서식[별지 제37호 서식] 뒷면의 작성요령을 보면 ‘⑦란 양도소득금액은소득세법제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액을 기재한다’라고 하여 신축주택을 양도함으로써 발생된 전체 소득금액으로 하고 있고, ‘⑧내지 ⑩란은 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에만 기재하고’, ‘⑪란 5년 이내 발생한 양도소득금액은 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내에 양도한 경우에는 ⑦란 양도소득금액을 기재하고’라고 하여 신축주택 취득 후 5년 이내 양도하는 경우에는 종전주택 보유기간까지도 전부 감면하는 뜻으로 되어 있으며, ‘5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 기재한다’고 하여 공평적 해석상 취득당시를 신축주택의 취득당시로 이해하게 하여 결과적으로 5년 이내 양도분과 같이 종전주택 취득분에 대하여도 감면하는 것으로 되어 있고, 처분청의 주장대로 분모의 취득당시를 종전주택 취득당시로 한다면 토지만을 가지고 있던 재개발 조합원인 경우 종전 부동산의 부동산 취득일은 토지만의 기준시가이고 신축주택 취득일 이후부터는 토지와 건물을 합한 것인데, 양도당시(토지와 건물의 가액) 기준시가에서 종전 부동산(토지만의 가액) 취득당시 기준시가를 차감하는 방식이 합리적인 것이라고 할 수 없으며, 처분청 주장대로라면 신축주택 취득 후에 신축주택의 가격이 상승하여야만 일부라도 혜택을 받을 수 있는 것이나 가격상승이 없거나 하락하는 경우라면 아무런 혜택이 없고,소득세법제89조 제1항 제3호의 1세대 1주택 비과세 제도는 주택신축 이전의 토지 보유기간 동안의 양도소득도 비과세하고 있다. 변경된 예규가 있은 2009.1.20. 이전인 2007.10.15.에 양도된 본 건에 대하여 감면을 배제하는 것은 그 동안의 국세청해석 및 관행에 어긋나는 소급과세이고, 2005년 귀속 이전 신고 사건들은 부과제척기간이 경과되었는바 2006년 이후 양도한 납세자들에 대해서만 과세하는 것은 공평과세 및 예측가능성의 침해이다(주위적 청구).
(2) 세법상 가산세는 납세자가 정당한 사유 없이 세법에 규정하는 의무를 이행하지 않았을 경우에나 부과하는 것으로, 이 건 과세처분은 2007년에 양도한 것에 대한 것으로서 재개발 조합원의 종전주택 양도차익도 감면대상에 해당한다는 기존의 해석 및 관행에 따라 2008년에 신고·납부를 하고 완결된 것이고, 청구인은 종전주택 양도차익이 감면이 안되는 줄 알았다면 당연히 그에 맞게 신고·납부하였을 것인바 청구인이 그와 같이 신고한 데에는 정당한 사유가 있으므로 납부불성실가산세는 취소되어야 한다(예비적 청구).
(2) 당초 납부하여야할 세액보다 과소하게 납부한 부분에 대하여이자성격의 납부불성실가산세를 부과한 처분은 정당하다(예비적 청구).
