조세특례제한법 제99조 제1항 명문의 규정상 신축주택 양도에 따른 양도소득 중 그 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우 5년간 발생한 양도소득금액만이 감면대상임으로 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항의 산식에서 분모의 “취득당시의 기준시가”를 종전주택의 기준시가로 보아 양도소득세 감면소득을 산출함
조세특례제한법 제99조 제1항 명문의 규정상 신축주택 양도에 따른 양도소득 중 그 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우 5년간 발생한 양도소득금액만이 감면대상임으로 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항의 산식에서 분모의 “취득당시의 기준시가”를 종전주택의 기준시가로 보아 양도소득세 감면소득을 산출함
OOO세무서장이 2012.7.1. 청구인에게 한 2009년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 청구인이 OOO 217동 902호를 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득 금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.
(3) 설령 처분청의 주장과 같이 조세특례제한법 시행령제40조 제1항의 산식 중 분모의 취득당시 기준시가는 쟁점주택의 취득당시 기준시가로 보아야 한다고 하더라도조세특례제한법제99조 제1항에서 그 신축주택을 취득한 날부터 5년 이후에 양도하는 경우 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상금액에서 차감하도록 규정하고 있으므로,소득세법제90조의 규정에 따라 감면세액을 안분할 것이 아니라 쟁점주택의 양도에 따른 양도소득금액에서 감면소득금액을 직접 차감하여 과세표준을 산정하여야 한다.
(2) 청구인은 과세관청에서 인정한 방법에 따라 양도소득세를 납부하였으므로 납부불성실가산세는 취소하여야 한다는 청구주장의 당부
(3) 쟁점주택의 양도소득세 감면 소득을 양도소득금액에서 차감하여 과세표준과 세액을 산출하여야 한다는 청구 주장의 당부
(1) 사실관계에 대하여 살펴본다 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다. (O) OOOOO OOOOO OOOO OOO OOO OOO (나) 쟁점주택의 양도소득금액은 OOO원이고, 양도소득세 과세표준은 OOO원이며, 그 산출세액은 OOO원이라는 점은 청구인과 처분청 사이에 다툼이 없다. (다) 청구인은 조세특례제한법 시행령제40조 제1항의 산식에서 분모의 “취득당시의 기준시가”를 쟁점주택의 신축 당시 기준시가인 OOO,OOO,OOO 1) 으로 보고 양도소득 중 감면소득의 비율을 37.19%로 보아 양도소득세 감면 소득을 OOO원으로 산출한 후,소득세법제90조의 규정을 적용하여 양도소득세 감면세액을 OOO원으로 산출하였다. (라) 반면 처분청은 조세특례제한법 시행령제40조 제1항의 산식에서 분모의 “취득당시의 기준시가”를 쟁점주택의 신축 당시의 기준시가인 OOO,OOO,OOO원이 아니라 종전주택의 취득 당시의 기준시가인 OOO원으로 보고 양도소득금액 중 감면소득의 비율을 26.68%로 보아 양도소득세 감면 소득을 OOO,OOO,OOO원으로 산출한 후,소득세법제90조의 규정을 적용하여 양도소득세 감면세액을 OO,OOO,OOO원으로 산출하였다. 처분청은 청구인이 실제보다 더 많은 양도소득세를 감면하여 양도소득세를 신고하였다고 보아 청구인과 처분청이 산출한 감면세액의 차액OOO에 납부불성실가산세를 더하고 과납한 농어촌특별세를 차감하여 산출한 양도소득세 OOO원을 청구인에게 결정 고지하였다.
(2) 쟁점(1)에 대하여 살펴본다. (가)조세특례제한법제99조 제1항 본문 및 제1호에서 거주자가 자기가 건설한 신축주택을 취득하여 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하며, 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제40조 제1항은 “당해 부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다고 규정하고 있다. 양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) (나) 청구인은 위 산식에서 분자와 분모의 “취득당시의 기준시가”를 모두 쟁점주택의 신축당시의 기준시가로 보아야 한다고 주장하나, 조세특례제한법제99조 제1항 명문의 규정상 신축주택 양도에 따른 양도소득 중 그 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우 5년간 발생한 양도소득금액만이 감면대상인 것이 명확하므로 종전주택 취득시점부터 쟁점주택 취득 전까지 발생한 양도소득금액 등은 감면대상이 아닌 것으로 보아야 할 것이므로조세특례제한법제99조 제4항의 위임에 따라 감면대상 소득금액을 계산하는 같은 법 시행령 제40조 제1항 산식 상 분자의 “취득당시의 기준시가”는 쟁점주택의 신축 당시 기준시가이고, 분모의 “취득당시의 기준시가”는 종전 주택의 취득당시 기준시가를 말하는 것으로 보아야 할 것이므로 처분청이 그와 같이 감면대상 소득금액을 계산한 것은 타당하다고 할 것이다(조심 2012서2934, 2012.8.22. 외 다수 같은 뜻).
