종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이전까지의 양도소득은 조세특례제한법 제99조의3에서 규정한 감면대상에 해당되지 아니함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1971.12.24. OOO동 254-148의 대지 135㎡ 및 주택 61.16㎡(대지를 포함하여 이하 “구주택”이라 한다)를 취득하였다가 도시환경재개발사업으로 멸실하고 신축취득한 OOOOO OOO OOO OOO OO아파트 116동 1702호(토지 47.738㎡, 건물 114.75㎡로 이하 “신축주택”이라 한다)를 2003.6.28. OOO만원에 양도하고, 양도소득금액 OOO원, 산출세액 OOO원에 대하여 2006.5.31.조세특례제한법제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례)의 규정에 따라 전액 감면받는 것으로 하여 양도 소득세를 신고하였다.
• 나. 처분청은조세특례제한법제99조의3의 감면규정에서 구주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액은 감면대상 양도소득금액이 아니라 하여, 당초 감면소득금액에서 차감하여 2012.5.7. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정?고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.3. 이의신청을 거쳐 2012.11.8. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 2006.5.31. 신축주택에 대한 양도소득세 신고시 세액감면신청을 하면서 국세청의 세법해석에 의한 처분에 따르기로 세무대리인과 협의하였고, 별도의 경정지시가 없으면 완결된 것이라 하여 처분청에 문의한 결과 완결처리되었다는 답변을 받았음에도 4년 11개월이 지난 후에 내부감사에 의하여 법적용의 변경을 이유로 경정?고지한 처분은 과세관청의 과오를 납세자에게 전가하는 행위이다. 국세기본법제18조 제3항은 “세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다”라고 규정하고 있는 바, 이 건과 관련 하여 1998년 신축주택 감면규정이 신설된 이래 지금까지 십 수년 동안 대부분의 납세자들이 구주택의 취득일로부터 감면을 적용하여 신고 하여 왔고, 아울러 과세관청에서도 지금까지 납세자의 신고?납부에 대하여 달리 처분한 적이 없으며, 이렇듯 십 수년간 국세행정이 집행되어 왔다면 이는 일반적으로 납세자에게 받아들여졌다고 볼 수 있는 것이고, 과세관청이 일반적으로 받아들여진 국세행정의 관행을 위반하고 새로운 관행에 의하여 소급과세하는 것은 위법한 처분이며, 처분청이 종전의 해석과 다른 해석을 한 경우로서 사실판단에 있어서 명백한 법령위반인 경우가 아니라 단순한 법령해석의 착오에 해당 하므로 청구인의 귀책사유가 없음에도 감면을 배제한 결정은 부당할 뿐만 아니라, 새로운 경정결정을 한 2012.4.16. 이후에 납세의무가 성립하는 분부터 감면배제를 적용하는 것이 타당하고, 행정처분은 일단 취소한 후에는 그 취소처분의 위법이 중대하고 명백하여 무효 선언으로서 취소와 행정쟁송절차에 의한 취소의 경우를 제외하고는 그 취소처분 자체의 위법을 이유로 다시 그 취소처분을 취소함으로써 당초의 행정처분의 효력을 회복시킬 수 없으므로 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법제99조의3에 따른 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례를 적용함에 있어 그 감면대상은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액인 바, 구주택의 취득일부터 신축주택 취득일 전까지의 양도소득금액은 감면소득금액에 해당하지 아니하는 것이고, 같은 법 시행령 제40조 제1항에 따른 감면대상 양도소득을 계산함에 있어 취득당시의 기준시가 중 분자에 적용되는 기준시가는 ‘신축주택의 취득당시 기준시가’이고 분모에 적용되는 기준 시가는 ‘구주택의 취득당시 기준시가’를 말하는 것이므로 청구인의 주장을 받아들일 수 없으며(조심 2010부415, 2010.9.17.외 다수, 같은 뜻), 구주택을 취득하여 보유하다가 신축주택을 취득하여 이를 양도한 경우,조세특례제한법제99조의3에 따른 양도소득세를 감면함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 그 감면대상 양도소득금액은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액으로 규정하고 있어 명문상 구주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례 대상에 포함되는 것으로 보기 어렵고(조심 2012서121, 2012.2.23.외 다수, 같은 뜻), 또한, 처분청은 청구인에게 신축주택 양도에 대한 감면에 대하여 공적인 견해를 표명한 사실이 없으며, 일부 감면결정은 당해 사건에 한하여 기속력이 있는 것으로서 “일반적으로 납세자에게 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행에 의해 정당한 것으로 보는 행위 또는 계산”으로 볼 수 있을 정도에 이른 것은 아니므로 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 조세특례제한법 제99조의3 에서 규정하고 있는 과세특례적용 대상인 신축주택에 대하여 신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양도 하는 경우, 당초 양도소득금액 전부를 감면하였다가 구주택 취득일로부터 신축주택 양도일까지 발생하는 감면대상 양도소득금액에서 제외하여 과세한 처분이 소급과세에 해당하는지 여부
• 나. 관련법령