3. 심리 및 판단
① 신축주택취득기간 중 취득한 주택의 양도에 따른 양도소득금액 중 양도소득세 감면대상 소득이 쟁점주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득인 것으로 보고 이를 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항의 산식에 의해 계산하여 과세한 처분의 당부(주위적 청구)
② 납부불성실가산세 부과처분의 당부(예비적 청구)
(1) 쟁점①에 대해 본다. (가) 2005.11.8.자 국세청 예규(서면4팀-2109)는조세특례제한법제99조 제1항 및 동법 시행령 제99조 제1항의 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면규정을 적용함에 있어 “당해 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다. 이하 같다)을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 동법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말하는 것이며, 당해 산식에서 “취득 당시” 또는 “취득일”이란 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)에 있어서는소득세법 시행령제162조 제1항 제4호의 규정에 의하여 사용검사필증교부일이 되는 것이나, 사용검사 전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일 중 빠른 날로 하는 것이라고 하고 있다. 이후 2009.1.20.자 국세청 예규(재산세과-227)는 단독주택(그 부수토지 포함)을 취득하여 보유하다 당해 주택의 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득한 경우로서 종전 단독주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은조세특례제한법제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하는 것이라고 하고 있다. 2010.5.18.자 국세청 예규(부동산거래관리과-708)는 종전 단독주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은조세특례제한법제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하며, 2011.2.10.자 국세청 예규(부동산거래관리과-127)는 주택재건축사업 또는 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득한 경우 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면소득에 해당하지 않는 것으로서, 청산금을 납부한 신축주택의 경우조세특례제한법 시행령제40조 제1항에 따라 신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 계산함에 있어 산식의 양도소득금액은소득세법 시행령제166조 제2항 제1호에 따른 양도차익으로 계산한 양도소득금액을 적용하는 것이며, 분모의 취득당시 기준시가는 종전주택 취득당시 기준시가를 적용하는 것이라고 하고 있다. (나) 청구인은 처분청의 위 감면대상소득금액 계산방식은 국세청의 우월적 지위를 남용한 자의적 해석에 따른 방식일 뿐 전혀 합리적인 근거를 찾을 수 없는 잘못된 법해석에 의한 것으로 부당하다고 주장하고 있다. (다) 살피건대,조세특례제한법제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기를 활성화함에 그 입법취지가 있고,조세특례제한법제99조의3 및조세특례제한법 시행령제99조의3 명문상 양도소득세 감면대상은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액으로 되어 있으며,조세특례제한법 시행령제40조 제1항에서 규정하고 있는 산식에 있어 취득당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 ‘신축주택의 취득당시 기준시가’이고, 분모에 적용되는 기준시가는 ‘구주택의 취득당시 기준시가’를 말한다고 봄이 합리적이라고 판단되며, 종전의 2005.11.8.자 국세청 예규(서면4팀-2109)에 과세특례대상 소득금액을 전체 양도소득금액으로 본다고 명확히 되어 있지도 아니하고, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려우므로 처분청이 신의성실의 원칙 또는 소급과세금지의 원칙을 위배하였다고 볼 수 없어 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다고 하겠다(조심 2012서3244, 2012.9.28. 외 다수 같은 뜻임). (라) 한편, 처분청은조세특례제한법 시행령제40조 제1항에 의한 산식 분자의 취득당시 기준시가를 종전주택의 취득당시 기준시가를 적용하여 감면소득(OOO원)을 산출하였고, 전체 양도소득금액(OOO원)에 따른 산출세액(OOO원)에 감면소득금액이 과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 감면세액(OOO원)을 계산하는 방식으로 양도소득세액을 계산하여 이 건 양도소득세를 과세처분하였으나, 조세특례제한법및 그 시행령에서는 세액의 감면뿐만 아니라 소득공제 등 다양한 형태의 조세특례를 규정하고 있는데,조세특례제한법제99조의3에는 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 그 이후에 양도하는 경우를 구분하여 전자에 대하여는 세액을 감면하고, 후자에 대하여는 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상 소득금액에서 차감하도록 명문으로 달리 규정하고 있는 점, 양자에 대하여 동일한 방법으로 양도소득세를 감면하여야만 조세특례제한법제99조의3의 입법 목적을 달성할 수 있다고 보기도 어려운 점, 그리고 조세법규에 대한 엄격해석의 원칙 등을 종합하여 보면,조세특례제한법제99조의3에서 규정한 신축주택을 그 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우 그에 따른 양도소득세의 과세표준 및 세액은 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하는 방법으로 산정하여야 하고, 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 마찬가지로 그 양도소득금액에 대한 세액을 감면하는 방법으로 산정할 것은 아니다 할 것이다(대법원 2012.6.28. 선고 2010두3725 판결, 같은 뜻임). (마) 따라서, 이 건 양도소득세 과세처분은 처분청이 계산한 감면대상 양도소득금액을 과세대상 양도소득금액에서 직접 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다(조심 2012서3421, 2012.12.31. 같은 뜻임).
(2) 쟁점②에 대해 본다. 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납부의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하는 것이고, 이 건 과세와 관련하여 종전 2005.11.8.자 국세청 예규(서면4팀-2109)가 종전주택의 보유로 인한 양도소득금액을 감면소득으로 본다고 명확하게 규정하고 있지 아니하였으며, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등으로 볼 때, 처분청이 신의성실의 원칙을 위배하였다고 볼 수 없고, 납세자의 법령의 무지 또는 오인은 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유에 해당한다고 볼 수도 없으므로 청구인의 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다(조심 2012서2510, 2012.7.17. 외 다수 같은 뜻임).
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.