(3) 쟁점(2)에 대하여 살펴본다. (가) 청구인은 과세관청이 신축주택의 양도소득세 감면에 대한 해석을 변경하여 납세자에게 추가로 양도소득세를 결정․고지한 것은 신의성실의 원칙에 위배되고 청구인에게 양도소득세를 과소납부하였다고 할 만한 귀책사유가 없으므로 납부불성실가산세는 부당하다고 주장하나, (나) 과세관청의 종전 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8. 등)에서 종전 주택의 보유로 인한 양도소득금액을 감면소득으로 본다고 명확하게 규정하고 있지 않은 점, 종전 예규만으로 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 될 만한 공적인 견해 표명을 하였다고 보기도 어렵고 청구인이 과세관청의 세법해석을 신뢰하고 양도소득세를 신고하였다는 사실만으로 청구인에게 양도소득세 과소 납부의 귀책이 없다고 볼 수 없는 점 등을 종합하여 볼 때, 처분청이국세기본법제18조 제3항을 위배하여 양도소득세를 소급과세하였다거나 청구인에게 가산세를 면제할 만한 정당한 사유가 있다고 보기도 어려우므로 처분청이 납부불성실 가산세를 포함하여 양도소득세를 부과한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
(3) 쟁점(3)에 대하여 살펴본다. (가)조세특례제한법제99조 제1항 본문 및 제1호에서 거주자가 자기가 건설한 신축주택을 취득하여 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하며, 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다고 규정하고 있고, 쟁점주택은 청구인이 1998.9.18. 취득하여 5년이 경과한 후인 2009.3.20. 양도하였으므로 위 조항의 후단이 적용되어야 할 것이다. (나) 한편, 2010.5.14. 법률 제10285호로 신설된 조세특례제한법 제98조의5 는 2010.2.11. 현재 수도권을 제외한 지방의 미분양 주택으로서 2011.4.30.까지 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 취득하는 주택에 대하여 그 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 그 산출세액에 감면율을 곱하여 계산한 세액을 감면하고, 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액에 감면율을 곱하여 계산한 감면소득금액을 해당 미분양주택의 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하도록 규정하였고, 이에 대하여 기획재정부는 후단이 적용되는 경우 양도소득세 계산시 양도소득금액에서 감면율에 따라 계산한 감면소득금액을 직접 차감하여 과세표준 및 세액을 계산하여야 한다는 취지의 보도자료를 배포(2010.4.22.)하였다. (다) 처분청은소득세법제90조에서 양도소득금액에 소득세법 또는소득세법외의 법률에서 규정하는 감면소득금액이 있는 때에는 양도소득과세표준에 따른 산출세액에 당해 감면소득금액에서 양도소득기본공제를 한 후의 금액이 양도소득과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 양도소득세를 면제하도록 규정하고 있으므로 처분청의 양도소득세 계산 방법은 정당하다는 의견이나, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하는 점,조세특례제한법제99조 제1항은 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 그 이후에 양도하는 경우를 구분하여 전자에 대하여는 세액을 감면하고, 후자에 대하여는 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상 소득금액에서 차감하도록 명문으로 달리 규정하고 있는 점, 양자에 대하여 동일한 방법으로 양도소득세를 감면하여야만조세특례제한법제99조의 입법 목적을 달성할 수 있다고 보기도 어려운 점 등을 종합하여 볼 때, 조세특례제한법제99조 제1항에서 규정한 신축주택을 그 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우 그에 따른 양도소득세의 과세표준 및 세액은 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하는 방법으로 산정하여야 할 것이다(대법원 2012.6.28. 선고 2010두3725 판결, 같은 뜻). (라) 따라서, 이 건 양도소득세 과세처분은 처분청이 계산한 감면 대상 양도소득금액을 양도소득금액에서 직접 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로국세기본법제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. 1) 청구인이 산출한 쟁점주택의 신축당시 기준시가OOO로서 처분청이 산출한 OOO원과 다소 차이가 있으며 이는 쟁점주택의 건축물 기준시가 산정의 차이로 보임
결정 내용은 붙임과 같습니다.