(1) 조세특례제한법 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우: 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우: 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

② 소득세법 제89조제3호 의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택은 이를 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제40조【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】① 법 제43조 제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은 소득세법 제95조 제1항 의 규정에 의한 양도소득금액 또는 법인세법 제99조 제1항 의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. ｛양도소득 금액 ×([취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가] - [취득당시의 기준시가])/([양도당시의 기준시가] - [취득당시의 기준시가])｝ 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 계산한 신축주택의 양도소득금액은 동일 하며, 청구인의 감면소득 신고내역 및 처분청의 경정내역은 아래와 같이 나타난다. (OO: OO)

(2) 청구인은 1998년 신축주택 감면규정이 신설된 이래 지금까지 십 수년 동안 대부분의 납세자들이 구주택의 취득일로부터 감면을 적용하여 신고하여 왔고, 과세관청에서도 지금까지 납세자의 신고?납부에 대하여 달리 처분한 적이 없이 집행되어 왔다면 이는 일반적으로 납세자에게 받아들여졌다고 볼 수 있는 것이므로, 과세관청이 일반적으로 받아들여진 국세행정의 관행을 위반하고 새로운 관행에 의하여 소급과세하는 것은 위법한 처분이라고 주장한다.

(3) 국세청 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)는조세특례제한법제99조 제1항 및 같은 법 시행령 제99조 제1항의 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 감면규정을 적용함에 있어 “당해 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다. 이하 같다)을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말하는 것이며, 당해 산식에서 “취득 당시” 또는 “취득일”이란 자기가 건설한 신축주택 (주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)에 있어서는 소득세법 시행령 제162조 제1항 제4호 의 규정에 의하여 사용검사필증교부일이 되는 것이나, 사용검사전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일 중 빠른 날로 하는 것이라고 하고 있고, 또 다른 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)는 구주택(부수토지 포함)을 취득하여 보유하다 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득한 경우, 종전 단독주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조세특례제한법 제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하는 것이라고 회신하고 있다.

(4) 살피건대, 조세관행 존중원칙은 헌법상 법치국가원리에서 파생된 법적 안정성 원칙에 그 근거를 둔 것으로 합법성원칙을 희생하여서 라도 납세자 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용된다 할 것이고, 국세기본법제18조 제3항에 의하면, “세법의 해석이나 국세 행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급 하여 과세되지 아니한다”고 규정하고 있는 바, 비과세관행이 성립 하려면 상당한 기간에 걸쳐 과세를 하지 아니한 객관적 사실이 존재하고, 그 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여져야 하며, 과세관청이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 아니한다는 의사가 있어야 하고, 이와 같은 의사는 묵시적으로도 가능하나 묵시적 의사표시가 있다고 하기 위해서는 단순한 과세누락과는 달리 과세관청이 상당기간 과세하지 아니하겠다는 의사표시를 한 것으로 볼 수 있는 사정이 있어야 할 것(대법원 2000두5203, 2001.4.24. 참조)이며, 단순히 세법 해석기준에 관한 공적견해표명이 있거나 국세청 기본통칙이나 예규가 제정?공포되었다는 사실만으로 그러한 해석 또는 관행이 있다고 볼 수는 없다 할 것이다 (대법원 97누4661, 2000.9.29., 국심 2005서3764, 2006.11.1. 참조). 조세특례제한법제99조의3의 신축주택의 취득자에 대한 양도 소득세의 감면규정은 “신축 국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는 점,조세특례제한법제99조의3 제1항에 의하면, 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우 감면대상소득금액을 “당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 구주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 감면대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점, 과세관청이 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지 발생한 양도소득금액에 대하여도 과세특례를 인정하겠다는 의사표시를 하였다고 보기 어려운 점, 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등으로 보아 처분청이 소급과세금지의 원칙을 위배한 것이라는 청구주장은 받아들이기 어려워 보인다. 따라서, 처분청은 구주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일 까지의 양도소득금액을 감면대상금액에서 제외하여 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.