신축주택 취득하고 5년이 경과한 후 양도하는 경우, 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득을 차감하여 계산함이 정당함

OOO세무서장이 2012.5.3. 청구인에게 한 2006년 귀속 양도소득세 OOO의 부과처분은 청구인이 서울 특별시 OOO 를 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득 금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.

• 가. 청구인은 1994.6.22. 서울특별시 OOO 소재 대지 66㎡ 및 건물 46.55㎡ (이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하여 보유하던 중 재개발로 인해 2001.6.2. 서울 특별시 OOO(이하 “신축 주택” 이라 한다)의 임시사용승인 및 2003.9.6. 신축주택의 사용승인을 얻어 취득 보유하다가 2006.11.14. 신축주택을 OOO에 양도하고, 2007.1.3. 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례 규정을 적용하여 양도소득금액 OOO에 대한 양도소득세 OO,OOO,OOO O 전액에 대하여 감면신청을 하여 양도소득세를 신고하였다.
• 나. 처분청은 청구인의 양도소득금액 중 종전주택 취득일부터 신축주택의 취득일 전까지의 기간에 대한 양도소득금액은 감면대상이 아니라고 보아 감면세액을 OOO으로 재계산하여 2012.5.3. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO(납부불성실가산세 18,716,239원 포함)을 경정․고지하였다. 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.30. 이의신청을 거쳐 2012.11.8. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 처분청은 양도소득세 과세결정을 하면서 국세청 재산세과-227(2009.1.20.) 예규를 적용하여 감면소득금액을 “{양도소득금액 × (신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 신축주택 취득당시의 기준시가) / (신축주택 양도당시의 기준시가 - 종전주택 취득당시의 기준시가)}”의 산식으로 계산하였는바, 조특법 시행령 제99조 제1항에서 감면 양도소득금액은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하도록 되어 있고 동 규정에는 {양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}로 되어 있고, 2009년까지 분모 및 분자의 취득당시 기준시가를 모두 신축주택 취득당시 기준시가로 해석(서면4팀-2109, 2005.11.8.)해 왔음에도 불구하고, 처분청이 변경된 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.12, 부동산거래관리과-127, 2011.2.10.)를 적용하여 세법을 자의적으로 확장해석하여 양도소득세를 경정한 것은 납세자의 신의성실의 원칙을 위배하였고, 신고 당시 정당한 국세청 예규에 의하여 예정신고하고 신고시인 결정되었음에도 불구하고 변경된 예규를 적용하여 양도소득세를 추가로 부과결정함은 소급과세 금지의 원칙에 위배되므로 청구인에게 부과된 양도소득세는 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 조특법 제99조의3에서는 양도소득세를 감면함에 있어서 신축주택의 취득일로부터 5년이 경과된 후에 양도하는 그 감면대상 양도소득금액은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액으로 규정하고 있어, 조특법 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어렵고, 종전 국세청 예규는 과세특례 대상 소득금액을 전체 양도소득금액으로 본다고 명확히 답변하지 않아 소급과세나 신의성실의 원칙에 위배되지 않으므로, 감면소득금액 계산 산식 중 분모의 취득 당시 기준시가를 종전주택 취득당시 기준시가를 적용하여 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일까지의 소득금액에 대해 감면을 배제하고 부과처분한 결정은 적법하다.

• 가. 쟁 점 신축주택 취득전 양도소득에 대한 세액감면을 배제한 처분이 소급과세 금지의 원칙에 위배되는지 여부
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 신축주택(그 주택에 딸린 토지로서 해당 건물 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다. 다만, 해당 신축주택이 소득세법제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가 주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우: 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 따른 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령으로 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택은 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 따른 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합을 통하여 대통령령으로 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우: 신축주택취득기간에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택 (2) 조세특례제한법 시행령 제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다. 제40조【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】① 법 제43조 제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은소득세법제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는법인세법제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)} (3) 국세기본법 제18조 【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 제출한 양도소득세 신고서, 종전주택 소유권보존등기신청서, 신축주택 공급계약서, 신축주택 양도계약서, 부동산등기부등본 등에 의하면, 청구인은 1994.6.22. 종전주택을 취득하였고, 재건축으로 인해 종전주택 멸실 후 신축주택에 대하여 2001.6.2. 임시사용검사승인 및 2003.9.6. 사용승인을 얻었으며, 2006.11.14. 신축주택을 양도한 사실이 나타난다.

(2) 청구인은 신축주택을 양도한 것에 대하여 2007.1.3. 신축주택 취득전 양도소득을 감면대상 소득에 포함하여 양도소득금액 OOO,OOO,OOO O 전액을 감면대상 양도소득금액으로, 감면세액을 산출세액 OO,OOO,OOO O 전액으로 하여 양도소득세 신고를 하고, 농어촌특별세 OOO을 납부한 것으로 나타난다.

(3) 양도소득세 결정결의서 등에 의하면, 처분청은 신축주택 취득전 양도소득을 양도소득세 감면대상 소득에서 부인하여 감면대상 양도소득금액을 OOO, 감면세액을 OOO으로 재계산하고 이를 산출세액에서 공제하였으며, 납부불성실가산세 OOO을 가산하여 이 건 양도소득세 OOO을 부과한 것으로 나타난다.

(4) 살피건대, 청구인은 신축주택을 양도하면 조특법 제99조의3에 따라 양도소득 전체가 감면대상이 된다는 과세관청의 답변을 믿고 양도소득세 감면신청을 하였으므로, 처분청이 변경된 해석을 근거로 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 부당하고 주장하고 있으나, 조특법 제99조의3에서 규정한 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 ‘신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화’에 그 입법취지가 있는 점, 조특법 제99조의3 제1항 및 같은 법 시행령 제99조의3 제2항에 의하면, 과세특례대상 양도소득금액을 ‘해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점, 과세관청이 납세자에게 신축주택의 취득전 양도소득을 감면대상에 포함한다는 공적인 견해를 표명한 사실이 나타나지 아니하여, 처분청이 신의성실의 원칙 또는 소급과세금지의 원칙을 위배하였다고 보기 어려운 점(조심2012서3441, 2012.10.30. 참고) 등으로 볼 때, 청구인의 주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(5) 다만, 처분청은 과세표준에서 기본공제 후의 감면소득금액이 차지하는 비율을 곱하여 산출한 감면세액을 산출세액으로부터 공제하였으나, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하는 점, 조특법 제99조 제1항은 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 그 이후에 양도하는 경우를 구분하여 전자에 대하여는 세액을 감면하고, 후자에 대하여는 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상 소득금액에서 차감하도록 명문으로 달리 규정하고 있는 점, 양자에 대하여 동일한 방법으로 양도소득세를 감면하여야만 조특법 제99조의3의 입법목적을 달성할 수 있다고 보기도 어려운 점 등을 종합하여 볼 때, 조특법 제99조의3 제1항에서 규정한 신축주택을 그 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우 그에 따른 양도소득세의 과세표준 및 세액은 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하는 방법으로 산정하여야 할 것이다(대법원 2012.6.28. 선고 2010두3725 판결 참고). 따라서, 이 건 양도소득세 과세처분은 처분청이 계산한 감면대상 양도소득금액을 양도소득금액에서 직접 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.