신축주택 취득후 5년 경과후 양도시, 감면소득 차감하여 과세표준 및 세액을 계산하여야 함.

OOO세무서장이 2012.4.27. 청구인에게 한 2006년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 OOO아파트 106동 1602호의 양도소득세 과세대상소득금액에서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 차감한 금액으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

• 가. 청구인은 1987.10.24. OOO(이하 “종전주택”이라 한다)을 취득하여 보유하다가 재건축으로 1999.11.1. 같은 동 412 OOO아파트 106동 1602호 전용면적 84.78㎡(이하 “신축주택”이라 한다)를 취득한 후 2006.4.11. 윤OOO에게 양도하고, 2006.6.30. 양도소득세 예정신고를 하면서조세특례제한법제99조를 적용하여 종전주택 취득일로부터 신축주택 취득일 이후 5년이 되는 날까지의 양도소득금액에 상당하는 산출세액을 감면세액으로 하여 신고하였다.
• 나. 처분청은조세특례제한법제99조를 적용함에 있어 종전주택의 취득일(1987.10.24.)부터 신축주택의 취득일(1999.11.1.) 전일까지의 양도소득금액에 상당하는 양도소득세는 감면대상이 아닌 것으로 보고 감면금액을 재산정하여 2012.4.27. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였습니다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.13. 이의신청을 거쳐 2012.11.9. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 (1)조세특례제한법제99조 제1항에서 신축주택을 취득하여 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 ‘그 신축주택을 취득한 날로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 뺀다’로 규정되어 있고, 대법원 판결(대법원 2012.6.28. 선고 2010두3725 판결)에서도 신축주택 취득일로부터 5년 경과 후 양도하는 경우 감면은 소득금액 차감방식으로 산정하여야 하는 것으로 판결하였으므로 이 건은 위 대법원 판결과 같이 신축주택 취득한 날로부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우이므로 감면세액을 소득금액 차감방식으로 재계산하여야 한다. (2)조세특례제한법제99조 및 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 적용함에 있어 입법취지와 달리 해석을 하는 것은 대단히 중요한 사항이므로 조세법률주의의 원칙에 따라 시행령을 개정하여 적용할 수 있도록 하였어야 함에도 그러지 아니하고 국세청 예규(재산-227, 2009.1.20.)를 근거로 소급적용하여 양도소득세 감면세액을 추징한 것은국세기본법제18조에서 규정한 소급과세금지의 원칙에 위배되며, 청구인이 양도소득세를 과소납부하였다고 할 만한 귀책사유가 있다고 볼 수 없어 과세신고가산세를 부과한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견

(1) 구조세특례제한법(2006.12.30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것) 제99조의 ‘당해 신축주택을 취득한 날로부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다’라는 규정이 ‘당해 신축주택을 취득한 날로부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다’로 2010.1.1. 법률 제9921호로 개정되었고, 부칙에서 2010.1.1.이후 양도하는 분부터 적용하는 것으로 규정하고 있어 이 건 신축주택은 양도일이 2006.6.30.이므로 개정 전 규정을 적용해야 할 것이므로 이 건 부과처분은 정당하다.

(2) 국세청 예규(재산-227, 2009.1.20.)를 살펴보면, 종전주택을 취득하여 보유하다 종전주택이 재개발됨에 따라 신축주택을 취득한 경우로서 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은조세특례제한법제99조의 규정에 감면소득에 해당하지 아니하는 것으로 규정하고 있으며,조세특례제한법제99조 소정의 입법취지가 ‘신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기를 활성화하는 것’에 있고, 신축주택의 취득일로부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 ‘해당 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액’으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등으로 볼 때, 새로운 예규를 생산하여 소급 적용한 것으로 볼 수 없다.

• 가. 쟁 점

① 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과 후에 양도하는 경우 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하는 방법(소득금액 차감방식)으로 감면세액을 산정하여야 한다는 청구주장의 당부

② 이 건 과세처분이 소급과세금지의 원칙에 위배되며, 납부불성실가산세 부과처분도 부당하다는 청구주장의 당부

• 나. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 본다. (가) 처분청은 이 건 과세에 있어 감면소득금액은조세특례제한법제40조 제1항의 규정을 적용하여 산출하였으며, 감면세액은소득세법제90조의 규정에 따라 산출하는 등 감면세액을 관계 법령에 따라 적법하게 산정하였다는 의견이다. (나) 청구인은 대법원 판결(대법원 2012.6.28. 선고 2010두3725 판결)에서 신축주택 취득일로부터 5년 경과 후 양도하는 경우 감면은 소득금액 차감방식으로 산정하여야 하는 것으로 판결하였고 이 건도 신축주택 취득일로부터 5년 경과 후 양도한 경우이므로 감면세액을 소득금액 차감방식으로 산정하여야 한다고 주장한다. (다) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면, 청구인은 종전주택을 1987.10.24. 취득하여 보유하다가 재건축으로 인하여 1999.11.1. 신축주택을 취득한 후, 신축주택 취득일로부터 약 6년 5개월 경과한 2006.4.11. 윤OOO에게 양도한 사실이 나타나고, 청구인이 신축주택을 취득한 1999.11.1.은조세특례제한법제99조에서 규정하고 있는 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 감면 요건인 신축주택취득기간 내인 것으로 확인된다. (라) 살피건대, 구조세특례제한법(2006.12.30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것) 제99조의 제1항에서 거주자가 신축주택을 취득하여 그 취득일로부터 5년이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일로부터 5년이 경과된 후 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감한다고 규정하고 있어 신축주택 취득일부터 5년 경과 후 양도한 이 건의 경우 감면은 소득금액 차감방식으로 산정하여야 한다(대법원 2012.6.28. 선고 2010두3725판결 참조)는 청구인의 주장은 관련 법령에 부합하는 것으로 판단된다(조심 2012서4640, 2013.1.7. 같은 뜻임).

(4) 쟁점②에 대하여 본다. (가) 처분청은 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면규정의 입법취지 등에 비추어 새로운 예규를 생산하여 소급적용한 것으로 볼 수 없다는 의견을 제시하였다. (나) 청구인은 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면규정을 적용하면서 국세청 예규를 근거로 소급하여 양도소득세를 추징한 것은 소급과세금지의 원칙에 위배되며, 양도소득세를 과소납부할 만한 귀책사유가 없으므로 납부불성실가산세 부과처분이 부당하다고 주장한다. (다) 살피건대, 소급과세금지의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용된다고 할 것이고, 그 조항에서의 일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 조세행정의 관행이란 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정납세자가 아닌 불특정한 일반납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 말하고, 단순히 세법의 해석기준에 관한 공적 견해의 표명이 있었다는 사실만으로 그러한 해석 또는 관행이 있다고 볼 수는 없는 것(대법원 1992.9.8. 선고 91누13670 판결 참조)인데, 이 건은 과세관청이 납세자에게 신축주택의 취득 전 양도소득을 감면대상에 포함한다는 공적인 견해를 표명한 사실이 나타나지 아니하여 처분청이 소급과세금지의 원칙을 위배하였다고 볼 수 없으므로 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은조세특례제한법제99조에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 보아 납부불성실 가산세를 포함하여 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2010중3160, 2010.11.30., 같은 뜻임).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.