신축주택 취득하고 5년이 경과한 후 양도하는 경우, 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득을 과세소득에서 차감하여 과세표준 및 세액을 계산함이 타당함
신축주택 취득하고 5년이 경과한 후 양도하는 경우, 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득을 과세소득에서 차감하여 과세표준 및 세액을 계산함이 타당함
OOO세무서장이 2012.4.30. 청구인에게 한 2006년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 OOO 110-802 양도소득 중조세특례제한법제99조 제1항에 따른 양도소득세 감면대상 소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.
(1) 신축주택을 취득후 양도하면 감면하는 것으로 입법한뒤, 취득단계에서 가격이 많이 오르면 취득일 이전 취득단계의 양도차익은 감면배제하는 것은 국가기관을 믿고 신축주택을 취득한 취득자에 대한 신의성실의 원칙에 위배되며, 취득일 이전의 취득단계 양도차익을 산정하여 감면을 배제하는 것으로 예규에 의해 법을 집행하는 것은 근거과세원칙에도 위배되는 등 처분청의 과세처분은 부당하다.
(2) 조특법제99조는 해당 신축주택을 취득한 날부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상금액에서 빼도록 규정하고 있으므로, 대법원판결(대법 2010두3725, 2012.6.28.)에 따라 과세대상 소득금액에서 5년간 발생한 양도소득금액을 차감하는 방법으로 양도소득세를 재결정하여야 한다.
(1) 종전부동산 취득일부터 신축주택 취득일 전까지의 양도소득금액은 감면소득에 해당하지 아니하는 것이고, 조특법시행령제40조 제1항에 따른 감면대상 양도소득을 계산함에 있어 취득당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 “신축주택 취득당시의 기준시가”이고, 분모에 적용되는 기준시가는 “종전주택 취득당시 기준시가”를 말하는 것인 점, 처분청은 청구인에게 공적견해를 표명한 사실이 없고, 일부 감면결정은 당해 사건에 한하여 기속력이 있는 점 등으로 보아 처분청의 과세처분은 잘못이 없다.
(2) 소득세법제90조는 거주자에게 발생한 소득 중 감면소득이 있는 경우 감면소득금액이 포함된 양도소득세 산출세액에서 양도소득 과세표준 중 감면소득금액이 차지하는 비율을 곱하여 감면세액을 계산하는 것으로 규정하고 있는 점 등으로 보아 이와 다른 청구인의 주장은 받아들일 수 없다.
① 종전부동산을 보유하다 이를 멸실하고 신축주택을 취득한 경우 종전부동산의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액이조세특례제한법제99조에 의한 양도소득세 과세특례의 적용대상에 해당하는지 여부
② 감면대상 소득을 양도소득금액에서 직접 차감하여 과세하여야 한다는 청구주장의 당부
1. 자기가 건설한 주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)으로서 1998년 5월 22일부터 1999년 6월 30일까지의 기간(국민주택의 경우에는 1998년 5월 22일부터 1999년 12월 31일까지로 한다. 이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)사이에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 주택
2. 주택건설사업자로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간내에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 다른 자가 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제40조 [구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등] ① 법 제43조 제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은 소득세법제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는법인세법제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)} 제99조 [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면] ① 법 제99조 제1항 본문에서 "당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다.
(1) 제시된 심리자료에 의하면 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 청구인은 감면소득금액을 OOO원으로 하여 양도소득세를 신고하였다. (나) 처분청은 조특법 시행령 제40조 제1항 산식 분자의 취득당시 기준시가를 신축주택 취득당시 기준시가를 적용하여 아래와 같이 감면소득금액 OOO원을 산출한뒤, 산출세액OOO에 감면소득금액OOO에서 기본공제(2,500,000원)를 차감한 후의 금액이 과세표준OOO에서 차지하는 비율을 곱하여 감면세액을 OOO원을 산출하고, 이를 산출세액에서 차감하여 이 건 양도소득세를 과세하였다.
(2) 쟁점①에 대하여 본다. (가) 청구인은 국가기관을 믿고 신축주택을 취득한 취득자에 대한 신의성실의 원칙에 위배되며, 예규에 의해 법을 집행하는 것은 근거과세원칙에도 위배되는 등 처분청의 과세처분은 부당하다는 주장이다. (나) 살피건대, 조특법 제99조 제1항에 의하면 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 종전부동산의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 해석하기 어려운 점, 국세기본법제18조 제3항은 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다고 규정하고 있으며, 이와 관련하여 과세관청의 종전 해석(서면4팀-2109, 2005.11.8. 등)이 종전주택의 보유로 인한 양도소득금액을 감면소득으로 본다고 명확하게 규정하고 있지 아니한 점, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등으로 볼 때, 처분청이 신의성실의 원칙 등을 위배하였다고 볼 수 없으므로 청구주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다.
(3) 다음으로, 쟁점②에 대하여 본다. (가) 처분청은 소득세법제90조에서 규정하는 바에 따라 양도소득금액에 대한 세액을 감면하여 이 건 과세한 처분은 잘못이 없다는 의견이다. (나) 살피건대, 조특법 및 그 시행령에서는 세액의 감면뿐만 아니라 소득공제 등 다양한 형태의 조세특례를 규정하고 있는데, 조특법 제99조는 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 그 이후에 양도하는 경우를 구분하여 전자에 대하여는 세액을 감면하고, 후자에 대하여는 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상 소득금액에서 차감하도록 명문으로 달리 규정하고 있는 점, 양자에 대하여 동일한 방법으로 양도소득세를 감면하여야만 조특법 제99조의 입법 목적을 달성할 수 있다고 보기 어려운 점, 그리고 조세법규에 대한 엄격해석의 원칙 등을 종합하여 보면, 조특법 제99조에서 규정한 신축주택을 그 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우 그에 따른 양도소득세의 과세표준 및 세액은 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하는 방법으로 산정하여야 하고, 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 마찬가지로 그 양도소득금액에 대한 세액을 감면하는 방법으로 산정할 것은 아니다 할 것이다(조심 2012서3421, 2012.12.31., 대법원 2012.6.28. 선고 2010두3725 판결, 참조).
(4) 따라서, 이 건 양도소득세 과세처분은 처분청이 계산한 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 직접 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.