신축주택 취득하고 5년이 경과한 후 양도하는 경우 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득을 과세소득에서 차감하여 과세표준 및 세액을 계산함이 타당함
신축주택 취득하고 5년이 경과한 후 양도하는 경우 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득을 과세소득에서 차감하여 과세표준 및 세액을 계산함이 타당함
OOO세무서장이 2012.6.11. 청구인에게 한 2008년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 OOOOO OOO OOO OOOO OOO 101동 1606호 양도소득 중조세특례제한법제99조 제1항에 따른 양도소득세 감면대상 소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.
(3) 설사, 처분청이 2011년 이후 변경된 해석(예규)에 의하여 조세특례법시행령 제40조 제1항 의 감면소득 계산식에서 분모의 취득당시 기준시가를 달리 산정하더라도 신축주택 취득일부터 5년 경과 후 양도하는 경우의 감면소득금액 계산은 소득금액 차감 방식으로 산정하여야 한다(대법원 2010두3725, 2012.6.28.).
(2) 처분청의 과세처분은 종전해석을 달리하여 양도소득세를 증액결정한 경우가 아니라 청구인이 법률의 해석 및 적용을 잘못한 사항에 대하여 증액결정한 것이므로 증액부분에 대하여 납부불성실가산세를 부과한 처분은 신의성실원칙에 위배되지 아니하는 적법한 결정이다.
(3) 대법원판례(대법원 2010두3725, 2012.6.28.)는 사법해석으로 당해 사건에 대하여만 구속력이 있는 것으로서 해당 판결 이후 현재까지 기획재정부의 해석 변경은 없으므로 기존 예규(기획재정부 재산세제과-617, 2009.3.27.)에 따라 과세한 당초처분은 정당한 것으로 판단된다.
(3) 신축주택 취득일로부터 5년 경과 후에 양도하는 경우 감면은 소득금액 차감방식으로 계산하는 것이 타당한지 여부
1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우: 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 따른 주택조합 또는도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령으로 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택은 제외한다.
2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 따른 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업조합을 통하여 대통령령으로 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우: 신축주택취득기간에 사용승인 또는 사용검사(임시 사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택 (2) 조세특례제한법 시행령 제40조 【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】① 법 제43조 제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은 소득세법제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는법인세법제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}
(1) 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 청구인은 1988.8.20. 종전주택을 취득하여 보유하던 중 재건축으로 인해 1999.4.24. 신 축 주택을 취득하여 보유하다가 2008.4.28. 양도하고 실지거래가액으로 양도차익을 계산한 후 조특법 제99조의3에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 규정을 적용하여 2008.4.30. 양도소득세를 감면신청하였고, 처분청은 청구인의 신축주택에 대한 양도소득세 신고내용에 대하여 조특법 제99조의3(신축 주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례) 에 의한 감면 소득 중 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지 의 양도소득금액은 감면대상이 아니라고 보아 이 건 양도소득세를 과세하였다. (나) 청구인은 1988.8.20. 종전주택을 취득하였고, 종전주택 멸실 후 1999.4.24. 신축주택(아파트)을 취득하였으며, 신축주택 취득일로부터 5년이 되는 날은 2004.4.23.이고, 신축주택을 2008.4.28. 양도한 사실이 등기부등본 등에 의하여 확인된다. (다) 종전 국세청 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)는조세특례제한법제99조 제1항 및 같은 법 시행령 제99조 제1항에 의한 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 규정을 적용함에 있어 “당해 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다. 이하 같다)을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말하는 것이며, 당해 산식에서 “취득당시” 또는 “취득일”이란 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)에 있어서는 소득세법 시행령제162조 제1항 제4호의 규정에 의하여 사용검사필증교부일이 되는 것이나, 사용검사전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일 중 빠른 날로 하는 것으로 해석하고 있으며, 새로운 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)는 종전주택(부수토지 포함)을 취득하여 보유하다가 주택재개발사업에 따라 신축주택을 취득(사용승인일: 2001.11.7.)한 경우 종전 단독주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은조세특례제한법제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하는 것으로 되어 있다. (라) 살피건대, 청구인은 처분청이 양도 소득세 과세처분 과정에서 적용한 감면소득금액 산출방법은 분모와 분자의 취득시 기준시가를 각각 달리 해석하여 분자의 취득당시 기준시가는 건물 취득당시의 기준시가로, 분모의 취득당시 기준시가는 토지 취득 당시 기준시가로 하여 과세하였는바, 양도일이후 생성된 2009년도의 새로운 예규를 소급하여 적용하는 것은 신의성실의 원칙에 위배된다고 주장하나, 조세특례제한법제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 “ 신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는 점, 조세특례제한법제99조의3 제1항에 의하면, 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액” 으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함 되는 것으로 보기 어려운 점 등으로 볼 때, 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은조세특례제한법제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하므로 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다(조심 2010서2935. 같은 뜻).
(2) 쟁점②에 대하여 살펴본다. 청구인은 납세자가 당초 처분청의 해석에 따라 양도소득세를 신고․납부한 후 처분청이 조세감면 계산방식에 관한 견해를 바꾸어 감면비율을 다시 정함으로써 추가로 양도소득세를 증액 경정한 경우, 증액부분에 대하여 납부불성실가산세를 부과하는 것은 국세기본법제15조 및 제18조 규정의 세법해석의 적용원칙 및 신의성실의 원칙에 위배된다고 주장하나, 종전 국세청 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)에서 과세특례대상 소득금액을 전체 양도소득금액이라고 본다고 명확히 답변하고 있지 않은 점, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등으로 볼 때, 처분청이 세법해석의 적용원칙 또는 신의성실의 원칙을 위배하였다고 보기는 어려운 것으로 판단된다(조심 2010서2935(2011.6.30., 같은 뜻).
(3) 쟁점③에 대하여 살펴본다. 살피건대, 조특법 및 그 시행령에서는 세액의 감면뿐만 아니라 소득공제 등 다양한 형태의 조세특례를 규정하고 있는데, 조특법 제99조는 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 그 이후에 양도하는 경우를 구분하여 전자에 대하여는 세액을 감면하고, 후자에 대하여는 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상 소득금액에서 차감하도록 명문으로 달리 규정하고 있는 점, 양자에 대하여 동일한 방법으로 양도소득세를 감면하여야만 조특법 제99조의 입법 목적을 달성할 수 있다고 보기 어려운 점, 그리고 조세법규에 대한 엄격해석의 원칙 등을 종합하여 보면, 조특법 제99조에서 규정한 신축주택을 그 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우 그에 따른 양도소득세의 과세표준 및 세액은 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하는 방법으로 산정하여야 하고, 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 마찬가지로 그 양도소득금액에 대한 세액을 감면하는 방법으로 산정할 것은 아니다 할 것이다(조심 2012서5133, 2013.2.5., 대법원 2012.6.28. 선고 2010두3725 판결 참조). 따라서, 이 건 양도소득세 과세처분은 아래 <표2>와 같이 처분청이 계산한 양도소득세 감면대상 소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 직접 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다. OOOOOOOOOO OOOO
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로국세기본법제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.